src/gmxlib/tpxio.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREADS
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <ctype.h>
  47 #include "sysstuff.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "symtab.h"
  54 #include "futil.h"
  55 #include "filenm.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "topsort.h"
  58 #include "tpxio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "confio.h"
  61 #include "atomprop.h"
  62 #include "copyrite.h"
  63 #include "vec.h"
  64 #include "mtop_util.h"
  65
  66 /* This number should be increased whenever the file format changes! */
  67 static const int tpx_version = 74;
  68
  69 /* This number should only be increased when you edit the TOPOLOGY section
  70  * of the tpx format. This way we can maintain forward compatibility too
  71  * for all analysis tools and/or external programs that only need to
  72  * know the atom/residue names, charges, and bond connectivity.
  73  *
  74  * It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
  75  * to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
  76  * want the topology.
  77  */
  78 static const int tpx_generation = 23;
  79
  80 /* This number should be the most recent backwards incompatible version
  81  * I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
  82  */
  83 static const int tpx_incompatible_version = 9;
  84
  85
  86
  87 /* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
  88 typedef struct {
  89   int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
  90   int ftype; /* function type */
  91 } t_ftupd;
  92
  93 /*
  94  *The entries should be ordered in:
  95  * 1. ascending file version number
  96  * 2. ascending function type number
  97  */
  98 /*static const t_ftupd ftupd[] = {
  99   { 20, F_CUBICBONDS        },
 100   { 20, F_CONNBONDS         },
 101   { 20, F_HARMONIC          },
 102   { 20, F_EQM,              },
 103   { 22, F_DISRESVIOL        },
 104   { 22, F_ORIRES            },
 105   { 22, F_ORIRESDEV         },
 106   { 26, F_FOURDIHS          },
 107   { 26, F_PIDIHS            },
 108   { 26, F_DIHRES            },
 109   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 110   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 111   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 112   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 113   { 30, F_POLARIZATION      }
 114   };*/
 115
 116 /*
 117  *The entries should be ordered in:
 118  * 1. ascending function type number
 119  * 2. ascending file version number
 120  */
 121 static const t_ftupd ftupd[] = {
 122   { 20, F_CUBICBONDS        },
 123   { 20, F_CONNBONDS         },
 124   { 20, F_HARMONIC          },
 125   { 34, F_FENEBONDS         },
 126   { 43, F_TABBONDS          },
 127   { 43, F_TABBONDSNC        },
 128   { 70, F_RESTRBONDS        },
 129   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 130   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 131   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 132   { 34, F_QUARTIC_ANGLES    },
 133   { 43, F_TABANGLES         },
 134   { 26, F_FOURDIHS          },
 135   { 26, F_PIDIHS            },
 136   { 43, F_TABDIHS           },
 137   { 65, F_CMAP              },
 138   { 60, F_GB12              },
 139   { 61, F_GB13              },
 140   { 61, F_GB14              },
 141   { 72, F_GBPOL             },
 142   { 72, F_NPSOLVATION       },
 143   { 41, F_LJC14_Q           },
 144   { 41, F_LJC_PAIRS_NB      },
 145   { 32, F_BHAM_LR           },
 146   { 32, F_RF_EXCL           },
 147   { 32, F_COUL_RECIP        },
 148   { 46, F_DPD               },
 149   { 30, F_POLARIZATION      },
 150   { 36, F_THOLE_POL         },
 151   { 22, F_DISRESVIOL        },
 152   { 22, F_ORIRES            },
 153   { 22, F_ORIRESDEV         },
 154   { 26, F_DIHRES            },
 155   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 156   { 49, F_VSITE4FDN         },
 157   { 50, F_VSITEN            },
 158   { 46, F_COM_PULL          },
 159   { 20, F_EQM               },
 160   { 46, F_ECONSERVED        },
 161   { 69, F_VTEMP             },
 162   { 66, F_PDISPCORR         },
 163   { 54, F_DHDL_CON          },
 164 };
 165 #define NFTUPD asize(ftupd)
 166
 167 /* Needed for backward compatibility */
 168 #define MAXNODES 256
 169
 170 static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
 171                         int line)
 172 {
 173   char buf[STRLEN];
 174   gmx_bool bDbg;
 175
 176   if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
 177     if (!bRead) {
 178       gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
 179       bDbg       = gmx_fio_getdebug(fio);
 180       gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
 181       gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
 182       gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
 183     }
 184     else {
 185       if (gmx_fio_getdebug(fio))
 186         fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
 187                 itemstr[key],src,line);
 188
 189       do {
 190         gmx_fio_do_string(fio,buf);
 191       } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
 192
 193       if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
 194         gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
 195       else if (gmx_fio_getdebug(fio))
 196         fprintf(stderr," and found it\n");
 197     }
 198   }
 199 }
 200
 201 #define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
 202
 203 /**************************************************************
 204  *
 205  * Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
 206  *
 207  **************************************************************/
 208 static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
 209                        int file_version)
 210 {
 211   gmx_bool bDum=TRUE;
 212   int  i;
 213
 214   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
 215   if (bRead)
 216     snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
 217   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
 218   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
 219   if (bRead)
 220     snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
 221   bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
 222   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
 223   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
 224   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
 225   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
 226   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
 227   if (file_version >= 56) {
 228     gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
 229   } else {
 230     pgrp->kB = pgrp->k;
 231   }
 232 }
 233
 234 static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
 235 {
 236   int g;
 237
 238   gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
 239   gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
 240   gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
 241   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
 242   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
 243   gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
 244   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
 245   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
 246   if (bRead)
 247     snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
 248   for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
 249     do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
 250 }
 251
 252
 253 static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
 254 {
 255   gmx_bool bDum=TRUE;
 256   int  i;
 257
 258   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
 259   gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
 260   gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
 261   if (bRead)
 262     snew(rotg->ind,rotg->nat);
 263   gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
 264   if (bRead)
 265       snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
 266   gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
 267   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
 268   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
 269   gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
 270   gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
 271   gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
 272   gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
 273   gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
 274   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
 275 }
 276
 277 static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
 278 {
 279   int g;
 280
 281   gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
 282   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
 283   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
 284   if (bRead)
 285     snew(rot->grp,rot->ngrp);
 286   for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
 287     do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
 288 }
 289
 290
 291 static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
 292                         int file_version, real *fudgeQQ)
 293 {
 294     int  i,j,k,*tmp,idum=0;
 295     gmx_bool bDum=TRUE;
 296     real rdum,bd_temp;
 297     rvec vdum;
 298     gmx_bool bSimAnn;
 299     real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
 300
 301     if (file_version != tpx_version)
 302     {
 303         /* Give a warning about features that are not accessible */
 304         fprintf(stderr,"Note: tpx file_version %d, software version %d\n",
 305                 file_version,tpx_version);
 306     }
 307
 308     if (bRead)
 309     {
 310         init_inputrec(ir);
 311     }
 312
 313     if (file_version == 0)
 314     {
 315         return;
 316     }
 317
 318     /* Basic inputrec stuff */
 319     gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
 320     if (file_version >= 62) {
 321       gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
 322     } else {
 323       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 324       ir->nsteps = idum;
 325     }
 326     if(file_version > 25) {
 327       if (file_version >= 62) {
 328         gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
 329       } else {
 330         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 331         ir->init_step = idum;
 332       }
 333     }  else {
 334       ir->init_step=0;
 335     }
 336
 337         if(file_version >= 58)
 338           gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
 339         else
 340           ir->simulation_part=1;
 341
 342     if (file_version >= 67) {
 343       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
 344     } else {
 345       ir->nstcalcenergy = 1;
 346     }
 347     if (file_version < 53) {
 348       /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
 349        * since we always want it, also without reading the inputrec.
