src/gromacs/analysisdata/modules/frameaverager.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::AnalysisDataFrameAverager.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_analysisdata
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "frameaverager.h"
  45
  46 #include "gromacs/analysisdata/dataframe.h"
  47 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  48
  49 namespace gmx
  50 {
  51
  52 void AnalysisDataFrameAverager::setColumnCount(int columnCount)
  53 {
  54     GMX_RELEASE_ASSERT(columnCount >= 0, "Invalid column count");
  55     GMX_RELEASE_ASSERT(values_.empty(),
  56                        "Cannot initialize multiple times");
  57     values_.resize(columnCount);
  58 }
  59
  60 void AnalysisDataFrameAverager::addValue(int index, real value)
  61 {
  62     AverageItem &item  = values_[index];
  63     const double delta = value - item.average;
  64     item.samples    += 1;
  65     item.average    += delta / item.samples;
  66     item.squaredSum += delta * (value - item.average);
  67 }
  68
  69 void AnalysisDataFrameAverager::addPoints(const AnalysisDataPointSetRef &points)
  70 {
  71     const int firstColumn = points.firstColumn();
  72     GMX_ASSERT(static_cast<size_t>(firstColumn + points.columnCount()) <= values_.size(),
  73                "Initialized with too few columns");
  74     for (int i = 0; i < points.columnCount(); ++i)
  75     {
  76         if (points.present(i))
  77         {
  78             addValue(firstColumn + i, points.y(i));
  79         }
  80     }
  81
  82 }
  83
  84 void AnalysisDataFrameAverager::finish()
  85 {
  86     bFinished_ = true;
  87 }
  88
  89 } // namespace gmx