src/gromacs/analysisdata/abstractdata.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2015,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements gmx::AbstractAnalysisData.
  39  *
  40  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  41  * \ingroup module_analysisdata
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "abstractdata.h"
  46
  47 #include <utility>
  48 #include <vector>
  49
  50 #include "gromacs/analysisdata/dataframe.h"
  51 #include "gromacs/analysisdata/datamodule.h"
  52 #include "gromacs/analysisdata/datamodulemanager.h"
  53 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  54 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  55
  56 #include "dataproxy.h"
  57
  58 namespace gmx
  59 {
  60
  61 /********************************************************************
  62  * AbstractAnalysisData::Impl
  63  */
  64
  65 /*! \internal \brief
  66  * Private implementation class for AbstractAnalysisData.
  67  *
  68  * \ingroup module_analysisdata
  69  */
  70 class AbstractAnalysisData::Impl
  71 {
  72 public:
  73     Impl();
  74
  75     //! Column counts for each data set in the data.
  76     std::vector<int> columnCounts_;
  77     //! Whether the data is multipoint.
  78     bool bMultipoint_;
  79     //! Manager for the added modules.
  80     AnalysisDataModuleManager modules_;
  81 };
  82
  83 AbstractAnalysisData::Impl::Impl() : bMultipoint_(false)
  84 {
  85     columnCounts_.push_back(0);
  86 }
  87
  88
  89 /********************************************************************
  90  * AbstractAnalysisData
  91  */
  92 /*! \cond libapi */
  93 AbstractAnalysisData::AbstractAnalysisData() : impl_(new Impl()) {}
  94 //! \endcond
  95
  96 AbstractAnalysisData::~AbstractAnalysisData() {}
  97
  98 bool AbstractAnalysisData::isMultipoint() const
  99 {
 100     return impl_->bMultipoint_;
 101 }
 102
 103 int AbstractAnalysisData::dataSetCount() const
 104 {
 105     return impl_->columnCounts_.size();
 106 }
 107
 108 int AbstractAnalysisData::columnCount(int dataSet) const
 109 {
 110     GMX_ASSERT(dataSet >= 0 && dataSet < dataSetCount(), "Out of range data set index");
 111     return impl_->columnCounts_[dataSet];
 112 }
 113
 114 int AbstractAnalysisData::columnCount() const
 115 {
 116     GMX_ASSERT(dataSetCount() == 1, "Convenience method not available for multiple data sets");
 117     return columnCount(0);
 118 }
 119
 120
 121 AnalysisDataFrameRef AbstractAnalysisData::tryGetDataFrame(int index) const
 122 {
 123     if (index < 0 || index >= frameCount())
 124     {
 125         return AnalysisDataFrameRef();
 126     }
 127     return tryGetDataFrameInternal(index);
 128 }
 129
 130
 131 AnalysisDataFrameRef AbstractAnalysisData::getDataFrame(int index) const
 132 {
 133     AnalysisDataFrameRef frame = tryGetDataFrame(index);
 134     if (!frame.isValid())
 135     {
 136         GMX_THROW(APIError("Invalid frame accessed"));
 137     }
 138     return frame;
 139 }
 140
 141
 142 bool AbstractAnalysisData::requestStorage(int nframes)
 143 {
 144     GMX_RELEASE_ASSERT(nframes >= -1, "Invalid number of frames requested");
 145     if (nframes == 0)
 146     {
 147         return true;
 148     }
 149     return requestStorageInternal(nframes);
 150 }
 151
 152
 153 void AbstractAnalysisData::addModule(const AnalysisDataModulePointer& module)
 154 {
 155     impl_->modules_.addModule(this, module);
 156 }
 157
 158
 159 void AbstractAnalysisData::addColumnModule(int col, int span, const AnalysisDataModulePointer& module)
 160 {
 161     GMX_RELEASE_ASSERT(col >= 0 && span >= 1, "Invalid columns specified for a column module");
 162     std::shared_ptr<AnalysisDataProxy> proxy(new AnalysisDataProxy(col, span, this));
 163     proxy->addModule(module);
 164     addModule(proxy);
 165 }
 166
 167
 168 void AbstractAnalysisData::applyModule(IAnalysisDataModule* module)
 169 {
 170     impl_->modules_.applyModule(this, module);
 171 }
 172
 173 /*! \cond libapi */
 174 void AbstractAnalysisData::setDataSetCount(int dataSetCount)
 175 {
 176     GMX_RELEASE_ASSERT(dataSetCount > 0, "Invalid data column count");
 177     impl_->modules_.dataPropertyAboutToChange(AnalysisDataModuleManager::eMultipleDataSets,
 178                                               dataSetCount > 1);
 179     impl_->columnCounts_.resize(dataSetCount);
 180 }
 181
 182 void AbstractAnalysisData::setColumnCount(int dataSet, int columnCount)
 183 {
 184     GMX_RELEASE_ASSERT(dataSet >= 0 && dataSet < dataSetCount(), "Out of range data set index");
 185     GMX_RELEASE_ASSERT(columnCount > 0, "Invalid data column count");
 186
 187     bool bMultipleColumns = columnCount > 1;
 188     for (int i = 0; i < dataSetCount() && !bMultipleColumns; ++i)
 189     {
 190         if (i != dataSet && this->columnCount(i) > 1)
 191         {
 192             bMultipleColumns = true;
 193         }
 194     }
 195     impl_->modules_.dataPropertyAboutToChange(AnalysisDataModuleManager::eMultipleColumns, bMultipleColumns);
 196     impl_->columnCounts_[dataSet] = columnCount;
 197 }
 198
 199 void AbstractAnalysisData::setMultipoint(bool bMultipoint)
 200 {
 201     impl_->modules_.dataPropertyAboutToChange(AnalysisDataModuleManager::eMultipoint, bMultipoint);
 202     impl_->bMultipoint_ = bMultipoint;
 203 }
 204
 205 AnalysisDataModuleManager& AbstractAnalysisData::moduleManager()
 206 {
 207     return impl_->modules_;
 208 }
 209
 210 const AnalysisDataModuleManager& AbstractAnalysisData::moduleManager() const
 211 {
 212     return impl_->modules_;
 213 }
 214 //! \endcond
 215
 216 } // namespace gmx