 350        */
 351       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
 352       if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
 353         ir->ePBC = epbcNONE;
 354       if (file_version >= 45) {
 355         gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
 356       } else {
 357         if (ir->ePBC == 2) {
 358           ir->ePBC = epbcXYZ;
 359           ir->bPeriodicMols = TRUE;
 360         } else {
 361         ir->bPeriodicMols = FALSE;
 362         }
 363       }
 364     }
 365     gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
 366     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
 367     gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
 368     if (file_version < 41) {
 369       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 370       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 371     }
 372     if (file_version >= 45)
 373       gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
 374     else
 375       ir->rtpi = 0.05;
 376     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
 377     if (file_version > 34)
 378       gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
 379     else if (ir->nstcomm < 0)
 380       ir->comm_mode = ecmANGULAR;
 381     else
 382       ir->comm_mode = ecmLINEAR;
 383     ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
 384
 385     if(file_version > 25)
 386       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
 387     else
 388       ir->nstcheckpoint=0;
 389
 390     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
 391
 392     if(file_version>=30)
 393       gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
 394     else if (bRead)
 395       ir->nbfgscorr = 10;
 396
 397     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
 398     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
 399     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
 400     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
 401     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
 402     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
 403     if (file_version >= 59) {
 404       gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
 405       gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
 406     } else {
 407       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 408       ir->init_t = rdum;
 409       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 410       ir->delta_t = rdum;
 411     }
 412     gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
 413     if (file_version < 19) {
 414       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 415       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 416     }
 417     if(file_version < 18)
 418       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 419     gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
 420     if (file_version >= 67) {
 421       gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
 422     }
 423     gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
 424     if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
 425       ir->coulombtype = eelRF_NEC;
 426     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
 427     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
 428     gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
 429     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
 430     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
 431     if (file_version < 67) {
 432       ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
 433     }
 434     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
 435     gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
 436     if (file_version >= 37) {
 437       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
 438     } else {
 439       if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
 440         ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
 441         ir->epsilon_r  = 1.0;
 442       } else {
 443         ir->epsilon_rf = 1.0;
 444       }
 445     }
 446     if (file_version >= 29)
 447       gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
 448     else
 449       ir->tabext=1.0;
 450
 451     if(file_version > 25) {
 452       gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
 453       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
 454       gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
 455       gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
 456       gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
 457     } else {
 458       ir->gb_algorithm=egbSTILL;
 459       ir->nstgbradii=1;
 460       ir->rgbradii=1.0;
 461       ir->gb_saltconc=0;
 462       ir->implicit_solvent=eisNO;
 463     }
 464         if(file_version>=55)
 465         {
 466                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
 467                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
 468                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
 469                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
 470                 if(file_version>=60)
 471                 {
 472                         gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
 473                         gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
 474                 }
 475                 else
 476                 {
 477                         ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
 478                         ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
 479                 }
 480                 gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
 481
 482     /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
 483     if(ir->sa_surface_tension<0)
 484     {
 485       if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
 486       {
 487         ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
 488       }
 489       else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
 490       {
 491         ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
 492       }
 493     }
 494
 495         }
 496         else
 497         {
 498                 /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
 499                 ir->gb_epsilon_solvent = 80;
 500                 ir->gb_obc_alpha       = 1.0;
 501                 ir->gb_obc_beta        = 0.8;
 502                 ir->gb_obc_gamma       = 4.85;
 503                 ir->sa_surface_tension = 2.092;
 504         }
 505
 506
 507     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
 508     gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
 509     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
 510     gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
 511     gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
 512
 513     if (file_version >=24)
 514       gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
 515     else
 516       ir->ewald_geometry=eewg3D;
 517
 518     if (file_version <=17) {
 519       ir->epsilon_surface=0;
 520       if (file_version==17)
 521         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 522     }
 523     else
 524       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
 525
 526     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
 527
 528     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
 529     gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
 530     /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
 531      * but the values 0 and 1 still mean no and
 532      * berendsen temperature coupling, respectively.
 533      */
 534     if (file_version >= 71)
 535     {
 536         gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
 537     }
 538     else
 539     {
 540         ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
 541     }
 542     if (file_version <= 15)
 543     {
 544         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 545     }
 546     if (file_version <=17)
 547     {
 548         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 549         if (file_version <= 15)
 550         {
 551             if (ir->epct == 5)
 552             {
 553                 ir->epct = epctSURFACETENSION;
 554             }
 555             gmx_fio_do_int(fio,idum);
 556         }
 557         ir->epct -= 1;
 558         /* we have removed the NO alternative at the beginning */
 559         if(ir->epct==-1)
 560         {
 561             ir->epc=epcNO;
 562             ir->epct=epctISOTROPIC;
 563         }
 564         else
 565         {
 566             ir->epc=epcBERENDSEN;
 567         }
 568     }
 569     else
 570     {
 571         gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
 572         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 573     }
 574     if (file_version >= 71)
 575     {
 576         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
 577     }
 578     else
 579     {
 580         ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
 581     }
 582     gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
 583     if (file_version <= 15) {
 584       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 585       clear_mat(ir->ref_p);
 586       for(i=0; i<DIM; i++)
 587         ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
 588     } else {
 589       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
 590       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
 591       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
 592     }
 593     if (file_version <= 15) {
 594       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 595       clear_mat(ir->compress);
 596       for(i=0; i<DIM; i++)
 597         ir->compress[i][i] = vdum[i];
 598     }
 599     else {
 600       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
 601       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
 602       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
 603     }
 604     if (file_version >= 47) {
 605       gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
 606       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
 607       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
 608     } else {
 609       ir->refcoord_scaling = erscNO;
 610       clear_rvec(ir->posres_com);
 611       clear_rvec(ir->posres_comB);
 612     }
 613     if(file_version > 25)
 614       gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
 615     else
 616       ir->andersen_seed=0;
 617
 618     if(file_version < 26) {
 619       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
 620       gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
 621     }
 622
 623     if (file_version < 37)
 624       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 625
 626     gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
 627     if (file_version < 54)
 628       gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
 629     gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
 630     if (file_version <= 14 && ir->efep > efepNO)
 631       ir->efep = efepYES;
 632     if (file_version >= 59) {
 633       gmx_fio_do_double(fio, ir->init_lambda);
 634       gmx_fio_do_double(fio, ir->delta_lambda);
 635     } else {
 636       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 637       ir->init_lambda = rdum;
 638       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 639       ir->delta_lambda = rdum;
 640     }
 641     if (file_version >= 64) {
 642       gmx_fio_do_int(fio,ir->n_flambda);
 643       if (bRead) {
 644         snew(ir->flambda,ir->n_flambda);
 645       }
 646       bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,ir->flambda,ir->n_flambda);
 647     } else {
 648       ir->n_flambda = 0;
 649       ir->flambda   = NULL;
 650     }
 651     if (file_version >= 13)
 652       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_alpha);
 653     else
 654       ir->sc_alpha = 0;
 655     if (file_version >= 38)
 656       gmx_fio_do_int(fio,ir->sc_power);
 657     else
 658       ir->sc_power = 2;
 659     if (file_version >= 15)
 660       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_sigma);
 661     else
 662       ir->sc_sigma = 0.3;
 663     if (bRead)
 664     {
 665         if (file_version >= 71)
 666         {
 667             ir->sc_sigma_min = ir->sc_sigma;
 668         }
 669         else
 670         {
 671             ir->sc_sigma_min = 0;
 672         }
 673     }
 674     if (file_version >= 64) {
 675       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdhdl);
 676     } else {
 677       ir->nstdhdl = 1;
 678     }
 679
 680     if (file_version >= 73)
 681     {
 682         gmx_fio_do_int(fio, ir->separate_dhdl_file);
 683         gmx_fio_do_int(fio, ir->dhdl_derivatives);
 684     }
 685     else
 686     {
