src/gromacs/awh/histogramsize.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief
  39  * Declares the HistogramSize class.
  40  *
  41  * The data members of this class keep track of global size and update related
  42  * properties of the bias histogram and the evolution of the histogram size.
  43  * Initially histogramSize_ (and thus the convergence rate) is controlled
  44  * heuristically to get good initial estimates,  i.e. increase the robustness
  45  * of the method.
  46  *
  47  * \author Viveca Lindahl
  48  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  49  * \ingroup module_awh
  50  */
  51
  52 #ifndef GMX_AWH_HISTOGRAMSIZE_H
  53 #define GMX_AWH_HISTOGRAMSIZE_H
  54
  55 #include <cstdio>
  56
  57 #include <vector>
  58
  59 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  60 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  61
  62 namespace gmx
  63 {
  64
  65 struct AwhBiasStateHistory;
  66 struct AwhBiasParams;
  67 class BiasParams;
  68 class PointState;
  69
  70 /*! \internal
  71  * \brief Tracks global size related properties of the bias histogram.
  72  *
  73  * Tracks the number of updates and the histogram size.
  74  * Also keep track of the stage (initial/final of the AWH method
  75  * and printing warnings about covering.
  76  *
  77  * \note Histogram sizes are floating-point values, since the histogram uses weighted
  78  *        entries and we can assign a floating-point scaling factor when changing it.
  79  */
  80 class HistogramSize
  81 {
  82 public:
  83     /*! \brief Constructor.
  84      *
  85      * \param[in] awhBiasParams         The Bias parameters from inputrec.
  86      * \param[in] histogramSizeInitial  The initial histogram size.
  87      */
  88     HistogramSize(const AwhBiasParams& awhBiasParams, double histogramSizeInitial);
  89
  90 private:
  91     /*! \brief
  92      * Returns the new size of the reference weight histogram in the initial stage.
  93      *
  94      * This function also takes care resetting the histogram used for covering checks
  95      * and for exiting the initial stage.
  96      *
  97      * \param[in]     params             The bias parameters.
  98      * \param[in]     t                  Time.
  99      * \param[in]     detectedCovering   True if we detected that the sampling interval has been
 100      * sufficiently covered. \param[in,out] weightsumCovering  The weight sum for checking covering.
 101      * \param[in,out] fplog              Log file.
 102      * \returns the new histogram size.
 103      */
 104     double newHistogramSizeInitialStage(const BiasParams& params,
 105                                         double            t,
 106                                         bool              detectedCovering,
 107                                         ArrayRef<double>  weightsumCovering,
 108                                         FILE*             fplog);
 109
 110 public:
 111     /*! \brief
 112      * Return the new reference weight histogram size for the current update.
 113      *
 114      * This function also takes care of checking for covering in the initial stage.
 115      *
 116      * \param[in]     params             The bias parameters.
 117      * \param[in]     t                  Time.
 118      * \param[in]     covered            True if the sampling interval has been covered enough.
 119      * \param[in]     pointStates        The state of the grid points.
 120      * \param[in,out] weightsumCovering  The weight sum for checking covering.
 121      * \param[in,out] fplog              Log file.
 122      * \returns the new histogram size.
 123      */
 124     double newHistogramSize(const BiasParams&              params,
 125                             double                         t,
 126                             bool                           covered,
 127                             const std::vector<PointState>& pointStates,
 128                             ArrayRef<double>               weightsumCovering,
 129                             FILE*                          fplog);
 130
 131     /*! \brief Restores the histogram size from history.
 132      *
 133      * \param[in] stateHistory  The AWH bias state history.
 134      */
 135     void restoreFromHistory(const AwhBiasStateHistory& stateHistory);
 136
 137     /*! \brief Store the histogram size state in a history struct.
 138      *
 139      * \param[in,out] stateHistory  The AWH bias state history.
 140      */
 141     void storeState(AwhBiasStateHistory* stateHistory) const;
 142
 143     /*! \brief Returns the number of updates since the start of the simulation.
 144      */
 145     int numUpdates() const { return numUpdates_; }
 146
 147     /*! \brief Increments the number of updates by 1.
 148      */
 149     void incrementNumUpdates() { numUpdates_ += 1; }
 150
 151     /*! \brief Returns the histogram size.
 152      */
 153     double histogramSize() const { return histogramSize_; }
 154
 155     /*! \brief Sets the histogram size.
 156      *
 157      * \param[in] histogramSize                 The new histogram size.
 158      * \param[in] weightHistogramScalingFactor  The factor to scale the weight by.
 159      */
 160     void setHistogramSize(double histogramSize, double weightHistogramScalingFactor);
 161
 162     /*! \brief Returns true if we are in the initial stage of the AWH method.
 163      */
 164     bool inInitialStage() const { return inInitialStage_; }
 165
 166     /*! \brief Returns The log of the current sample weight, scaled because of the histogram rescaling.
 167      */
 168     double logScaledSampleWeight() const { return logScaledSampleWeight_; }
 169
 170 private:
 171     int64_t numUpdates_; /**< The number of updates performed since the start of the simulation. */
 172
 173     /* The histogram size sets the update size and so controls the convergence rate of the free energy and bias. */
 174     double histogramSize_; /**< Size of reference weight histogram. */
 175
 176     /* Values that control the evolution of the histogram size. */
 177     bool   inInitialStage_;       /**< True if in the intial stage. */
 178     bool   equilibrateHistogram_; /**< True if samples are kept from accumulating until the sampled distribution is close enough to the target. */
 179     double logScaledSampleWeight_; /**< The log of the current sample weight, scaled because of the histogram rescaling. */
 180     double maxLogScaledSampleWeight_; /**< Maximum sample weight obtained for previous (smaller) histogram sizes. */
 181
 182     /* Bool to avoid printing multiple, not so useful, messages to log */
 183     bool havePrintedAboutCovering_; /**< True if we have printed about covering to the log while equilibrateHistogram==true */
 184 };
 185
 186 } // namespace gmx
 187
 188 #endif /* GMX_AWH_HISTOGRAMSIZE_H */