src/gmxlib/tpxio.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREADS
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <ctype.h>
  47 #include "sysstuff.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "symtab.h"
  54 #include "futil.h"
  55 #include "filenm.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "topsort.h"
  58 #include "tpxio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "confio.h"
  61 #include "atomprop.h"
  62 #include "copyrite.h"
  63 #include "vec.h"
  64 #include "mtop_util.h"
  65
  66 /* This number should be increased whenever the file format changes! */
  67 static const int tpx_version = 74;
  68
  69 /* This number should only be increased when you edit the TOPOLOGY section
  70  * of the tpx format. This way we can maintain forward compatibility too
  71  * for all analysis tools and/or external programs that only need to
  72  * know the atom/residue names, charges, and bond connectivity.
  73  *
  74  * It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
  75  * to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
  76  * want the topology.
  77  */
  78 static const int tpx_generation = 23;
  79
  80 /* This number should be the most recent backwards incompatible version
  81  * I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
  82  */
  83 static const int tpx_incompatible_version = 9;
  84
  85
  86
  87 /* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
  88 typedef struct {
  89   int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
  90   int ftype; /* function type */
  91 } t_ftupd;
  92
  93 /*
  94  *The entries should be ordered in:
  95  * 1. ascending file version number
  96  * 2. ascending function type number
  97  */
  98 /*static const t_ftupd ftupd[] = {
  99   { 20, F_CUBICBONDS        },
 100   { 20, F_CONNBONDS         },
 101   { 20, F_HARMONIC          },
 102   { 20, F_EQM,              },
 103   { 22, F_DISRESVIOL        },
 104   { 22, F_ORIRES            },
 105   { 22, F_ORIRESDEV         },
 106   { 26, F_FOURDIHS          },
 107   { 26, F_PIDIHS            },
 108   { 26, F_DIHRES            },
 109   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 110   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 111   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 112   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 113   { 30, F_POLARIZATION      }
 114   };*/
 115
 116 /*
 117  *The entries should be ordered in:
 118  * 1. ascending function type number
 119  * 2. ascending file version number
 120  */
 121 static const t_ftupd ftupd[] = {
 122   { 20, F_CUBICBONDS        },
 123   { 20, F_CONNBONDS         },
 124   { 20, F_HARMONIC          },
 125   { 34, F_FENEBONDS         },
 126   { 43, F_TABBONDS          },
 127   { 43, F_TABBONDSNC        },
 128   { 70, F_RESTRBONDS        },
 129   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 130   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 131   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 132   { 34, F_QUARTIC_ANGLES    },
 133   { 43, F_TABANGLES         },
 134   { 26, F_FOURDIHS          },
 135   { 26, F_PIDIHS            },
 136   { 43, F_TABDIHS           },
 137   { 65, F_CMAP              },
 138   { 60, F_GB12              },
 139   { 61, F_GB13              },
 140   { 61, F_GB14              },
 141   { 72, F_GBPOL             },
 142   { 72, F_NPSOLVATION       },
 143   { 41, F_LJC14_Q           },
 144   { 41, F_LJC_PAIRS_NB      },
 145   { 32, F_BHAM_LR           },
 146   { 32, F_RF_EXCL           },
 147   { 32, F_COUL_RECIP        },
 148   { 46, F_DPD               },
 149   { 30, F_POLARIZATION      },
 150   { 36, F_THOLE_POL         },
 151   { 22, F_DISRESVIOL        },
 152   { 22, F_ORIRES            },
 153   { 22, F_ORIRESDEV         },
 154   { 26, F_DIHRES            },
 155   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 156   { 49, F_VSITE4FDN         },
 157   { 50, F_VSITEN            },
 158   { 46, F_COM_PULL          },
 159   { 20, F_EQM               },
 160   { 46, F_ECONSERVED        },
 161   { 69, F_VTEMP             },
 162   { 66, F_PDISPCORR         },
 163   { 54, F_DHDL_CON          },
 164 };
 165 #define NFTUPD asize(ftupd)
 166
 167 /* Needed for backward compatibility */
 168 #define MAXNODES 256
 169
 170 static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
 171                         int line)
 172 {
 173   char buf[STRLEN];
 174   gmx_bool bDbg;
 175
 176   if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
 177     if (!bRead) {
 178       gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
 179       bDbg       = gmx_fio_getdebug(fio);
 180       gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
 181       gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
 182       gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
 183     }
 184     else {
 185       if (gmx_fio_getdebug(fio))
 186         fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
 187                 itemstr[key],src,line);
 188
 189       do {
 190         gmx_fio_do_string(fio,buf);
 191       } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
 192
 193       if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
 194         gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
 195       else if (gmx_fio_getdebug(fio))
 196         fprintf(stderr," and found it\n");
 197     }
 198   }
 199 }
 200
 201 #define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
 202
 203 /**************************************************************
 204  *
 205  * Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
 206  *
 207  **************************************************************/
 208 static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
 209                        int file_version)
 210 {
 211   gmx_bool bDum=TRUE;
 212   int  i;
 213
 214   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
 215   if (bRead)
 216     snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
 217   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
 218   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
 219   if (bRead)
 220     snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
 221   bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
 222   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
 223   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
 224   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
 225   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
 226   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
 227   if (file_version >= 56) {
 228     gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
 229   } else {
 230     pgrp->kB = pgrp->k;
 231   }
 232 }
 233
 234 static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
 235 {
 236   int g;
 237
 238   gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
 239   gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
 240   gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
 241   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
 242   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
 243   gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
 244   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
 245   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
 246   if (bRead)
 247     snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
 248   for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
 249     do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
 250 }
 251
 252
 253 static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
 254 {
 255   gmx_bool bDum=TRUE;
 256   int  i;
 257
 258   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
 259   gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
 260   gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
 261   if (bRead)
 262     snew(rotg->ind,rotg->nat);
 263   gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
 264   if (bRead)
 265       snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
 266   gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
 267   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
 268   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
 269   gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
 270   gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
 271   gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
 272   gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
 273   gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
 274   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
 275   gmx_fio_do_int(fio,rotg->PotAngle_nstep);
 276   gmx_fio_do_real(fio,rotg->PotAngle_step);
 277 }
 278
 279 static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
 280 {
 281   int g;
 282
 283   gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
 284   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
 285   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
 286   if (bRead)
 287     snew(rot->grp,rot->ngrp);
 288   for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
 289     do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
 290 }
 291
 292
 293 static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
 294                         int file_version, real *fudgeQQ)
 295 {
 296     int  i,j,k,*tmp,idum=0;
 297     gmx_bool bDum=TRUE;
 298     real rdum,bd_temp;
 299     rvec vdum;
 300     gmx_bool bSimAnn;
 301     real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
 302
 303     if (file_version != tpx_version)
 304     {
 305         /* Give a warning about features that are not accessible */
 306         fprintf(stderr,"Note: tpx file_version %d, software version %d\n",
 307                 file_version,tpx_version);
 308     }
 309
 310     if (bRead)
 311     {
 312         init_inputrec(ir);
 313     }
 314
 315     if (file_version == 0)
 316     {
 317         return;
 318     }
 319
 320     /* Basic inputrec stuff */
 321     gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
 322     if (file_version >= 62) {
 323       gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
 324     } else {
 325       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 326       ir->nsteps = idum;
 327     }
 328     if(file_version > 25) {
 329       if (file_version >= 62) {
 330         gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
 331       } else {
 332         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 333         ir->init_step = idum;
 334       }
 335     }  else {
 336       ir->init_step=0;
 337     }
 338
 339         if(file_version >= 58)
 340           gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
 341         else
 342           ir->simulation_part=1;
 343
 344     if (file_version >= 67) {
 345       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
 346     } else {
 347       ir->nstcalcenergy = 1;
 348     }
 349     if (file_version < 53) {
 350       /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
 351        * since we always want it, also without reading the inputrec.