 687         ir->separate_dhdl_file = sepdhdlfileYES;
 688         ir->dhdl_derivatives = dhdlderivativesYES;
 689     }
 690
 691     if (file_version >= 71)
 692     {
 693         gmx_fio_do_int(fio,ir->dh_hist_size);
 694         gmx_fio_do_double(fio,ir->dh_hist_spacing);
 695     }
 696     else
 697     {
 698         ir->dh_hist_size    = 0;
 699         ir->dh_hist_spacing = 0.1;
 700     }
 701     if (file_version >= 57) {
 702       gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
 703     }
 704     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
 705     if (file_version < 22) {
 706       if (ir->eDisreWeighting == 0)
 707         ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
 708       else
 709         ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
 710     }
 711     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
 712     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
 713     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
 714     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
 715     if (file_version >= 22) {
 716       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
 717       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
 718       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
 719     } else {
 720       ir->orires_fc = 0;
 721       ir->orires_tau = 0;
 722       ir->nstorireout = 0;
 723     }
 724     if(file_version >= 26) {
 725       gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
 726       if (file_version < 56) {
 727         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 728         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 729       }
 730     } else {
 731       ir->dihre_fc=0;
 732     }
 733
 734     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
 735     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
 736     if (file_version >= 22)
 737       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
 738     else if (bRead)
 739       ir->bShakeSOR = TRUE;
 740     if (file_version >= 11)
 741       gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
 742     else if (bRead) {
 743       ir->niter = 25;
 744       fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
 745               ir->niter);
 746     }
 747     if (file_version >= 21)
 748       gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
 749     else
 750       ir->fc_stepsize = 0;
 751     gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
 752     gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
 753     gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
 754     if (file_version <= 14)
 755       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 756     if (file_version >=26)
 757       gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
 758     else if (bRead) {
 759       ir->nLincsIter = 1;
 760       fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
 761               ir->nLincsIter);
 762     }
 763     if (file_version < 33)
 764       gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
 765     gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
 766     gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
 767     if (file_version >= 33) {
 768       for(i=0; i<DIM; i++)
 769         gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
 770     } else {
 771       for(i=0; i<DIM; i++)
 772         clear_rvec(ir->deform[i]);
 773     }
 774     if (file_version >= 14)
 775       gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
 776     else if (bRead)
 777       ir->cos_accel = 0;
 778     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
 779     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
 780     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
 781     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
 782     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
 783     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
 784     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
 785     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
 786
 787     /* pull stuff */
 788     if (file_version >= 48) {
 789       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
 790       if (ir->ePull != epullNO) {
 791         if (bRead)
 792           snew(ir->pull,1);
 793         do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
 794       }
 795     } else {
 796       ir->ePull = epullNO;
 797     }
 798
 799     /* Enforced rotation */
 800     if (file_version >= 74) {
 801         gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
 802         if (ir->bRot == TRUE) {
 803             if (bRead)
 804                 snew(ir->rot,1);
 805             do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
 806         }
 807     } else {
 808         ir->bRot = FALSE;
 809     }
 810
 811     /* grpopts stuff */
 812     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
 813     if (file_version >= 69) {
 814       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
 815     } else {
 816       ir->opts.nhchainlength = 1;
 817     }
 818     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
 819     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
 820     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
 821
 822     if (bRead) {
 823       snew(ir->opts.nrdf,   ir->opts.ngtc);
 824       snew(ir->opts.ref_t,  ir->opts.ngtc);
 825       snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
 826       snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
 827       snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
 828       snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
 829       snew(ir->opts.tau_t,  ir->opts.ngtc);
 830       snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 831       snew(ir->opts.acc,    ir->opts.ngacc);
 832       snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 833     }
 834     if (ir->opts.ngtc > 0) {
 835       if (bRead && file_version<13) {
 836         snew(tmp,ir->opts.ngtc);
 837         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
 838         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 839           ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
 840         sfree(tmp);
 841       } else {
 842         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
 843       }
 844       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
 845       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
 846       if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
 847         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 848           ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
 849       }
 850     }
 851     if (ir->opts.ngfrz > 0)
 852       bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 853     if (ir->opts.ngacc > 0)
 854       gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
 855     if (file_version >= 12)
 856       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
 857                            ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 858
 859     if(bRead && file_version < 26) {
 860       for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
 861         if(bSimAnn) {
 862           ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
 863           ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
 864           snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
 865           snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
 866           /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
 867           finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
 868           init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
 869           finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
 870           ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
 871           ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
 872           ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
 873           ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
 874         } else {
 875           ir->opts.annealing[i] = eannNO;
 876           ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
 877         }
 878       }
 879     } else {
 880       /* file version 26 or later */
 881       /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
 882       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
 883       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
 884       for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
 885         k=ir->opts.anneal_npoints[j];
 886         if(bRead) {
 887           snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
 888           snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
 889         }
 890         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
 891         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
 892       }
 893     }
 894     /* Walls */
 895     if (file_version >= 45) {
 896       gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
 897       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
 898       if (file_version >= 50)
 899         gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
 900       else
 901         ir->wall_r_linpot = -1;
 902       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
 903       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
 904       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
 905       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
 906       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
 907     } else {
 908       ir->nwall = 0;
 909       ir->wall_type = 0;
 910       ir->wall_atomtype[0] = -1;
 911       ir->wall_atomtype[1] = -1;
 912       ir->wall_density[0] = 0;
 913       ir->wall_density[1] = 0;
 914       ir->wall_ewald_zfac = 3;
 915     }
 916     /* Cosine stuff for electric fields */
 917     for(j=0; (j<DIM); j++) {
 918       gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
 919       gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
 920       if (bRead) {
 921         snew(ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 922         snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 923         snew(ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 924         snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 925       }
 926       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 927       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 928       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 929       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 930     }
 931
 932     /* QMMM stuff */
 933     if(file_version>=39){
 934       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
 935       gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
 936       gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
 937       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
 938       if (bRead) {
 939         snew(ir->opts.QMmethod,    ir->opts.ngQM);
 940         snew(ir->opts.QMbasis,     ir->opts.ngQM);
 941         snew(ir->opts.QMcharge,    ir->opts.ngQM);
 942         snew(ir->opts.QMmult,      ir->opts.ngQM);
 943         snew(ir->opts.bSH,         ir->opts.ngQM);
 944         snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
 945         snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 946         snew(ir->opts.SAon,        ir->opts.ngQM);
 947         snew(ir->opts.SAoff,       ir->opts.ngQM);
 948         snew(ir->opts.SAsteps,     ir->opts.ngQM);
 949         snew(ir->opts.bOPT,        ir->opts.ngQM);
 950         snew(ir->opts.bTS,         ir->opts.ngQM);
 951       }
 952       if (ir->opts.ngQM > 0) {
 953         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
 954         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
 955         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
 956         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
 957         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
 958         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
 959         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 960         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
 961         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
 962         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
 963         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
 964         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
 965       }
 966       /* end of QMMM stuff */
 967     }
 968 }
 969
 970
 971 static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
 972 {
 973   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
 974   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
 975   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
