src/gromacs/commandline/cmdlinehelpmodule.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::CommandLineHelpModule.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_commandline
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "cmdlinehelpmodule.h"
  45
  46 #include <string>
  47 #include <vector>
  48
  49 #include <boost/scoped_ptr.hpp>
  50
  51 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpcontext.h"
  52 #include "gromacs/commandline/cmdlinehelpwriter.h"
  53 #include "gromacs/commandline/cmdlineparser.h"
  54 #include "gromacs/onlinehelp/helpformat.h"
  55 #include "gromacs/onlinehelp/helpmanager.h"
  56 #include "gromacs/onlinehelp/helptopic.h"
  57 #include "gromacs/onlinehelp/helpwritercontext.h"
  58 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
  59 #include "gromacs/options/options.h"
  60 #include "gromacs/utility/baseversion.h"
  61 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  62 #include "gromacs/utility/file.h"
  63 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  64 #include "gromacs/utility/programcontext.h"
  65 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  66
  67 #include "shellcompletions.h"
  68
  69 namespace gmx
  70 {
  71
  72 namespace
  73 {
  74 class HelpExportInterface;
  75 class RootHelpTopic;
  76 }   // namespace
  77
  78 /********************************************************************
  79  * CommandLineHelpModuleImpl declaration
  80  */
  81
  82 class CommandLineHelpModuleImpl
  83 {
  84     public:
  85         CommandLineHelpModuleImpl(const ProgramContextInterface    &programContext,
  86                                   const std::string                &binaryName,
  87                                   const CommandLineModuleMap       &modules,
  88                                   const CommandLineModuleGroupList &groups);
  89
  90         void exportHelp(HelpExportInterface *exporter) const;
  91
  92         boost::scoped_ptr<RootHelpTopic>  rootTopic_;
  93         const ProgramContextInterface    &programContext_;
  94         std::string                       binaryName_;
  95         const CommandLineModuleMap       &modules_;
  96         const CommandLineModuleGroupList &groups_;
  97
  98         CommandLineHelpContext           *context_;
  99         const CommandLineModuleInterface *moduleOverride_;
 100         bool                              bHidden_;
 101
 102         File                             *outputOverride_;
 103
 104         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(CommandLineHelpModuleImpl);
 105 };
 106
 107 namespace
 108 {
 109
 110 /********************************************************************
 111  * RootHelpTopic
 112  */
 113
 114 struct RootHelpText
 115 {
 116     static const char        name[];
 117     static const char        title[];
 118     static const char *const text[];
 119 };
 120
 121 // The first two are not used.
 122 const char        RootHelpText::name[]  = "";
 123 const char        RootHelpText::title[] = "";
 124 const char *const RootHelpText::text[]  = { "" };
 125
 126 /*! \brief
 127  * Help topic that forms the root of the help tree for the help subcommand.
 128  *
 129  * \ingroup module_commandline
 130  */
 131 class RootHelpTopic : public CompositeHelpTopic<RootHelpText>
 132 {
 133     public:
 134         /*! \brief
 135          * Creates a root help topic.
 136          *
 137          * Does not throw.
 138          */
 139         explicit RootHelpTopic(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
 140             : helpModule_(helpModule)
 141         {
 142         }
 143
 144         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
 145
 146     private:
 147         const CommandLineHelpModuleImpl  &helpModule_;
 148
 149         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(RootHelpTopic);
 150 };
 151
 152 void RootHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext &context) const
 153 {
 154     if (context.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
 155     {
 156         // TODO: Implement once the situation with Redmine issue #969 is more
 157         // clear.
 158         GMX_THROW(NotImplementedError(
 159                           "Root help is not implemented for this output format"));
 160     }
 161     {
 162         CommandLineCommonOptionsHolder optionsHolder;
 163         CommandLineHelpContext         cmdlineContext(*helpModule_.context_);
 164         cmdlineContext.setModuleDisplayName(helpModule_.binaryName_);
 165         optionsHolder.initOptions();
 166         // TODO: Add <command> [<args>] into the synopsis.
