src/gmxlib/tpxio.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREADS
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <ctype.h>
  47 #include "sysstuff.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "symtab.h"
  54 #include "futil.h"
  55 #include "filenm.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "topsort.h"
  58 #include "tpxio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "confio.h"
  61 #include "atomprop.h"
  62 #include "copyrite.h"
  63 #include "vec.h"
  64 #include "mtop_util.h"
  65
  66 /* This number should be increased whenever the file format changes! */
  67 static const int tpx_version = 75;
  68
  69 /* This number should only be increased when you edit the TOPOLOGY section
  70  * of the tpx format. This way we can maintain forward compatibility too
  71  * for all analysis tools and/or external programs that only need to
  72  * know the atom/residue names, charges, and bond connectivity.
  73  *
  74  * It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
  75  * to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
  76  * want the topology.
  77  */
  78 static const int tpx_generation = 23;
  79
  80 /* This number should be the most recent backwards incompatible version
  81  * I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
  82  */
  83 static const int tpx_incompatible_version = 9;
  84
  85
  86
  87 /* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
  88 typedef struct {
  89   int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
  90   int ftype; /* function type */
  91 } t_ftupd;
  92
  93 /*
  94  *The entries should be ordered in:
  95  * 1. ascending file version number
  96  * 2. ascending function type number
  97  */
  98 /*static const t_ftupd ftupd[] = {
  99   { 20, F_CUBICBONDS        },
 100   { 20, F_CONNBONDS         },
 101   { 20, F_HARMONIC          },
 102   { 20, F_EQM,              },
 103   { 22, F_DISRESVIOL        },
 104   { 22, F_ORIRES            },
 105   { 22, F_ORIRESDEV         },
 106   { 26, F_FOURDIHS          },
 107   { 26, F_PIDIHS            },
 108   { 26, F_DIHRES            },
 109   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 110   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 111   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 112   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 113   { 30, F_POLARIZATION      }
 114   };*/
 115
 116 /*
 117  *The entries should be ordered in:
 118  * 1. ascending function type number
 119  * 2. ascending file version number
 120  */
 121 static const t_ftupd ftupd[] = {
 122   { 20, F_CUBICBONDS        },
 123   { 20, F_CONNBONDS         },
 124   { 20, F_HARMONIC          },
 125   { 34, F_FENEBONDS         },
 126   { 43, F_TABBONDS          },
 127   { 43, F_TABBONDSNC        },
 128   { 70, F_RESTRBONDS        },
 129   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 130   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 131   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 132   { 34, F_QUARTIC_ANGLES    },
 133   { 43, F_TABANGLES         },
 134   { 26, F_FOURDIHS          },
 135   { 26, F_PIDIHS            },
 136   { 43, F_TABDIHS           },
 137   { 65, F_CMAP              },
 138   { 60, F_GB12              },
 139   { 61, F_GB13              },
 140   { 61, F_GB14              },
 141   { 72, F_GBPOL             },
 142   { 72, F_NPSOLVATION       },
 143   { 41, F_LJC14_Q           },
 144   { 41, F_LJC_PAIRS_NB      },
 145   { 32, F_BHAM_LR           },
 146   { 32, F_RF_EXCL           },
 147   { 32, F_COUL_RECIP        },
 148   { 46, F_DPD               },
 149   { 30, F_POLARIZATION      },
 150   { 36, F_THOLE_POL         },
 151   { 22, F_DISRESVIOL        },
 152   { 22, F_ORIRES            },
 153   { 22, F_ORIRESDEV         },
 154   { 26, F_DIHRES            },
 155   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 156   { 49, F_VSITE4FDN         },
 157   { 50, F_VSITEN            },
 158   { 46, F_COM_PULL          },
 159   { 20, F_EQM               },
 160   { 46, F_ECONSERVED        },
 161   { 69, F_VTEMP             },
 162   { 66, F_PDISPCORR         },
 163   { 54, F_DHDL_CON          },
 164 };
 165 #define NFTUPD asize(ftupd)
 166
 167 /* Needed for backward compatibility */
 168 #define MAXNODES 256
 169
 170 static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
 171                         int line)
 172 {
 173   char buf[STRLEN];
 174   gmx_bool bDbg;
 175
 176   if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
 177     if (!bRead) {
 178       gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
 179       bDbg       = gmx_fio_getdebug(fio);
 180       gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
 181       gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
 182       gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
 183     }
 184     else {
 185       if (gmx_fio_getdebug(fio))
 186         fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
 187                 itemstr[key],src,line);
 188
 189       do {
 190         gmx_fio_do_string(fio,buf);
 191       } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
 192
 193       if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
 194         gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
 195       else if (gmx_fio_getdebug(fio))
 196         fprintf(stderr," and found it\n");
 197     }
 198   }
 199 }
 200
 201 #define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
 202
 203 /**************************************************************
 204  *
 205  * Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
 206  *
 207  **************************************************************/
 208 static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
 209                        int file_version)
 210 {
 211   gmx_bool bDum=TRUE;
 212   int  i;
 213
 214   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
 215   if (bRead)
 216     snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
 217   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
 218   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
 219   if (bRead)
 220     snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
 221   bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
 222   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
 223   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
 224   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
 225   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
 226   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
 227   if (file_version >= 56) {
 228     gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
 229   } else {
 230     pgrp->kB = pgrp->k;
 231   }
 232 }
 233
 234 static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
 235 {
 236   int g;
 237
 238   gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
 239   gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
 240   gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
 241   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
 242   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
 243   gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
 244   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
 245   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
 246   if (bRead)
 247     snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
 248   for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
 249     do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
 250 }
 251
 252
 253 static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
 254 {
 255   gmx_bool bDum=TRUE;
 256   int  i;
 257
 258   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
 259   gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
 260   gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
 261   if (bRead)
 262     snew(rotg->ind,rotg->nat);
 263   gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
 264   if (bRead)
 265       snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
 266   gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
 267   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
 268   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
 269   gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
 270   gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
 271   gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
 272   gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
 273   gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
 274   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
 275   gmx_fio_do_int(fio,rotg->PotAngle_nstep);
 276   gmx_fio_do_real(fio,rotg->PotAngle_step);
 277 }
 278
 279 static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
 280 {
 281   int g;
 282
 283   gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
 284   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
 285   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
 286   if (bRead)
 287     snew(rot->grp,rot->ngrp);
 288   for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
 289     do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
 290 }
 291
 292
 293 static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
 294                         int file_version, real *fudgeQQ)
 295 {
 296     int  i,j,k,*tmp,idum=0;
 297     gmx_bool bDum=TRUE;
 298     real rdum,bd_temp;
 299     rvec vdum;
 300     gmx_bool bSimAnn;
 301     real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
 302
 303     if (file_version != tpx_version)
 304     {
 305         /* Give a warning about features that are not accessible */
 306         fprintf(stderr,"Note: tpx file_version %d, software version %d\n",
 307                 file_version,tpx_version);
 308     }
 309
 310     if (bRead)
 311     {
 312         init_inputrec(ir);
 313     }
 314
 315     if (file_version == 0)
 316     {
 317         return;
 318     }
 319
 320     /* Basic inputrec stuff */
 321     gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
 322     if (file_version >= 62) {
 323       gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
 324     } else {
 325       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 326       ir->nsteps = idum;
 327     }
 328     if(file_version > 25) {
 329       if (file_version >= 62) {
 330         gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
 331       } else {
 332         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 333         ir->init_step = idum;
 334       }
 335     }  else {
 336       ir->init_step=0;
 337     }
 338
 339         if(file_version >= 58)
 340           gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
 341         else
 342           ir->simulation_part=1;
 343
 344     if (file_version >= 67) {
 345       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
 346     } else {
 347       ir->nstcalcenergy = 1;
 348     }
 349     if (file_version < 53) {
 350       /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
 351        * since we always want it, also without reading the inputrec.