 976   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
 977 }
 978
 979 void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
 980                 gmx_bool bRead, int file_version)
 981 {
 982   int i;
 983   gmx_bool bDum;
 984   real rdum;
 985
 986   if (!bRead)
 987     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
 988   switch (ftype) {
 989   case F_ANGLES:
 990   case F_G96ANGLES:
 991   case F_BONDS:
 992   case F_G96BONDS:
 993   case F_HARMONIC:
 994   case F_IDIHS:
 995     do_harm(fio, iparams,bRead);
 996     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
 997       /* Correct incorrect storage of parameters */
 998       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
 999       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1000     }
1001     break;
1002   case F_FENEBONDS:
1003     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
1004     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
1005     break;
1006   case F_RESTRBONDS:
1007     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
1008     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
1009     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
1010     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
1011     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
1012     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
1013     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
1014     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
1015     break;
1016   case F_TABBONDS:
1017   case F_TABBONDSNC:
1018   case F_TABANGLES:
1019   case F_TABDIHS:
1020     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
1021     gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
1022     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
1023     break;
1024   case F_CROSS_BOND_BONDS:
1025     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
1026     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
1027     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
1028     break;
1029   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1030     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
1031     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
1032     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
1033     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
1034     break;
1035   case F_UREY_BRADLEY:
1036     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.theta);
1037     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.ktheta);
1038     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13);
1039     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUB);
1040     break;
1041   case F_QUARTIC_ANGLES:
1042     gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
1043     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
1044     break;
1045   case F_BHAM:
1046     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
1047     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
1048     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
1049     break;
1050   case F_MORSE:
1051     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0);
1052     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cb);
1053     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.beta);
1054     break;
1055   case F_CUBICBONDS:
1056     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
1057     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
1058     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
1059     break;
1060   case F_CONNBONDS:
1061     break;
1062   case F_POLARIZATION:
1063     gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
1064     break;
1065   case F_WATER_POL:
1066     if (file_version < 31)
1067       gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
1068     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
1069     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
1070     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
1071     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
1072     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
1073     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
1074     break;
1075   case F_THOLE_POL:
1076     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
1077     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
1078     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
1079     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
1080     break;
1081   case F_LJ:
1082     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
1083     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
1084     break;
1085   case F_LJ14:
1086     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
1087     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
1088     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
1089     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
1090     break;
1091   case F_LJC14_Q:
1092     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
1093     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
1094     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
1095     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
1096     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
1097     break;
1098   case F_LJC_PAIRS_NB:
1099     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
1100     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
1101     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
1102     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
1103     break;
1104   case F_PDIHS:
1105   case F_PIDIHS:
1106   case F_ANGRES:
1107   case F_ANGRESZ:
1108     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
1109     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
1110     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
1111       /* Read the incorrectly stored multiplicity */
1112       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1113       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1114       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1115       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1116     } else {
1117       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
1118       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
1119       gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
1120     }
1121     break;
1122   case F_DISRES:
1123     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
1124     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
1125     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
1126     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
1127     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
1128     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
1129     break;
1130   case F_ORIRES:
1131     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
1132     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
1133     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
1134     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
1135     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
1136     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
1137     break;
1138   case F_DIHRES:
1139     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.power);
1140     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.label);
1141     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phi);
1142     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphi);
1143     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfac);
1144     break;
1145   case F_POSRES:
1146     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
1147     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
1148     if (bRead && file_version < 27) {
1149       copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
1150       copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
1151     } else {
1152       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
1153       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
1154     }
1155     break;
1156   case F_RBDIHS:
1157     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
1158     if(file_version>=25)
1159       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
1160     break;
1161   case F_FOURDIHS:
1162     /* Fourier dihedrals are internally represented
1163      * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
1164      */
1165      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
1166      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
1167     break;
1168   case F_CONSTR:
1169   case F_CONSTRNC:
1170     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
1171     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
1172     break;
1173   case F_SETTLE:
1174     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
1175     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
1176     break;
1177   case F_VSITE2:
1178     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1179     break;
1180   case F_VSITE3:
1181   case F_VSITE3FD:
1182   case F_VSITE3FAD:
1183     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1184     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1185     break;
1186   case F_VSITE3OUT:
1187   case F_VSITE4FD:
1188   case F_VSITE4FDN:
1189     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1190     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1191     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
1192     break;
1193   case F_VSITEN:
1194     gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
1195     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
1196     break;
1197   case F_GB12:
1198   case F_GB13:
1199   case F_GB14:
1200     /* We got rid of some parameters in version 68 */
1201     if(bRead && file_version<68)
1202     {
1203         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1204         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1205         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1206         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1207     }
1208         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
1209         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
1210         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
1211         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
1212         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
1213         break;
1214   case F_CMAP:
1215         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
1216         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
1217     break;
1218   default:
1219     gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1220
1221                 ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
1222   }
1223   if (!bRead)
1224     gmx_fio_unset_comment(fio);
1225 }
1226
1227 static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
1228                      int ftype)
1229 {
1230   int  i,k,idum;
1231   gmx_bool bDum=TRUE;
1232
1233   if (!bRead) {
1234     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1235   }
1236   if (file_version < 44) {
1237     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1238       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1239   }
1240   gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
1241   if (bRead)
1242     snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
1243   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
1244   if (!bRead)
1245     gmx_fio_unset_comment(fio);
1246 }
1247
1248 static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
1249                         gmx_bool bRead, int file_version)
1250 {
1251   int  idum,i,j;
1252   gmx_bool bDum=TRUE;
1253   unsigned int k;
1254
1255   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
1256   if (file_version < 57) {
1257     gmx_fio_do_int(fio,idum);
1258   }
1259   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
1260   if (bRead && debug)
1261     fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
1262             ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
1263   if (bRead) {
1264     snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1265     snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
1266   }
1267   /* Read/write all the function types */
1268   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1269   if (bRead && debug)
1270     pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
1271
1272   if (file_version >= 66) {
1273     gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
1274   } else {
1275     ffparams->reppow = 12.0;
1276   }
1277
1278   if (file_version >= 57) {
1279     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1280   }
1281
1282   /* Check whether all these function types are supported by the code.