 352        */
 353       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
 354       if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
 355         ir->ePBC = epbcNONE;
 356       if (file_version >= 45) {
 357         gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
 358       } else {
 359         if (ir->ePBC == 2) {
 360           ir->ePBC = epbcXYZ;
 361           ir->bPeriodicMols = TRUE;
 362         } else {
 363         ir->bPeriodicMols = FALSE;
 364         }
 365       }
 366     }
 367     gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
 368     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
 369     gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
 370     if (file_version < 41) {
 371       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 372       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 373     }
 374     if (file_version >= 45)
 375       gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
 376     else
 377       ir->rtpi = 0.05;
 378     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
 379     if (file_version > 34)
 380       gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
 381     else if (ir->nstcomm < 0)
 382       ir->comm_mode = ecmANGULAR;
 383     else
 384       ir->comm_mode = ecmLINEAR;
 385     ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
 386
 387     if(file_version > 25)
 388       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
 389     else
 390       ir->nstcheckpoint=0;
 391
 392     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
 393
 394     if(file_version>=30)
 395       gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
 396     else if (bRead)
 397       ir->nbfgscorr = 10;
 398
 399     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
 400     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
 401     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
 402     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
 403     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
 404     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
 405     if (file_version >= 59) {
 406       gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
 407       gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
 408     } else {
 409       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 410       ir->init_t = rdum;
 411       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 412       ir->delta_t = rdum;
 413     }
 414     gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
 415     if (file_version < 19) {
 416       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 417       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 418     }
 419     if(file_version < 18)
 420       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 421     gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
 422     if (file_version >= 67) {
 423       gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
 424     }
 425     gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
 426     if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
 427       ir->coulombtype = eelRF_NEC;
 428     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
 429     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
 430     gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
 431     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
 432     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
 433     if (file_version < 67) {
 434       ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
 435     }
 436     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
 437     gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
 438     if (file_version >= 37) {
 439       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
 440     } else {
 441       if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
 442         ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
 443         ir->epsilon_r  = 1.0;
 444       } else {
 445         ir->epsilon_rf = 1.0;
 446       }
 447     }
 448     if (file_version >= 29)
 449       gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
 450     else
 451       ir->tabext=1.0;
 452
 453     if(file_version > 25) {
 454       gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
 455       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
 456       gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
 457       gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
 458       gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
 459     } else {
 460       ir->gb_algorithm=egbSTILL;
 461       ir->nstgbradii=1;
 462       ir->rgbradii=1.0;
 463       ir->gb_saltconc=0;
 464       ir->implicit_solvent=eisNO;
 465     }
 466         if(file_version>=55)
 467         {
 468                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
 469                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
 470                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
 471                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
 472                 if(file_version>=60)
 473                 {
 474                         gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
 475                         gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
 476                 }
 477                 else
 478                 {
 479                         ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
 480                         ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
 481                 }
 482                 gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
 483
 484     /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
 485     if(ir->sa_surface_tension<0)
 486     {
 487       if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
 488       {
 489         ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
 490       }
 491       else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
 492       {
 493         ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
 494       }
 495     }
 496
 497         }
 498         else
 499         {
 500                 /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
 501                 ir->gb_epsilon_solvent = 80;
 502                 ir->gb_obc_alpha       = 1.0;
 503                 ir->gb_obc_beta        = 0.8;
 504                 ir->gb_obc_gamma       = 4.85;
 505                 ir->sa_surface_tension = 2.092;
 506         }
 507
 508
 509     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
 510     gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
 511     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
 512     gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
 513     gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
 514
 515     if (file_version >=24)
 516       gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
 517     else
 518       ir->ewald_geometry=eewg3D;
 519
 520     if (file_version <=17) {
 521       ir->epsilon_surface=0;
 522       if (file_version==17)
 523         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 524     }
 525     else
 526       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
 527
 528     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
 529
 530     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
 531     gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
 532     /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
 533      * but the values 0 and 1 still mean no and
 534      * berendsen temperature coupling, respectively.
 535      */
 536     if (file_version >= 71)
 537     {
 538         gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
 539     }
 540     else
 541     {
 542         ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
 543     }
 544     if (file_version <= 15)
 545     {
 546         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 547     }
 548     if (file_version <=17)
 549     {
 550         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 551         if (file_version <= 15)
 552         {
 553             if (ir->epct == 5)
 554             {
 555                 ir->epct = epctSURFACETENSION;
 556             }
 557             gmx_fio_do_int(fio,idum);
 558         }
 559         ir->epct -= 1;
 560         /* we have removed the NO alternative at the beginning */
 561         if(ir->epct==-1)
 562         {
 563             ir->epc=epcNO;
 564             ir->epct=epctISOTROPIC;
 565         }
 566         else
 567         {
 568             ir->epc=epcBERENDSEN;
 569         }
 570     }
 571     else
 572     {
 573         gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
 574         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 575     }
 576     if (file_version >= 71)
 577     {
 578         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
 579     }
 580     else
 581     {
 582         ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
 583     }
 584     gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
 585     if (file_version <= 15) {
 586       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 587       clear_mat(ir->ref_p);
 588       for(i=0; i<DIM; i++)
 589         ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
 590     } else {
 591       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
 592       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
 593       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
 594     }
 595     if (file_version <= 15) {
 596       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 597       clear_mat(ir->compress);
 598       for(i=0; i<DIM; i++)
 599         ir->compress[i][i] = vdum[i];
 600     }
 601     else {
 602       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
 603       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
 604       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
 605     }
 606     if (file_version >= 47) {
 607       gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
 608       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
 609       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
 610     } else {
 611       ir->refcoord_scaling = erscNO;
 612       clear_rvec(ir->posres_com);
 613       clear_rvec(ir->posres_comB);
 614     }
 615     if(file_version > 25)
 616       gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
 617     else
 618       ir->andersen_seed=0;
 619
 620     if(file_version < 26) {
 621       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
 622       gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
 623     }
 624
 625     if (file_version < 37)
 626       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 627
 628     gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
 629     if (file_version < 54)
 630       gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
 631     gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
 632     if (file_version <= 14 && ir->efep > efepNO)
 633       ir->efep = efepYES;
 634     if (file_version >= 59) {
 635       gmx_fio_do_double(fio, ir->init_lambda);
 636       gmx_fio_do_double(fio, ir->delta_lambda);
 637     } else {
 638       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 639       ir->init_lambda = rdum;
 640       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 641       ir->delta_lambda = rdum;
 642     }
 643     if (file_version >= 64) {
 644       gmx_fio_do_int(fio,ir->n_flambda);
 645       if (bRead) {
 646         snew(ir->flambda,ir->n_flambda);
 647       }
 648       bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,ir->flambda,ir->n_flambda);
 649     } else {
 650       ir->n_flambda = 0;
 651       ir->flambda   = NULL;
 652     }
 653     if (file_version >= 13)
 654       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_alpha);
 655     else
 656       ir->sc_alpha = 0;
 657     if (file_version >= 38)
 658       gmx_fio_do_int(fio,ir->sc_power);
 659     else
 660       ir->sc_power = 2;
 661     if (file_version >= 15)
 662       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_sigma);
 663     else
 664       ir->sc_sigma = 0.3;
 665     if (bRead)
 666     {
 667         if (file_version >= 71)
 668         {
 669             ir->sc_sigma_min = ir->sc_sigma;
 670         }
 671         else
 672         {
 673             ir->sc_sigma_min = 0;
 674         }
 675     }
 676     if (file_version >= 64) {
 677       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdhdl);
 678     } else {
 679       ir->nstdhdl = 1;
 680     }
 681
 682     if (file_version >= 73)
 683     {
 684         gmx_fio_do_int(fio, ir->separate_dhdl_file);
 685         gmx_fio_do_int(fio, ir->dhdl_derivatives);
 686     }
 687     else
 688     {