 352        */
 353       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
 354       if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
 355         ir->ePBC = epbcNONE;
 356       if (file_version >= 45) {
 357         gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
 358       } else {
 359         if (ir->ePBC == 2) {
 360           ir->ePBC = epbcXYZ;
 361           ir->bPeriodicMols = TRUE;
 362         } else {
 363         ir->bPeriodicMols = FALSE;
 364         }
 365       }
 366     }
 367     gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
 368     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
 369     gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
 370     if (file_version < 41) {
 371       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 372       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 373     }
 374     if (file_version >= 45)
 375       gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
 376     else
 377       ir->rtpi = 0.05;
 378     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
 379     if (file_version > 34)
 380       gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
 381     else if (ir->nstcomm < 0)
 382       ir->comm_mode = ecmANGULAR;
 383     else
 384       ir->comm_mode = ecmLINEAR;
 385     ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
 386
 387     if(file_version > 25)
 388       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
 389     else
 390       ir->nstcheckpoint=0;
 391
 392     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
 393
 394     if(file_version>=30)
 395       gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
 396     else if (bRead)
 397       ir->nbfgscorr = 10;
 398
 399     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
 400     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
 401     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
 402     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
 403     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
 404     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
 405     if (file_version >= 59) {
 406       gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
 407       gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
 408     } else {
 409       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 410       ir->init_t = rdum;
 411       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 412       ir->delta_t = rdum;
 413     }
 414     gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
 415     if (file_version < 19) {
 416       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 417       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 418     }
 419     if(file_version < 18)
 420       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 421     gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
 422     if (file_version >= 67) {
 423       gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
 424     }
 425     gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
 426     if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
 427       ir->coulombtype = eelRF_NEC;
 428     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
 429     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
 430     gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
 431     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
 432     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
 433     if (file_version < 67) {
 434       ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
 435     }
 436     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
 437     gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
 438     if (file_version >= 37) {
 439       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
 440     } else {
 441       if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
 442         ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
 443         ir->epsilon_r  = 1.0;
 444       } else {
 445         ir->epsilon_rf = 1.0;
 446       }
 447     }
 448     if (file_version >= 29)
 449       gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
 450     else
 451       ir->tabext=1.0;
 452
 453     if(file_version > 25) {
 454       gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
 455       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
 456       gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
 457       gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
 458       gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
 459     } else {
 460       ir->gb_algorithm=egbSTILL;
 461       ir->nstgbradii=1;
 462       ir->rgbradii=1.0;
 463       ir->gb_saltconc=0;
 464       ir->implicit_solvent=eisNO;
 465     }
 466         if(file_version>=55)
 467         {
 468                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
 469                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
 470                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
 471                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
 472                 if(file_version>=60)
 473                 {
 474                         gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
 475                         gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
 476                 }
 477                 else
 478                 {
 479                         ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
 480                         ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
 481                 }
 482                 gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
 483
 484     /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
 485     if(ir->sa_surface_tension<0)
 486     {
 487       if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
 488       {
 489         ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
 490       }
 491       else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
 492       {
 493         ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
 494       }
 495     }
 496
 497         }
 498         else
 499         {
 500                 /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
 501                 ir->gb_epsilon_solvent = 80;
 502                 ir->gb_obc_alpha       = 1.0;
 503                 ir->gb_obc_beta        = 0.8;
 504                 ir->gb_obc_gamma       = 4.85;
 505                 ir->sa_surface_tension = 2.092;
 506         }
 507
 508
 509     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
 510     gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
 511     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
 512     gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
 513     gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
 514
 515     if (file_version >=24)
 516       gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
 517     else
 518       ir->ewald_geometry=eewg3D;
 519
 520     if (file_version <=17) {
 521       ir->epsilon_surface=0;
 522       if (file_version==17)
 523         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 524     }
 525     else
 526       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
 527
 528     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
 529
 530     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
 531     gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
 532     /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
 533      * but the values 0 and 1 still mean no and
 534      * berendsen temperature coupling, respectively.
 535      */
 536     if (file_version >= 71)
 537     {
 538         gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
 539     }
 540     else
 541     {
 542         ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
 543     }
 544     if (file_version <= 15)
 545     {
 546         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 547     }
 548     if (file_version <=17)
 549     {
 550         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 551         if (file_version <= 15)
 552         {
 553             if (ir->epct == 5)
 554             {
 555                 ir->epct = epctSURFACETENSION;
 556             }
 557             gmx_fio_do_int(fio,idum);
 558         }
 559         ir->epct -= 1;
 560         /* we have removed the NO alternative at the beginning */
 561         if(ir->epct==-1)
 562         {
 563             ir->epc=epcNO;
 564             ir->epct=epctISOTROPIC;
 565         }
 566         else
 567         {
 568             ir->epc=epcBERENDSEN;
 569         }
 570     }
 571     else
 572     {
 573         gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
 574         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 575     }
 576     if (file_version >= 71)
 577     {
 578         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
 579     }
 580     else
 581     {
 582         ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
 583     }
 584     gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
 585     if (file_version <= 15) {
 586       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 587       clear_mat(ir->ref_p);
 588       for(i=0; i<DIM; i++)
 589         ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
 590     } else {
 591       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
 592       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
 593       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
 594     }
 595     if (file_version <= 15) {
 596       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 597       clear_mat(ir->compress);
 598       for(i=0; i<DIM; i++)
 599         ir->compress[i][i] = vdum[i];
 600     }
 601     else {
 602       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
 603       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
 604       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
 605     }
 606     if (file_version >= 47) {
 607       gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
 608       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
 609       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
 610     } else {
 611       ir->refcoord_scaling = erscNO;
 612       clear_rvec(ir->posres_com);
 613       clear_rvec(ir->posres_comB);
 614     }
 615     if(file_version > 25)
 616       gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
 617     else
 618       ir->andersen_seed=0;
 619
 620     if(file_version < 26) {
 621       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
 622       gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
 623     }
 624
 625     if (file_version < 37)
 626       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 627
 628     gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
 629     if (file_version < 54)
 630       gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
 631     gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
 632     if (file_version <= 14 && ir->efep > efepNO)
 633       ir->efep = efepYES;
 634     if (file_version >= 59) {
 635       gmx_fio_do_double(fio, ir->init_lambda);
 636       gmx_fio_do_double(fio, ir->delta_lambda);
 637     } else {
 638       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 639       ir->init_lambda = rdum;
 640       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 641       ir->delta_lambda = rdum;
 642     }
 643     if (file_version >= 64) {
 644       gmx_fio_do_int(fio,ir->n_flambda);
 645       if (bRead) {
 646         snew(ir->flambda,ir->n_flambda);
 647       }
 648       bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,ir->flambda,ir->n_flambda);
 649     } else {
 650       ir->n_flambda = 0;
 651       ir->flambda   = NULL;
 652     }
 653     if (file_version >= 13)
 654       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_alpha);
 655     else
 656       ir->sc_alpha = 0;
 657     if (file_version >= 38)
 658       gmx_fio_do_int(fio,ir->sc_power);
 659     else
 660       ir->sc_power = 2;
 661     if (file_version >= 15)
 662       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_sigma);
 663     else
 664       ir->sc_sigma = 0.3;
 665     if (bRead)
 666     {
 667         if (file_version >= 71)
 668         {
 669             ir->sc_sigma_min = ir->sc_sigma;
 670         }
 671         else
 672         {
 673             ir->sc_sigma_min = 0;
 674         }
 675     }
 676     if (file_version >= 64) {
 677       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdhdl);
 678     } else {
 679       ir->nstdhdl = 1;
 680     }
 681
 682     if (file_version >= 73)
 683     {
 684         gmx_fio_do_int(fio, ir->separate_dhdl_file);
 685         gmx_fio_do_int(fio, ir->dhdl_derivatives);
 686     }
 687     else
 688     {
 689         ir->separate_dhdl_file = sepdhdlfileYES;
 690         ir->dhdl_derivatives = dhdlderivativesYES;
 691     }
 692
 693     if (file_version >= 71)
 694     {
 695         gmx_fio_do_int(fio,ir->dh_hist_size);
 696         gmx_fio_do_double(fio,ir->dh_hist_spacing);
 697     }
 698     else
 699     {
 700         ir->dh_hist_size    = 0;
 701         ir->dh_hist_spacing = 0.1;
 702     }
 703     if (file_version >= 57) {
 704       gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
 705     }
 706     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
