src/gromacs/applied_forces/tests/densityfitting.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for functionality of the density fitting module.
  38  *
  39  * \author Christian Blau <blau@kth.se>
  40  * \ingroup module_applied_forces
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "gromacs/applied_forces/densityfitting.h"
  45
  46 #include <gtest/gtest.h>
  47
  48 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  49 #include "gromacs/math/paddedvector.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/enerdata.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/forceoutput.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/iforceprovider.h"
  54 #include "gromacs/mdtypes/imdmodule.h"
  55 #include "gromacs/mdtypes/imdpoptionprovider.h"
  56 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  57 #include "gromacs/options/options.h"
  58 #include "gromacs/options/treesupport.h"
  59 #include "gromacs/utility/keyvaluetreebuilder.h"
  60 #include "gromacs/utility/keyvaluetreetransform.h"
  61 #include "gromacs/utility/real.h"
  62 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  63 #include "gromacs/utility/stringcompare.h"
  64
  65 #include "testutils/testasserts.h"
  66 #include "testutils/testmatchers.h"
  67
  68 namespace gmx
  69 {
  70
  71 namespace
  72 {
  73
  74 TEST(DensityFittingTest, ForceOnSingleOption)
  75 {
  76     auto densityFittingModule(DensityFittingModuleInfo::create());
  77
  78     // Prepare MDP inputs
  79     KeyValueTreeBuilder      mdpValueBuilder;
  80     mdpValueBuilder.rootObject().addValue("density-guided-simulation-active", std::string("yes"));
  81     KeyValueTreeObject       densityFittingMdpValues = mdpValueBuilder.build();
  82
  83     // set up options
  84     Options densityFittingModuleOptions;
  85     densityFittingModule->mdpOptionProvider()->initMdpOptions(&densityFittingModuleOptions);
  86
  87     // Add rules to transform mdp inputs to densityFittingModule data
  88     KeyValueTreeTransformer transform;
  89     transform.rules()->addRule().keyMatchType("/", StringCompareType::CaseAndDashInsensitive);
  90     densityFittingModule->mdpOptionProvider()->initMdpTransform(transform.rules());
  91
  92     // Execute the transform on the mdpValues
  93     auto transformedMdpValues = transform.transform(densityFittingMdpValues, nullptr);
  94     assignOptionsFromKeyValueTree(&densityFittingModuleOptions, transformedMdpValues.object(), nullptr);
  95
  96     // Build the force provider, once all input data is gathered
  97     ForceProviders densityFittingForces;
  98     densityFittingModule->initForceProviders(&densityFittingForces);
  99
 100     // Build a minimal simulation system.
 101     t_mdatoms               mdAtoms;
 102     mdAtoms.homenr = 1;
 103     PaddedVector<RVec>      x             = {{0, 0, 0}};
 104     matrix                  simulationBox = {{0, 0, 0}, {0, 0, 0}, {0, 0, 0}};
 105     const double            t             = 0.0;
 106     t_commrec              *cr            = init_commrec();
 107     ForceProviderInput      forceProviderInput(x, mdAtoms, t, simulationBox, *cr);
 108
 109     // The forces that the force-provider is to update
 110     PaddedVector<RVec>       f = {{0, 0, 0}};
 111     ForceWithVirial          forceWithVirial(f, false);
 112
 113     gmx_enerdata_t           energyData(1, 0);
 114     ForceProviderOutput      forceProviderOutput(&forceWithVirial, &energyData);
 115
 116     // update the forces
 117     densityFittingForces.calculateForces(forceProviderInput, &forceProviderOutput);
 118
 119     // check that calculated forces match expected forces
 120     std::vector<RVec> expectedForce = {{0, 0, 0}};
 121     EXPECT_THAT(expectedForce, Pointwise(test::RVecEq(test::defaultFloatTolerance()),
 122                                          forceProviderOutput.forceWithVirial_.force_));
 123
 124     // clean up C-style commrec, so this test leaks no memory
 125     // \todo remove once commrec manages its own memory
 126     done_commrec(cr);
 127 }
 128
 129 } // namespace
 130
 131 } // namespace gmx