 689         ir->separate_dhdl_file = sepdhdlfileYES;
 690         ir->dhdl_derivatives = dhdlderivativesYES;
 691     }
 692
 693     if (file_version >= 71)
 694     {
 695         gmx_fio_do_int(fio,ir->dh_hist_size);
 696         gmx_fio_do_double(fio,ir->dh_hist_spacing);
 697     }
 698     else
 699     {
 700         ir->dh_hist_size    = 0;
 701         ir->dh_hist_spacing = 0.1;
 702     }
 703     if (file_version >= 57) {
 704       gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
 705     }
 706     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
 707     if (file_version < 22) {
 708       if (ir->eDisreWeighting == 0)
 709         ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
 710       else
 711         ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
 712     }
 713     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
 714     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
 715     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
 716     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
 717     if (file_version >= 22) {
 718       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
 719       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
 720       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
 721     } else {
 722       ir->orires_fc = 0;
 723       ir->orires_tau = 0;
 724       ir->nstorireout = 0;
 725     }
 726     if(file_version >= 26) {
 727       gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
 728       if (file_version < 56) {
 729         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 730         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 731       }
 732     } else {
 733       ir->dihre_fc=0;
 734     }
 735
 736     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
 737     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
 738     if (file_version >= 22)
 739       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
 740     else if (bRead)
 741       ir->bShakeSOR = TRUE;
 742     if (file_version >= 11)
 743       gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
 744     else if (bRead) {
 745       ir->niter = 25;
 746       fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
 747               ir->niter);
 748     }
 749     if (file_version >= 21)
 750       gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
 751     else
 752       ir->fc_stepsize = 0;
 753     gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
 754     gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
 755     gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
 756     if (file_version <= 14)
 757       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 758     if (file_version >=26)
 759       gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
 760     else if (bRead) {
 761       ir->nLincsIter = 1;
 762       fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
 763               ir->nLincsIter);
 764     }
 765     if (file_version < 33)
 766       gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
 767     gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
 768     gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
 769     if (file_version >= 33) {
 770       for(i=0; i<DIM; i++)
 771         gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
 772     } else {
 773       for(i=0; i<DIM; i++)
 774         clear_rvec(ir->deform[i]);
 775     }
 776     if (file_version >= 14)
 777       gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
 778     else if (bRead)
 779       ir->cos_accel = 0;
 780     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
 781     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
 782     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
 783     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
 784     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
 785     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
 786     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
 787     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
 788
 789     /* pull stuff */
 790     if (file_version >= 48) {
 791       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
 792       if (ir->ePull != epullNO) {
 793         if (bRead)
 794           snew(ir->pull,1);
 795         do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
 796       }
 797     } else {
 798       ir->ePull = epullNO;
 799     }
 800
 801     /* Enforced rotation */
 802     if (file_version >= 74) {
 803         gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
 804         if (ir->bRot == TRUE) {
 805             if (bRead)
 806                 snew(ir->rot,1);
 807             do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
 808         }
 809     } else {
 810         ir->bRot = FALSE;
 811     }
 812
 813     /* grpopts stuff */
 814     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
 815     if (file_version >= 69) {
 816       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
 817     } else {
 818       ir->opts.nhchainlength = 1;
 819     }
 820     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
 821     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
 822     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
 823
 824     if (bRead) {
 825       snew(ir->opts.nrdf,   ir->opts.ngtc);
 826       snew(ir->opts.ref_t,  ir->opts.ngtc);
 827       snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
 828       snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
 829       snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
 830       snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
 831       snew(ir->opts.tau_t,  ir->opts.ngtc);
 832       snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 833       snew(ir->opts.acc,    ir->opts.ngacc);
 834       snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 835     }
 836     if (ir->opts.ngtc > 0) {
 837       if (bRead && file_version<13) {
 838         snew(tmp,ir->opts.ngtc);
 839         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
 840         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 841           ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
 842         sfree(tmp);
 843       } else {
 844         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
 845       }
 846       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
 847       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
 848       if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
 849         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 850           ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
 851       }
 852     }
 853     if (ir->opts.ngfrz > 0)
 854       bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 855     if (ir->opts.ngacc > 0)
 856       gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
 857     if (file_version >= 12)
 858       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
 859                            ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 860
 861     if(bRead && file_version < 26) {
 862       for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
 863         if(bSimAnn) {
 864           ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
 865           ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
 866           snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
 867           snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
 868           /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
 869           finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
 870           init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
 871           finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
 872           ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
 873           ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
 874           ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
 875           ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
 876         } else {
 877           ir->opts.annealing[i] = eannNO;
 878           ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
 879         }
 880       }
 881     } else {
 882       /* file version 26 or later */
 883       /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
 884       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
 885       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
 886       for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
 887         k=ir->opts.anneal_npoints[j];
 888         if(bRead) {
 889           snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
 890           snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
 891         }
 892         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
 893         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
 894       }
 895     }
 896     /* Walls */
 897     if (file_version >= 45) {
 898       gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
 899       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
 900       if (file_version >= 50)
 901         gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
 902       else
 903         ir->wall_r_linpot = -1;
 904       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
 905       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
 906       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
 907       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
 908       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
 909     } else {
 910       ir->nwall = 0;
 911       ir->wall_type = 0;
 912       ir->wall_atomtype[0] = -1;
 913       ir->wall_atomtype[1] = -1;
 914       ir->wall_density[0] = 0;
 915       ir->wall_density[1] = 0;
 916       ir->wall_ewald_zfac = 3;
 917     }
 918     /* Cosine stuff for electric fields */
 919     for(j=0; (j<DIM); j++) {
 920       gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
 921       gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
 922       if (bRead) {
 923         snew(ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 924         snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 925         snew(ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 926         snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 927       }
 928       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 929       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 930       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 931       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 932     }
 933
 934     /* QMMM stuff */
 935     if(file_version>=39){
 936       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
 937       gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
 938       gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
 939       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
 940       if (bRead) {
 941         snew(ir->opts.QMmethod,    ir->opts.ngQM);
 942         snew(ir->opts.QMbasis,     ir->opts.ngQM);
 943         snew(ir->opts.QMcharge,    ir->opts.ngQM);
 944         snew(ir->opts.QMmult,      ir->opts.ngQM);
 945         snew(ir->opts.bSH,         ir->opts.ngQM);
 946         snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
 947         snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 948         snew(ir->opts.SAon,        ir->opts.ngQM);
 949         snew(ir->opts.SAoff,       ir->opts.ngQM);
 950         snew(ir->opts.SAsteps,     ir->opts.ngQM);
 951         snew(ir->opts.bOPT,        ir->opts.ngQM);
 952         snew(ir->opts.bTS,         ir->opts.ngQM);
 953       }
 954       if (ir->opts.ngQM > 0) {
 955         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
 956         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
 957         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
 958         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
 959         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
 960         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
 961         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 962         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
 963         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
 964         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
 965         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
 966         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
 967       }
 968       /* end of QMMM stuff */
 969     }
 970 }
 971
 972
 973 static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
 974 {
 975   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
 976   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
 977   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
