src/gromacs/applied_forces/awh/tests/awh_setup.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifndef GMX_AWH_TEST_SETUP_H
  36 #define GMX_AWH_TEST_SETUP_H
  37
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <memory>
  41 #include <vector>
  42
  43 #include "gromacs/applied_forces/awh/bias.h"
  44 #include "gromacs/mdtypes/awh_params.h"
  45
  46 namespace gmx
  47 {
  48
  49 template<typename>
  50 class ArrayRef;
  51
  52 namespace test
  53 {
  54
  55 /*! \internal \brief
  56  * Prepare a memory buffer with serialized AwhDimParams.
  57  */
  58 std::vector<char> awhDimParamSerialized(
  59         AwhCoordinateProviderType inputCoordinateProvider = AwhCoordinateProviderType::Pull,
  60         int                       inputCoordIndex         = 0,
  61         double                    inputOrigin             = 0.5,
  62         double                    inputEnd                = 1.5,
  63         double                    inputPeriod             = 0,
  64         // Correction for removal of GaussianGeometryFactor/2 in histogram size
  65         double inputDiffusion = 0.1 / (0.144129616073222 * 2));
  66
  67 /*! \internal \brief
  68  * Struct that gathers all input for setting up and using a Bias
  69  */
  70 struct AwhTestParameters
  71 {
  72     explicit AwhTestParameters(ISerializer* serializer);
  73     //! Move constructor
  74     AwhTestParameters(AwhTestParameters&& o) noexcept :
  75         beta(o.beta), awhParams(std::move(o.awhParams)), dimParams(std::move(o.dimParams))
  76     {
  77     }
  78     //! 1/(kB*T).
  79     double beta;
  80
  81     //! AWH parameters, this is the struct to actually use.
  82     AwhParams awhParams;
  83     //! Dimension parameters for setting up Bias.
  84     std::vector<DimParams> dimParams;
  85 };
  86
  87 /*! \brief
  88  * Helper function to set up the C-style AWH parameters for the test.
  89  *
  90  * Builds the test input data from serialized data.
  91  */
  92 AwhTestParameters getAwhTestParameters(AwhHistogramGrowthType            eawhgrowth,
  93                                        AwhPotentialType                  eawhpotential,
  94                                        ArrayRef<const std::vector<char>> dimensionParameterBuffers,
  95                                        bool                              inputUserData,
  96                                        double                            beta,
  97                                        bool                              useAwhFep,
  98                                        double                            inputErrorScaling,
  99                                        int                               numFepLambdaStates);
 100
 101 } // namespace test
 102 } // namespace gmx
 103
 104 #endif