 707     if (file_version < 22) {
 708       if (ir->eDisreWeighting == 0)
 709         ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
 710       else
 711         ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
 712     }
 713     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
 714     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
 715     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
 716     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
 717     if (file_version >= 22) {
 718       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
 719       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
 720       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
 721     } else {
 722       ir->orires_fc = 0;
 723       ir->orires_tau = 0;
 724       ir->nstorireout = 0;
 725     }
 726     if(file_version >= 26) {
 727       gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
 728       if (file_version < 56) {
 729         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 730         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 731       }
 732     } else {
 733       ir->dihre_fc=0;
 734     }
 735
 736     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
 737     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
 738     if (file_version >= 22)
 739       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
 740     else if (bRead)
 741       ir->bShakeSOR = TRUE;
 742     if (file_version >= 11)
 743       gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
 744     else if (bRead) {
 745       ir->niter = 25;
 746       fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
 747               ir->niter);
 748     }
 749     if (file_version >= 21)
 750       gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
 751     else
 752       ir->fc_stepsize = 0;
 753     gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
 754     gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
 755     gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
 756     if (file_version <= 14)
 757       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 758     if (file_version >=26)
 759       gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
 760     else if (bRead) {
 761       ir->nLincsIter = 1;
 762       fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
 763               ir->nLincsIter);
 764     }
 765     if (file_version < 33)
 766       gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
 767     gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
 768     gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
 769     if (file_version >= 33) {
 770       for(i=0; i<DIM; i++)
 771         gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
 772     } else {
 773       for(i=0; i<DIM; i++)
 774         clear_rvec(ir->deform[i]);
 775     }
 776     if (file_version >= 14)
 777       gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
 778     else if (bRead)
 779       ir->cos_accel = 0;
 780     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
 781     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
 782     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
 783     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
 784     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
 785     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
 786     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
 787     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
 788
 789     /* AdResS stuff */
 790     if (file_version >= 75) {
 791       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bAdress);
 792       if(ir->bAdress){
 793           if (bRead) snew(ir->adress, 1);
 794           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->type);
 795           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->const_wf);
 796           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->ex_width);
 797           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->hy_width);
 798           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->icor);
 799           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->site);
 800           gmx_fio_do_rvec(fio,ir->adress->refs);
 801           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->n_tf_grps);
 802           gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->ex_forcecap);
 803           gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->n_energy_grps);
 804           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->do_hybridpairs);
 805
 806           if (bRead)snew(ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
 807           if (ir->adress->n_tf_grps > 0) {
 808             bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
 809           }
 810           if (bRead)snew(ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
 811           if (ir->adress->n_energy_grps > 0) {
 812             bDum=gmx_fio_ndo_int(fio, ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
 813           }
 814       }
 815     } else {
 816       ir->bAdress = FALSE;
 817     }
 818
 819     /* pull stuff */
 820     if (file_version >= 48) {
 821       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
 822       if (ir->ePull != epullNO) {
 823         if (bRead)
 824           snew(ir->pull,1);
 825         do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
 826       }
 827     } else {
 828       ir->ePull = epullNO;
 829     }
 830
 831     /* Enforced rotation */
 832     if (file_version >= 74) {
 833         gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
 834         if (ir->bRot == TRUE) {
 835             if (bRead)
 836                 snew(ir->rot,1);
 837             do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
 838         }
 839     } else {
 840         ir->bRot = FALSE;
 841     }
 842
 843     /* grpopts stuff */
 844     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
 845     if (file_version >= 69) {
 846       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
 847     } else {
 848       ir->opts.nhchainlength = 1;
 849     }
 850     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
 851     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
 852     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
 853
 854     if (bRead) {
 855       snew(ir->opts.nrdf,   ir->opts.ngtc);
 856       snew(ir->opts.ref_t,  ir->opts.ngtc);
 857       snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
 858       snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
 859       snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
 860       snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
 861       snew(ir->opts.tau_t,  ir->opts.ngtc);
 862       snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 863       snew(ir->opts.acc,    ir->opts.ngacc);
 864       snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 865     }
 866     if (ir->opts.ngtc > 0) {
 867       if (bRead && file_version<13) {
 868         snew(tmp,ir->opts.ngtc);
 869         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
 870         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 871           ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
 872         sfree(tmp);
 873       } else {
 874         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
 875       }
 876       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
 877       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
 878       if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
 879         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 880           ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
 881       }
 882     }
 883     if (ir->opts.ngfrz > 0)
 884       bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 885     if (ir->opts.ngacc > 0)
 886       gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
 887     if (file_version >= 12)
 888       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
 889                            ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 890
 891     if(bRead && file_version < 26) {
 892       for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
 893         if(bSimAnn) {
 894           ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
 895           ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
 896           snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
 897           snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
 898           /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
 899           finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
 900           init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
 901           finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
 902           ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
 903           ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
 904           ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
 905           ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
 906         } else {
 907           ir->opts.annealing[i] = eannNO;
 908           ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
 909         }
 910       }
 911     } else {
 912       /* file version 26 or later */
 913       /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
 914       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
 915       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
 916       for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
 917         k=ir->opts.anneal_npoints[j];
 918         if(bRead) {
 919           snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
 920           snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
 921         }
 922         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
 923         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
 924       }
 925     }
 926     /* Walls */
 927     if (file_version >= 45) {
 928       gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
 929       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
 930       if (file_version >= 50)
 931         gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
 932       else
 933         ir->wall_r_linpot = -1;
 934       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
 935       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
 936       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
 937       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
 938       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
 939     } else {
 940       ir->nwall = 0;
 941       ir->wall_type = 0;
 942       ir->wall_atomtype[0] = -1;
 943       ir->wall_atomtype[1] = -1;
 944       ir->wall_density[0] = 0;
 945       ir->wall_density[1] = 0;
 946       ir->wall_ewald_zfac = 3;
 947     }
 948     /* Cosine stuff for electric fields */
 949     for(j=0; (j<DIM); j++) {
 950       gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
 951       gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
 952       if (bRead) {
 953         snew(ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 954         snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 955         snew(ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 956         snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 957       }
 958       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 959       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 960       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 961       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 962     }
 963
 964     /* QMMM stuff */
 965     if(file_version>=39){
 966       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
 967       gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
 968       gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
 969       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
 970       if (bRead) {
 971         snew(ir->opts.QMmethod,    ir->opts.ngQM);
 972         snew(ir->opts.QMbasis,     ir->opts.ngQM);
 973         snew(ir->opts.QMcharge,    ir->opts.ngQM);
 974         snew(ir->opts.QMmult,      ir->opts.ngQM);
 975         snew(ir->opts.bSH,         ir->opts.ngQM);
 976         snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
 977         snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 978         snew(ir->opts.SAon,        ir->opts.ngQM);
 979         snew(ir->opts.SAoff,       ir->opts.ngQM);
 980         snew(ir->opts.SAsteps,     ir->opts.ngQM);
 981         snew(ir->opts.bOPT,        ir->opts.ngQM);
 982         snew(ir->opts.bTS,         ir->opts.ngQM);
 983       }
 984       if (ir->opts.ngQM > 0) {
 985         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
 986         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
 987         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
 988         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
 989         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
 990         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
 991         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 992         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
 993         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