 978   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
 979 }
 980
 981 void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
 982                 gmx_bool bRead, int file_version)
 983 {
 984   int i;
 985   gmx_bool bDum;
 986   real rdum;
 987
 988   if (!bRead)
 989     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
 990   switch (ftype) {
 991   case F_ANGLES:
 992   case F_G96ANGLES:
 993   case F_BONDS:
 994   case F_G96BONDS:
 995   case F_HARMONIC:
 996   case F_IDIHS:
 997     do_harm(fio, iparams,bRead);
 998     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
 999       /* Correct incorrect storage of parameters */
1000       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1001       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1002     }
1003     break;
1004   case F_FENEBONDS:
1005     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
1006     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
1007     break;
1008   case F_RESTRBONDS:
1009     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
1010     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
1011     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
1012     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
1013     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
1014     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
1015     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
1016     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
1017     break;
1018   case F_TABBONDS:
1019   case F_TABBONDSNC:
1020   case F_TABANGLES:
1021   case F_TABDIHS:
1022     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
1023     gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
1024     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
1025     break;
1026   case F_CROSS_BOND_BONDS:
1027     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
1028     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
1029     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
1030     break;
1031   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1032     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
1033     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
1034     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
1035     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
1036     break;
1037   case F_UREY_BRADLEY:
1038     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.theta);
1039     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.ktheta);
1040     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13);
1041     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUB);
1042     break;
1043   case F_QUARTIC_ANGLES:
1044     gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
1045     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
1046     break;
1047   case F_BHAM:
1048     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
1049     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
1050     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
1051     break;
1052   case F_MORSE:
1053     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0);
1054     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cb);
1055     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.beta);
1056     break;
1057   case F_CUBICBONDS:
1058     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
1059     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
1060     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
1061     break;
1062   case F_CONNBONDS:
1063     break;
1064   case F_POLARIZATION:
1065     gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
1066     break;
1067   case F_WATER_POL:
1068     if (file_version < 31)
1069       gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
1070     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
1071     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
1072     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
1073     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
1074     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
1075     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
1076     break;
1077   case F_THOLE_POL:
1078     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
1079     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
1080     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
1081     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
1082     break;
1083   case F_LJ:
1084     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
1085     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
1086     break;
1087   case F_LJ14:
1088     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
1089     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
1090     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
1091     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
1092     break;
1093   case F_LJC14_Q:
1094     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
1095     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
1096     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
1097     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
1098     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
1099     break;
1100   case F_LJC_PAIRS_NB:
1101     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
1102     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
1103     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
1104     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
1105     break;
1106   case F_PDIHS:
1107   case F_PIDIHS:
1108   case F_ANGRES:
1109   case F_ANGRESZ:
1110     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
1111     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
1112     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
1113       /* Read the incorrectly stored multiplicity */
1114       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1115       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1116       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1117       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1118     } else {
1119       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
1120       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
1121       gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
1122     }
1123     break;
1124   case F_DISRES:
1125     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
1126     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
1127     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
1128     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
1129     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
1130     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
1131     break;
1132   case F_ORIRES:
1133     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
1134     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
1135     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
1136     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
1137     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
1138     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
1139     break;
1140   case F_DIHRES:
1141     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.power);
1142     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.label);
1143     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phi);
1144     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphi);
1145     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfac);
1146     break;
1147   case F_POSRES:
1148     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
1149     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
1150     if (bRead && file_version < 27) {
1151       copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
1152       copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
1153     } else {
1154       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
1155       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
1156     }
1157     break;
1158   case F_RBDIHS:
1159     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
1160     if(file_version>=25)
1161       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
1162     break;
1163   case F_FOURDIHS:
1164     /* Fourier dihedrals are internally represented
1165      * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
1166      */
1167      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
1168      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
1169     break;
1170   case F_CONSTR:
1171   case F_CONSTRNC:
1172     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
1173     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
1174     break;
1175   case F_SETTLE:
1176     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
1177     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
1178     break;
1179   case F_VSITE2:
1180     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1181     break;
1182   case F_VSITE3:
1183   case F_VSITE3FD:
1184   case F_VSITE3FAD:
1185     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1186     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1187     break;
1188   case F_VSITE3OUT:
1189   case F_VSITE4FD:
1190   case F_VSITE4FDN:
1191     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1192     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1193     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
1194     break;
1195   case F_VSITEN:
1196     gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
1197     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
1198     break;
1199   case F_GB12:
1200   case F_GB13:
1201   case F_GB14:
1202     /* We got rid of some parameters in version 68 */
1203     if(bRead && file_version<68)
1204     {
1205         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1206         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1207         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1208         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1209     }
1210         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
1211         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
1212         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
1213         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
1214         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
1215         break;
1216   case F_CMAP:
1217         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
1218         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
1219     break;
1220   default:
1221     gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1222
1223                 ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
1224   }
1225   if (!bRead)
1226     gmx_fio_unset_comment(fio);
1227 }
1228
1229 static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
1230                      int ftype)
1231 {
1232   int  i,k,idum;
1233   gmx_bool bDum=TRUE;
1234
1235   if (!bRead) {
1236     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1237   }
1238   if (file_version < 44) {
1239     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1240       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1241   }
1242   gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
1243   if (bRead)
1244     snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
1245   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
1246   if (!bRead)
1247     gmx_fio_unset_comment(fio);
1248 }
1249
1250 static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
1251                         gmx_bool bRead, int file_version)
1252 {
1253   int  idum,i,j;
1254   gmx_bool bDum=TRUE;
1255   unsigned int k;
1256
1257   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
1258   if (file_version < 57) {
1259     gmx_fio_do_int(fio,idum);
1260   }
1261   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
1262   if (bRead && debug)
1263     fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
1264             ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
1265   if (bRead) {
1266     snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1267     snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
1268   }
1269   /* Read/write all the function types */
1270   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1271   if (bRead && debug)
1272     pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
1273
1274   if (file_version >= 66) {
1275     gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
1276   } else {
1277     ffparams->reppow = 12.0;
1278   }
1279
1280   if (file_version >= 57) {
1281     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1282   }
1283
1284   /* Check whether all these function types are supported by the code.