 167         CommandLineHelpWriter(*optionsHolder.options())
 168             .writeHelp(cmdlineContext);
 169     }
 170     // TODO: Consider printing a list of "core" commands. Would require someone
 171     // to determine such a set...
 172     writeSubTopicList(context,
 173                       "Additional help is available on the following topics:");
 174     context.writeTextBlock(
 175             "To access the help, use '[PROGRAM] help <topic>'.[BR]"
 176             "For help on a command, use '[PROGRAM] help <command>'.");
 177 }
 178
 179 /********************************************************************
 180  * CommandsHelpTopic
 181  */
 182
 183 /*! \brief
 184  * Help topic for listing the commands.
 185  *
 186  * \ingroup module_commandline
 187  */
 188 class CommandsHelpTopic : public HelpTopicInterface
 189 {
 190     public:
 191         /*! \brief
 192          * Creates a command list help topic.
 193          *
 194          * \param[in]     helpModule Help module to get module information from.
 195          *
 196          * Does not throw.
 197          */
 198         explicit CommandsHelpTopic(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
 199             : helpModule_(helpModule)
 200         {
 201         }
 202
 203         virtual const char *name() const { return "commands"; }
 204         virtual const char *title() const { return "List of available commands"; }
 205         virtual bool hasSubTopics() const { return false; }
 206         virtual const HelpTopicInterface *findSubTopic(const char * /*name*/) const
 207         {
 208             return NULL;
 209         }
 210
 211         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
 212
 213     private:
 214         const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule_;
 215
 216         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(CommandsHelpTopic);
 217 };
 218
 219 void CommandsHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext &context) const
 220 {
 221     if (context.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
 222     {
 223         GMX_THROW(NotImplementedError(
 224                           "Module list is not implemented for this output format"));
 225     }
 226     int maxNameLength = 0;
 227     const CommandLineModuleMap           &modules = helpModule_.modules_;
 228     CommandLineModuleMap::const_iterator  module;
 229     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
 230     {
 231         int nameLength = static_cast<int>(module->first.length());
 232         if (module->second->shortDescription() != NULL
 233             && nameLength > maxNameLength)
 234         {
 235             maxNameLength = nameLength;
 236         }
 237     }
 238     context.writeTextBlock(
 239             "Usage: [PROGRAM] [<options>] <command> [<args>][PAR]"
 240             "Available commands:");
 241     File              &file = context.outputFile();
 242     TextTableFormatter formatter;
 243     formatter.addColumn(NULL, maxNameLength + 1, false);
 244     formatter.addColumn(NULL, 72 - maxNameLength, true);
 245     formatter.setFirstColumnIndent(4);
 246     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
 247     {
 248         const char *name        = module->first.c_str();
 249         const char *description = module->second->shortDescription();
 250         if (description != NULL)
 251         {
 252             formatter.clear();
 253             formatter.addColumnLine(0, name);
 254             formatter.addColumnLine(1, description);
 255             file.writeString(formatter.formatRow());
 256         }
 257     }
 258     context.writeTextBlock(
 259             "For help on a command, use '[PROGRAM] help <command>'.");
 260 }
 261
 262 /********************************************************************
 263  * ModuleHelpTopic
 264  */
 265
 266 /*! \brief
 267  * Help topic wrapper for a command-line module.
 268  *
 269  * This class implements HelpTopicInterface such that it wraps a
 270  * CommandLineModuleInterface, allowing subcommand "help <command>"
 271  * to produce the help for "<command>".
 272  *
 273  * \ingroup module_commandline
 274  */
 275 class ModuleHelpTopic : public HelpTopicInterface
 276 {
 277     public:
 278         //! Constructs a help topic for a specific module.