 994         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
 995         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
 996         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
 997       }
 998       /* end of QMMM stuff */
 999     }
1000 }
1001
1002
1003 static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
1004 {
1005   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
1006   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
1007   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1008   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1009 }
1010
1011 void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
1012                 gmx_bool bRead, int file_version)
1013 {
1014   int i;
1015   gmx_bool bDum;
1016   real rdum;
1017
1018   if (!bRead)
1019     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1020   switch (ftype) {
1021   case F_ANGLES:
1022   case F_G96ANGLES:
1023   case F_BONDS:
1024   case F_G96BONDS:
1025   case F_HARMONIC:
1026   case F_IDIHS:
1027     do_harm(fio, iparams,bRead);
1028     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
1029       /* Correct incorrect storage of parameters */
1030       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1031       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1032     }
1033     break;
1034   case F_FENEBONDS:
1035     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
1036     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
1037     break;
1038   case F_RESTRBONDS:
1039     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
1040     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
1041     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
1042     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
1043     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
1044     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
1045     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
1046     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
1047     break;
1048   case F_TABBONDS:
1049   case F_TABBONDSNC:
1050   case F_TABANGLES:
1051   case F_TABDIHS:
1052     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
1053     gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
1054     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
1055     break;
1056   case F_CROSS_BOND_BONDS:
1057     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
1058     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
1059     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
1060     break;
1061   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1062     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
1063     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
1064     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
1065     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
1066     break;
1067   case F_UREY_BRADLEY:
1068     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.theta);
1069     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.ktheta);
1070     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13);
1071     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUB);
1072     break;
1073   case F_QUARTIC_ANGLES:
1074     gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
1075     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
1076     break;
1077   case F_BHAM:
1078     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
1079     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
1080     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
1081     break;
1082   case F_MORSE:
1083     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0);
1084     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cb);
1085     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.beta);
1086     break;
1087   case F_CUBICBONDS:
1088     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
1089     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
1090     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
1091     break;
1092   case F_CONNBONDS:
1093     break;
1094   case F_POLARIZATION:
1095     gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
1096     break;
1097   case F_WATER_POL:
1098     if (file_version < 31)
1099       gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
1100     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
1101     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
1102     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
1103     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
1104     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
1105     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
1106     break;
1107   case F_THOLE_POL:
1108     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
1109     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
1110     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
1111     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
1112     break;
1113   case F_LJ:
1114     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
1115     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
1116     break;
1117   case F_LJ14:
1118     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
1119     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
1120     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
1121     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
1122     break;
1123   case F_LJC14_Q:
1124     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
1125     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
1126     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
1127     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
1128     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
1129     break;
1130   case F_LJC_PAIRS_NB:
1131     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
1132     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
1133     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
1134     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
1135     break;
1136   case F_PDIHS:
1137   case F_PIDIHS:
1138   case F_ANGRES:
1139   case F_ANGRESZ:
1140     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
1141     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
1142     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
1143       /* Read the incorrectly stored multiplicity */
1144       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1145       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1146       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1147       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1148     } else {
1149       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
1150       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
1151       gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
1152     }
1153     break;
1154   case F_DISRES:
1155     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
1156     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
1157     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
1158     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
1159     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
1160     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
1161     break;
1162   case F_ORIRES:
1163     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
1164     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
1165     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
1166     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
1167     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
1168     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
1169     break;
1170   case F_DIHRES:
1171     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.power);
1172     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.label);
1173     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phi);
1174     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphi);
1175     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfac);
1176     break;
1177   case F_POSRES:
1178     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
1179     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
1180     if (bRead && file_version < 27) {
1181       copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
1182       copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
1183     } else {
1184       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
1185       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
1186     }
1187     break;
1188   case F_RBDIHS:
1189     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
1190     if(file_version>=25)
1191       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
1192     break;
1193   case F_FOURDIHS:
1194     /* Fourier dihedrals are internally represented
1195      * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
1196      */
1197      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
1198      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
1199     break;
1200   case F_CONSTR:
1201   case F_CONSTRNC:
1202     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
1203     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
1204     break;
1205   case F_SETTLE:
1206     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
1207     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
1208     break;
1209   case F_VSITE2:
1210     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1211     break;
1212   case F_VSITE3:
1213   case F_VSITE3FD:
1214   case F_VSITE3FAD:
1215     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1216     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1217     break;
1218   case F_VSITE3OUT:
1219   case F_VSITE4FD:
1220   case F_VSITE4FDN:
1221     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1222     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1223     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
1224     break;
1225   case F_VSITEN:
1226     gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
1227     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
1228     break;
1229   case F_GB12:
1230   case F_GB13:
1231   case F_GB14:
1232     /* We got rid of some parameters in version 68 */
1233     if(bRead && file_version<68)
1234     {
1235         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1236         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1237         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1238         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1239     }
1240         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
1241         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
1242         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
1243         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
1244         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
1245         break;
1246   case F_CMAP:
1247         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
1248         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
1249     break;
1250   default:
1251     gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1252
1253                 ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
1254   }
1255   if (!bRead)
1256     gmx_fio_unset_comment(fio);
1257 }
1258
1259 static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
1260                      int ftype)
1261 {
1262   int  i,k,idum;
1263   gmx_bool bDum=TRUE;
1264
1265   if (!bRead) {
1266     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1267   }
1268   if (file_version < 44) {
1269     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1270       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1271   }
1272   gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
1273   if (bRead)
1274     snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
1275   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
1276   if (!bRead)
1277     gmx_fio_unset_comment(fio);
1278 }
1279
1280 static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
1281                         gmx_bool bRead, int file_version)
1282 {
1283   int  idum,i,j;
1284   gmx_bool bDum=TRUE;
1285   unsigned int k;
1286
1287   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
1288   if (file_version < 57) {
1289     gmx_fio_do_int(fio,idum);
1290   }
1291   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
1292   if (bRead && debug)
1293     fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
1294             ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
1295   if (bRead) {
1296     snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1297     snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
1298   }
1299   /* Read/write all the function types */
1300   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1301   if (bRead && debug)
1302     pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
1303
1304   if (file_version >= 66) {
1305     gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
1306   } else {
1307     ffparams->reppow = 12.0;
1308   }
1309
1310   if (file_version >= 57) {
1311     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1312   }
1313
1314   /* Check whether all these function types are supported by the code.
