src/gmxlib/sfactor.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <ctype.h>
  43 #include "sysstuff.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "string2.h"
  46 #include "futil.h"
  47 #include "maths.h"
  48 #include "gmx_fatal.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "macros.h"
  51 #include "index.h"
  52 #include "strdb.h"
  53 #include "copyrite.h"
  54 #include "tpxio.h"
  55 #include "typedefs.h"
  56 #include "statutil.h"
  57 #include "oenv.h"
  58 #include "gmxfio.h"
  59 #include "xvgr.h"
  60 #include "matio.h"
  61 #include "gmx_ana.h"
  62 #include "names.h"
  63 #include "sfactor.h"
  64
  65
  66 typedef struct gmx_structurefactors {
  67     int nratoms;
  68     int *p;        /* proton number */
  69     int *n;        /* neutron number */
  70     /* Parameters for the Cromer Mann fit */
  71     real **a;    /* parameter a */
  72     real **b;    /* parameter b */
  73     real *c;       /* parameter c */
  74     char **atomnm;  /* atomname */
  75
  76 } gmx_structurefactors;
  77
  78 typedef struct reduced_atom{
  79     rvec x;
  80     int  t;
  81 } reduced_atom;
  82
  83
  84 typedef struct structure_factor
  85 {
  86   int     n_angles;
  87   int     n_groups;
  88   double  lambda;
  89   double  energy;
  90   double  momentum;
  91   double  ref_k;
  92   double  **F;
  93   int     nSteps;
  94   int     total_n_atoms;
  95 } structure_factor;
  96
  97
  98 extern int * create_indexed_atom_type (reduced_atom_t * atm, int size)
  99 {
 100 /*
 101  * create an index of the atom types found in a  group
 102  * i.e.: for water index_atp[0]=type_number_of_O and
 103  *                 index_atp[1]=type_number_of_H
 104  *
 105  * the last element is set to 0
 106  */
 107     int *index_atp, i, i_tmp, j;
 108
 109     reduced_atom *att=(reduced_atom *)atm;
 110
 111     snew (index_atp, 1);
 112     i_tmp = 1;
 113     index_atp[0] = att[0].t;
 114     for (i = 1; i < size; i++) {
 115         for (j = 0; j < i_tmp; j++)
 116             if (att[i].t == index_atp[j])
 117                 break;
 118         if (j == i_tmp) {       /* i.e. no indexed atom type is  == to atm[i].t */
 119             i_tmp++;
 120             srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 121             index_atp[i_tmp - 1] = att[i].t;
 122         }
 123     }
 124     i_tmp++;
 125     srenew (index_atp, i_tmp * sizeof (int));
 126     index_atp[i_tmp - 1] = 0;
 127     return index_atp;
 128 }
 129
 130
 131
 132 extern t_complex *** rc_tensor_allocation(int x, int y, int z)
 133 {
 134   t_complex ***t;
 135   int i,j;
 136
 137   t = (t_complex ***)calloc(x,sizeof(t_complex**));
 138   if(!t) exit(fprintf(stderr,"\nallocation error"));
 139   t[0] = (t_complex **)calloc(x*y,sizeof(t_complex*));
 140   if(!t[0]) exit(fprintf(stderr,"\nallocation error"));
 141   t[0][0] = (t_complex *)calloc(x*y*z,sizeof(t_complex));
 142   if(!t[0][0]) exit(fprintf(stderr,"\nallocation error"));
 143
 144   for( j = 1 ; j < y ; j++)
 145     t[0][j] = t[0][j-1] + z;
 146   for( i = 1 ; i < x ; i++) {
 147     t[i] = t[i-1] + y;
 148     t[i][0] = t[i-1][0] + y*z;
 149     for( j = 1 ; j < y ; j++)
 150       t[i][j] = t[i][j-1] + z;
 151   }
 152   return t;
 153 }
 154
 155
 156 extern void compute_structure_factor (structure_factor_t * sft, matrix box,
 157                                reduced_atom_t * red, int isize, real start_q,
 158                                real end_q, int group,real **sf_table)
 159 {
 160     structure_factor *sf=(structure_factor *)sft;
 161     reduced_atom *redt=(reduced_atom *)red;
 162
 163     t_complex ***tmpSF;
 164     rvec k_factor;
 165     real kdotx, asf, kx, ky, kz, krr;
 166     int kr, maxkx, maxky, maxkz, i, j, k, p, *counter;
 167
 168
 169     k_factor[XX] = 2 * M_PI / box[XX][XX];
 170     k_factor[YY] = 2 * M_PI / box[YY][YY];
 171     k_factor[ZZ] = 2 * M_PI / box[ZZ][ZZ];
 172
 173     maxkx = (int) (end_q / k_factor[XX] + 0.5);
 174     maxky = (int) (end_q / k_factor[YY] + 0.5);
 175     maxkz = (int) (end_q / k_factor[ZZ] + 0.5);
 176
 177     snew (counter, sf->n_angles);
 178
 179     tmpSF = rc_tensor_allocation(maxkx,maxky,maxkz);
 180 /*
 181  * The big loop...