1283    * In practice the code is backwards compatible, which means that the
1284    * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
1285    */
1286   for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
1287     if (bRead)
1288       /* Loop over file versions */
1289       for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
1290         /* Compare the read file_version to the update table */
1291         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
1292             (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
1293           ffparams->functype[i] += 1;
1294           if (debug) {
1295             fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
1296                     i,ffparams->functype[i],
1297                     interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
1298             fflush(debug);
1299           }
1300         }
1301
1302     do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
1303                file_version);
1304     if (bRead && debug)
1305       pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
1306   }
1307 }
1308
1309 static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
1310                       int file_version)
1311 {
1312   int i,j,renum[F_NRE];
1313   gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
1314   unsigned int k;
1315
1316   for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
1317     bClear = FALSE;
1318     if (bRead)
1319       for (k=0; k<NFTUPD; k++)
1320         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
1321           bClear = TRUE;
1322     if (bClear) {
1323       ilist[j].nr = 0;
1324       ilist[j].iatoms = NULL;
1325     } else {
1326       do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
1327     }
1328     /*
1329     if (bRead && gmx_debug_at)
1330       pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
1331                functype,&ilist[j],TRUE);
1332     */
1333   }
1334 }
1335
1336 static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
1337                     gmx_bool bRead, int file_version)
1338 {
1339   do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
1340
1341   if (file_version >= 54) {
1342     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1343   }
1344
1345   do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1346 }
1347
1348 static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
1349 {
1350   int  i,idum,dum_nra,*dum_a;
1351   gmx_bool bDum=TRUE;
1352
1353   if (file_version < 44)
1354     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1355       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1356   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1357   if (file_version < 51)
1358     gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
1359   if (bRead) {
1360     block->nalloc_index = block->nr+1;
1361     snew(block->index,block->nalloc_index);
1362   }
1363   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1364
1365   if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
1366     snew(dum_a,dum_nra);
1367     bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
1368     sfree(dum_a);
1369   }
1370 }
1371
1372 static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
1373                       int file_version)
1374 {
1375   int  i,idum;
1376   gmx_bool bDum=TRUE;
1377
1378   if (file_version < 44)
1379     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1380       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1381   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1382   gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
1383   if (bRead) {
1384     block->nalloc_index = block->nr+1;
1385     snew(block->index,block->nalloc_index);
1386     block->nalloc_a = block->nra;
1387     snew(block->a,block->nalloc_a);
1388   }
1389   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1390   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
1391 }
1392
1393 static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
1394                     int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
1395 {
1396   int i,myngrp;
1397
1398   gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
1399   gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
1400   gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
1401   gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
1402   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
1403   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
1404   gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
1405   gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
1406   if (file_version >= 52)
1407     gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
1408   else if (bRead)
1409     atom->atomnumber = NOTSET;
1410   if (file_version < 23)
1411     myngrp = 8;
1412   else if (file_version < 39)
1413     myngrp = 9;
1414   else
1415     myngrp = ngrp;
1416
1417   if (file_version < 57) {
1418     unsigned char uchar[egcNR];
1419     gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
1420     for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
1421       uchar[i] = 0;
1422     }
1423     /* Copy the old data format to the groups struct */
1424     for(i=0; i<ngrp; i++) {
1425       groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
1426     }
1427   }
1428 }
1429
1430 static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
1431                     int file_version)
1432 {
1433   int i,j,myngrp;
1434   gmx_bool bDum=TRUE;
1435
1436   if (file_version < 23)
1437     myngrp = 8;
1438   else if (file_version < 39)
1439     myngrp = 9;
1440   else
1441     myngrp = ngrp;
1442
1443   for(j=0; (j<ngrp); j++) {
1444     if (j<myngrp) {
1445       gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
1446       if (bRead)
1447         snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1448       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1449     }
1450     else {
1451       grps[j].nr = 1;
1452       snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1453     }
1454   }
1455 }
1456
1457 static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
1458 {
1459   int ls;
1460
1461   if (bRead) {
1462     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1463     *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
1464   }
1465   else {
1466     ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
1467     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1468   }
1469 }
1470
1471 static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
1472                       t_symtab *symtab)
1473 {
1474   int  j;
1475
1476   for (j=0; (j<nstr); j++)
1477     do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
1478 }
1479
1480 static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
1481                        t_symtab *symtab, int file_version)
1482 {
1483   int  j;
1484
1485   for (j=0; (j<n); j++) {
1486     do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
1487     if (file_version >= 63) {
1488       gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
1489       gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
1490     } else {
1491       ri[j].nr = j + 1;
1492       ri[j].ic = ' ';
1493     }
1494   }
1495 }
1496
1497 static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1498                      int file_version,
1499                      gmx_groups_t *groups)
1500 {
1501   int i;
1502
1503   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
1504   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
1505   if (file_version < 57) {
1506     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1507     for(i=0; i<egcNR; i++) {
1508       groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
1509       snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
1510     }
1511   }
1512   if (bRead) {
1513     snew(atoms->atom,atoms->nr);
1514     snew(atoms->atomname,atoms->nr);
1515     snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
1516     snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
1517     snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
1518     if (file_version < 57) {
1519       snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1520     }
1521     atoms->pdbinfo = NULL;
1522   }
1523   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
1524     do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
1525   }
1526   do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
1527   if (bRead && (file_version <= 20)) {
1528     for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
1529       atoms->atomtype[i]  = put_symtab(symtab,"?");
1530       atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
1531     }
1532   } else {
1533     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
1534     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
1535   }
1536   do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
1537
1538   if (file_version < 57) {
1539     do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1540
1541     do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1542   }
1543 }
1544
1545 static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
1546                       gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1547                       int file_version)
1548 {
1549   int  g,n,i;
1550   gmx_bool bDum=TRUE;
1551
1552   do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1553   gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1554   if (bRead) {
1555     snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1556   }
1557   do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1558   for(g=0; g<egcNR; g++) {
1559     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
1560     if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
1561       if (bRead) {
1562         groups->grpnr[g] = NULL;
1563       }
1564     } else {
1565       if (bRead) {
1566         snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1567       }
1568       bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1569     }
1570   }
1571 }
1572
1573 static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
1574                          t_symtab *symtab,int file_version)
1575 {
1576   int i,j;
1577   gmx_bool bDum = TRUE;
1578
1579   if (file_version > 25) {
1580     gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
1581     j=atomtypes->nr;
1582     if (bRead) {
1583       snew(atomtypes->radius,j);
1584       snew(atomtypes->vol,j);
1585       snew(atomtypes->surftens,j);
1586       snew(atomtypes->atomnumber,j);
1587       snew(atomtypes->gb_radius,j);
1588       snew(atomtypes->S_hct,j);
1589     }
1590     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
1591     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
1592     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
1593     if(file_version >= 40)
1594     {
1595         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
1596     }
1597         if(file_version >= 60)
1598         {
1599                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
1600                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
1601         }
1602   } else {
1603     /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
1604      * so they dont use this structure
1605      */
1606     atomtypes->nr = 0;
1607     atomtypes->radius = NULL;
1608     atomtypes->vol = NULL;
1609     atomtypes->surftens = NULL;
1610     atomtypes->atomnumber = NULL;
1611     atomtypes->gb_radius = NULL;
1612     atomtypes->S_hct = NULL;
1613   }
1614 }
1615
1616 static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
1617 {
1618   int i,nr;
1619   t_symbuf *symbuf;
1620   char buf[STRLEN];
1621
1622   gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
1623   nr     = symtab->nr;
1624   if (bRead) {
1625     snew(symtab->symbuf,1);
1626     symbuf = symtab->symbuf;