1315    * In practice the code is backwards compatible, which means that the
1316    * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
1317    */
1318   for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
1319     if (bRead)
1320       /* Loop over file versions */
1321       for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
1322         /* Compare the read file_version to the update table */
1323         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
1324             (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
1325           ffparams->functype[i] += 1;
1326           if (debug) {
1327             fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
1328                     i,ffparams->functype[i],
1329                     interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
1330             fflush(debug);
1331           }
1332         }
1333
1334     do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
1335                file_version);
1336     if (bRead && debug)
1337       pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
1338   }
1339 }
1340
1341 static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
1342                       int file_version)
1343 {
1344   int i,j,renum[F_NRE];
1345   gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
1346   unsigned int k;
1347
1348   for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
1349     bClear = FALSE;
1350     if (bRead)
1351       for (k=0; k<NFTUPD; k++)
1352         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
1353           bClear = TRUE;
1354     if (bClear) {
1355       ilist[j].nr = 0;
1356       ilist[j].iatoms = NULL;
1357     } else {
1358       do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
1359     }
1360     /*
1361     if (bRead && gmx_debug_at)
1362       pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
1363                functype,&ilist[j],TRUE);
1364     */
1365   }
1366 }
1367
1368 static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
1369                     gmx_bool bRead, int file_version)
1370 {
1371   do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
1372
1373   if (file_version >= 54) {
1374     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1375   }
1376
1377   do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1378 }
1379
1380 static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
1381 {
1382   int  i,idum,dum_nra,*dum_a;
1383   gmx_bool bDum=TRUE;
1384
1385   if (file_version < 44)
1386     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1387       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1388   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1389   if (file_version < 51)
1390     gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
1391   if (bRead) {
1392     block->nalloc_index = block->nr+1;
1393     snew(block->index,block->nalloc_index);
1394   }
1395   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1396
1397   if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
1398     snew(dum_a,dum_nra);
1399     bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
1400     sfree(dum_a);
1401   }
1402 }
1403
1404 static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
1405                       int file_version)
1406 {
1407   int  i,idum;
1408   gmx_bool bDum=TRUE;
1409
1410   if (file_version < 44)
1411     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1412       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1413   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1414   gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
1415   if (bRead) {
1416     block->nalloc_index = block->nr+1;
1417     snew(block->index,block->nalloc_index);
1418     block->nalloc_a = block->nra;
1419     snew(block->a,block->nalloc_a);
1420   }
1421   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1422   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
1423 }
1424
1425 static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
1426                     int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
1427 {
1428   int i,myngrp;
1429
1430   gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
1431   gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
1432   gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
1433   gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
1434   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
1435   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
1436   gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
1437   gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
1438   if (file_version >= 52)
1439     gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
1440   else if (bRead)
1441     atom->atomnumber = NOTSET;
1442   if (file_version < 23)
1443     myngrp = 8;
1444   else if (file_version < 39)
1445     myngrp = 9;
1446   else
1447     myngrp = ngrp;
1448
1449   if (file_version < 57) {
1450     unsigned char uchar[egcNR];
1451     gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
1452     for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
1453       uchar[i] = 0;
1454     }
1455     /* Copy the old data format to the groups struct */
1456     for(i=0; i<ngrp; i++) {
1457       groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
1458     }
1459   }
1460 }
1461
1462 static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
1463                     int file_version)
1464 {
1465   int i,j,myngrp;
1466   gmx_bool bDum=TRUE;
1467
1468   if (file_version < 23)
1469     myngrp = 8;
1470   else if (file_version < 39)
1471     myngrp = 9;
1472   else
1473     myngrp = ngrp;
1474
1475   for(j=0; (j<ngrp); j++) {
1476     if (j<myngrp) {
1477       gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
1478       if (bRead)
1479         snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1480       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1481     }
1482     else {
1483       grps[j].nr = 1;
1484       snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1485     }
1486   }
1487 }
1488
1489 static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
1490 {
1491   int ls;
1492
1493   if (bRead) {
1494     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1495     *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
1496   }
1497   else {
1498     ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
1499     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1500   }
1501 }
1502
1503 static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
1504                       t_symtab *symtab)
1505 {
1506   int  j;
1507
1508   for (j=0; (j<nstr); j++)
1509     do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
1510 }
1511
1512 static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
1513                        t_symtab *symtab, int file_version)
1514 {
1515   int  j;
1516
1517   for (j=0; (j<n); j++) {
1518     do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
1519     if (file_version >= 63) {
1520       gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
1521       gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
1522     } else {
1523       ri[j].nr = j + 1;
1524       ri[j].ic = ' ';
1525     }
1526   }
1527 }
1528
1529 static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1530                      int file_version,
1531                      gmx_groups_t *groups)
1532 {
1533   int i;
1534
1535   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
1536   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
1537   if (file_version < 57) {
1538     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1539     for(i=0; i<egcNR; i++) {
1540       groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
1541       snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
1542     }
1543   }
1544   if (bRead) {
1545     snew(atoms->atom,atoms->nr);
1546     snew(atoms->atomname,atoms->nr);
1547     snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
1548     snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
1549     snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
1550     if (file_version < 57) {
1551       snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1552     }
1553     atoms->pdbinfo = NULL;
1554   }
1555   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
1556     do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
1557   }
1558   do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
1559   if (bRead && (file_version <= 20)) {
1560     for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
1561       atoms->atomtype[i]  = put_symtab(symtab,"?");
1562       atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
1563     }
1564   } else {
1565     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
1566     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
1567   }
1568   do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
1569
1570   if (file_version < 57) {
1571     do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1572
1573     do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1574   }
1575 }
1576
1577 static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
1578                       gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1579                       int file_version)
1580 {
1581   int  g,n,i;
1582   gmx_bool bDum=TRUE;
1583
1584   do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1585   gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1586   if (bRead) {
1587     snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1588   }
1589   do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1590   for(g=0; g<egcNR; g++) {
1591     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
1592     if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
1593       if (bRead) {
1594         groups->grpnr[g] = NULL;
1595       }
1596     } else {
1597       if (bRead) {
1598         snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1599       }
1600       bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1601     }
1602   }
1603 }
1604
