src/gmxlib/statistics/gmx_statistics.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*- */
   2 /*
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <math.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "smalloc.h"
  43 #include "vec.h"
  44 #include "gmx_statistics.h"
  45
  46 static int gmx_dnint(double x)
  47 {
  48     return (int) (x+0.5);
  49 }
  50
  51 typedef struct gmx_stats {
  52     double aa,a,b,sigma_aa,sigma_a,sigma_b,aver,sigma_aver,error;
  53     double rmsd,Rdata,Rfit,Rfitaa,chi2,chi2aa;
  54     double *x,*y,*dx,*dy;
  55     int    computed;
  56     int    np,np_c,nalloc;
  57 } gmx_stats;
  58
  59 gmx_stats_t gmx_stats_init()
  60 {
  61     gmx_stats *stats;
  62
  63     snew(stats,1);
  64
  65     return (gmx_stats_t) stats;
  66 }
  67
  68 int gmx_stats_get_npoints(gmx_stats_t gstats, int *N)
  69 {
  70     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
  71
  72     *N = stats->np;
  73
  74     return estatsOK;
  75 }
  76
  77 int gmx_stats_done(gmx_stats_t gstats)
  78 {
  79     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
  80
  81     sfree(stats->x);
  82     stats->x = NULL;
  83     sfree(stats->y);
  84     stats->y = NULL;
  85     sfree(stats->dx);
  86     stats->dx = NULL;
  87     sfree(stats->dy);
  88     stats->dy = NULL;
  89
  90     return estatsOK;
  91 }
  92
  93 int gmx_stats_add_point(gmx_stats_t gstats,double x,double y,
  94                         double dx,double dy)
  95 {
  96     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
  97     int i;
  98
  99     if (stats->np+1 >= stats->nalloc)
 100     {
 101         if (stats->nalloc == 0)
 102             stats->nalloc = 1024;
 103         else
 104             stats->nalloc *= 2;
 105         srenew(stats->x,stats->nalloc);
 106         srenew(stats->y,stats->nalloc);
 107         srenew(stats->dx,stats->nalloc);
 108         srenew(stats->dy,stats->nalloc);
 109         for(i=stats->np; (i<stats->nalloc); i++)
 110         {
 111             stats->x[i]  = 0;
 112             stats->y[i]  = 0;
 113             stats->dx[i] = 0;
 114             stats->dy[i] = 0;
 115         }
 116     }
 117     stats->x[stats->np]  = x;
 118     stats->y[stats->np]  = y;
 119     stats->dx[stats->np] = dx;
 120     stats->dy[stats->np] = dy;
 121     stats->np++;
 122     stats->computed = 0;
 123
 124     return estatsOK;
 125 }
 126
 127 int gmx_stats_get_point(gmx_stats_t gstats,real *x,real *y,
 128                         real *dx,real *dy)
 129 {
 130     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 131
 132     if (stats->np_c < stats->np)
 133     {
 134         if (NULL != x)  *x  = stats->x[stats->np_c];
 135         if (NULL != y)  *y  = stats->y[stats->np_c];
 136         if (NULL != dx) *dx = stats->dx[stats->np_c];
 137         if (NULL != dy) *dy = stats->dy[stats->np_c];
 138         stats->np_c++;
 139
 140         return estatsOK;
 141     }
 142     stats->np_c = 0;
 143
 144     return estatsNO_POINTS;
 145 }
 146
 147 int gmx_stats_add_points(gmx_stats_t gstats,int n,real *x,real *y,
 148                          real *dx,real *dy)
 149 {
 150     int i,ok;
 151
 152     for(i=0; (i<n); i++)
 153     {
 154         if ((ok = gmx_stats_add_point(gstats,x[i],y[i],
 155                                       (NULL != dx) ? dx[i] : 0,
 156                                       (NULL != dy) ? dy[i] : 0)) != estatsOK)
 157         {
 158             return ok;
 159         }