 182  * compute real and imaginary part of the structure factor for every
 183  * (kx,ky,kz))
 184  */
 185     fprintf(stderr,"\n");
 186     for (i = 0; i < maxkx; i++) {
 187         fprintf (stderr,"\rdone %3.1f%%     ", (double)(100.0*(i+1))/maxkx);
 188         kx = i * k_factor[XX];
 189         for (j = 0; j < maxky; j++) {
 190             ky = j * k_factor[YY];
 191             for (k = 0; k < maxkz; k++)
 192                 if (i != 0 || j != 0 || k != 0) {
 193                     kz = k * k_factor[ZZ];
 194                     krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky) + sqr (kz));
 195                     if (krr >= start_q && krr <= end_q) {
 196                         kr = (int) (krr/sf->ref_k + 0.5);
 197                         if (kr < sf->n_angles) {
 198                             counter[kr]++;  /* will be used for the copmutation
 199                                                of the average*/
 200                             for (p = 0; p < isize; p++) {
 201                                 asf = sf_table[redt[p].t][kr];
 202
 203                                 kdotx = kx * redt[p].x[XX] +
 204                                     ky * redt[p].x[YY] + kz * redt[p].x[ZZ];
 205
 206                                 tmpSF[i][j][k].re += cos (kdotx) * asf;
 207                                 tmpSF[i][j][k].im += sin (kdotx) * asf;
 208                             }
 209                         }
 210                     }
 211                 }
 212         }
 213     }                           /* end loop on i */
 214 /*
 215  *  compute the square modulus of the structure factor, averaging on the surface
 216  *  kx*kx + ky*ky + kz*kz = krr*krr
 217  *  note that this is correct only for a (on the macroscopic scale)
 218  *  isotropic system.