1605 static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
1606                          t_symtab *symtab,int file_version)
1607 {
1608   int i,j;
1609   gmx_bool bDum = TRUE;
1610
1611   if (file_version > 25) {
1612     gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
1613     j=atomtypes->nr;
1614     if (bRead) {
1615       snew(atomtypes->radius,j);
1616       snew(atomtypes->vol,j);
1617       snew(atomtypes->surftens,j);
1618       snew(atomtypes->atomnumber,j);
1619       snew(atomtypes->gb_radius,j);
1620       snew(atomtypes->S_hct,j);
1621     }
1622     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
1623     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
1624     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
1625     if(file_version >= 40)
1626     {
1627         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
1628     }
1629         if(file_version >= 60)
1630         {
1631                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
1632                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
1633         }
1634   } else {
1635     /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
1636      * so they dont use this structure
1637      */
1638     atomtypes->nr = 0;
1639     atomtypes->radius = NULL;
1640     atomtypes->vol = NULL;
1641     atomtypes->surftens = NULL;
1642     atomtypes->atomnumber = NULL;
1643     atomtypes->gb_radius = NULL;
1644     atomtypes->S_hct = NULL;
1645   }
1646 }
1647
1648 static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
1649 {
1650   int i,nr;
1651   t_symbuf *symbuf;
1652   char buf[STRLEN];
1653
1654   gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
1655   nr     = symtab->nr;
1656   if (bRead) {
1657     snew(symtab->symbuf,1);
1658     symbuf = symtab->symbuf;
1659     symbuf->bufsize = nr;
1660     snew(symbuf->buf,nr);
1661     for (i=0; (i<nr); i++) {
1662       gmx_fio_do_string(fio,buf);
1663       symbuf->buf[i]=strdup(buf);
1664     }
1665   }
1666   else {
1667     symbuf = symtab->symbuf;
1668     while (symbuf!=NULL) {
1669       for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
1670         gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
1671       nr-=i;
1672       symbuf=symbuf->next;
1673     }
1674     if (nr != 0)
1675       gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
1676   }
1677 }
1678
1679 static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
1680 {
1681         int i,j,ngrid,gs,nelem;
1682
1683         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
1684         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
1685
1686         ngrid = cmap_grid->ngrid;
1687         gs    = cmap_grid->grid_spacing;
1688         nelem = gs * gs;
1689
1690         if(bRead)
1691         {
1692                 snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
1693
1694                 for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1695                 {
1696                         snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
1697                 }
1698         }
1699
1700         for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1701         {
1702                 for(j=0;j<nelem;j++)
1703                 {
1704                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1705                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1706                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1707                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1708                 }
1709         }
1710 }
1711
1712
1713 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
1714 {
1715     int m,a,a0,a1,r;
1716     char c,chainid;
1717     int  chainnum;
1718
1719     /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
1720      * for larger molecules.
1721      */
1722 #define CHAIN_MIN_ATOMS 15
1723
1724     chainnum=0;
1725     chainid='A';
1726     for(m=0; m<mols->nr; m++)
1727     {
1728         a0=mols->index[m];
1729         a1=mols->index[m+1];
1730         if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
1731         {
1732             c=chainid;
1733             chainid++;
1734         }
1735         else
1736         {
1737             c=' ';
1738         }
1739         for(a=a0; a<a1; a++)
1740         {
1741             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
1742             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid  = c;
1743         }
1744         chainnum++;
1745     }
1746
1747     /* Blank out the chain id if there was only one chain */
1748     if (chainid == 'B')
1749     {
1750         for(r=0; r<atoms->nres; r++)
1751         {
1752             atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
1753         }
1754     }
1755 }
1756
1757 static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
1758                        t_symtab *symtab, int file_version,
1759                        gmx_groups_t *groups)
1760 {
1761   int i;
1762
1763   if (file_version >= 57) {
1764     do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
1765   }
1766
1767   do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
1768
1769   if (bRead && gmx_debug_at) {
1770     pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
1771   }
1772
1773   if (file_version >= 57) {
1774     do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1775
1776     do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
1777     if (bRead && gmx_debug_at) {
1778       pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
1779     }
1780   }
1781
1782   /* This used to be in the atoms struct */
1783   do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
1784 }
1785
1786 static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
1787                         int file_version)
1788 {
1789   int i;
1790
1791   gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
1792   gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
1793   gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
1794   /* Position restraint coordinates */
1795   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
1796   if (molb->nposres_xA > 0) {
1797     if (bRead) {
1798       snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1799     }
1800     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1801   }
1802   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
1803   if (molb->nposres_xB > 0) {
1804     if (bRead) {
1805       snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1806     }
1807     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1808   }
1809
1810 }
1811
1812 static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
1813 {
1814   int mb,m,a,mol;
1815   t_block mols;
1816
1817   mols.nr = 0;
1818   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1819     mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
1820   }
1821   mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
1822   snew(mols.index,mols.nalloc_index);
1823
1824   a = 0;
1825   m = 0;
1826   mols.index[m] = a;
1827   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1828     for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
1829       a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
1830       m++;
1831       mols.index[m] = a;
1832     }
1833   }
1834
1835   return mols;
1836 }
1837
1838 static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
1839 {
1840   t_ilist *il;
1841   int am,i,mol,a;
1842   gmx_bool bFE;
1843   gmx_molblock_t *molb;
1844   t_iparams *ip;
1845
1846   il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
1847   if (il->nr == 0) {
1848     return;
1849   }
1850   am = 0;
1851   bFE = FALSE;
1852   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1853     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1854     am = max(am,il->iatoms[i+1]);
1855     if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
1856         ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
1857         ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
1858       bFE = TRUE;
1859     }
1860   }
1861   /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
1862   mol = 0;
1863   while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
1864     mol++;
1865   }
1866   molb = &mtop->molblock[0];
1867   molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
1868   snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1869   if (bFE) {
1870     molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
1871     snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1872   } else {
1873     molb->nposres_xB = 0;
1874   }
1875   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1876     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1877     a  = il->iatoms[i+1];
1878     molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
1879     molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
1880     molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
1881     if (bFE) {
1882       molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
1883       molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
1884       molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
1885     }
1886   }
1887 }
1888
1889 static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
1890 {
1891   int mt,i,npair;
1892   t_iparams *ip;
1893   t_ilist *il;
1894   t_iatom *a;
1895
1896   ip = mtop->ffparams.iparams;
1897
1898   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1899     il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
1900     if (il->nr > 0) {
1901       a = il->iatoms;
1902       npair = 0;
1903       for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
1904         npair++;
1905         if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
1906           ip[a[i]].disres.npair = npair;
1907           npair = 0;
1908         }
1909       }
1910     }
1911   }
1912 }
1913
1914 static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
1915                     int file_version)
1916 {
1917   int  mt,mb,i;
1918   t_blocka dumb;
1919
1920   if (bRead)
1921     init_mtop(mtop);
