src/gromacs/awh/biasparams.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief
  39  * Declares the BiasParams class.
  40  *
  41  * This class holds the parameters for the bias. Most are direct copies
  42  * of the input that the user provided. Some are a combination of user
  43  * input and properties of the simulated system.
  44  *
  45  * \author Viveca Lindahl
  46  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  47  * \ingroup module_awh
  48  */
  49
  50 #ifndef GMX_AWH_BIASPARAMS_H
  51 #define GMX_AWH_BIASPARAMS_H
  52
  53 #include <vector>
  54
  55 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  56 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  57
  58 #include "dimparams.h"
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62
  63 struct AwhBiasParams;
  64 struct AwhParams;
  65 struct DimParams;
  66 class GridAxis;
  67
  68 /*! \internal \brief Constant parameters for the bias.
  69  */
  70 class BiasParams
  71 {
  72 public:
  73     /*! \brief Switch to turn off update skips, useful for testing.
  74      */
  75     enum class DisableUpdateSkips
  76     {
  77         no, /**< Allow update skips (when supported by the method) */
  78         yes /**< Disable update skips */
  79     };
  80
  81     /*! \brief
  82      * Check if the parameters permit skipping updates.
  83      *
  84      * Generally, we can skip updates of points that are non-local
  85      * at the time of the update if we for later times, when the points
  86      * with skipped updates have become local, know exactly how to apply
  87      * the previous updates. The free energy updates only depend
  88      * on local sampling, but the histogram rescaling factors
  89      * generally depend on the histogram size (all samples).
  90      * If the histogram size is kept constant or the scaling factors
  91      * are trivial, this is not a problem. However, if the histogram growth
  92      * is scaled down by some factor the size at the time of the update
  93      * needs to be known. It would be fairly simple to, for a deterministically
  94      * growing histogram, backtrack and calculate this value, but currently
  95      * we just disallow this case. This is not a restriction because it
  96      * only affects the local Boltzmann target type for which every update
  97      * is currently anyway global because the target is always updated globally.
  98      *
  99      * \returns true when we can skip updates.
 100      */
 101     inline bool skipUpdates() const { return (!disableUpdateSkips_ && localWeightScaling == 1); }
 102
 103     /*! \brief
 104      * Returns the radius that needs to be sampled around a point before it is considered covered.
 105      */
 106     inline const awh_ivec& coverRadius() const { return coverRadius_; }
 107
 108     /*! \brief
 109      * Returns whether we should sample the coordinate.
 110      *
 111      * \param[in] step  The MD step number.
 112      */
 113     inline bool isSampleCoordStep(int64_t step) const
 114     {
 115         return (step > 0 && step % numStepsSampleCoord_ == 0);
 116     }
 117
 118     /*! \brief
 119      * Returns whether we should update the free energy.
 120      *
 121      * \param[in] step  The MD step number.
 122      */
 123     inline bool isUpdateFreeEnergyStep(int64_t step) const
 124     {
 125         int stepIntervalUpdateFreeEnergy = numSamplesUpdateFreeEnergy_ * numStepsSampleCoord_;
 126         return (step > 0 && step % stepIntervalUpdateFreeEnergy == 0);
 127     }
 128
 129     /*! \brief
 130      * Returns whether we should update the target distribution.
 131      *
 132      * \param[in] step  The MD step number.
 133      */
 134     inline bool isUpdateTargetStep(int64_t step) const { return step % numStepsUpdateTarget_ == 0; }
 135
 136     /*! \brief
 137      * Returns if to do checks for covering in the initial stage.
 138      *
 139      * To avoid overhead due to expensive checks, we do not check
 140      * at every free energy update. However, if checks are
 141      * performed too rarely the detection of coverings will be
 142      * delayed, ultimately affecting free energy convergence.
 143      *
 144      * \param[in] step                  Time step.
 145      * \returns true at steps where checks should be performed.
 146      * \note  Only returns true at free energy update steps.
 147      */
 148     bool isCheckCoveringStep(int64_t step) const { return step % numStepsCheckCovering_ == 0; }
 149
 150     /*! \brief
 151      * Returns if to perform checks for anomalies in the histogram.
 152      *
 153      * To avoid overhead due to expensive checks, we do not check
 154      * at every free energy update. These checks are only used for
 155      * warning the user and can be made as infrequently as
 156      * neccessary without affecting the algorithm itself.
