src/gmxlib/strdb.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <stdlib.h>
  44 #include "string2.h"
  45 #include "futil.h"
  46 #include "smalloc.h"
  47 #include "gmx_fatal.h"
  48 #include "strdb.h"
  49
  50 gmx_bool get_a_line(FILE *fp,char line[],int n)
  51 {
  52   char *line0;
  53   char *dum;
  54
  55   snew(line0,n+1);
  56
  57   do {
  58     if (!fgets(line0,n+1,fp)) {
  59       sfree(line0);
  60       return FALSE;
  61     }
  62     dum=strchr(line0,'\n');
  63     if (dum)
  64       dum[0]='\0';
  65     else if (strlen(line0)==n) {
  66       fprintf(stderr,"Warning: line length exceeds buffer length (%d), data might be corrupted\n",n);
  67       line0[n-1] ='\0';
  68     } else
  69       fprintf(stderr,"Warning: file does not end with a newline, last line:\n%s\n",
  70               line0);
  71     dum=strchr(line0,';');
  72     if (dum)
  73       dum[0]='\0';
  74     strncpy(line,line0,n);
  75     dum=line0;
  76     ltrim(dum);
  77   } while (dum[0] == '\0');
  78
  79   sfree(line0);
  80   return TRUE;
  81 }
  82
  83 gmx_bool get_header(char line[],char *header)
  84 {
  85   char temp[STRLEN],*dum;
  86
  87   strcpy(temp,line);
  88   dum=strchr(temp,'[');
  89   if (dum==NULL)
  90     return FALSE;
  91   dum[0]=' ';
  92   dum=strchr(temp,']');
  93   if (dum==NULL) {
  94     gmx_fatal(FARGS,"header is not terminated on line:\n'%s'\n",line);
  95     return FALSE;
  96   }
  97   dum[0]='\0';
  98   if (sscanf(temp,"%s%*s",header) != 1)
  99     return FALSE;
 100
 101   return TRUE;
 102 }
 103
 104 int get_strings(const char *db,char ***strings)
 105 {
 106   FILE *in;
 107   char **ptr;
 108   char buf[256];
 109   int  i,nstr;
 110
 111   in=libopen(db);
 112
 113   if (fscanf(in,"%d",&nstr) != 1) {
 114     gmx_warning("File %s is empty",db);
 115     ffclose(in);
 116     return 0;
 117   }
 118   snew(ptr,nstr);
 119   for(i=0; (i<nstr); i++) {
 120     if(1 != fscanf(in,"%s",buf))
 121     {
 122       gmx_fatal(FARGS,"Cannot read string from buffer");
 123     }
 124 #ifdef DEBUG
 125     fprintf(stderr,"Have read: %s\n",buf);
 126 #endif
 127     ptr[i] = strdup(buf);
 128   }
 129   ffclose(in);
 130
 131   *strings=ptr;
 132
 133   return nstr;
 134 }
 135
 136 int search_str(int nstr,char **str,char *key)
 137 {
 138   int i;
 139
 140   /* Linear search */
 141   for(i=0; (i<nstr); i++)
 142     if (gmx_strcasecmp(str[i],key)==0)
 143       return i;
 144
 145   return -1;
 146 }
 147
 148 int fget_lines(FILE *in,char ***strings)
 149 {
 150   char **ptr;
 151   char buf[256];
 152   int  i,nstr;
 153   char *pret;
 154
 155   pret = fgets(buf,255,in);
 156   if ( pret==NULL  || sscanf(buf,"%d",&nstr) != 1)
 157   {
 158     gmx_warning("File is empty");
 159     ffclose(in);
 160
 161     return 0;
 162   }
 163   snew(ptr,nstr);
 164   for(i=0; (i<nstr); i++) {
 165     fgets2(buf,255,in);
 166     ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 167   }
 168
 169   (*strings) = ptr;
 170
 171   return nstr;
 172 }
 173
 174 int get_lines(const char *db,char ***strings)
 175 {
 176   FILE *in;
 177   int  nstr;
 178
 179   in   = libopen(db);
 180   nstr = fget_lines(in,strings);
 181   ffclose(in);
 182
 183   return nstr;
 184 }
 185
 186 int get_file(const char *db,char ***strings)
 187 {
 188   FILE *in;
 189   char **ptr=NULL;
 190   char buf[STRLEN];
 191   int  i,nstr,maxi;
 192
 193   in=libopen(db);
 194
 195   i=maxi=0;
 196   while (fgets2(buf,STRLEN-1,in)) {
 197     if (i>=maxi) {
 198       maxi+=50;
 199       srenew(ptr,maxi);
 200     }
 201     ptr[i] = strdup(buf);
 202     i++;
 203   }
 204   nstr=i;
 205   ffclose(in);
 206   srenew(ptr,nstr);
 207   *strings=ptr;
 208
 209   return nstr;
 210 }
 211