src/gromacs/analysisdata/arraydata.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in arraydata.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_analysisdata
  41  */
  42 #include "gromacs/analysisdata/arraydata.h"
  43
  44 #include <algorithm>
  45
  46 #include "gromacs/analysisdata/dataframe.h"
  47 #include "gromacs/analysisdata/datamodulemanager.h"
  48 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  49 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  50
  51 namespace gmx
  52 {
  53
  54 AbstractAnalysisArrayData::AbstractAnalysisArrayData()
  55     : rowCount_(0), pointSetInfo_(0, 0, 0, 0), xstep_(1.0),
  56       bUniformX_(true), bReady_(false)
  57 {
  58     xvalue_.push_back(0);
  59 }
  60
  61 AbstractAnalysisArrayData::~AbstractAnalysisArrayData()
  62 {
  63 }
  64
  65
  66 AnalysisDataFrameRef
  67 AbstractAnalysisArrayData::tryGetDataFrameInternal(int index) const
  68 {
  69     if (!isAllocated())
  70     {
  71         return AnalysisDataFrameRef();
  72     }
  73     std::vector<AnalysisDataValue>::const_iterator begin
  74         = value_.begin() + index * columnCount();
  75     return AnalysisDataFrameRef(
  76             AnalysisDataFrameHeader(index, xvalue(index), 0.0),
  77             constArrayRefFromVector<AnalysisDataValue>(begin, begin + columnCount()),
  78             constArrayRefFromArray(&pointSetInfo_, 1));
  79 }
  80
  81
  82 bool
  83 AbstractAnalysisArrayData::requestStorageInternal(int /*nframes*/)
  84 {
  85     return true;
  86 }
  87
  88
  89 void
  90 AbstractAnalysisArrayData::setColumnCount(int ncols)
  91 {
  92     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
  93                        "Cannot change column count after data has been allocated");
  94     AbstractAnalysisData::setColumnCount(0, ncols);
  95     pointSetInfo_ = AnalysisDataPointSetInfo(0, ncols, 0, 0);
  96 }
  97
  98
  99 void
 100 AbstractAnalysisArrayData::setRowCount(int rowCount)
 101 {
 102     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount > 0, "Invalid number of rows");
 103     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
 104                        "Cannot change row count after data has been allocated");
 105     GMX_RELEASE_ASSERT(bUniformX_ || rowCount_ == 0
 106                        || rowCount == static_cast<int>(xvalue_.size()),
 107                        "X axis set with setXAxisValue() does not match the row count");
 108     xvalue_.resize(rowCount);
 109     if (bUniformX_ && rowCount > rowCount_)
 110     {
 111         for (int i = rowCount_; i < rowCount; ++i)
 112         {
 113             xvalue_[i] = xvalue_[0] + i * xstep_;
 114         }
 115     }
 116     rowCount_ = rowCount;
 117 }
 118
 119
 120 void
 121 AbstractAnalysisArrayData::allocateValues()
 122 {
 123     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(), "Can only allocate values once");
 124     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount() > 0 && columnCount() > 0,
 125                        "Row and column counts must be set before allocating values");
 126     value_.resize(rowCount() * columnCount());
 127     std::vector<AnalysisDataValue>::iterator i;
 128     for (i = value_.begin(); i != value_.end(); ++i)
 129     {
 130         i->setValue(0.0);
 131     }
 132 }
 133
 134
 135 void
 136 AbstractAnalysisArrayData::setXAxis(real start, real step)
 137 {
 138     GMX_RELEASE_ASSERT(!bReady_, "X axis cannot be set after data is finished");
 139     xvalue_[0] = start;
 140     xstep_     = step;
 141     bUniformX_ = true;
 142     for (int i = 0; i < rowCount_; ++i)
 143     {
 144         xvalue_[i] = start + i * xstep_;
 145     }
 146 }
 147
 148
 149 void
 150 AbstractAnalysisArrayData::setXAxisValue(int row, real value)
 151 {
 152     GMX_RELEASE_ASSERT(!bReady_, "X axis cannot be set after data is finished");
 153     if (rowCount_ > 0)
 154     {
 155         GMX_RELEASE_ASSERT(row >= 0 && row < rowCount(), "Row index out of range");
 156     }
 157     else if (row >= static_cast<int>(xvalue_.size()))
 158     {
 159         xvalue_.resize(row + 1);
 160     }
 161     bUniformX_   = false;
 162     xstep_       = 0.0;
 163     xvalue_[row] = value;
 164 }
 165
 166
 167 void
 168 AbstractAnalysisArrayData::valuesReady()
 169 {
 170     GMX_RELEASE_ASSERT(isAllocated(), "There must be some data");
 171     if (bReady_)
 172     {
 173         return;
 174     }
 175     bReady_ = true;
 176
 177     std::vector<AnalysisDataValue>::const_iterator valueIter = value_.begin();
 178     AnalysisDataModuleManager                     &modules   = moduleManager();
 179     modules.notifyDataStart(this);
 180     for (int i = 0; i < rowCount(); ++i, valueIter += columnCount())
 181     {
 182         AnalysisDataFrameHeader header(i, xvalue(i), 0);
 183         modules.notifyFrameStart(header);
 184         modules.notifyPointsAdd(
 185                 AnalysisDataPointSetRef(
 186                         header, pointSetInfo_,
 187                         constArrayRefFromVector<AnalysisDataValue>(valueIter,
 188                                                                    valueIter + columnCount())));
 189         modules.notifyFrameFinish(header);
 190     }
 191     modules.notifyDataFinish();
 192 }
 193
 194
 195 void
 196 AbstractAnalysisArrayData::copyContents(const AbstractAnalysisArrayData *src,
 197                                         AbstractAnalysisArrayData       *dest)
 198 {
 199     GMX_RELEASE_ASSERT(src->isAllocated(), "Source data must not be empty");
 200     GMX_RELEASE_ASSERT(!dest->isAllocated(),
 201                        "Destination data must not be allocated");
 202     dest->setColumnCount(src->columnCount());
 203     dest->setRowCount(src->rowCount());
 204     dest->allocateValues();
 205     dest->xstep_     = src->xstep_;
 206     dest->bUniformX_ = src->bUniformX_;
 207     std::copy(src->xvalue_.begin(), src->xvalue_.end(), dest->xvalue_.begin());
 208     std::copy(src->value_.begin(), src->value_.end(), dest->value_.begin());
 209 }
 210
 211 } // namespace gmx