 219  */
 220     for (i = 0; i < maxkx; i++) {
 221         kx = i * k_factor[XX]; for (j = 0; j < maxky; j++) {
 222             ky = j * k_factor[YY]; for (k = 0; k < maxkz; k++) {
 223                 kz = k * k_factor[ZZ]; krr = sqrt (sqr (kx) + sqr (ky)
 224                 + sqr (kz)); if (krr >= start_q && krr <= end_q) {
 225                     kr = (int) (krr / sf->ref_k + 0.5);
 226                         if (kr < sf->n_angles && counter[kr] != 0)
 227                                 sf->F[group][kr] +=
 228                             (sqr (tmpSF[i][j][k].re) +
 229                              sqr (tmpSF[i][j][k].im))/ counter[kr];
 230                 }
 231             }
 232         }
 233     } sfree (counter); free(tmpSF[0][0]); free(tmpSF[0]); free(tmpSF);
 234 }
 235
 236
 237 extern gmx_structurefactors_t *gmx_structurefactors_init(const char *datfn) {
 238
 239         /* Read the database for the structure factor of the different atoms */
 240
 241     FILE *fp;
 242     char line[STRLEN];
 243     gmx_structurefactors *gsf;
 244     double a1,a2,a3,a4,b1,b2,b3,b4,c;
 245     int p;
 246     int i;
 247     int nralloc=10;
 248     int line_no;
 249     char atomn[32];
 250     fp=libopen(datfn);
 251     line_no = 0;
 252     snew(gsf,1);
 253
 254     snew(gsf->atomnm,nralloc);
 255     snew(gsf->a,nralloc);
 256     snew(gsf->b,nralloc);
 257     snew(gsf->c,nralloc);
 258     snew(gsf->p,nralloc);
 259     gsf->n=NULL;
 260     gsf->nratoms=line_no;
 261     while(get_a_line(fp,line,STRLEN)) {
 262         i=line_no;
 263         if (sscanf(line,"%s %d %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf",
 264                    atomn,&p,&a1,&a2,&a3,&a4,&b1,&b2,&b3,&b4,&c) == 11) {
 265             gsf->atomnm[i]=strdup(atomn);
 266             gsf->p[i]=p;
 267             snew(gsf->a[i],4);
 268             snew(gsf->b[i],4);
 269             gsf->a[i][0]=a1;
 270             gsf->a[i][1]=a2;
 271             gsf->a[i][2]=a3;
 272             gsf->a[i][3]=a4;
 273             gsf->b[i][0]=b1;
 274             gsf->b[i][1]=b2;
 275             gsf->b[i][2]=b3;
 276             gsf->b[i][3]=b4;
 277             gsf->c[i]=c;
 278             line_no++;
 279             gsf->nratoms=line_no;
 280             if (line_no==nralloc){
 281                 nralloc+=10;
 282                 srenew(gsf->atomnm,nralloc);
 283                 srenew(gsf->a,nralloc);
 284                 srenew(gsf->b,nralloc);
 285                 srenew(gsf->c,nralloc);
 286                 srenew(gsf->p,nralloc);
 287             }
 288         }
 289         else
 290             fprintf(stderr,"WARNING: Error in file %s at line %d ignored\n",
 291                     datfn,line_no);
 292     }
 293
 294     srenew(gsf->atomnm,gsf->nratoms);
 295     srenew(gsf->a,gsf->nratoms);
 296     srenew(gsf->b,gsf->nratoms);
 297     srenew(gsf->c,gsf->nratoms);
 298     srenew(gsf->p,gsf->nratoms);
 299
 300     fclose(fp);
 301
 302     return (gmx_structurefactors_t *) gsf;
 303
 304 }
 305
 306
 307 extern void rearrange_atoms (reduced_atom_t * positions, t_trxframe *fr, atom_id * index,
 308                       int isize, t_topology * top, gmx_bool flag,gmx_structurefactors_t *gsf)
 309 /* given the group's index, return the (continuous) array of atoms */
 310 {
 311   int i;
 312
 313   reduced_atom *pos=(reduced_atom *)positions;
 314
 315   if (flag)
 316     for (i = 0; i < isize; i++)
 317       pos[i].t =
 318         return_atom_type (*(top->atoms.atomname[index[i]]),gsf);
 319   for (i = 0; i < isize; i++)