 160     }
 161     return estatsOK;
 162 }
 163
 164 static int gmx_stats_compute(gmx_stats *stats,int weight)
 165 {
 166     double yy,yx,xx,sx,sy,dy,chi2,chi2aa,d2;
 167     double ssxx,ssyy,ssxy;
 168     double w,wtot,yx_nw,sy_nw,sx_nw,yy_nw,xx_nw,dx2,dy2;
 169     int i,N;
 170
 171     N = stats->np;
 172     if (stats->computed == 0)
 173     {
 174         if (N < 1)
 175         {
 176             return estatsNO_POINTS;
 177         }
 178
 179         xx = xx_nw = 0;
 180         yy = yy_nw = 0;
 181         yx = yx_nw = 0;
 182         sx = sx_nw = 0;
 183         sy = sy_nw = 0;
 184         wtot = 0;
 185         d2   = 0;
 186         for(i=0; (i<N); i++)
 187         {
 188             d2 += dsqr(stats->x[i]-stats->y[i]);
 189             if ((stats->dy[i]) && (weight == elsqWEIGHT_Y))
 190             {
 191                 w = 1/dsqr(stats->dy[i]);
 192             }
 193             else
 194             {
 195                 w = 1;
 196             }
 197
 198             wtot  += w;
 199
 200             xx    += w*dsqr(stats->x[i]);
 201             xx_nw += dsqr(stats->x[i]);
 202
 203             yy    += w*dsqr(stats->y[i]);
 204             yy_nw += dsqr(stats->y[i]);
 205
 206             yx    += w*stats->y[i]*stats->x[i];
 207             yx_nw += stats->y[i]*stats->x[i];
 208
 209             sx    += w*stats->x[i];
 210             sx_nw += stats->x[i];
 211
 212             sy    += w*stats->y[i];
 213             sy_nw += stats->y[i];
 214         }
 215
 216         /* Compute average, sigma and error */
 217         stats->aver       = sy_nw/N;
 218         stats->sigma_aver = sqrt(yy_nw/N - dsqr(sy_nw/N));
 219         stats->error      = stats->sigma_aver/sqrt(N);
 220
 221         /* Compute RMSD between x and y */
 222         stats->rmsd = sqrt(d2/N);
 223
 224         /* Correlation coefficient for data */
 225         yx_nw /= N;
 226         xx_nw /= N;
 227         yy_nw /= N;
 228         sx_nw /= N;
 229         sy_nw /= N;
 230         ssxx = N*(xx_nw - dsqr(sx_nw));
 231         ssyy = N*(yy_nw - dsqr(sy_nw));
 232         ssxy = N*(yx_nw - (sx_nw*sy_nw));
 233         stats->Rdata = sqrt(dsqr(ssxy)/(ssxx*ssyy));
 234
 235         /* Compute straight line through datapoints, either with intercept
 236            zero (result in aa) or with intercept variable (results in a
 237            and b) */
 238         yx = yx/wtot;
 239         xx = xx/wtot;
 240         sx = sx/wtot;
 241         sy = sy/wtot;
 242
 243         stats->aa = (yx/xx);
 244         stats->a  = (yx-sx*sy)/(xx-sx*sx);
 245         stats->b  = (sy)-(stats->a)*(sx);
 246
 247         /* Compute chi2, deviation from a line y = ax+b. Also compute
 248            chi2aa which returns the deviation from a line y = ax. */
 249         chi2   = 0;
 250         chi2aa = 0;
 251         for(i=0; (i<N); i++)
 252         {
 253             if (stats->dy[i] > 0)
 254             {
 255                 dy = stats->dy[i];
 256             }
 257             else
 258             {
 259                 dy = 1;
 260             }
 261             chi2aa += dsqr((stats->y[i]-(stats->aa*stats->x[i]))/dy);
 262             chi2   += dsqr((stats->y[i]-(stats->a*stats->x[i]+stats->b))/dy);
 263         }
 264         if (N > 2)
 265         {
 266             stats->chi2   = sqrt(chi2/(N-2));
 267             stats->chi2aa = sqrt(chi2aa/(N-2));
 268
 269             /* Look up equations! */
 270             dx2 = (xx-sx*sx);