1922   do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
1923   if (bRead && debug)
1924     pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
1925
1926   do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
1927
1928   if (file_version >= 57) {
1929     do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
1930
1931     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
1932   } else {
1933     mtop->nmoltype = 1;
1934   }
1935   if (bRead) {
1936     snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
1937     if (file_version < 57) {
1938       mtop->moltype[0].name = mtop->name;
1939     }
1940   }
1941   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1942     do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
1943                &mtop->groups);
1944   }
1945
1946   if (file_version >= 57) {
1947     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
1948   } else {
1949     mtop->nmolblock = 1;
1950   }
1951   if (bRead) {
1952     snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
1953   }
1954   if (file_version >= 57) {
1955     for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1956       do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
1957     }
1958     gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
1959   } else {
1960     mtop->molblock[0].type = 0;
1961     mtop->molblock[0].nmol = 1;
1962     mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1963     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
1964     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
1965   }
1966
1967   do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
1968   if (bRead && debug)
1969     pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
1970
1971   if (file_version < 57) {
1972     /* Debug statements are inside do_idef */
1973     do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
1974     mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1975   }
1976
1977   if(file_version >= 65)
1978   {
1979       do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
1980   }
1981   else
1982   {
1983       mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
1984       mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0.1;
1985       mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = NULL;
1986   }
1987
1988   if (file_version >= 57) {
1989     do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
1990   }
1991
1992   if (file_version < 57) {
1993     do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
1994     if (bRead && gmx_debug_at) {
1995       pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
1996     }
1997     do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
1998     /* Add the posres coordinates to the molblock */
1999     add_posres_molblock(mtop);
2000   }
2001   if (bRead) {
2002     if (file_version >= 57) {
2003       mtop->mols = mtop_mols(mtop);
2004     }
2005     if (gmx_debug_at) {
2006       pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
2007     }
2008   }
2009
2010   if (file_version < 51) {
2011     /* Here used to be the shake blocks */
2012     do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
2013     if (dumb.nr > 0)
2014       sfree(dumb.index);
2015     if (dumb.nra > 0)
2016       sfree(dumb.a);
2017   }
2018
2019   if (bRead) {
2020     close_symtab(&(mtop->symtab));
2021   }
2022 }
2023
2024 /* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
2025  * of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
2026  * If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
2027  * if the file is newer than the program.
2028  *
2029  * The version and generation if the topology (see top of this file)
2030  * are returned in the two last arguments.
2031  *
2032  * If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
2033  */
2034 static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
2035                          gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
2036                          int *file_generation)
2037 {
2038   char  buf[STRLEN];
2039   gmx_bool  bDouble;
2040   int   precision;
2041   int   fver,fgen;
2042   int   idum=0;
2043   real  rdum=0;
2044
2045   gmx_fio_checktype(fio);
2046   gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
2047
2048   /* NEW! XDR tpb file */
2049   precision = sizeof(real);
2050   if (bRead) {
2051     gmx_fio_do_string(fio,buf);
2052     if (strncmp(buf,"VERSION",7))
2053       gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
2054                   "             this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
2055                   "             Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
2056                   gmx_fio_getname(fio));
2057     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2058     bDouble = (precision == sizeof(double));
2059     if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
2060       gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
2061                   "instead of %d or %d",
2062                   gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
2063     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2064     fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
2065             gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
2066   }
2067   else {
2068     gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
2069     bDouble = (precision == sizeof(double));
2070     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2071     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2072     fver = tpx_version;
2073     fgen = tpx_generation;
2074   }
2075
2076   /* Check versions! */
2077   gmx_fio_do_int(fio,fver);
2078
2079   if(fver>=26)
2080     gmx_fio_do_int(fio,fgen);
2081   else
2082     fgen=0;
2083
2084   if(file_version!=NULL)
2085     *file_version = fver;
2086   if(file_generation!=NULL)
2087     *file_generation = fgen;
2088
2089
2090   if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
2091       ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
2092       (fgen > tpx_generation))
2093     gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
2094                 gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
2095
2096   do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
2097   gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
2098   if (fver >= 28)
2099     gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
2100   else
2101     tpx->ngtc = 0;
2102   if (fver < 62) {
2103     gmx_fio_do_int(fio,idum);
2104     gmx_fio_do_real(fio,rdum);
2105   }
2106   gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
2107   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
2108   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
2109   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
2110   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
2111   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
2112   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
2113
2114   if((fgen > tpx_generation)) {
2115     /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
2116     tpx->bIr=FALSE;
2117   }
2118 }
2119
2120 static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
2121                   t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
2122                   gmx_bool bXVallocated)
2123 {
2124   t_tpxheader tpx;
2125   t_inputrec  dum_ir;
2126   gmx_mtop_t  dum_top;
2127   gmx_bool        TopOnlyOK,bDum=TRUE;
2128   int         file_version,file_generation;
2129   int         i;
2130   rvec        *xptr,*vptr;
2131   int         ePBC;
2132   gmx_bool        bPeriodicMols;
2133
2134   if (!bRead) {
2135     tpx.natoms = state->natoms;
2136     tpx.ngtc   = state->ngtc;
2137     tpx.lambda = state->lambda;
2138     tpx.bIr  = (ir       != NULL);
2139     tpx.bTop = (mtop     != NULL);
2140     tpx.bX   = (state->x != NULL);
2141     tpx.bV   = (state->v != NULL);
2142     tpx.bF   = (f        != NULL);
2143     tpx.bBox = TRUE;
2144   }
2145
2146   TopOnlyOK = (ir==NULL);
2147
2148   do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
2149
2150   if (bRead) {
2151     state->flags  = 0;
2152     state->lambda = tpx.lambda;
2153     /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
2154     if (bXVallocated) {
2155       xptr = state->x;
2156       vptr = state->v;
2157       init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
2158       state->natoms = tpx.natoms;
2159       state->nalloc = tpx.natoms;
2160       state->x = xptr;
2161       state->v = vptr;
2162     } else {
2163       init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */
2164     }
2165   }
2166
2167 #define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
2168
2169   do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
2170   do_section(fio,eitemBOX,bRead);
2171   if (tpx.bBox) {
2172     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
2173     if (file_version >= 51) {
2174       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
2175     } else {
2176       /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
2177       clear_mat(state->box_rel);
2178     }
2179     if (file_version >= 28) {
2180       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
2181       if (file_version < 56) {
2182         matrix mdum;
2183         gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
2184       }
2185     }
2186   }
2187
2188   if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
2189     real *dumv;
2190     /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
2191     /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
2192     /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
2193     snew(dumv,state->ngtc);
2194     if (file_version < 69) {
2195       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2196     }
2197     /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
2198     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2199     sfree(dumv);
2200   }
2201
2202   /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
2203    * I moved it to enable partial forward-compatibility
2204    * for analysis/viewer programs.
