src/gromacs/analysisdata/arraydata.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Implements classes in arraydata.h.
  34  *
  35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  36  * \ingroup module_analysisdata
  37  */
  38 #include "gromacs/analysisdata/arraydata.h"
  39
  40 #include <algorithm>
  41
  42 #include "gromacs/analysisdata/dataframe.h"
  43 #include "gromacs/fatalerror/exceptions.h"
  44 #include "gromacs/fatalerror/gmxassert.h"
  45
  46 namespace gmx
  47 {
  48
  49 AbstractAnalysisArrayData::AbstractAnalysisArrayData()
  50     : _nrows(0), _xstart(0.0), _xstep(1.0), _bReady(false)
  51 {
  52 }
  53
  54 AbstractAnalysisArrayData::~AbstractAnalysisArrayData()
  55 {
  56 }
  57
  58
  59 AnalysisDataFrameRef
  60 AbstractAnalysisArrayData::tryGetDataFrameInternal(int index) const
  61 {
  62     return AnalysisDataFrameRef(index, xvalue(index), 0.0, columnCount(),
  63                                 &_value[index * columnCount()], NULL, NULL);
  64 }
  65
  66
  67 bool
  68 AbstractAnalysisArrayData::requestStorageInternal(int /*nframes*/)
  69 {
  70     return true;
  71 }
  72
  73
  74 void
  75 AbstractAnalysisArrayData::setColumnCount(int ncols)
  76 {
  77     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
  78                        "Cannot change column count after data has been allocated");
  79     AbstractAnalysisData::setColumnCount(ncols);
  80 }
  81
  82
  83 void
  84 AbstractAnalysisArrayData::setRowCount(int nrows)
  85 {
  86     GMX_RELEASE_ASSERT(nrows > 0, "Invalid number of rows");
  87     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
  88                        "Cannot change row count after data has been allocated");
  89     _nrows = nrows;
  90 }
  91
  92
  93 void
  94 AbstractAnalysisArrayData::allocateValues()
  95 {
  96     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(), "Can only allocate values once");
  97     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount() > 0 && columnCount() > 0,
  98                        "Row and column counts must be set before allocating values");
  99     _value.resize(rowCount() * columnCount());
 100 }
 101
 102
 103 void
 104 AbstractAnalysisArrayData::setXAxis(real start, real step)
 105 {
 106     GMX_RELEASE_ASSERT(!_bReady, "X axis cannot be set after data is finished");
 107     _xstart = start;
 108     _xstep = step;
 109 }
 110
 111
 112 void
 113 AbstractAnalysisArrayData::valuesReady()
 114 {
 115     GMX_RELEASE_ASSERT(isAllocated(), "There must be some data");
 116     if (_bReady)
 117     {
 118         return;
 119     }
 120     _bReady = true;
 121
 122     notifyDataStart();
 123     for (int i = 0; i < rowCount(); ++i)
 124     {
 125         AnalysisDataFrameHeader header(i, xvalue(i), 0);
 126         notifyFrameStart(header);
 127         notifyPointsAdd(AnalysisDataPointSetRef(header, 0, columnCount(),
 128                                                 &_value[i * columnCount()],
 129                                                 NULL, NULL));
 130         notifyFrameFinish(header);
 131     }
 132     notifyDataFinish();
 133 }
 134
 135
 136 void
 137 AbstractAnalysisArrayData::copyContents(const AbstractAnalysisArrayData *src,
 138                                         AbstractAnalysisArrayData *dest)
 139 {
 140     GMX_RELEASE_ASSERT(src->isAllocated(), "Source data must not be empty");
 141     GMX_RELEASE_ASSERT(!dest->isAllocated(),
 142                        "Destination data must not be allocated");
 143     dest->setColumnCount(src->columnCount());
 144     dest->setRowCount(src->rowCount());
 145     dest->allocateValues();
 146     dest->setXAxis(src->xstart(), src->xstep());
 147     std::copy(src->_value.begin(), src->_value.end(), dest->_value.begin());
 148 }
 149
 150 } // namespace gmx