1285    * In practice the code is backwards compatible, which means that the
1286    * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
1287    */
1288   for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
1289     if (bRead)
1290       /* Loop over file versions */
1291       for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
1292         /* Compare the read file_version to the update table */
1293         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
1294             (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
1295           ffparams->functype[i] += 1;
1296           if (debug) {
1297             fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
1298                     i,ffparams->functype[i],
1299                     interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
1300             fflush(debug);
1301           }
1302         }
1303
1304     do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
1305                file_version);
1306     if (bRead && debug)
1307       pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
1308   }
1309 }
1310
1311 static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
1312                       int file_version)
1313 {
1314   int i,j,renum[F_NRE];
1315   gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
1316   unsigned int k;
1317
1318   for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
1319     bClear = FALSE;
1320     if (bRead)
1321       for (k=0; k<NFTUPD; k++)
1322         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
1323           bClear = TRUE;
1324     if (bClear) {
1325       ilist[j].nr = 0;
1326       ilist[j].iatoms = NULL;
1327     } else {
1328       do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
1329     }
1330     /*
1331     if (bRead && gmx_debug_at)
1332       pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
1333                functype,&ilist[j],TRUE);
1334     */
1335   }
1336 }
1337
1338 static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
1339                     gmx_bool bRead, int file_version)
1340 {
1341   do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
1342
1343   if (file_version >= 54) {
1344     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1345   }
1346
1347   do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1348 }
1349
1350 static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
1351 {
1352   int  i,idum,dum_nra,*dum_a;
1353   gmx_bool bDum=TRUE;
1354
1355   if (file_version < 44)
1356     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1357       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1358   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1359   if (file_version < 51)
1360     gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
1361   if (bRead) {
1362     block->nalloc_index = block->nr+1;
1363     snew(block->index,block->nalloc_index);
1364   }
1365   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1366
1367   if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
1368     snew(dum_a,dum_nra);
1369     bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
1370     sfree(dum_a);
1371   }
1372 }
1373
1374 static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
1375                       int file_version)
1376 {
1377   int  i,idum;
1378   gmx_bool bDum=TRUE;
1379
1380   if (file_version < 44)
1381     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1382       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1383   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1384   gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
1385   if (bRead) {
1386     block->nalloc_index = block->nr+1;
1387     snew(block->index,block->nalloc_index);
1388     block->nalloc_a = block->nra;
1389     snew(block->a,block->nalloc_a);
1390   }
1391   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1392   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
1393 }
1394
1395 static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
1396                     int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
1397 {
1398   int i,myngrp;
1399
1400   gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
1401   gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
1402   gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
1403   gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
1404   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
1405   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
1406   gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
1407   gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
1408   if (file_version >= 52)
1409     gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
1410   else if (bRead)
1411     atom->atomnumber = NOTSET;
1412   if (file_version < 23)
1413     myngrp = 8;
1414   else if (file_version < 39)
1415     myngrp = 9;
1416   else
1417     myngrp = ngrp;
1418
1419   if (file_version < 57) {
1420     unsigned char uchar[egcNR];
1421     gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
1422     for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
1423       uchar[i] = 0;
1424     }
1425     /* Copy the old data format to the groups struct */
1426     for(i=0; i<ngrp; i++) {
1427       groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
1428     }
1429   }
1430 }
1431
1432 static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
1433                     int file_version)
1434 {
1435   int i,j,myngrp;
1436   gmx_bool bDum=TRUE;
1437
1438   if (file_version < 23)
1439     myngrp = 8;
1440   else if (file_version < 39)
1441     myngrp = 9;
1442   else
1443     myngrp = ngrp;
1444
1445   for(j=0; (j<ngrp); j++) {
1446     if (j<myngrp) {
1447       gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
1448       if (bRead)
1449         snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1450       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1451     }
1452     else {
1453       grps[j].nr = 1;
1454       snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1455     }
1456   }
1457 }
1458
1459 static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
1460 {
1461   int ls;
1462
1463   if (bRead) {
1464     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1465     *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
1466   }
1467   else {
1468     ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
1469     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1470   }
1471 }
1472
1473 static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
1474                       t_symtab *symtab)
1475 {
1476   int  j;
1477
1478   for (j=0; (j<nstr); j++)
1479     do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
1480 }
1481
1482 static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
1483                        t_symtab *symtab, int file_version)
1484 {
1485   int  j;
1486
1487   for (j=0; (j<n); j++) {
1488     do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
1489     if (file_version >= 63) {
1490       gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
1491       gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
1492     } else {
1493       ri[j].nr = j + 1;
1494       ri[j].ic = ' ';
1495     }
1496   }
1497 }
1498
1499 static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1500                      int file_version,
1501                      gmx_groups_t *groups)
1502 {
1503   int i;
1504
1505   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
1506   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
1507   if (file_version < 57) {
1508     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1509     for(i=0; i<egcNR; i++) {
1510       groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
1511       snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
1512     }
1513   }
1514   if (bRead) {
1515     snew(atoms->atom,atoms->nr);
1516     snew(atoms->atomname,atoms->nr);
1517     snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
1518     snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
1519     snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
1520     if (file_version < 57) {
1521       snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1522     }
1523     atoms->pdbinfo = NULL;
1524   }
1525   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
1526     do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
1527   }
1528   do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
1529   if (bRead && (file_version <= 20)) {
1530     for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
1531       atoms->atomtype[i]  = put_symtab(symtab,"?");
1532       atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
1533     }
1534   } else {
1535     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
1536     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
1537   }
1538   do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
1539
1540   if (file_version < 57) {
1541     do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1542
1543     do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1544   }
1545 }
1546
1547 static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
1548                       gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1549                       int file_version)
1550 {
1551   int  g,n,i;
1552   gmx_bool bDum=TRUE;
1553
1554   do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1555   gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1556   if (bRead) {
1557     snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1558   }
1559   do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1560   for(g=0; g<egcNR; g++) {
1561     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
1562     if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
1563       if (bRead) {
1564         groups->grpnr[g] = NULL;
1565       }
1566     } else {
1567       if (bRead) {
1568         snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1569       }
1570       bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1571     }
1572   }
1573 }
1574