 279         ModuleHelpTopic(const CommandLineModuleInterface &module,
 280                         const CommandLineHelpModuleImpl  &helpModule)
 281             : module_(module), helpModule_(helpModule)
 282         {
 283         }
 284
 285         virtual const char *name() const { return module_.name(); }
 286         virtual const char *title() const { return NULL; }
 287         virtual bool hasSubTopics() const { return false; }
 288         virtual const HelpTopicInterface *findSubTopic(const char * /*name*/) const
 289         {
 290             return NULL;
 291         }
 292         virtual void writeHelp(const HelpWriterContext &context) const;
 293
 294     private:
 295         const CommandLineModuleInterface &module_;
 296         const CommandLineHelpModuleImpl  &helpModule_;
 297
 298         GMX_DISALLOW_COPY_AND_ASSIGN(ModuleHelpTopic);
 299 };
 300
 301 void ModuleHelpTopic::writeHelp(const HelpWriterContext & /*context*/) const
 302 {
 303     CommandLineHelpContext context(*helpModule_.context_);
 304     const char *const      program = helpModule_.binaryName_.c_str();
 305     context.setModuleDisplayName(formatString("%s %s", program, module_.name()));
 306     module_.writeHelp(context);
 307 }
 308
 309 /********************************************************************
 310  * HelpExportInterface
 311  */
 312
 313 /*! \brief
 314  * Callbacks for exporting help information for command-line modules.
 315  *
 316  * \ingroup module_commandline
 317  */
 318 class HelpExportInterface
 319 {
 320     public:
 321         //! Shorthand for a list of modules contained in a group.
 322         typedef CommandLineModuleGroupData::ModuleList ModuleGroupContents;
 323
 324         virtual ~HelpExportInterface() {};
 325
 326         /*! \brief
 327          * Called once before exporting individual modules.
 328          *
 329          * Can, e.g., open shared output files (e.g., if the output is written
 330          * into a single file, or if a separate index is required) and write
 331          * headers into them.
 332          */
 333         virtual void startModuleExport() = 0;
 334         /*! \brief
 335          * Called to export the help for each module.
 336          *
 337          * \param[in] module      Module for which the help should be exported.
 338          * \param[in] tag         Unique tag for the module (gmx-something).
 339          * \param[in] displayName Display name for the module (gmx something).
 340          */
 341         virtual void exportModuleHelp(
 342             const CommandLineModuleInterface &module,
 343             const std::string                &tag,
 344             const std::string                &displayName) = 0;
 345         /*! \brief
 346          * Called after all modules have been exported.
 347          *
 348          * Can close files opened in startModuleExport(), write footers to them
 349          * etc.
 350          */
 351         virtual void finishModuleExport() = 0;
 352
 353         /*! \brief
 354          * Called once before exporting module groups.
 355          *
 356          * Can, e.g., open a single output file for listing all the groups.
 357          */
 358         virtual void startModuleGroupExport() = 0;
 359         /*! \brief
 360          * Called to export the help for each module group.
 361          *
 362          * \param[in] title    Title for the group.
 363          * \param[in] modules  List of modules in the group.
 364          */
 365         virtual void exportModuleGroup(const char                *title,
 366                                        const ModuleGroupContents &modules) = 0;
 367         /*! \brief
 368          * Called after all module groups have been exported.
 369          *
 370          * Can close files opened in startModuleGroupExport(), write footers to them
 371          * etc.
 372          */
 373         virtual void finishModuleGroupExport() = 0;
 374 };
 375
 376 /*! \internal \brief
 377  * Adds hyperlinks to modules within this binary.
 378  *
 379  * \param[in,out] links      Links are added here.
 380  * \param[in]     helpModule Help module to get module information from.
 381  * \throws        std::bad_alloc if out of memory.
 382  *
 383  * Initializes a HelpLinks object with links to modules defined in
 384  * \p helpModule.