 320     copy_rvec (fr->x[index[i]], pos[i].x);
 321
 322    positions=(reduced_atom_t *)pos;
 323 }
 324
 325
 326 extern int return_atom_type (const char *name,gmx_structurefactors_t *gsf)
 327 {
 328   typedef struct {
 329     const char *name;
 330     int  nh;
 331   } t_united_h;
 332   t_united_h uh[] = {
 333     { "CH1", 1 }, { "CH2", 2 }, { "CH3", 3 },
 334     { "CS1", 1 }, { "CS2", 2 }, { "CS3", 3 },
 335     { "CP1", 1 }, { "CP2", 2 }, { "CP3", 3 }
 336   };
 337   int i,cnt=0;
 338   int *tndx;
 339   int nrc;
 340   int fndx=0;
 341   int NCMT;
 342
 343   gmx_structurefactors *gsft=(gmx_structurefactors *)gsf;
 344
 345   NCMT=gsft->nratoms;
 346
 347   snew(tndx,NCMT);
 348
 349   for(i=0; (i<asize(uh)); i++)
 350     if (strcmp(name,uh[i].name) == 0)
 351       return NCMT-1+uh[i].nh;
 352
 353   for(i=0; (i<NCMT); i++){
 354     if (strncmp (name, gsft->atomnm[i],strlen(gsft->atomnm[i])) == 0){
 355       tndx[cnt]=i;
 356       cnt++;
 357     }
 358   }
 359
 360   if (cnt==0)
 361   gmx_fatal(FARGS,"\nError: atom (%s) not in list (%d types checked)!\n",
 362             name,i);
 363   else{
 364           nrc=0;
 365           for(i=0;i<cnt;i++){
 366                   if(strlen(gsft->atomnm[tndx[i]])>(size_t)nrc){
 367                           nrc=strlen(gsft->atomnm[tndx[i]]);
 368                       fndx=tndx[i];
 369                   }
 370           }
 371
 372           return fndx;
 373   }
 374
 375   return 0;
 376 }
 377
 378 extern int gmx_structurefactors_get_sf(gmx_structurefactors_t *gsf, int elem, real a[4], real b[4], real *c){
 379
 380         int success;
 381         int i;
 382     gmx_structurefactors *gsft=(gmx_structurefactors *)gsf;
 383         success=0;
 384
 385         for(i=0;i<4;i++){
 386             a[i]=gsft->a[elem][i];
 387             b[i]=gsft->b[elem][i];
 388             *c=gsft->c[elem];
 389         }
 390
 391         success+=1;
 392         return success;
 393 }
 394
 395 extern int do_scattering_intensity (const char* fnTPS, const char* fnNDX,
 396                              const char* fnXVG, const char *fnTRX,
 397                              const char* fnDAT,
 398                              real start_q,real end_q,
 399                              real energy,int ng,const output_env_t oenv)
 400 {
 401     int i,*isize,flags = TRX_READ_X,**index_atp;
 402     t_trxstatus *status;
 403     char **grpname,title[STRLEN];
 404     atom_id **index;
 405     t_topology top;
 406     int ePBC;
 407     t_trxframe fr;
 408     reduced_atom_t **red;
 409     structure_factor *sf;
 410     rvec *xtop;
 411     real **sf_table;
 412     int nsftable;
 413     matrix box;
 414     double r_tmp;
 415
 416     gmx_structurefactors_t *gmx_sf;
 417     real *a,*b,c;
 418     int success;
 419
 420     snew(a,4);
 421     snew(b,4);
 422
 423
 424     gmx_sf=gmx_structurefactors_init(fnDAT);
 425
 426     success=gmx_structurefactors_get_sf(gmx_sf,0, a, b, &c);
 427
 428     snew (sf, 1);
 429     sf->energy = energy;
 430
 431     /* Read the topology informations */
 432     read_tps_conf (fnTPS, title, &top, &ePBC, &xtop, NULL, box, TRUE);
 433     sfree (xtop);
 434
 435     /* groups stuff... */
 436     snew (isize, ng);
 437     snew (index, ng);
 438     snew (grpname, ng);
 439
 440     fprintf (stderr, "\nSelect %d group%s\n", ng,
 441              ng == 1 ? "" : "s");
 442     if (fnTPS)
 443         get_index (&top.atoms, fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 444     else
 445         rd_index (fnNDX, ng, isize, index, grpname);
 446