1575 static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
1576                          t_symtab *symtab,int file_version)
1577 {
1578   int i,j;
1579   gmx_bool bDum = TRUE;
1580
1581   if (file_version > 25) {
1582     gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
1583     j=atomtypes->nr;
1584     if (bRead) {
1585       snew(atomtypes->radius,j);
1586       snew(atomtypes->vol,j);
1587       snew(atomtypes->surftens,j);
1588       snew(atomtypes->atomnumber,j);
1589       snew(atomtypes->gb_radius,j);
1590       snew(atomtypes->S_hct,j);
1591     }
1592     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
1593     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
1594     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
1595     if(file_version >= 40)
1596     {
1597         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
1598     }
1599         if(file_version >= 60)
1600         {
1601                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
1602                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
1603         }
1604   } else {
1605     /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
1606      * so they dont use this structure
1607      */
1608     atomtypes->nr = 0;
1609     atomtypes->radius = NULL;
1610     atomtypes->vol = NULL;
1611     atomtypes->surftens = NULL;
1612     atomtypes->atomnumber = NULL;
1613     atomtypes->gb_radius = NULL;
1614     atomtypes->S_hct = NULL;
1615   }
1616 }
1617
1618 static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
1619 {
1620   int i,nr;
1621   t_symbuf *symbuf;
1622   char buf[STRLEN];
1623
1624   gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
1625   nr     = symtab->nr;
1626   if (bRead) {
1627     snew(symtab->symbuf,1);
1628     symbuf = symtab->symbuf;
1629     symbuf->bufsize = nr;
1630     snew(symbuf->buf,nr);
1631     for (i=0; (i<nr); i++) {
1632       gmx_fio_do_string(fio,buf);
1633       symbuf->buf[i]=strdup(buf);
1634     }
1635   }
1636   else {
1637     symbuf = symtab->symbuf;
1638     while (symbuf!=NULL) {
1639       for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
1640         gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
1641       nr-=i;
1642       symbuf=symbuf->next;
1643     }
1644     if (nr != 0)
1645       gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
1646   }
1647 }
1648
1649 static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
1650 {
1651         int i,j,ngrid,gs,nelem;
1652
1653         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
1654         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
1655
1656         ngrid = cmap_grid->ngrid;
1657         gs    = cmap_grid->grid_spacing;
1658         nelem = gs * gs;
1659
1660         if(bRead)
1661         {
1662                 snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
1663
1664                 for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1665                 {
1666                         snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
1667                 }
1668         }
1669
1670         for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1671         {
1672                 for(j=0;j<nelem;j++)
1673                 {
1674                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1675                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1676                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1677                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1678                 }
1679         }
1680 }
1681
1682
1683 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
1684 {
1685     int m,a,a0,a1,r;
1686     char c,chainid;
1687     int  chainnum;
1688
1689     /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
1690      * for larger molecules.
1691      */
1692 #define CHAIN_MIN_ATOMS 15
1693
1694     chainnum=0;
1695     chainid='A';
1696     for(m=0; m<mols->nr; m++)
1697     {
1698         a0=mols->index[m];
1699         a1=mols->index[m+1];
1700         if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
1701         {
1702             c=chainid;
1703             chainid++;
1704         }
1705         else
1706         {
1707             c=' ';
1708         }
1709         for(a=a0; a<a1; a++)
1710         {
1711             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
1712             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid  = c;
1713         }
1714         chainnum++;
1715     }
1716
1717     /* Blank out the chain id if there was only one chain */
1718     if (chainid == 'B')
1719     {
1720         for(r=0; r<atoms->nres; r++)
1721         {
1722             atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
1723         }
1724     }
1725 }
1726
1727 static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
1728                        t_symtab *symtab, int file_version,
1729                        gmx_groups_t *groups)
1730 {
1731   int i;
1732
1733   if (file_version >= 57) {
1734     do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
1735   }
1736
1737   do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
1738
1739   if (bRead && gmx_debug_at) {
1740     pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
1741   }
1742
1743   if (file_version >= 57) {
1744     do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1745
1746     do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
1747     if (bRead && gmx_debug_at) {
1748       pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
1749     }
1750   }
1751
1752   /* This used to be in the atoms struct */
1753   do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
1754 }
1755
1756 static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
1757                         int file_version)
1758 {
1759   int i;
1760
1761   gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
1762   gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
1763   gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
1764   /* Position restraint coordinates */
1765   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
1766   if (molb->nposres_xA > 0) {
1767     if (bRead) {
1768       snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1769     }
1770     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1771   }
1772   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
1773   if (molb->nposres_xB > 0) {
1774     if (bRead) {
1775       snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1776     }
1777     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1778   }
1779
1780 }
1781
1782 static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
1783 {
1784   int mb,m,a,mol;
1785   t_block mols;
1786
1787   mols.nr = 0;
1788   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1789     mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
1790   }
1791   mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
1792   snew(mols.index,mols.nalloc_index);
1793
1794   a = 0;
1795   m = 0;
1796   mols.index[m] = a;
1797   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1798     for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
1799       a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
1800       m++;
1801       mols.index[m] = a;
1802     }
1803   }
1804
1805   return mols;
1806 }
1807
1808 static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
1809 {
1810   t_ilist *il;
1811   int am,i,mol,a;
1812   gmx_bool bFE;
1813   gmx_molblock_t *molb;
1814   t_iparams *ip;
1815
1816   il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
1817   if (il->nr == 0) {
1818     return;
1819   }
1820   am = 0;
1821   bFE = FALSE;
1822   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1823     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1824     am = max(am,il->iatoms[i+1]);
1825     if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
1826         ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
1827         ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
1828       bFE = TRUE;
1829     }
1830   }
1831   /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
1832   mol = 0;
1833   while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
1834     mol++;
1835   }
1836   molb = &mtop->molblock[0];
1837   molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
1838   snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1839   if (bFE) {
1840     molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
1841     snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1842   } else {
1843     molb->nposres_xB = 0;
1844   }
1845   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1846     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1847     a  = il->iatoms[i+1];
1848     molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
1849     molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
1850     molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
1851     if (bFE) {
1852       molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
1853       molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
1854       molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
1855     }
1856   }
1857 }
1858
1859 static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
1860 {
1861   int mt,i,npair;
1862   t_iparams *ip;
1863   t_ilist *il;
1864   t_iatom *a;
1865
1866   ip = mtop->ffparams.iparams;
1867
1868   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1869     il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
1870     if (il->nr > 0) {
1871       a = il->iatoms;
1872       npair = 0;
1873       for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
1874         npair++;
1875         if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
1876           ip[a[i]].disres.npair = npair;
1877           npair = 0;
1878         }
1879       }
1880     }
1881   }
1882 }
1883
1884 static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
1885                     int file_version)
1886 {
1887   int  mt,mb,i;
1888   t_blocka dumb;
1889
1890   if (bRead)
1891     init_mtop(mtop);
