src/gromacs/awh/read-params.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \libinternal \file
  37  *
  38  * \brief
  39  * Declares functions needed for reading, initializing and setting the AWH parameter data types.
  40  *
  41  * \author Viveca Lindahl
  42  * \inlibraryapi
  43  * \ingroup module_awh
  44  */
  45
  46 #ifndef GMX_AWH_READPARAMS_H
  47 #define GMX_AWH_READPARAMS_H
  48
  49 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  50 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  51
  52 struct t_grpopts;
  53 struct t_inputrec;
  54 struct pull_params_t;
  55 struct pull_t;
  56
  57 namespace gmx
  58 {
  59 struct AwhParams;
  60
  61 /*! \brief Allocate, initialize and check the AWH parameters with values from the input file.
  62  *
  63  * \param[in,out] inp          Input file entries.
  64  * \param[in]     inputrec     Input parameter struct.
  65  * \param[in,out] wi           Struct for bookeeping warnings.
  66  * \returns AWH parameters.
  67  */
  68 AwhParams *readAndCheckAwhParams(std::vector<t_inpfile> *inp,
  69                                  const t_inputrec       *inputrec,
  70                                  warninp_t               wi);
  71
  72
  73 /*! \brief
  74  * Sets AWH parameters that need state parameters such as the box vectors.
  75  *
  76  * \param[in,out] awhParams             AWH parameters.
  77  * \param[in]     pull_params           Pull parameters.
  78  * \param[in,out] pull_work             Pull working struct to register AWH bias in.
  79  * \param[in]     box                   Box vectors.
  80  * \param[in]     ePBC                  Periodic boundary conditions enum.
  81  * \param[in]     inputrecGroupOptions  Parameters for atom groups.
  82  * \param[in,out] wi                    Struct for bookeeping warnings.
  83  *
  84  * \note This function currently relies on the function set_pull_init to have been called.
  85  */
  86 void setStateDependentAwhParams(AwhParams           *awhParams,
  87                                 const pull_params_t *pull_params,
  88                                 pull_t              *pull_work,
  89                                 const matrix         box,
  90                                 int                  ePBC,
  91                                 const t_grpopts     *inputrecGroupOptions,
  92                                 warninp_t            wi);
  93
  94 }      // namespace gmx
  95
  96 #endif /* GMX_AWH_READPARAMS_H */