 385  *
 386  * \ingroup module_commandline
 387  */
 388 void initProgramLinks(HelpLinks *links, const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
 389 {
 390     const char *const                    program = helpModule.binaryName_.c_str();
 391     CommandLineModuleMap::const_iterator module;
 392     for (module = helpModule.modules_.begin();
 393          module != helpModule.modules_.end();
 394          ++module)
 395     {
 396         if (module->second->shortDescription() != NULL)
 397         {
 398             std::string linkName("[gmx-" + module->first + "]");
 399             const char *name = module->first.c_str();
 400             std::string reference(
 401                     formatString(":doc:`%s %s <%s-%s>`", program, name, program, name));
 402             std::string displayName(
 403                     formatString("[TT]%s %s[tt]", program, name));
 404             links->addLink(linkName, reference, displayName);
 405         }
 406     }
 407 }
 408
 409 /********************************************************************
 410  * HelpExportReStructuredText
 411  */
 412
 413 /*! \internal \brief
 414  * Implements export for web pages as reStructuredText.
 415  *
 416  * \ingroup module_commandline
 417  */
 418 class HelpExportReStructuredText : public HelpExportInterface
 419 {
 420     public:
 421         //! Initializes reST exporter.
 422         explicit HelpExportReStructuredText(
 423             const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule);
 424
 425         virtual void startModuleExport();
 426         virtual void exportModuleHelp(
 427             const CommandLineModuleInterface &module,
 428             const std::string                &tag,
 429             const std::string                &displayName);
 430         virtual void finishModuleExport();
 431
 432         virtual void startModuleGroupExport();
 433         virtual void exportModuleGroup(const char                *title,
 434                                        const ModuleGroupContents &modules);
 435         virtual void finishModuleGroupExport();
 436
 437     private:
 438         HelpLinks                links_;
 439         boost::scoped_ptr<File>  indexFile_;
 440         boost::scoped_ptr<File>  manPagesFile_;
 441 };
 442
 443 HelpExportReStructuredText::HelpExportReStructuredText(
 444         const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
 445     : links_(eHelpOutputFormat_Rst)
 446 {
 447     File             linksFile("links.dat", "r");
 448     std::string      line;
 449     while (linksFile.readLine(&line))
 450     {
 451         links_.addLink("[REF]." + line + "[ref]",
 452                        formatString(":ref:`.%s <%s>`", line.c_str(), line.c_str()),
 453                        line);
 454         links_.addLink("[REF]" + line + "[ref]", formatString(":ref:`%s`", line.c_str()), line);
 455     }
 456     linksFile.close();
 457     initProgramLinks(&links_, helpModule);
 458 }
 459
 460 void HelpExportReStructuredText::startModuleExport()
 461 {
 462     indexFile_.reset(new File("programs/byname.rst", "w"));
 463     indexFile_->writeLine("Tools by Name");
 464     indexFile_->writeLine("=============");
 465     manPagesFile_.reset(new File("conf-man.py", "w"));
 466     manPagesFile_->writeLine("man_pages = [");
 467 }
 468
 469 void HelpExportReStructuredText::exportModuleHelp(
 470         const CommandLineModuleInterface &module,
 471         const std::string                &tag,
 472         const std::string                &displayName)
 473 {
 474     // TODO: Ideally, the file would only be touched if it really changes.
 475     // This would make Sphinx reruns much faster.
