src/gmxlib/selection/sm_simple.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief Implementations of simple keyword selection methods.
  33  */
  34 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  35 #include <config.h>
  36 #endif
  37
  38 #include <position.h>
  39 #include <selmethod.h>
  40
  41 /** Evaluates the \p all selection keyword. */
  42 static int
  43 evaluate_all(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  44              gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  45 /** Evaluates the \p none selection keyword. */
  46 static int
  47 evaluate_none(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  48               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  49 /** Evaluates the \p atomnr selection keyword. */
  50 static int
  51 evaluate_atomnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  52                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  53 /** Evaluates the \p resnr selection keyword. */
  54 static int
  55 evaluate_resnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  56                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  57 /** Evaluates the \p resindex selection keyword. */
  58 static int
  59 evaluate_resindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  60                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  61 /** Checks whether molecule information is present in the topology. */
  62 static int
  63 check_molecules(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  64 /** Evaluates the \p molindex selection keyword. */
  65 static int
  66 evaluate_molindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  67                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  68 /** Evaluates the \p name selection keyword. */
  69 static int
  70 evaluate_atomname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  71                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  72 /** Checks whether atom types are present in the topology. */
  73 static int
  74 check_atomtype(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  75 /** Evaluates the \p type selection keyword. */
  76 static int
  77 evaluate_atomtype(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  78                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  79 /** Evaluates the \p insertcode selection keyword. */
  80 static int
  81 evaluate_insertcode(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  82                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  83 /** Evaluates the \p chain selection keyword. */
  84 static int
  85 evaluate_chain(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  86                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  87 /** Evaluates the \p mass selection keyword. */
  88 static int
  89 evaluate_mass(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  90               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  91 /** Evaluates the \p charge selection keyword. */
  92 static int
  93 evaluate_charge(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  94                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  95 /** Checks whether PDB info is present in the topology. */
  96 static int
  97 check_pdbinfo(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  98 /** Evaluates the \p altloc selection keyword. */
  99 static int
 100 evaluate_altloc(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 101                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 102 /** Evaluates the \p occupancy selection keyword. */
 103 static int
 104 evaluate_occupancy(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 105                    gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 106 /** Evaluates the \p betafactor selection keyword. */
 107 static int
 108 evaluate_betafactor(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 109                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 110 /** Evaluates the \p resname selection keyword. */
 111 static int
 112 evaluate_resname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 113                  gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 114
 115 /** Evaluates the \p x selection keyword. */
 116 static int
 117 evaluate_x(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 118            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 119 /** Evaluates the \p y selection keyword. */
 120 static int
 121 evaluate_y(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 122            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 123 /** Evaluates the \p z selection keyword. */
 124 static int
 125 evaluate_z(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 126            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 127
 128 /** \internal Selection method data for \p all selection keyword. */
 129 gmx_ana_selmethod_t sm_all = {
