src/gromacs/analysisdata/arraydata.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Implements classes in arraydata.h.
  34  *
  35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  36  * \ingroup module_analysisdata
  37  */
  38 #include "gromacs/analysisdata/arraydata.h"
  39
  40 #include <algorithm>
  41
  42 #include "gromacs/analysisdata/dataframe.h"
  43 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  44 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  45
  46 namespace gmx
  47 {
  48
  49 AbstractAnalysisArrayData::AbstractAnalysisArrayData()
  50     : rowCount_(0), xstart_(0.0), xstep_(1.0), bReady_(false)
  51 {
  52 }
  53
  54 AbstractAnalysisArrayData::~AbstractAnalysisArrayData()
  55 {
  56 }
  57
  58
  59 AnalysisDataFrameRef
  60 AbstractAnalysisArrayData::tryGetDataFrameInternal(int index) const
  61 {
  62     if (!isAllocated())
  63     {
  64         return AnalysisDataFrameRef();
  65     }
  66     std::vector<AnalysisDataValue>::const_iterator begin
  67         = value_.begin() + index * columnCount();
  68     return AnalysisDataFrameRef(
  69                 AnalysisDataFrameHeader(index, xvalue(index), 0.0),
  70                 AnalysisDataValuesRef(begin, begin + columnCount()));
  71 }
  72
  73
  74 bool
  75 AbstractAnalysisArrayData::requestStorageInternal(int /*nframes*/)
  76 {
  77     return true;
  78 }
  79
  80
  81 void
  82 AbstractAnalysisArrayData::setColumnCount(int ncols)
  83 {
  84     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
  85                        "Cannot change column count after data has been allocated");
  86     AbstractAnalysisData::setColumnCount(ncols);
  87 }
  88
  89
  90 void
  91 AbstractAnalysisArrayData::setRowCount(int rowCount)
  92 {
  93     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount > 0, "Invalid number of rows");
  94     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
  95                        "Cannot change row count after data has been allocated");
  96     rowCount_ = rowCount;
  97 }
  98
  99
 100 void
 101 AbstractAnalysisArrayData::allocateValues()
 102 {
 103     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(), "Can only allocate values once");
 104     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount() > 0 && columnCount() > 0,
 105                        "Row and column counts must be set before allocating values");
 106     value_.resize(rowCount() * columnCount());
 107     std::vector<AnalysisDataValue>::iterator i;
 108     for (i = value_.begin(); i != value_.end(); ++i)
 109     {
 110         i->setValue(0.0);
 111     }
 112 }
 113
 114
 115 void
 116 AbstractAnalysisArrayData::setXAxis(real start, real step)
 117 {
 118     GMX_RELEASE_ASSERT(!bReady_, "X axis cannot be set after data is finished");
 119     xstart_ = start;
 120     xstep_ = step;
 121 }
 122
 123
 124 void
 125 AbstractAnalysisArrayData::valuesReady()
 126 {
 127     GMX_RELEASE_ASSERT(isAllocated(), "There must be some data");
 128     if (bReady_)
 129     {
 130         return;
 131     }
 132     bReady_ = true;
 133
 134     std::vector<AnalysisDataValue>::const_iterator valueIter = value_.begin();
 135     notifyDataStart();
 136     for (int i = 0; i < rowCount(); ++i, valueIter += columnCount())
 137     {
 138         AnalysisDataFrameHeader header(i, xvalue(i), 0);
 139         notifyFrameStart(header);
 140         notifyPointsAdd(AnalysisDataPointSetRef(header, 0,
 141                             AnalysisDataValuesRef(valueIter,
 142                                                   valueIter + columnCount())));
 143         notifyFrameFinish(header);
 144     }
 145     notifyDataFinish();
 146 }
 147
 148
 149 void
 150 AbstractAnalysisArrayData::copyContents(const AbstractAnalysisArrayData *src,
 151                                         AbstractAnalysisArrayData *dest)
 152 {
 153     GMX_RELEASE_ASSERT(src->isAllocated(), "Source data must not be empty");
 154     GMX_RELEASE_ASSERT(!dest->isAllocated(),
 155                        "Destination data must not be allocated");
 156     dest->setColumnCount(src->columnCount());
 157     dest->setRowCount(src->rowCount());
 158     dest->allocateValues();
 159     dest->setXAxis(src->xstart(), src->xstep());
 160     std::copy(src->value_.begin(), src->value_.end(), dest->value_.begin());
 161 }
 162
 163 } // namespace gmx