 271             dy2 = (yy-sy*sy);
 272             stats->sigma_a = sqrt(stats->chi2/((N-2)*dx2));
 273             stats->sigma_b = stats->sigma_a*sqrt(xx);
 274             stats->Rfit    = fabs(ssxy)/sqrt(ssxx*ssyy);
 275                 /*stats->a*sqrt(dx2/dy2);*/
 276             stats->Rfitaa  = stats->aa*sqrt(dx2/dy2);
 277         }
 278         else
 279         {
 280             stats->chi2    = 0;
 281             stats->chi2aa  = 0;
 282             stats->sigma_a = 0;
 283             stats->sigma_b = 0;
 284             stats->Rfit    = 0;
 285             stats->Rfitaa  = 0;
 286         }
 287
 288         stats->computed = 1;
 289     }
 290
 291     return estatsOK;
 292 }
 293
 294 int gmx_stats_get_ab(gmx_stats_t gstats,int weight,
 295                      real *a,real *b,real *da,real *db,
 296                      real *chi2,real *Rfit)
 297 {
 298     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 299     int ok;
 300
 301     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,weight)) != estatsOK)
 302         return ok;
 303     if (NULL != a)
 304     {
 305         *a    = stats->a;
 306     }
 307     if (NULL != b)
 308     {
 309         *b    = stats->b;
 310     }
 311     if (NULL != da)
 312     {
 313         *da   = stats->sigma_a;
 314     }
 315     if (NULL != db)
 316     {
 317         *db   = stats->sigma_b;
 318     }
 319     if (NULL != chi2)
 320     {
 321         *chi2 = stats->chi2;
 322     }
 323     if (NULL != Rfit)
 324     {
 325         *Rfit = stats->Rfit;
 326     }
 327
 328     return estatsOK;
 329 }
 330
 331 int gmx_stats_get_a(gmx_stats_t gstats,int weight,real *a,real *da,
 332                     real *chi2,real *Rfit)
 333 {
 334     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 335     int ok;
 336
 337     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,weight)) != estatsOK)
 338         return ok;
 339     if (NULL != a)    *a    = stats->aa;
 340     if (NULL != da)   *da   = stats->sigma_aa;
 341     if (NULL != chi2) *chi2 = stats->chi2aa;
 342     if (NULL != Rfit) *Rfit = stats->Rfitaa;
 343
 344     return estatsOK;
 345 }
 346
 347 int gmx_stats_get_average(gmx_stats_t gstats,real *aver)
 348 {
 349     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 350     int ok;
 351
 352     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,elsqWEIGHT_NONE)) != estatsOK)
 353     {
 354         return ok;
 355     }
 356
 357     *aver = stats->aver;
 358
 359     return estatsOK;
 360 }
 361
 362 int gmx_stats_get_ase(gmx_stats_t gstats,real *aver,real *sigma,real *error)
 363 {
 364     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 365     int ok;
 366
 367     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,elsqWEIGHT_NONE)) != estatsOK)
 368     {
 369         return ok;
 370     }
 371
 372     if (NULL != aver)
 373     {
 374         *aver  = stats->aver;
 375     }
 376     if (NULL != sigma)
 377     {
 378         *sigma = stats->sigma_aver;
 379     }
 380     if (NULL != error)
 381     {
 382         *error = stats->error;
 383     }
 384
 385     return estatsOK;
 386 }
 387
 388 int gmx_stats_get_sigma(gmx_stats_t gstats,real *sigma)
 389 {
 390     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 391     int ok;
 392
 393     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,elsqWEIGHT_NONE)) != estatsOK)
 394         return ok;
 395
 396     *sigma = stats->sigma_aver;
 397
 398     return estatsOK;
 399 }