 476     File file("programs/" + tag + ".rst", "w");
 477     file.writeLine(formatString(".. _%s:", displayName.c_str()));
 478     file.writeLine();
 479     file.writeLine(displayName);
 480     file.writeLine(std::string(displayName.length(), '='));
 481     CommandLineHelpContext context(&file, eHelpOutputFormat_Rst, &links_);
 482     context.setModuleDisplayName(displayName);
 483     module.writeHelp(context);
 484
 485     file.writeLine();
 486     file.writeLine(".. only:: man");
 487     file.writeLine();
 488     file.writeLine("   See also");
 489     file.writeLine("   --------");
 490     file.writeLine();
 491     file.writeLine("   :manpage:`gromacs(7)`");
 492     file.writeLine();
 493     file.writeLine("   More information about |Gromacs| is available at <http://www.gromacs.org/>.");
 494     file.close();
 495
 496     indexFile_->writeLine(formatString("* :doc:`%s <%s>` - %s",
 497                                        displayName.c_str(), tag.c_str(),
 498                                        module.shortDescription()));
 499     manPagesFile_->writeLine(
 500             formatString("    ('programs/%s', '%s', \"%s\", '', 1),",
 501                          tag.c_str(), tag.c_str(), module.shortDescription()));
 502 }
 503
 504 void HelpExportReStructuredText::finishModuleExport()
 505 {
 506     indexFile_->close();
 507     indexFile_.reset();
 508     manPagesFile_->writeLine("    ('man/gromacs.7', 'gromacs', 'molecular dynamics simulation suite', '', 7)");
 509     manPagesFile_->writeLine("]");
 510     manPagesFile_->close();
 511     manPagesFile_.reset();
 512 }
 513
 514 void HelpExportReStructuredText::startModuleGroupExport()
 515 {
 516     indexFile_.reset(new File("programs/bytopic.rst", "w"));
 517     indexFile_->writeLine("Tools by Topic");
 518     indexFile_->writeLine("==============");
 519     manPagesFile_.reset(new File("man/bytopic.rst", "w"));
 520 }
 521
 522 void HelpExportReStructuredText::exportModuleGroup(
 523         const char                *title,
 524         const ModuleGroupContents &modules)
 525 {
 526     indexFile_->writeLine(title);
 527     indexFile_->writeLine(std::string(std::strlen(title), '-'));
 528     manPagesFile_->writeLine(title);
 529     manPagesFile_->writeLine(std::string(std::strlen(title), '+'));
 530
 531     ModuleGroupContents::const_iterator module;
 532     for (module = modules.begin(); module != modules.end(); ++module)
 533     {
 534         const std::string     &tag(module->first);
 535         std::string            displayName(tag);
 536         // TODO: This does not work if the binary name would contain a dash,
 537         // but that is not currently the case.
 538         const size_t           dashPos = displayName.find('-');
 539         GMX_RELEASE_ASSERT(dashPos != std::string::npos,
 540                            "There should always be at least one dash in the tag");
 541         displayName[dashPos] = ' ';
 542         indexFile_->writeLine(formatString("| :doc:`%s <%s>` - %s",
 543                                            displayName.c_str(), tag.c_str(),
 544                                            module->second));
 545         manPagesFile_->writeLine(formatString("| ``%s`` - %s",
 546                                               displayName.c_str(),
 547                                               module->second));
 548     }
 549     indexFile_->writeLine();
 550     manPagesFile_->writeLine();
 551 }
 552
 553 void HelpExportReStructuredText::finishModuleGroupExport()
 554 {
 555     indexFile_->close();
 556     indexFile_.reset();
 557     manPagesFile_->close();
 558     manPagesFile_.reset();
 559 }
 560
 561 /********************************************************************
 562  * HelpExportCompletion
 563  */
 564
 565 /*! \internal \brief
 566  * Implements export for command-line completion.
 567  *
 568  * \ingroup module_commandline
 569  */
 570 class HelpExportCompletion : public HelpExportInterface
 571 {
 572     public:
 573         //! Initializes completion exporter.