1892   do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
1893   if (bRead && debug)
1894     pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
1895
1896   do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
1897
1898   if (file_version >= 57) {
1899     do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
1900
1901     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
1902   } else {
1903     mtop->nmoltype = 1;
1904   }
1905   if (bRead) {
1906     snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
1907     if (file_version < 57) {
1908       mtop->moltype[0].name = mtop->name;
1909     }
1910   }
1911   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1912     do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
1913                &mtop->groups);
1914   }
1915
1916   if (file_version >= 57) {
1917     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
1918   } else {
1919     mtop->nmolblock = 1;
1920   }
1921   if (bRead) {
1922     snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
1923   }
1924   if (file_version >= 57) {
1925     for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1926       do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
1927     }
1928     gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
1929   } else {
1930     mtop->molblock[0].type = 0;
1931     mtop->molblock[0].nmol = 1;
1932     mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1933     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
1934     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
1935   }
1936
1937   do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
1938   if (bRead && debug)
1939     pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
1940
1941   if (file_version < 57) {
1942     /* Debug statements are inside do_idef */
1943     do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
1944     mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1945   }
1946
1947   if(file_version >= 65)
1948   {
1949       do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
1950   }
1951   else
1952   {
1953       mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
1954       mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0.1;
1955       mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = NULL;
1956   }
1957
1958   if (file_version >= 57) {
1959     do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
1960   }
1961
1962   if (file_version < 57) {
1963     do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
1964     if (bRead && gmx_debug_at) {
1965       pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
1966     }
1967     do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
1968     /* Add the posres coordinates to the molblock */
1969     add_posres_molblock(mtop);
1970   }
1971   if (bRead) {
1972     if (file_version >= 57) {
1973       mtop->mols = mtop_mols(mtop);
1974     }
1975     if (gmx_debug_at) {
1976       pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
1977     }
1978   }
1979
1980   if (file_version < 51) {
1981     /* Here used to be the shake blocks */
1982     do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
1983     if (dumb.nr > 0)
1984       sfree(dumb.index);
1985     if (dumb.nra > 0)
1986       sfree(dumb.a);
1987   }
1988
1989   if (bRead) {
1990     close_symtab(&(mtop->symtab));
1991   }
1992 }
1993
1994 /* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
1995  * of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
1996  * If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
1997  * if the file is newer than the program.
1998  *
1999  * The version and generation if the topology (see top of this file)
2000  * are returned in the two last arguments.
2001  *
2002  * If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
2003  */
2004 static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
2005                          gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
2006                          int *file_generation)
2007 {
2008   char  buf[STRLEN];
2009   gmx_bool  bDouble;
2010   int   precision;
2011   int   fver,fgen;
2012   int   idum=0;
2013   real  rdum=0;
2014
2015   gmx_fio_checktype(fio);
2016   gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
2017
2018   /* NEW! XDR tpb file */
2019   precision = sizeof(real);
2020   if (bRead) {
2021     gmx_fio_do_string(fio,buf);
2022     if (strncmp(buf,"VERSION",7))
2023       gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
2024                   "             this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
2025                   "             Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
2026                   gmx_fio_getname(fio));
2027     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2028     bDouble = (precision == sizeof(double));
2029     if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
2030       gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
2031                   "instead of %d or %d",
2032                   gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
2033     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2034     fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
2035             gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
2036   }
2037   else {
2038     gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
2039     bDouble = (precision == sizeof(double));
2040     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2041     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2042     fver = tpx_version;
2043     fgen = tpx_generation;
2044   }
2045
2046   /* Check versions! */
2047   gmx_fio_do_int(fio,fver);
2048
2049   if(fver>=26)
2050     gmx_fio_do_int(fio,fgen);
2051   else
2052     fgen=0;
2053
2054   if(file_version!=NULL)
2055     *file_version = fver;
2056   if(file_generation!=NULL)
2057     *file_generation = fgen;
2058
2059
2060   if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
2061       ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
2062       (fgen > tpx_generation))
2063     gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
2064                 gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
2065
2066   do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
2067   gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
2068   if (fver >= 28)
2069     gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
2070   else
2071     tpx->ngtc = 0;
2072   if (fver < 62) {
2073     gmx_fio_do_int(fio,idum);
2074     gmx_fio_do_real(fio,rdum);
2075   }
2076   gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
2077   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
2078   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
2079   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
2080   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
2081   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
2082   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
2083
2084   if((fgen > tpx_generation)) {
2085     /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
2086     tpx->bIr=FALSE;
2087   }
2088 }
2089
2090 static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
2091                   t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
2092                   gmx_bool bXVallocated)
2093 {
2094   t_tpxheader tpx;
2095   t_inputrec  dum_ir;
2096   gmx_mtop_t  dum_top;
2097   gmx_bool        TopOnlyOK,bDum=TRUE;
2098   int         file_version,file_generation;
2099   int         i;
2100   rvec        *xptr,*vptr;
2101   int         ePBC;
2102   gmx_bool        bPeriodicMols;
2103
2104   if (!bRead) {
2105     tpx.natoms = state->natoms;
2106     tpx.ngtc   = state->ngtc;
2107     tpx.lambda = state->lambda;
2108     tpx.bIr  = (ir       != NULL);
2109     tpx.bTop = (mtop     != NULL);
2110     tpx.bX   = (state->x != NULL);
2111     tpx.bV   = (state->v != NULL);
2112     tpx.bF   = (f        != NULL);
2113     tpx.bBox = TRUE;
2114   }
2115
2116   TopOnlyOK = (ir==NULL);
2117
2118   do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
2119
2120   if (bRead) {
2121     state->flags  = 0;
2122     state->lambda = tpx.lambda;
2123     /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
2124     if (bXVallocated) {
2125       xptr = state->x;
2126       vptr = state->v;
2127       init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
2128       state->natoms = tpx.natoms;
2129       state->nalloc = tpx.natoms;
2130       state->x = xptr;
2131       state->v = vptr;
2132     } else {
2133       init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */
2134     }
2135   }
2136
2137 #define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
2138
2139   do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
2140   do_section(fio,eitemBOX,bRead);
2141   if (tpx.bBox) {
2142     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
2143     if (file_version >= 51) {
2144       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
2145     } else {
2146       /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
2147       clear_mat(state->box_rel);
2148     }
2149     if (file_version >= 28) {
2150       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
2151       if (file_version < 56) {
2152         matrix mdum;
2153         gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
2154       }
2155     }
2156   }
2157
2158   if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
2159     real *dumv;
2160     /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
2161     /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
2162     /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
2163     snew(dumv,state->ngtc);
2164     if (file_version < 69) {
2165       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2166     }
2167     /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
2168     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2169     sfree(dumv);
2170   }
2171
2172   /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
2173    * I moved it to enable partial forward-compatibility
2174    * for analysis/viewer programs.