 400
 401 int gmx_stats_get_error(gmx_stats_t gstats,real *error)
 402 {
 403     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 404     int ok;
 405
 406     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,elsqWEIGHT_NONE)) != estatsOK)
 407         return ok;
 408
 409     *error = stats->error;
 410
 411     return estatsOK;
 412 }
 413
 414 int gmx_stats_get_corr_coeff(gmx_stats_t gstats,real *R)
 415 {
 416     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 417     int ok;
 418
 419     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,elsqWEIGHT_NONE)) != estatsOK)
 420         return ok;
 421
 422     *R = stats->Rdata;
 423
 424     return estatsOK;
 425 }
 426
 427 int gmx_stats_get_rmsd(gmx_stats_t gstats,real *rmsd)
 428 {
 429     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 430     int ok;
 431
 432     if ((ok = gmx_stats_compute(stats,elsqWEIGHT_NONE)) != estatsOK)
 433     {
 434         return ok;
 435     }
 436
 437     *rmsd = stats->rmsd;
 438
 439     return estatsOK;
 440 }
 441
 442 int gmx_stats_dump_xy(gmx_stats_t gstats,FILE *fp)
 443 {
 444     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 445     int i,ok;
 446
 447     for(i=0; (i<stats->np); i++)
 448     {
 449         fprintf(fp,"%12g  %12g  %12g  %12g\n",stats->x[i],stats->y[i],
 450                 stats->dx[i],stats->dy[i]);
 451     }
 452
 453     return estatsOK;
 454 }
 455
 456 int gmx_stats_remove_outliers(gmx_stats_t gstats,double level)
 457 {
 458     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 459     int  i,iter=1,done=0,ok;
 460     real rmsd,r;
 461
 462     while ((stats->np >= 10) && !done)
 463     {
 464         if ((ok = gmx_stats_get_rmsd(gstats,&rmsd)) != estatsOK)
 465         {
 466             return ok;
 467         }
 468         done = 1;
 469         for(i=0; (i<stats->np); )
 470         {
 471             r = fabs(stats->x[i]-stats->y[i]);
 472             if (r > level*rmsd)
 473             {
 474                 fprintf(stderr,"Removing outlier, iter = %d, rmsd = %g, x = %g, y = %g\n",
 475                         iter,rmsd,stats->x[i],stats->y[i]);
 476                 if (i < stats->np-1)
 477                 {
 478                     stats->x[i]  = stats->x[stats->np-1];
 479                     stats->y[i]  = stats->y[stats->np-1];
 480                     stats->dx[i] = stats->dx[stats->np-1];
 481                     stats->dy[i] = stats->dy[stats->np-1];
 482                 }
 483                 stats->np--;
 484                 done = 0;
 485             }
 486             else
 487             {
 488                 i++;
 489             }
 490         }
 491         iter++;
 492     }
 493
 494     return estatsOK;
 495 }
 496
 497 int gmx_stats_make_histogram(gmx_stats_t gstats,real binwidth,int *nb,
 498                              int ehisto,int normalized,real **x,real **y)
 499 {
 500     gmx_stats *stats = (gmx_stats *) gstats;
 501     int    i,ok,index=0,nbins=*nb,*nindex;
 502     double minx,maxx,maxy,miny,delta,dd,minh;
 503
 504     if (((binwidth <= 0) && (nbins <= 0)) ||
 505         ((binwidth > 0) && (nbins > 0)))
 506     {
 507         return estatsINVALID_INPUT;
 508     }
 509     if (stats->np <= 2)
 510     {
 511         return estatsNO_POINTS;
 512     }
 513     minx = maxx = stats->x[0];
 514     miny = maxy = stats->y[0];
 515     for(i=1; (i<stats->np); i++)
 516     {
 517         miny = (stats->y[i] < miny) ? stats->y[i] : miny;