 447     /* The first time we read data is a little special */
 448     read_first_frame (oenv,&status, fnTRX, &fr, flags);
 449
 450     sf->total_n_atoms = fr.natoms;
 451
 452     snew (red, ng);
 453     snew (index_atp, ng);
 454
 455     r_tmp = max (box[XX][XX], box[YY][YY]);
 456     r_tmp = (double) max (box[ZZ][ZZ], r_tmp);
 457
 458     sf->ref_k = (2.0 * M_PI) / (r_tmp);
 459     /* ref_k will be the reference momentum unit */
 460     sf->n_angles = (int) (end_q / sf->ref_k + 0.5);
 461
 462     snew (sf->F, ng);
 463     for (i = 0; i < ng; i++)
 464         snew (sf->F[i], sf->n_angles);
 465     for (i = 0; i < ng; i++) {
 466         snew (red[i], isize[i]);
 467         rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top, TRUE,gmx_sf);
 468         index_atp[i] = create_indexed_atom_type (red[i], isize[i]);
 469     }
 470
 471     sf_table = compute_scattering_factor_table (gmx_sf,(structure_factor_t *)sf,&nsftable);
 472
 473
 474     /* This is the main loop over frames */
 475
 476     do {
 477         sf->nSteps++;
 478         for (i = 0; i < ng; i++) {
 479             rearrange_atoms (red[i], &fr, index[i], isize[i], &top,FALSE,gmx_sf);
 480
 481             compute_structure_factor ((structure_factor_t *)sf, box, red[i], isize[i],
 482                                       start_q, end_q, i, sf_table);
 483         }
 484     }
 485
 486     while (read_next_frame (oenv,status, &fr));
 487
 488     save_data ((structure_factor_t *)sf, fnXVG, ng, start_q, end_q,oenv);
 489
 490
 491     sfree(a);
 492     sfree(b);
 493
 494     gmx_structurefactors_done(gmx_sf);
 495
 496     return 0;
 497 }
 498
 499
 500 extern void save_data (structure_factor_t *sft, const char *file, int ngrps,
 501                 real start_q, real end_q, const output_env_t oenv)
 502 {
 503
 504     FILE *fp;
 505     int i, g = 0;
 506     double *tmp, polarization_factor, A;
 507
 508     structure_factor *sf=(structure_factor *)sft;
 509
 510     fp = xvgropen (file, "Scattering Intensity", "q (1/nm)",
 511                    "Intensity (a.u.)",oenv);
 512
 513     snew (tmp, ngrps);
 514
 515     for (g = 0; g < ngrps; g++)
 516         for (i = 0; i < sf->n_angles; i++) {
 517
 518 /*
 519  *          theta is half the angle between incoming and scattered vectors.
 520  *
 521  *          polar. fact. = 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 0.5 * sin^2(2*theta)
 522  *
 523  *          sin(theta) = q/(2k) := A  ->  sin^2(theta) = 4*A^2 (1-A^2) ->
 524  *          -> 0.5*(1+cos^2(2*theta)) = 1 - 2 A^2 (1-A^2)
 525  */
 526             A = (double) (i * sf->ref_k) / (2.0 * sf->momentum);
 527             polarization_factor = 1 - 2.0 * sqr (A) * (1 - sqr (A));
 528             sf->F[g][i] *= polarization_factor;
 529         }
 530     for (i = 0; i < sf->n_angles; i++) {
 531         if (i * sf->ref_k >= start_q && i * sf->ref_k <= end_q) {
 532             fprintf (fp, "%10.5f  ", i * sf->ref_k);
 533             for (g = 0; g < ngrps; g++)
 534                fprintf (fp, "  %10.5f ", (sf->F[g][i]) /( sf->total_n_atoms*
 535                                                           sf->nSteps));
 536             fprintf (fp, "\n");
 537         }
 538     }
 539
 540     ffclose (fp);
 541 }
 542
 543
 544 extern double CMSF (gmx_structurefactors_t *gsf,int type,int nh,double lambda, double sin_theta)
 545 /*
 546  * return Cromer-Mann fit for the atomic scattering factor:
 547  * sin_theta is the sine of half the angle between incoming and scattered
 548  * vectors. See g_sq.h for a short description of CM fit.