1627     symbuf->bufsize = nr;
1628     snew(symbuf->buf,nr);
1629     for (i=0; (i<nr); i++) {
1630       gmx_fio_do_string(fio,buf);
1631       symbuf->buf[i]=strdup(buf);
1632     }
1633   }
1634   else {
1635     symbuf = symtab->symbuf;
1636     while (symbuf!=NULL) {
1637       for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
1638         gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
1639       nr-=i;
1640       symbuf=symbuf->next;
1641     }
1642     if (nr != 0)
1643       gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
1644   }
1645 }
1646
1647 static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
1648 {
1649         int i,j,ngrid,gs,nelem;
1650
1651         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
1652         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
1653
1654         ngrid = cmap_grid->ngrid;
1655         gs    = cmap_grid->grid_spacing;
1656         nelem = gs * gs;
1657
1658         if(bRead)
1659         {
1660                 snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
1661
1662                 for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1663                 {
1664                         snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
1665                 }
1666         }
1667
1668         for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1669         {
1670                 for(j=0;j<nelem;j++)
1671                 {
1672                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1673                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1674                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1675                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1676                 }
1677         }
1678 }
1679
1680
1681 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
1682 {
1683     int m,a,a0,a1,r;
1684     char c,chainid;
1685     int  chainnum;
1686
1687     /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
1688      * for larger molecules.
1689      */
1690 #define CHAIN_MIN_ATOMS 15
1691
1692     chainnum=0;
1693     chainid='A';
1694     for(m=0; m<mols->nr; m++)
1695     {
1696         a0=mols->index[m];
1697         a1=mols->index[m+1];
1698         if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
1699         {
1700             c=chainid;
1701             chainid++;
1702         }
1703         else
1704         {
1705             c=' ';
1706         }
1707         for(a=a0; a<a1; a++)
1708         {
1709             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
1710             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid  = c;
1711         }
1712         chainnum++;
1713     }
1714
1715     /* Blank out the chain id if there was only one chain */
1716     if (chainid == 'B')
1717     {
1718         for(r=0; r<atoms->nres; r++)
1719         {
1720             atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
1721         }
1722     }
1723 }
1724
1725 static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
1726                        t_symtab *symtab, int file_version,
1727                        gmx_groups_t *groups)
1728 {
1729   int i;
1730
1731   if (file_version >= 57) {
1732     do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
1733   }
1734
1735   do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
1736
1737   if (bRead && gmx_debug_at) {
1738     pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
1739   }
1740
1741   if (file_version >= 57) {
1742     do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1743
1744     do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
1745     if (bRead && gmx_debug_at) {
1746       pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
1747     }
1748   }
1749
1750   /* This used to be in the atoms struct */
1751   do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
1752 }
1753
1754 static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
1755                         int file_version)
1756 {
1757   int i;
1758
1759   gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
1760   gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
1761   gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
1762   /* Position restraint coordinates */
1763   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
1764   if (molb->nposres_xA > 0) {
1765     if (bRead) {
1766       snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1767     }
1768     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1769   }
1770   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
1771   if (molb->nposres_xB > 0) {
1772     if (bRead) {
1773       snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1774     }
1775     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1776   }
1777
1778 }
1779
1780 static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
1781 {
1782   int mb,m,a,mol;
1783   t_block mols;
1784
1785   mols.nr = 0;
1786   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1787     mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
1788   }
1789   mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
1790   snew(mols.index,mols.nalloc_index);
1791
1792   a = 0;
1793   m = 0;
1794   mols.index[m] = a;
1795   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1796     for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
1797       a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
1798       m++;
1799       mols.index[m] = a;
1800     }
1801   }
1802
1803   return mols;
1804 }
1805
1806 static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
1807 {
1808   t_ilist *il;
1809   int am,i,mol,a;
1810   gmx_bool bFE;
1811   gmx_molblock_t *molb;
1812   t_iparams *ip;
1813
1814   il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
1815   if (il->nr == 0) {
1816     return;
1817   }
1818   am = 0;
1819   bFE = FALSE;
1820   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1821     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1822     am = max(am,il->iatoms[i+1]);
1823     if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
1824         ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
1825         ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
1826       bFE = TRUE;
1827     }
1828   }
1829   /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
1830   mol = 0;
1831   while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
1832     mol++;
1833   }
1834   molb = &mtop->molblock[0];
1835   molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
1836   snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1837   if (bFE) {
1838     molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
1839     snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1840   } else {
1841     molb->nposres_xB = 0;
1842   }
1843   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1844     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1845     a  = il->iatoms[i+1];
1846     molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
1847     molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
1848     molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
1849     if (bFE) {
1850       molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
1851       molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
1852       molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
1853     }
1854   }
1855 }
1856
1857 static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
1858 {
1859   int mt,i,npair;
1860   t_iparams *ip;
1861   t_ilist *il;
1862   t_iatom *a;
1863
1864   ip = mtop->ffparams.iparams;
1865
1866   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1867     il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
1868     if (il->nr > 0) {
1869       a = il->iatoms;
1870       npair = 0;
1871       for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
1872         npair++;
1873         if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
1874           ip[a[i]].disres.npair = npair;
1875           npair = 0;
1876         }
1877       }
1878     }
1879   }
1880 }
1881
1882 static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
1883                     int file_version)
1884 {
1885   int  mt,mb,i;
1886   t_blocka dumb;
1887
1888   if (bRead)
1889     init_mtop(mtop);
1890   do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
1891   if (bRead && debug)
1892     pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
1893
1894   do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
1895
1896   if (file_version >= 57) {
1897     do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
1898
1899     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
1900   } else {
1901     mtop->nmoltype = 1;
1902   }
1903   if (bRead) {
1904     snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
1905     if (file_version < 57) {
1906       mtop->moltype[0].name = mtop->name;
1907     }
1908   }
1909   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1910     do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
1911                &mtop->groups);
1912   }
1913
1914   if (file_version >= 57) {
1915     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
1916   } else {
1917     mtop->nmolblock = 1;
1918   }
1919   if (bRead) {
1920     snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
1921   }
1922   if (file_version >= 57) {
1923     for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1924       do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
1925     }
1926     gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
1927   } else {
1928     mtop->molblock[0].type = 0;
1929     mtop->molblock[0].nmol = 1;
1930     mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1931     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
1932     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
1933   }
1934
1935   do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
1936   if (bRead && debug)
1937     pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
1938
1939   if (file_version < 57) {
1940     /* Debug statements are inside do_idef */
1941     do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
1942     mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1943   }
1944
1945   if(file_version >= 65)
1946   {
1947       do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
1948   }
1949   else
1950   {
1951       mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
1952       mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0.1;
1953       mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = NULL;
1954   }
1955
1956   if (file_version >= 57) {
1957     do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
1958   }
1959
1960   if (file_version < 57) {
1961     do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
1962     if (bRead && gmx_debug_at) {
1963       pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
1964     }
1965     do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
1966     /* Add the posres coordinates to the molblock */
1967     add_posres_molblock(mtop);
1968   }
1969   if (bRead) {
1970     if (file_version >= 57) {
1971       mtop->mols = mtop_mols(mtop);
1972     }
1973     if (gmx_debug_at) {
1974       pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
1975     }
1976   }
1977
1978   if (file_version < 51) {
1979     /* Here used to be the shake blocks */
1980     do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
1981     if (dumb.nr > 0)
1982       sfree(dumb.index);
1983     if (dumb.nra > 0)
1984       sfree(dumb.a);
1985   }
1986
1987   if (bRead) {
1988     close_symtab(&(mtop->symtab));
1989   }
1990 }
1991
1992 /* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
1993  * of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
1994  * If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
1995  * if the file is newer than the program.