2205    */
2206   if(file_version<26) {
2207     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2208     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2209     if (tpx.bIr) {
2210       if (ir) {
2211         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
2212                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2213         if (bRead && debug)
2214           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2215       }
2216       else {
2217         do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
2218                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
2219         if (bRead && debug)
2220           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
2221         done_inputrec(&dum_ir);
2222       }
2223
2224     }
2225   }
2226
2227   do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
2228   do_section(fio,eitemTOP,bRead);
2229   if (tpx.bTop) {
2230     if (mtop) {
2231       do_mtop(fio,mtop,bRead, file_version);
2232     } else {
2233       do_mtop(fio,&dum_top,bRead,file_version);
2234       done_mtop(&dum_top,TRUE);
2235     }
2236   }
2237   do_test(fio,tpx.bX,state->x);
2238   do_section(fio,eitemX,bRead);
2239   if (tpx.bX) {
2240     if (bRead) {
2241       state->flags |= (1<<estX);
2242     }
2243     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
2244   }
2245
2246   do_test(fio,tpx.bV,state->v);
2247   do_section(fio,eitemV,bRead);
2248   if (tpx.bV) {
2249     if (bRead) {
2250       state->flags |= (1<<estV);
2251     }
2252     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
2253   }
2254
2255   do_test(fio,tpx.bF,f);
2256   do_section(fio,eitemF,bRead);
2257   if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
2258
2259   /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
2260    * at the end of the file, so we can ignore it
2261    * if the file is never than the software (but still the
2262    * same generation - see comments at the top of this file.
2263    *
2264    *
2265    */
2266   ePBC = -1;
2267   bPeriodicMols = FALSE;
2268   if (file_version >= 26) {
2269     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2270     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2271     if (tpx.bIr) {
2272       if (file_version >= 53) {
2273         /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
2274         if (!bRead) {
2275           ePBC          = ir->ePBC;
2276           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2277         }
2278         gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
2279         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
2280       }
2281       if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
2282         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2283         if (bRead && debug)
2284           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2285         if (file_version < 51)
2286           set_box_rel(ir,state);
2287         if (file_version < 53) {
2288           ePBC          = ir->ePBC;
2289           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2290         }
2291       }
2292       if (bRead && ir && file_version >= 53) {
2293         /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
2294         ir->ePBC          = ePBC;
2295         ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
2296       }
2297     }
2298   }
2299
2300     if (bRead)
2301     {
2302         if (tpx.bIr && ir)
2303         {
2304             if (state->ngtc == 0)
2305             {
2306                 /* Reading old version without tcoupl state data: set it */
2307                 init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
2308             }
2309             if (tpx.bTop && mtop)
2310             {
2311                 if (file_version < 57)
2312                 {
2313                     if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
2314                     {
2315                         ir->eDisre = edrSimple;
2316                     }
2317                     else
2318                     {
2319                         ir->eDisre = edrNone;
2320                     }
2321                 }
2322                 set_disres_npair(mtop);
2323             }
2324         }
2325
2326         if (tpx.bTop && mtop)
2327         {
2328             gmx_mtop_finalize(mtop);
2329         }
2330
2331         if (file_version >= 57)
2332         {
2333             char *env;
2334             int  ienv;
2335             env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
2336             if (env != NULL)
2337             {
2338                 sscanf(env,"%d",&ienv);
2339                 fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
2340                         ienv);
2341                 if (ienv > 0)
2342                 {
2343                     fprintf(stderr,
2344                             "Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
2345                             ienv > 1 ? " and solvent" : "");
2346                     gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
2347                 }
2348                 fprintf(stderr,"\n");
2349             }
2350         }
2351     }
2352
2353     return ePBC;
2354 }
2355
2356 /************************************************************
2357  *
2358  *  The following routines are the exported ones
2359  *
2360  ************************************************************/
2361
2362 t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
2363 {
2364   return gmx_fio_open(fn,mode);
2365 }
2366
2367 void close_tpx(t_fileio *fio)
2368 {
2369   gmx_fio_close(fio);
2370 }
2371
2372 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
2373                     int *file_version, int *file_generation)
2374 {
2375   t_fileio *fio;
2376
2377   fio = open_tpx(fn,"r");
2378   do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
2379   close_tpx(fio);
2380 }
2381
2382 void write_tpx_state(const char *fn,
2383                      t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
2384 {
2385   t_fileio *fio;
2386
2387   fio = open_tpx(fn,"w");
2388   do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
2389   close_tpx(fio);
2390 }
2391
2392 void read_tpx_state(const char *fn,
2393                     t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2394 {
2395   t_fileio *fio;
2396
2397   fio = open_tpx(fn,"r");
2398   do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
2399   close_tpx(fio);
2400 }
2401
2402 int read_tpx(const char *fn,
2403              t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2404              rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2405 {
2406   t_fileio *fio;
2407   t_state state;
2408   int ePBC;
2409
2410   state.x = x;
2411   state.v = v;
2412   fio = open_tpx(fn,"r");
2413   ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
2414   close_tpx(fio);
2415   *natoms = state.natoms;
2416   if (box)
2417     copy_mat(state.box,box);
2418   state.x = NULL;
2419   state.v = NULL;
2420   done_state(&state);
2421
2422   return ePBC;
2423 }
2424
2425 int read_tpx_top(const char *fn,
2426                  t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2427                  rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
2428 {
2429   gmx_mtop_t mtop;
2430   t_topology *ltop;
2431   int ePBC;
2432
2433   ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
2434
2435   *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
2436
2437   return ePBC;
2438 }
2439
2440 gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
2441 {
2442   switch (fn2ftp(file)) {
2443   case efTPR:
2444   case efTPB:
2445   case efTPA:
2446     return TRUE;
2447   default:
2448     return FALSE;
2449   }
2450 }
2451
2452 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
2453                    rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
2454 {
2455   t_tpxheader  header;
2456   int          natoms,i,version,generation;
2457   gmx_bool         bTop,bXNULL;
2458   gmx_mtop_t   *mtop;
2459   t_topology   *topconv;
2460   gmx_atomprop_t aps;
2461
2462   bTop = fn2bTPX(infile);
2463   *ePBC = -1;
2464   if (bTop) {
2465     read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
2466     if (x)
2467       snew(*x,header.natoms);
2468     if (v)
2469       snew(*v,header.natoms);
2470     snew(mtop,1);
2471     *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
2472                      (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
2473     *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
2474     sfree(mtop);
2475     strcpy(title,*top->name);
2476     tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
2477   }
2478   else {
2479     get_stx_coordnum(infile,&natoms);
2480     init_t_atoms(&top->atoms,natoms,FALSE);
2481     bXNULL = (x == NULL);
2482     snew(*x,natoms);
2483     if (v)
2484       snew(*v,natoms);
2485     read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
2486     if (bXNULL) {
2487       sfree(*x);
2488       x = NULL;
2489     }
2490     if (bMass) {
2491       aps = gmx_atomprop_init();
2492       for(i=0; (i<natoms); i++)
2493         if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
2494                                 *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2495                                 *top->atoms.atomname[i],
2496                                 &(top->atoms.atom[i].m))) {
2497           if (debug)
2498             fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
2499                     *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2500                     top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
2501                     *top->atoms.atomname[i]);
2502         }
2503       gmx_atomprop_destroy(aps);
2504     }
2505     top->idef.ntypes=-1;
2506   }
2507
2508   return bTop;
2509 }