 549  */
 550 {
 551   int i,success;
 552   double tmp = 0.0, k2;
 553   real *a,*b;
 554   real c;
 555
 556   snew(a,4);
 557   snew(b,4);
 558
 559  /*
 560   *
 561   * f0[k] = c + [SUM a_i*EXP(-b_i*(k^2)) ]
 562   *             i=1,4
 563   */
 564
 565   /*
 566    *  united atoms case
 567    *  CH2 / CH3 groups
 568    */
 569   if (nh > 0) {
 570     tmp = (CMSF (gsf,return_atom_type ("C",gsf),0,lambda, sin_theta) +
 571            nh*CMSF (gsf,return_atom_type ("H",gsf),0,lambda, sin_theta));
 572   }
 573   /* all atom case */
 574   else {
 575     k2 = (sqr (sin_theta) / sqr (10.0 * lambda));
 576     success=gmx_structurefactors_get_sf(gsf,type,a,b,&c);
 577     tmp = c;
 578     for (i = 0; (i < 4); i++)
 579       tmp += a[i] * exp (-b[i] * k2);
 580   }
 581   return tmp;
 582 }
 583
 584
 585
 586 extern real **gmx_structurefactors_table(gmx_structurefactors_t *gsf,real momentum, real ref_k, real lambda, int n_angles){
 587
 588         int NCMT;
 589         int nsftable;
 590         int i,j;
 591         double q,sin_theta;
 592     real **sf_table;
 593     gmx_structurefactors *gsft=(gmx_structurefactors *)gsf;
 594
 595     NCMT=gsft->nratoms;
 596         nsftable = NCMT+3;
 597
 598     snew (sf_table,nsftable);
 599     for (i = 0; (i < nsftable); i++) {
 600         snew (sf_table[i], n_angles);
 601         for (j = 0; j < n_angles; j++) {
 602                 q = ((double) j * ref_k);
 603                 /* theta is half the angle between incoming
 604                            and scattered wavevectors. */
 605                 sin_theta = q / (2.0 * momentum);
 606                 if (i < NCMT){
 607                     sf_table[i][j] = CMSF (gsf,i,0,lambda, sin_theta);
 608                 }
 609                 else
 610                         sf_table[i][j] = CMSF (gsf,i,i-NCMT+1,lambda, sin_theta);
 611         }
 612     }
 613     return sf_table;
 614 }
 615
 616 extern void gmx_structurefactors_done(gmx_structurefactors_t *gsf){
 617
 618         int i;
 619         gmx_structurefactors *sf;
 620         sf=(gmx_structurefactors *) gsf;
 621
 622         for(i=0;i<sf->nratoms;i++){
 623         sfree(sf->a[i]);
 624                 sfree(sf->b[i]);
 625                 sfree(sf->atomnm[i]);
 626         }
 627
 628         sfree(sf->a);
 629         sfree(sf->b);
 630         sfree(sf->atomnm);
 631         sfree(sf->p);
 632         sfree(sf->c);
 633
 634         sfree(sf);
 635
 636 }
 637
 638 extern real **compute_scattering_factor_table (gmx_structurefactors_t *gsf,structure_factor_t *sft,int *nsftable)
 639 {
 640 /*
 641  *  this function build up a table of scattering factors for every atom
 642  *  type and for every scattering angle.
 643  */
 644
 645     double hc=1239.842;
 646     real ** sf_table;
 647
 648     structure_factor *sf=(structure_factor *)sft;
 649
 650
 651     /* \hbar \omega \lambda = hc = 1239.842 eV * nm */
 652     sf->momentum = ((double) (2. * 1000.0 * M_PI * sf->energy) / hc);
 653     sf->lambda = hc / (1000.0 * sf->energy);
 654     fprintf (stderr, "\nwavelenght = %f nm\n", sf->lambda);
 655
 656     sf_table=gmx_structurefactors_table(gsf,sf->momentum,sf->ref_k,sf->lambda,sf->n_angles);
 657
 658     return sf_table;
 659 }
 660
 661