 518         maxy = (stats->y[i] > maxy) ? stats->y[i] : maxy;
 519         minx = (stats->x[i] < minx) ? stats->x[i] : minx;
 520         maxx = (stats->x[i] > maxx) ? stats->x[i] : maxx;
 521     }
 522     if (ehisto == ehistoX)
 523     {
 524         delta = maxx-minx;
 525         minh = minx;
 526     }
 527     else if (ehisto == ehistoY)
 528     {
 529         delta = maxy-miny;
 530         minh = miny;
 531     }
 532     else
 533         return estatsINVALID_INPUT;
 534
 535     if (binwidth == 0)
 536     {
 537         binwidth = (delta)/nbins;
 538     }
 539     else
 540     {
 541         nbins = gmx_dnint((delta)/binwidth + 0.5);
 542     }
 543     snew(*x,nbins);
 544     snew(nindex,nbins);
 545     for(i=0; (i<nbins); i++)
 546     {
 547         (*x)[i] = minh + binwidth*(i+0.5);
 548     }
 549     if (normalized == 0)
 550     {
 551         dd = 1;
 552     }
 553     else
 554     {
 555         dd = 1.0/(binwidth*stats->np);
 556     }
 557
 558     snew(*y,nbins);
 559     for(i=0; (i<stats->np); i++)
 560     {
 561         if (ehisto == ehistoY)
 562             index = (stats->y[i]-miny)/binwidth;
 563                 else if (ehisto == ehistoX)
 564             index = (stats->x[i]-minx)/binwidth;
 565                 if (index<0)
 566                 {
 567                         index = 0;
 568                 }
 569                 if (index>nbins-1)
 570                 {
 571                         index = nbins-1;
 572                 }
 573         (*y)[index] += dd;
 574         nindex[index]++;
 575     }
 576     if (*nb == 0)
 577         *nb = nbins;
 578     for(i=0; (i<nbins); i++)
 579         if (nindex[i] > 0)
 580             (*y)[i] /= nindex[i];
 581
 582     sfree(nindex);
 583
 584     return estatsOK;
 585 }
 586
 587 static const char *stats_error[estatsNR] =
 588 {
 589     "All well in STATS land",
 590     "No points",
 591     "Not enough memory",
 592     "Invalid histogram input",
 593     "Unknown error",
 594     "Not implemented yet"
 595 };
 596
 597 const char *gmx_stats_message(int estats)
 598 {
 599     if ((estats >= 0) && (estats < estatsNR))
 600     {
 601         return stats_error[estats];
 602     }
 603     else
 604     {
 605         return stats_error[estatsERROR];
 606     }
 607 }
 608
 609 /* Old convenience functions, should be merged with the core
 610    statistics above. */
 611 int lsq_y_ax(int n, real x[], real y[], real *a)
 612 {
 613     gmx_stats_t lsq = gmx_stats_init();
 614     int  ok;
 615     real da,chi2,Rfit;
 616
 617     gmx_stats_add_points(lsq,n,x,y,0,0);
 618     if ((ok = gmx_stats_get_a(lsq,elsqWEIGHT_NONE,a,&da,&chi2,&Rfit)) != estatsOK)
 619     {
 620         return ok;
 621     }
 622
 623     /*  int    i;
 624         double xx,yx;
 625
 626         yx=xx=0.0;
 627         for (i=0; i<n; i++) {
 628         yx+=y[i]*x[i];
 629         xx+=x[i]*x[i];
 630         }
 631         *a=yx/xx;
 632         */
 633     return estatsOK;
 634 }
 635
 636 static int low_lsq_y_ax_b(int n, real *xr, double *xd, real yr[],
 637                           real *a, real *b,real *r,real *chi2)
 638 {
 639     int    i,ok;
 640     gmx_stats_t lsq;
 641
 642     lsq = gmx_stats_init();
 643     for(i=0; (i<n); i++)
 644     {
 645         if ((ok = gmx_stats_add_point(lsq,(NULL != xd) ? xd[i] : xr[i],yr[i],0,0))
 646             != estatsOK)
 647         {
 648             return ok;
 649         }
 650     }