1996  *
1997  * The version and generation if the topology (see top of this file)
1998  * are returned in the two last arguments.
1999  *
2000  * If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
2001  */
2002 static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
2003                          gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
2004                          int *file_generation)
2005 {
2006   char  buf[STRLEN];
2007   gmx_bool  bDouble;
2008   int   precision;
2009   int   fver,fgen;
2010   int   idum=0;
2011   real  rdum=0;
2012
2013   gmx_fio_checktype(fio);
2014   gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
2015
2016   /* NEW! XDR tpb file */
2017   precision = sizeof(real);
2018   if (bRead) {
2019     gmx_fio_do_string(fio,buf);
2020     if (strncmp(buf,"VERSION",7))
2021       gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
2022                   "             this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
2023                   "             Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
2024                   gmx_fio_getname(fio));
2025     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2026     bDouble = (precision == sizeof(double));
2027     if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
2028       gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
2029                   "instead of %d or %d",
2030                   gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
2031     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2032     fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
2033             gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
2034   }
2035   else {
2036     gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
2037     bDouble = (precision == sizeof(double));
2038     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2039     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2040     fver = tpx_version;
2041     fgen = tpx_generation;
2042   }
2043
2044   /* Check versions! */
2045   gmx_fio_do_int(fio,fver);
2046
2047   if(fver>=26)
2048     gmx_fio_do_int(fio,fgen);
2049   else
2050     fgen=0;
2051
2052   if(file_version!=NULL)
2053     *file_version = fver;
2054   if(file_generation!=NULL)
2055     *file_generation = fgen;
2056
2057
2058   if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
2059       ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
2060       (fgen > tpx_generation))
2061     gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
2062                 gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
2063
2064   do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
2065   gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
2066   if (fver >= 28)
2067     gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
2068   else
2069     tpx->ngtc = 0;
2070   if (fver < 62) {
2071     gmx_fio_do_int(fio,idum);
2072     gmx_fio_do_real(fio,rdum);
2073   }
2074   gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
2075   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
2076   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
2077   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
2078   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
2079   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
2080   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
2081
2082   if((fgen > tpx_generation)) {
2083     /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
2084     tpx->bIr=FALSE;
2085   }
2086 }
2087
2088 static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
2089                   t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
2090                   gmx_bool bXVallocated)
2091 {
2092   t_tpxheader tpx;
2093   t_inputrec  dum_ir;
2094   gmx_mtop_t  dum_top;
2095   gmx_bool        TopOnlyOK,bDum=TRUE;
2096   int         file_version,file_generation;
2097   int         i;
2098   rvec        *xptr,*vptr;
2099   int         ePBC;
2100   gmx_bool        bPeriodicMols;
2101
2102   if (!bRead) {
2103     tpx.natoms = state->natoms;
2104     tpx.ngtc   = state->ngtc;
2105     tpx.lambda = state->lambda;
2106     tpx.bIr  = (ir       != NULL);
2107     tpx.bTop = (mtop     != NULL);
2108     tpx.bX   = (state->x != NULL);
2109     tpx.bV   = (state->v != NULL);
2110     tpx.bF   = (f        != NULL);
2111     tpx.bBox = TRUE;
2112   }
2113
2114   TopOnlyOK = (ir==NULL);
2115
2116   do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
2117
2118   if (bRead) {
2119     state->flags  = 0;
2120     state->lambda = tpx.lambda;
2121     /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
2122     if (bXVallocated) {
2123       xptr = state->x;
2124       vptr = state->v;
2125       init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
2126       state->natoms = tpx.natoms;
2127       state->nalloc = tpx.natoms;
2128       state->x = xptr;
2129       state->v = vptr;
2130     } else {
2131       init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */
2132     }
2133   }
2134
2135 #define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
2136
2137   do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
2138   do_section(fio,eitemBOX,bRead);
2139   if (tpx.bBox) {
2140     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
2141     if (file_version >= 51) {
2142       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
2143     } else {
2144       /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
2145       clear_mat(state->box_rel);
2146     }
2147     if (file_version >= 28) {
2148       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
2149       if (file_version < 56) {
2150         matrix mdum;
2151         gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
2152       }
2153     }
2154   }
2155
2156   if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
2157     real *dumv;
2158     /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
2159     /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
2160     /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
2161     snew(dumv,state->ngtc);
2162     if (file_version < 69) {
2163       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2164     }
2165     /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
2166     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2167     sfree(dumv);
2168   }
2169
2170   /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
2171    * I moved it to enable partial forward-compatibility
2172    * for analysis/viewer programs.