 574         explicit HelpExportCompletion(const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule);
 575
 576         virtual void startModuleExport();
 577         virtual void exportModuleHelp(
 578             const CommandLineModuleInterface &module,
 579             const std::string                &tag,
 580             const std::string                &displayName);
 581         virtual void finishModuleExport();
 582
 583         virtual void startModuleGroupExport() {}
 584         virtual void exportModuleGroup(const char                * /*title*/,
 585                                        const ModuleGroupContents & /*modules*/) {}
 586         virtual void finishModuleGroupExport() {}
 587
 588     private:
 589         ShellCompletionWriter    bashWriter_;
 590         std::vector<std::string> modules_;
 591 };
 592
 593 HelpExportCompletion::HelpExportCompletion(
 594         const CommandLineHelpModuleImpl &helpModule)
 595     : bashWriter_(helpModule.binaryName_, eShellCompletionFormat_Bash)
 596 {
 597 }
 598
 599 void HelpExportCompletion::startModuleExport()
 600 {
 601     bashWriter_.startCompletions();
 602 }
 603
 604 void HelpExportCompletion::exportModuleHelp(
 605         const CommandLineModuleInterface &module,
 606         const std::string                 & /*tag*/,
 607         const std::string                 & /*displayName*/)
 608 {
 609     modules_.push_back(module.name());
 610     {
 611         CommandLineHelpContext context(&bashWriter_);
 612         // We use the display name to pass the name of the module to the
 613         // completion writer.
 614         context.setModuleDisplayName(module.name());
 615         module.writeHelp(context);
 616     }
 617 }
 618
 619 void HelpExportCompletion::finishModuleExport()
 620 {
 621     CommandLineCommonOptionsHolder optionsHolder;
 622     optionsHolder.initOptions();
 623     bashWriter_.writeWrapperCompletions(modules_, *optionsHolder.options());
 624     bashWriter_.finishCompletions();
 625 }
 626
 627 }   // namespace
 628
 629 /********************************************************************
 630  * CommandLineHelpModuleImpl implementation
 631  */
 632 CommandLineHelpModuleImpl::CommandLineHelpModuleImpl(
 633         const ProgramContextInterface    &programContext,
 634         const std::string                &binaryName,
 635         const CommandLineModuleMap       &modules,
 636         const CommandLineModuleGroupList &groups)
 637     : rootTopic_(new RootHelpTopic(*this)), programContext_(programContext),
 638       binaryName_(binaryName), modules_(modules), groups_(groups),
 639       context_(NULL), moduleOverride_(NULL), bHidden_(false),
 640       outputOverride_(NULL)
 641 {
 642 }
 643
 644 void CommandLineHelpModuleImpl::exportHelp(HelpExportInterface *exporter) const
 645 {
 646     // TODO: Would be nicer to have the file names supplied by the build system
 647     // and/or export a list of files from here.
 648     const char *const program = binaryName_.c_str();
 649
 650     exporter->startModuleExport();
 651     CommandLineModuleMap::const_iterator module;
 652     for (module = modules_.begin(); module != modules_.end(); ++module)
 653     {
 654         if (module->second->shortDescription() != NULL)
 655         {
 656             const char *const moduleName = module->first.c_str();
 657             std::string       tag(formatString("%s-%s", program, moduleName));
 658             std::string       displayName(formatString("%s %s", program, moduleName));
 659             exporter->exportModuleHelp(*module->second, tag, displayName);
 660         }
 661     }
 662     exporter->finishModuleExport();
 663
 664     exporter->startModuleGroupExport();
 665     CommandLineModuleGroupList::const_iterator group;
 666     for (group = groups_.begin(); group != groups_.end(); ++group)
 667     {
 668         exporter->exportModuleGroup((*group)->title(), (*group)->modules());
 669     }
 670     exporter->finishModuleGroupExport();
 671 }
 672
 673 /********************************************************************
 674  * CommandLineHelpModule
 675  */
 676
 677 CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule(
 678         const ProgramContextInterface    &programContext,
 679         const std::string                &binaryName,
 680         const CommandLineModuleMap       &modules,
 681         const CommandLineModuleGroupList &groups)
 682     : impl_(new Impl(programContext, binaryName, modules, groups))
 683 {
 684 }
 685
 686 CommandLineHelpModule::~CommandLineHelpModule()
 687 {
 688 }
 689
 690 HelpTopicPointer CommandLineHelpModule::createModuleHelpTopic(
 691         const CommandLineModuleInterface &module) const
 692 {
 693     return HelpTopicPointer(new ModuleHelpTopic(module, *impl_));
 694 }
 695
 696 void CommandLineHelpModule::addTopic(HelpTopicPointer topic)
 697 {
 698     impl_->rootTopic_->addSubTopic(move(topic));
 699 }
 700
 701 void CommandLineHelpModule::setShowHidden(bool bHidden)
 702 {
 703     impl_->bHidden_ = bHidden;
 704 }
 705
 706 void CommandLineHelpModule::setModuleOverride(
 707         const CommandLineModuleInterface &module)
 708 {
 709     impl_->moduleOverride_ = &module;
 710 }
 711
 712 void CommandLineHelpModule::setOutputRedirect(File *output)
 713 {
 714     impl_->outputOverride_ = output;
 715 }
 716
 717 int CommandLineHelpModule::run(int argc, char *argv[])
 718 {
 719     // Add internal topics lazily here.