 130     "all", GROUP_VALUE, 0,
 131     0, NULL,
 132     NULL,
 133     NULL,
 134     NULL,
 135     NULL,
 136     NULL,
 137     NULL,
 138     &evaluate_all,
 139     NULL,
 140 };
 141
 142 /** \internal Selection method data for \p none selection keyword. */
 143 gmx_ana_selmethod_t sm_none = {
 144     "none", GROUP_VALUE, 0,
 145     0, NULL,
 146     NULL,
 147     NULL,
 148     NULL,
 149     NULL,
 150     NULL,
 151     NULL,
 152     &evaluate_none,
 153     NULL,
 154 };
 155
 156 /** \internal Selection method data for \p atomnr selection keyword. */
 157 gmx_ana_selmethod_t sm_atomnr = {
 158     "atomnr", INT_VALUE, 0,
 159     0, NULL,
 160     NULL,
 161     NULL,
 162     NULL,
 163     NULL,
 164     NULL,
 165     NULL,
 166     &evaluate_atomnr,
 167     NULL,
 168 };
 169
 170 /** \internal Selection method data for \p resnr selection keyword. */
 171 gmx_ana_selmethod_t sm_resnr = {
 172     "resnr", INT_VALUE, SMETH_REQTOP,
 173     0, NULL,
 174     NULL,
 175     NULL,
 176     NULL,
 177     NULL,
 178     NULL,
 179     NULL,
 180     &evaluate_resnr,
 181     NULL,
 182 };
 183
 184 /** \internal Selection method data for \p resindex selection keyword. */
 185 gmx_ana_selmethod_t sm_resindex = {
 186     "resindex", INT_VALUE, SMETH_REQTOP,
 187     0, NULL,
 188     NULL,
 189     NULL,
 190     NULL,
 191     NULL,
 192     NULL,
 193     NULL,
 194     &evaluate_resindex,
 195     NULL,
 196 };
 197
 198 /** \internal Selection method data for \p molindex selection keyword. */
 199 gmx_ana_selmethod_t sm_molindex = {
 200     "molindex", INT_VALUE, SMETH_REQTOP,
 201     0, NULL,
 202     NULL,
 203     NULL,
 204     &check_molecules,
 205     NULL,
 206     NULL,
 207     NULL,
 208     &evaluate_molindex,
 209     NULL,
 210 };
 211
 212 /** \internal Selection method data for \p name selection keyword. */
 213 gmx_ana_selmethod_t sm_atomname = {
 214     "name", STR_VALUE, SMETH_REQTOP,
 215     0, NULL,
 216     NULL,
 217     NULL,
 218     NULL,
 219     NULL,
 220     NULL,
 221     NULL,
 222     &evaluate_atomname,
 223     NULL,
 224 };
 225
 226 /** \internal Selection method data for \p type selection keyword. */
 227 gmx_ana_selmethod_t sm_atomtype = {
 228     "type", STR_VALUE, SMETH_REQTOP,
 229     0, NULL,
 230     NULL,
 231     NULL,
 232     &check_atomtype,
 233     NULL,
 234     NULL,
 235     NULL,
 236     &evaluate_atomtype,
 237     NULL,
 238 };
 239
 240 /** \internal Selection method data for \p resname selection keyword. */
 241 gmx_ana_selmethod_t sm_resname = {
 242     "resname", STR_VALUE, SMETH_REQTOP,
 243     0, NULL,
 244     NULL,
 245     NULL,
 246     NULL,
 247     NULL,
 248     NULL,
 249     NULL,
 250     &evaluate_resname,
 251     NULL,
 252 };
 253
 254 /** \internal Selection method data for \p chain selection keyword. */
 255 gmx_ana_selmethod_t sm_insertcode = {
 256     "insertcode", STR_VALUE, SMETH_REQTOP | SMETH_CHARVAL,
 257     0, NULL,
 258     NULL,
 259     NULL,
 260     NULL,
 261     NULL,
 262     NULL,
 263     NULL,
 264     &evaluate_insertcode,
 265     NULL,
 266 };
 267
 268 /** \internal Selection method data for \p chain selection keyword. */
 269 gmx_ana_selmethod_t sm_chain = {
 270     "chain", STR_VALUE, SMETH_REQTOP | SMETH_CHARVAL,
 271     0, NULL,
 272     NULL,
 273     NULL,
 274     NULL,
 275     NULL,
 276     NULL,
 277     NULL,
 278     &evaluate_chain,
 279     NULL,
 280 };
 281
 282 /** \internal Selection method data for \p mass selection keyword. */
 283 gmx_ana_selmethod_t sm_mass = {
 284     "mass", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 285     0, NULL,
 286     NULL,
 287     NULL,
 288     NULL,
 289     NULL,
 290     NULL,
 291     NULL,
 292     &evaluate_mass,
 293     NULL,
 294 };
 295
 296 /** \internal Selection method data for \p charge selection keyword. */
 297 gmx_ana_selmethod_t sm_charge = {
 298     "charge", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 299     0, NULL,
 300     NULL,
 301     NULL,
 302     NULL,
 303     NULL,
 304     NULL,
 305     NULL,
 306     &evaluate_charge,
 307     NULL,
 308 };
 309
 310 /** \internal Selection method data for \p chain selection keyword. */
 311 gmx_ana_selmethod_t sm_altloc = {
 312     "altloc", STR_VALUE, SMETH_REQTOP | SMETH_CHARVAL,
 313     0, NULL,
 314     NULL,
 315     NULL,
 316     &check_pdbinfo,
 317     NULL,
 318     NULL,
 319     NULL,
 320     &evaluate_altloc,
 321     NULL,
 322 };
 323
 324 /** \internal Selection method data for \p occupancy selection keyword. */
 325 gmx_ana_selmethod_t sm_occupancy = {
 326     "occupancy", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 327     0, NULL,
 328     NULL,
 329     NULL,
 330     &check_pdbinfo,
 331     NULL,
 332     NULL,
 333     NULL,
 334     &evaluate_occupancy,
 335     NULL,
 336 };
 337
 338 /** \internal Selection method data for \p betafactor selection keyword. */
 339 gmx_ana_selmethod_t sm_betafactor = {