 651     if ((ok = gmx_stats_get_ab(lsq,elsqWEIGHT_NONE,a,b,NULL,NULL,chi2,r)) != estatsOK)
 652     {
 653         return ok;
 654     }
 655
 656     return estatsOK;
 657     /*
 658       double x,y,yx,xx,yy,sx,sy,chi2;
 659
 660       yx=xx=yy=sx=sy=0.0;
 661       for (i=0; i<n; i++) {
 662       if (xd != NULL) {
 663       x = xd[i];
 664       } else {
 665       x = xr[i];
 666       }
 667       y =   yr[i];
 668
 669       yx += y*x;
 670       xx += x*x;
 671       yy += y*y;
 672       sx += x;
 673       sy += y;
 674       }
 675       *a = (n*yx-sy*sx)/(n*xx-sx*sx);
 676       *b = (sy-(*a)*sx)/n;
 677       *r = sqrt((xx-sx*sx)/(yy-sy*sy));
 678
 679       chi2 = 0;
 680       if (xd != NULL) {
 681       for(i=0; i<n; i++)
 682       chi2 += dsqr(yr[i] - ((*a)*xd[i] + (*b)));
 683       } else {
 684       for(i=0; i<n; i++)
 685       chi2 += dsqr(yr[i] - ((*a)*xr[i] + (*b)));
 686       }
 687
 688       if (n > 2)
 689       return sqrt(chi2/(n-2));
 690       else
 691       return 0;
 692     */
 693 }
 694
 695 int lsq_y_ax_b(int n, real x[], real y[], real *a, real *b,real *r,real *chi2)
 696 {
 697     return low_lsq_y_ax_b(n,x,NULL,y,a,b,r,chi2);
 698 }
 699
 700 int lsq_y_ax_b_xdouble(int n, double x[], real y[], real *a, real *b,
 701                        real *r,real *chi2)
 702 {
 703     return low_lsq_y_ax_b(n,NULL,x,y,a,b,r,chi2);
 704 }
 705
 706 int lsq_y_ax_b_error(int n, real x[], real y[], real dy[],
 707                      real *a, real *b, real *da, real *db,
 708                      real *r,real *chi2)
 709 {
 710     gmx_stats_t lsq;
 711     int    i,ok;
 712
 713     lsq = gmx_stats_init();
 714     for(i=0; (i<n); i++)
 715     {
 716         if ((ok = gmx_stats_add_point(lsq,x[i],y[i],0,dy[i])) != estatsOK)
 717         {
 718             return ok;
 719         }
 720     }
 721     if ((ok = gmx_stats_get_ab(lsq,elsqWEIGHT_Y,a,b,da,db,chi2,r)) != estatsOK)
 722     {
 723         return ok;
 724     }
 725     if ((ok = gmx_stats_done(lsq)) != estatsOK)
 726     {
 727         return ok;
 728     }
 729     sfree(lsq);
 730
 731     return estatsOK;
 732     /*
 733       double sxy,sxx,syy,sx,sy,w,s_2,dx2,dy2,mins;
 734
 735       sxy=sxx=syy=sx=sy=w=0.0;
 736       mins = dy[0];
 737       for(i=1; (i<n); i++)
 738       mins = min(mins,dy[i]);
 739       if (mins <= 0)
 740       gmx_fatal(FARGS,"Zero or negative weigths in linear regression analysis");
 741
 742       for (i=0; i<n; i++) {
 743       s_2  = dsqr(1.0/dy[i]);
 744       sxx += s_2*dsqr(x[i]);
 745       sxy += s_2*y[i]*x[i];
 746       syy += s_2*dsqr(y[i]);
 747       sx  += s_2*x[i];
 748       sy  += s_2*y[i];
 749       w   += s_2;
 750       }
 751       sxx = sxx/w;
 752       sxy = sxy/w;
 753       syy = syy/w;
 754       sx  = sx/w;
 755       sy  = sy/w;
 756       dx2 = (sxx-sx*sx);
 757       dy2 = (syy-sy*sy);
 758       *a=(sxy-sy*sx)/dx2;
 759       *b=(sy-(*a)*sx);
 760
 761       *chi2=0;
 762       for(i=0; i<n; i++)
 763       *chi2+=dsqr((y[i]-((*a)*x[i]+(*b)))/dy[i]);
 764       *chi2 = *chi2/w;
 765
 766       *da = sqrt(*chi2/((n-2)*dx2));
 767       *db = *da*sqrt(sxx);
 768       *r  = *a*sqrt(dx2/dy2);
 769
 770       if (debug)
 771       fprintf(debug,"sx = %g, sy = %g, sxy = %g, sxx = %g, w = %g\n"
 772       "chi2 = %g, dx2 = %g\n",
 773       sx,sy,sxy,sxx,w,*chi2,dx2);
 774
 775       if (n > 2)
 776       *chi2 = sqrt(*chi2/(n-2));
 777       else
 778       *chi2 = 0;
 779       */
 780 }
 781
 782