2175    */
2176   if(file_version<26) {
2177     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2178     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2179     if (tpx.bIr) {
2180       if (ir) {
2181         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
2182                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2183         if (bRead && debug)
2184           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2185       }
2186       else {
2187         do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
2188                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
2189         if (bRead && debug)
2190           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
2191         done_inputrec(&dum_ir);
2192       }
2193
2194     }
2195   }
2196
2197   do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
2198   do_section(fio,eitemTOP,bRead);
2199   if (tpx.bTop) {
2200     if (mtop) {
2201       do_mtop(fio,mtop,bRead, file_version);
2202     } else {
2203       do_mtop(fio,&dum_top,bRead,file_version);
2204       done_mtop(&dum_top,TRUE);
2205     }
2206   }
2207   do_test(fio,tpx.bX,state->x);
2208   do_section(fio,eitemX,bRead);
2209   if (tpx.bX) {
2210     if (bRead) {
2211       state->flags |= (1<<estX);
2212     }
2213     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
2214   }
2215
2216   do_test(fio,tpx.bV,state->v);
2217   do_section(fio,eitemV,bRead);
2218   if (tpx.bV) {
2219     if (bRead) {
2220       state->flags |= (1<<estV);
2221     }
2222     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
2223   }
2224
2225   do_test(fio,tpx.bF,f);
2226   do_section(fio,eitemF,bRead);
2227   if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
2228
2229   /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
2230    * at the end of the file, so we can ignore it
2231    * if the file is never than the software (but still the
2232    * same generation - see comments at the top of this file.
2233    *
2234    *
2235    */
2236   ePBC = -1;
2237   bPeriodicMols = FALSE;
2238   if (file_version >= 26) {
2239     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2240     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2241     if (tpx.bIr) {
2242       if (file_version >= 53) {
2243         /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
2244         if (!bRead) {
2245           ePBC          = ir->ePBC;
2246           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2247         }
2248         gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
2249         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
2250       }
2251       if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
2252         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2253         if (bRead && debug)
2254           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2255         if (file_version < 51)
2256           set_box_rel(ir,state);
2257         if (file_version < 53) {
2258           ePBC          = ir->ePBC;
2259           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2260         }
2261       }
2262       if (bRead && ir && file_version >= 53) {
2263         /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
2264         ir->ePBC          = ePBC;
2265         ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
2266       }
2267     }
2268   }
2269
2270     if (bRead)
2271     {
2272         if (tpx.bIr && ir)
2273         {
2274             if (state->ngtc == 0)
2275             {
2276                 /* Reading old version without tcoupl state data: set it */
2277                 init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
2278             }
2279             if (tpx.bTop && mtop)
2280             {
2281                 if (file_version < 57)
2282                 {
2283                     if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
2284                     {
2285                         ir->eDisre = edrSimple;
2286                     }
2287                     else
2288                     {
2289                         ir->eDisre = edrNone;
2290                     }
2291                 }
2292                 set_disres_npair(mtop);
2293             }
2294         }
2295
2296         if (tpx.bTop && mtop)
2297         {
2298             gmx_mtop_finalize(mtop);
2299         }
2300
2301         if (file_version >= 57)
2302         {
2303             char *env;
2304             int  ienv;
2305             env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
2306             if (env != NULL)
2307             {
2308                 sscanf(env,"%d",&ienv);
2309                 fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
2310                         ienv);
2311                 if (ienv > 0)
2312                 {
2313                     fprintf(stderr,
2314                             "Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
2315                             ienv > 1 ? " and solvent" : "");
2316                     gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
2317                 }
2318                 fprintf(stderr,"\n");
2319             }
2320         }
2321     }
2322
2323     return ePBC;
2324 }
2325
2326 /************************************************************
2327  *
2328  *  The following routines are the exported ones
2329  *
2330  ************************************************************/
2331
2332 t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
2333 {
2334   return gmx_fio_open(fn,mode);
2335 }
2336
2337 void close_tpx(t_fileio *fio)
2338 {
2339   gmx_fio_close(fio);
2340 }
2341
2342 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
2343                     int *file_version, int *file_generation)
2344 {
2345   t_fileio *fio;
2346
2347   fio = open_tpx(fn,"r");
2348   do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
2349   close_tpx(fio);
2350 }
2351
2352 void write_tpx_state(const char *fn,
2353                      t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
2354 {
2355   t_fileio *fio;
2356
2357   fio = open_tpx(fn,"w");
2358   do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
2359   close_tpx(fio);
2360 }
2361
2362 void read_tpx_state(const char *fn,
2363                     t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2364 {
2365   t_fileio *fio;
2366
2367   fio = open_tpx(fn,"r");
2368   do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
2369   close_tpx(fio);
2370 }
2371
2372 int read_tpx(const char *fn,
2373              t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2374              rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2375 {
2376   t_fileio *fio;
2377   t_state state;
2378   int ePBC;
2379
2380   state.x = x;
2381   state.v = v;
2382   fio = open_tpx(fn,"r");
2383   ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
2384   close_tpx(fio);
2385   *natoms = state.natoms;
2386   if (box)
2387     copy_mat(state.box,box);
2388   state.x = NULL;
2389   state.v = NULL;
2390   done_state(&state);
2391
2392   return ePBC;
2393 }
2394
2395 int read_tpx_top(const char *fn,
2396                  t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2397                  rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
2398 {
2399   gmx_mtop_t mtop;
2400   t_topology *ltop;
2401   int ePBC;
2402
2403   ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
2404
2405   *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
2406
2407   return ePBC;
2408 }
2409
2410 gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
2411 {
2412   switch (fn2ftp(file)) {
2413   case efTPR:
2414   case efTPB:
2415   case efTPA:
2416     return TRUE;
2417   default:
2418     return FALSE;
2419   }
2420 }
2421
2422 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
2423                    rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
2424 {
2425   t_tpxheader  header;
2426   int          natoms,i,version,generation;
2427   gmx_bool         bTop,bXNULL;
2428   gmx_mtop_t   *mtop;
2429   t_topology   *topconv;
2430   gmx_atomprop_t aps;
2431
2432   bTop = fn2bTPX(infile);
2433   *ePBC = -1;
2434   if (bTop) {
2435     read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
2436     if (x)
2437       snew(*x,header.natoms);
2438     if (v)
2439       snew(*v,header.natoms);
2440     snew(mtop,1);
2441     *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
2442                      (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
2443     *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
2444     sfree(mtop);
2445     strcpy(title,*top->name);
2446     tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
2447   }
2448   else {
2449     get_stx_coordnum(infile,&natoms);
2450     init_t_atoms(&top->atoms,natoms,FALSE);
2451     bXNULL = (x == NULL);
2452     snew(*x,natoms);
2453     if (v)
2454       snew(*v,natoms);
2455     read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
2456     if (bXNULL) {
2457       sfree(*x);
2458       x = NULL;
2459     }
2460     if (bMass) {
2461       aps = gmx_atomprop_init();
2462       for(i=0; (i<natoms); i++)
2463         if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
2464                                 *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2465                                 *top->atoms.atomname[i],
2466                                 &(top->atoms.atom[i].m))) {
2467           if (debug)
2468             fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
2469                     *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2470                     top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
2471                     *top->atoms.atomname[i]);
2472         }
2473       gmx_atomprop_destroy(aps);
2474     }
2475     top->idef.ntypes=-1;
2476   }
2477
2478   return bTop;
2479 }