 720     addTopic(HelpTopicPointer(new CommandsHelpTopic(*impl_)));
 721
 722     const char *const exportFormats[] = { "rst", "completion" };
 723     std::string       exportFormat;
 724     Options           options(NULL, NULL);
 725     options.addOption(StringOption("export").store(&exportFormat)
 726                           .enumValue(exportFormats));
 727     CommandLineParser(&options).parse(&argc, argv);
 728     if (!exportFormat.empty())
 729     {
 730         boost::scoped_ptr<HelpExportInterface> exporter;
 731         if (exportFormat == "rst")
 732         {
 733             exporter.reset(new HelpExportReStructuredText(*impl_));
 734         }
 735         else if (exportFormat == "completion")
 736         {
 737             exporter.reset(new HelpExportCompletion(*impl_));
 738         }
 739         else
 740         {
 741             GMX_THROW(NotImplementedError("This help format is not implemented"));
 742         }
 743         impl_->exportHelp(exporter.get());
 744         return 0;
 745     }
 746
 747     File *outputFile = &File::standardOutput();
 748     if (impl_->outputOverride_ != NULL)
 749     {
 750         outputFile = impl_->outputOverride_;
 751     }
 752     HelpLinks                                 links(eHelpOutputFormat_Console);
 753     initProgramLinks(&links, *impl_);
 754     boost::scoped_ptr<CommandLineHelpContext> context(
 755             new CommandLineHelpContext(outputFile,
 756                                        eHelpOutputFormat_Console, &links));
 757     context->setShowHidden(impl_->bHidden_);
 758     if (impl_->moduleOverride_ != NULL)
 759     {
 760         context->setModuleDisplayName(impl_->programContext_.displayName());
 761         impl_->moduleOverride_->writeHelp(*context);
 762         return 0;
 763     }
 764     impl_->context_ = context.get();
 765
 766     HelpManager helpManager(*impl_->rootTopic_, context->writerContext());
 767     try
 768     {
 769         for (int i = 1; i < argc; ++i)
 770         {
 771             helpManager.enterTopic(argv[i]);
 772         }
 773     }
 774     catch (const InvalidInputError &ex)
 775     {
 776         fprintf(stderr, "%s\n", ex.what());
 777         return 2;
 778     }
 779     helpManager.writeCurrentTopic();
 780     return 0;
 781 }
 782
 783 void CommandLineHelpModule::writeHelp(const CommandLineHelpContext &context) const
 784 {
 785     const HelpWriterContext &writerContext = context.writerContext();
 786     // TODO: Implement.
 787     if (writerContext.outputFormat() != eHelpOutputFormat_Console)
 788     {
 789         return;
 790     }
 791     writerContext.writeTextBlock(
 792             "Usage: [PROGRAM] help [<command>|<topic> [<subtopic> [...]]]");
 793     // TODO: More information.
 794 }
 795
 796 } // namespace gmx