2173    */
2174   if(file_version<26) {
2175     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2176     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2177     if (tpx.bIr) {
2178       if (ir) {
2179         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
2180                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2181         if (bRead && debug)
2182           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2183       }
2184       else {
2185         do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
2186                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
2187         if (bRead && debug)
2188           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
2189         done_inputrec(&dum_ir);
2190       }
2191
2192     }
2193   }
2194
2195   do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
2196   do_section(fio,eitemTOP,bRead);
2197   if (tpx.bTop) {
2198     if (mtop) {
2199       do_mtop(fio,mtop,bRead, file_version);
2200     } else {
2201       do_mtop(fio,&dum_top,bRead,file_version);
2202       done_mtop(&dum_top,TRUE);
2203     }
2204   }
2205   do_test(fio,tpx.bX,state->x);
2206   do_section(fio,eitemX,bRead);
2207   if (tpx.bX) {
2208     if (bRead) {
2209       state->flags |= (1<<estX);
2210     }
2211     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
2212   }
2213
2214   do_test(fio,tpx.bV,state->v);
2215   do_section(fio,eitemV,bRead);
2216   if (tpx.bV) {
2217     if (bRead) {
2218       state->flags |= (1<<estV);
2219     }
2220     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
2221   }
2222
2223   do_test(fio,tpx.bF,f);
2224   do_section(fio,eitemF,bRead);
2225   if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
2226
2227   /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
2228    * at the end of the file, so we can ignore it
2229    * if the file is never than the software (but still the
2230    * same generation - see comments at the top of this file.
2231    *
2232    *
2233    */
2234   ePBC = -1;
2235   bPeriodicMols = FALSE;
2236   if (file_version >= 26) {
2237     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2238     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2239     if (tpx.bIr) {
2240       if (file_version >= 53) {
2241         /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
2242         if (!bRead) {
2243           ePBC          = ir->ePBC;
2244           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2245         }
2246         gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
2247         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
2248       }
2249       if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
2250         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2251         if (bRead && debug)
2252           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2253         if (file_version < 51)
2254           set_box_rel(ir,state);
2255         if (file_version < 53) {
2256           ePBC          = ir->ePBC;
2257           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2258         }
2259       }
2260       if (bRead && ir && file_version >= 53) {
2261         /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
2262         ir->ePBC          = ePBC;
2263         ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
2264       }
2265     }
2266   }
2267
2268     if (bRead)
2269     {
2270         if (tpx.bIr && ir)
2271         {
2272             if (state->ngtc == 0)
2273             {
2274                 /* Reading old version without tcoupl state data: set it */
2275                 init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
2276             }
2277             if (tpx.bTop && mtop)
2278             {
2279                 if (file_version < 57)
2280                 {
2281                     if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
2282                     {
2283                         ir->eDisre = edrSimple;
2284                     }
2285                     else
2286                     {
2287                         ir->eDisre = edrNone;
2288                     }
2289                 }
2290                 set_disres_npair(mtop);
2291             }
2292         }
2293
2294         if (tpx.bTop && mtop)
2295         {
2296             gmx_mtop_finalize(mtop);
2297         }
2298
2299         if (file_version >= 57)
2300         {
2301             char *env;
2302             int  ienv;
2303             env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
2304             if (env != NULL)
2305             {
2306                 sscanf(env,"%d",&ienv);
2307                 fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
2308                         ienv);
2309                 if (ienv > 0)
2310                 {
2311                     fprintf(stderr,
2312                             "Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
2313                             ienv > 1 ? " and solvent" : "");
2314                     gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
2315                 }
2316                 fprintf(stderr,"\n");
2317             }
2318         }
2319     }
2320
2321     return ePBC;
2322 }
2323
2324 /************************************************************
2325  *
2326  *  The following routines are the exported ones
2327  *
2328  ************************************************************/
2329
2330 t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
2331 {
2332   return gmx_fio_open(fn,mode);
2333 }
2334
2335 void close_tpx(t_fileio *fio)
2336 {
2337   gmx_fio_close(fio);
2338 }
2339
2340 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
2341                     int *file_version, int *file_generation)
2342 {
2343   t_fileio *fio;
2344
2345   fio = open_tpx(fn,"r");
2346   do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
2347   close_tpx(fio);
2348 }
2349
2350 void write_tpx_state(const char *fn,
2351                      t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
2352 {
2353   t_fileio *fio;
2354
2355   fio = open_tpx(fn,"w");
2356   do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
2357   close_tpx(fio);
2358 }
2359
2360 void read_tpx_state(const char *fn,
2361                     t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2362 {
2363   t_fileio *fio;
2364
2365   fio = open_tpx(fn,"r");
2366   do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
2367   close_tpx(fio);
2368 }
2369
2370 int read_tpx(const char *fn,
2371              t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2372              rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2373 {
2374   t_fileio *fio;
2375   t_state state;
2376   int ePBC;
2377
2378   state.x = x;
2379   state.v = v;
2380   fio = open_tpx(fn,"r");
2381   ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
2382   close_tpx(fio);
2383   *natoms = state.natoms;
2384   if (box)
2385     copy_mat(state.box,box);
2386   state.x = NULL;
2387   state.v = NULL;
2388   done_state(&state);
2389
2390   return ePBC;
2391 }
2392
2393 int read_tpx_top(const char *fn,
2394                  t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2395                  rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
2396 {
2397   gmx_mtop_t mtop;
2398   t_topology *ltop;
2399   int ePBC;
2400
2401   ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
2402
2403   *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
2404
2405   return ePBC;
2406 }
2407
2408 gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
2409 {
2410   switch (fn2ftp(file)) {
2411   case efTPR:
2412   case efTPB:
2413   case efTPA:
2414     return TRUE;
2415   default:
2416     return FALSE;
2417   }
2418 }
2419
2420 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
2421                    rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
2422 {
2423   t_tpxheader  header;
2424   int          natoms,i,version,generation;
2425   gmx_bool         bTop,bXNULL;
2426   gmx_mtop_t   *mtop;
2427   t_topology   *topconv;
2428   gmx_atomprop_t aps;
2429
2430   bTop = fn2bTPX(infile);
2431   *ePBC = -1;
2432   if (bTop) {
2433     read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
2434     if (x)
2435       snew(*x,header.natoms);
2436     if (v)
2437       snew(*v,header.natoms);
2438     snew(mtop,1);
2439     *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
2440                      (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
2441     *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
2442     sfree(mtop);
2443     strcpy(title,*top->name);
2444     tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
2445   }
2446   else {
2447     get_stx_coordnum(infile,&natoms);
2448     init_t_atoms(&top->atoms,natoms,FALSE);
2449     bXNULL = (x == NULL);
2450     snew(*x,natoms);
2451     if (v)
2452       snew(*v,natoms);
2453     read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
2454     if (bXNULL) {
2455       sfree(*x);
2456       x = NULL;
2457     }
2458     if (bMass) {
2459       aps = gmx_atomprop_init();
2460       for(i=0; (i<natoms); i++)
2461         if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
2462                                 *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2463                                 *top->atoms.atomname[i],
2464                                 &(top->atoms.atom[i].m))) {
2465           if (debug)
2466             fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
2467                     *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2468                     top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
2469                     *top->atoms.atomname[i]);
2470         }
2471       gmx_atomprop_destroy(aps);
2472     }
2473     top->idef.ntypes=-1;
2474   }
2475
2476   return bTop;
2477 }