 340     "betafactor", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 341     0, NULL,
 342     NULL,
 343     NULL,
 344     &check_pdbinfo,
 345     NULL,
 346     NULL,
 347     NULL,
 348     &evaluate_betafactor,
 349     NULL,
 350 };
 351
 352 /** \internal Selection method data for \p x selection keyword. */
 353 gmx_ana_selmethod_t sm_x = {
 354     "x", REAL_VALUE, SMETH_DYNAMIC,
 355     0, NULL,
 356      NULL,
 357      NULL,
 358      NULL,
 359      NULL,
 360      NULL,
 361      NULL,
 362      NULL,
 363     &evaluate_x,
 364 };
 365
 366 /** \internal Selection method data for \p y selection keyword. */
 367 gmx_ana_selmethod_t sm_y = {
 368     "y", REAL_VALUE, SMETH_DYNAMIC,
 369     0, NULL,
 370      NULL,
 371      NULL,
 372      NULL,
 373      NULL,
 374      NULL,
 375      NULL,
 376      NULL,
 377     &evaluate_y,
 378 };
 379
 380 /** \internal Selection method data for \p z selection keyword. */
 381 gmx_ana_selmethod_t sm_z = {
 382     "z", REAL_VALUE, SMETH_DYNAMIC,
 383     0, NULL,
 384      NULL,
 385      NULL,
 386      NULL,
 387      NULL,
 388      NULL,
 389      NULL,
 390      NULL,
 391     &evaluate_z,
 392 };
 393
 394 /*!
 395  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 396  * \p data is not used.
 397  *
 398  * Copies \p g to \p out->u.g.
 399  */
 400 static int
 401 evaluate_all(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 402              gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 403 {
 404     gmx_ana_index_copy(out->u.g, g, FALSE);
 405     return 0;
 406 }
 407
 408 /*!
 409  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 410  * \p data is not used.
 411  *
 412  * Returns an empty \p out->u.g.
 413  */
 414 static int
 415 evaluate_none(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 416               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 417 {
 418     out->u.g->isize = 0;
 419     return 0;
 420 }
 421
 422 /*!
 423  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 424  * \p data is not used.
 425  *
 426  * Returns the indices for each atom in \p out->u.i.
 427  */
 428 static int
 429 evaluate_atomnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 430                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 431 {
 432     int  i;
 433
 434     out->nr = g->isize;
 435     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 436     {
 437         out->u.i[i] = g->index[i] + 1;
 438     }
 439     return 0;
 440 }
 441
 442 /*!
 443  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 444  * \p data is not used.
 445  *
 446  * Returns the residue numbers for each atom in \p out->u.i.
 447  */
 448 static int
 449 evaluate_resnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 450                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 451 {
 452     int  i;
 453     int  resind;
 454
 455     out->nr = g->isize;
 456     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 457     {
 458         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 459         out->u.i[i] = top->atoms.resinfo[resind].nr;
 460     }
 461     return 0;
 462 }
 463
 464 /*!
 465  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 466  * \p data is not used.
 467  *
 468  * Returns the residue indices for each atom in \p out->u.i.
 469  */
 470 static int
 471 evaluate_resindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 472                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 473 {
 474     int  i;
 475
 476     out->nr = g->isize;
 477     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 478     {
 479         out->u.i[i] = top->atoms.atom[g->index[i]].resind + 1;
 480     }
 481     return 0;
 482 }
 483
 484 /*!
 485  * \param[in] top  Topology structure.
 486  * \param     npar Not used.
 487  * \param     param Not used.
 488  * \param     data Not used.
 489  * \returns   0 if molecule info is present in the topology, -1 otherwise.
 490  *
 491  * If molecule information is not found, also prints an error message.
 492  */
 493 static int
 494 check_molecules(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 495 {
 496     gmx_bool bOk;
 497
 498     bOk = (top != NULL && top->mols.nr > 0);
 499     if (!bOk)
 500     {
 501         fprintf(stderr, "Molecule information not available in topology!\n");
 502         return -1;
 503     }
 504     return 0;
 505 }
 506
 507 /*!
 508  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 509  * \p data is not used.
 510  *
 511  * Returns the molecule indices for each atom in \p out->u.i.
 512  */
 513 static int
 514 evaluate_molindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 515                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 516 {
 517     int  i, j;
 518
 519     out->nr = g->isize;
 520     for (i = j = 0; i < g->isize; ++i)
 521     {
 522         while (top->mols.index[j + 1] <= g->index[i]) ++j;
 523         out->u.i[i] = j + 1;
 524     }
 525     return 0;
 526 }
 527
 528 /*!