 157      *
 158      * \param[in] step                  Time step.
 159      * \returns true at steps where checks should be performed.
 160      * \note Only returns true at free energy update steps.
 161      * \todo Currently this function just calls isCheckCoveringStep but the checks could be done less frequently.
 162      */
 163     bool isCheckHistogramForAnomaliesStep(int64_t step) const { return isCheckCoveringStep(step); }
 164
 165     /*! \brief Constructor.
 166      *
 167      * The local Boltzmann target distibution is defined by
 168      * 1) Adding the sampled weights instead of the target weights to the reference weight histogram.
 169      * 2) Scaling the weights of these samples by the beta scaling factor.
 170      * 3) Setting the target distribution equal the reference weight histogram.
 171      * This requires the following special update settings:
 172      *   localWeightScaling      = targetParam
 173      *   idealWeighthistUpdate   = false
 174      * Note: these variables could in principle be set to something else also for other target distribution types.
 175      * However, localWeightScaling < 1  is in general expected to give lower efficiency and, except for local Boltzmann,
 176      * idealWeightHistUpdate = false gives (in my experience) unstable, non-converging results.
 177      *
 178      * \param[in] awhParams              AWH parameters.
 179      * \param[in] awhBiasParams          Bias parameters.
 180      * \param[in] dimParams              Bias dimension parameters.
 181      * \param[in] beta                   1/(k_B T) in units of 1/(kJ/mol), should be > 0.
 182      * \param[in] mdTimeStep             The MD time step.
 183      * \param[in] numSharingSimulations  The number of simulations to share the bias across.
 184      * \param[in] gridAxis               The grid axes.
 185      * \param[in] disableUpdateSkips     If to disable update skips, useful for testing.
 186      * \param[in] biasIndex              Index of the bias.
 187      */
 188     BiasParams(const AwhParams&              awhParams,
 189                const AwhBiasParams&          awhBiasParams,
 190                const std::vector<DimParams>& dimParams,
 191                double                        beta,
 192                double                        mdTimeStep,
 193                DisableUpdateSkips            disableUpdateSkips,
 194                int                           numSharingSimulations,
 195                const std::vector<GridAxis>&  gridAxis,
 196                int                           biasIndex);
 197
 198     /* Data members */
 199     const double invBeta; /**< 1/beta = kT in kJ/mol */
 200 private:
 201     const int64_t numStepsSampleCoord_; /**< Number of steps per coordinate value sample. */
 202 public:
 203     const int numSamplesUpdateFreeEnergy_; /**< Number of samples per free energy update. */
 204 private:
 205     const int64_t numStepsUpdateTarget_; /**< Number of steps per updating the target distribution. */
 206     const int64_t numStepsCheckCovering_; /**< Number of steps per checking for covering. */
 207 public:
 208     const int    eTarget;              /**< Type of target distribution. */
 209     const double freeEnergyCutoffInKT; /**< Free energy cut-off in kT for cut-off target distribution. */
 210     const double temperatureScaleFactor; /**< Temperature scaling factor for temperature scaled targed distributions. */
 211     const bool   idealWeighthistUpdate; /**< Update reference weighthistogram using the target distribution? Otherwise use the realized distribution. */
 212     const int    numSharedUpdate; /**< The number of (multi-)simulations sharing the bias update */
 213     const double updateWeight;    /**< The probability weight accumulated for each update. */
 214     const double localWeightScaling; /**< Scaling factor applied to a sample before adding it to the reference weight histogram (= 1, usually). */
 215     const double initialErrorInKT;   /**< Estimated initial free energy error in kT. */
 216     const double initialHistogramSize; /**< Initial reference weight histogram size. */
 217 private:
 218     awh_ivec coverRadius_; /**< The radius (in points) that needs to be sampled around a point before it is considered covered. */
 219 public:
 220     const bool convolveForce; /**< True if we convolve the force, false means use MC between umbrellas. */
 221     const int  biasIndex; /**< Index of the bias, used as a second random seed and for priting. */
 222 private:
 223     const bool disableUpdateSkips_; /**< If true, we disallow update skips, even when the method supports it. */
 224 };
 225
 226 } // namespace gmx
 227
 228 #endif /* GMX_AWH_BIASPARAMS_H */