 529  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 530  * \p data is not used.
 531  *
 532  * Returns the atom name for each atom in \p out->u.s.
 533  */
 534 static int
 535 evaluate_atomname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 536                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 537 {
 538     int  i;
 539
 540     out->nr = g->isize;
 541     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 542     {
 543         out->u.s[i] = *top->atoms.atomname[g->index[i]];
 544     }
 545     return 0;
 546 }
 547
 548 /*!
 549  * \param[in] top  Topology structure.
 550  * \param     npar Not used.
 551  * \param     param Not used.
 552  * \param     data Not used.
 553  * \returns   0 if atom types are present in the topology, -1 otherwise.
 554  *
 555  * If the atom types are not found, also prints an error message.
 556  */
 557 static int
 558 check_atomtype(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 559 {
 560     gmx_bool bOk;
 561
 562     bOk = (top != NULL && top->atoms.atomtype != NULL);
 563     if (!bOk)
 564     {
 565         fprintf(stderr, "Atom types not available in topology!\n");
 566         return -1;
 567     }
 568     return 0;
 569 }
 570
 571 /*!
 572  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 573  * \p data is not used.
 574  *
 575  * Returns the atom type for each atom in \p out->u.s.
 576  * Segfaults if atom types are not found in the topology.
 577  */
 578 static int
 579 evaluate_atomtype(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 580                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 581 {
 582     int  i;
 583
 584     out->nr = g->isize;
 585     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 586     {
 587         out->u.s[i] = *top->atoms.atomtype[g->index[i]];
 588     }
 589     return 0;
 590 }
 591
 592 /*!
 593  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 594  * \p data is not used.
 595  *
 596  * Returns the residue name for each atom in \p out->u.s.
 597  */
 598 static int
 599 evaluate_resname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 600                  gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 601 {
 602     int  i;
 603     int  resind;
 604
 605     out->nr = g->isize;
 606     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 607     {
 608         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 609         out->u.s[i] = *top->atoms.resinfo[resind].name;
 610     }
 611     return 0;
 612 }
 613
 614 /*!
 615  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 616  * \p data is not used.
 617  *
 618  * Returns the insertion code for each atom in \p out->u.s.
 619  */
 620 static int
 621 evaluate_insertcode(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 622                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 623 {
 624     int  i;
 625     int  resind;
 626
 627     out->nr = g->isize;
 628     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 629     {
 630         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 631         out->u.s[i][0] = top->atoms.resinfo[resind].ic;
 632     }
 633     return 0;
 634 }
 635
 636 /*!
 637  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 638  * \p data is not used.
 639  *
 640  * Returns the chain for each atom in \p out->u.s.
 641  */
 642 static int
 643 evaluate_chain(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 644                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 645 {
 646     int  i;
 647     int  resind;
 648
 649     out->nr = g->isize;
 650     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 651     {
 652         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 653         out->u.s[i][0] = top->atoms.resinfo[resind].chainid;
 654     }
 655     return 0;
 656 }
 657
 658 /*!
 659  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 660  * \p data is not used.
 661  *
 662  * Returns the mass for each atom in \p out->u.r.
 663  */
 664 static int
 665 evaluate_mass(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 666               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 667 {
 668     int  i;
 669
 670     out->nr = g->isize;
 671     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 672     {
 673         out->u.r[i] = top->atoms.atom[g->index[i]].m;
 674     }
 675     return 0;
 676 }
 677
 678 /*!
 679  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 680  * \p data is not used.
 681  *
 682  * Returns the charge for each atom in \p out->u.r.
 683  */
 684 static int
 685 evaluate_charge(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 686                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 687 {
 688     int  i;
 689
 690     out->nr = g->isize;
 691     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 692     {
 693         out->u.r[i] = top->atoms.atom[g->index[i]].q;
 694     }
 695     return 0;
 696 }
 697
 698 /*!
 699  * \param[in] top  Topology structure.
 700  * \param     npar Not used.
 701  * \param     param Not used.
 702  * \param     data Not used.
 703  * \returns   0 if PDB info is present in the topology, -1 otherwise.
 704  *
 705  * If PDB info is not found, also prints an error message.
 706  */
 707 static int
 708 check_pdbinfo(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 709 {
 710     gmx_bool bOk;
 711
 712     bOk = (top != NULL && top->atoms.pdbinfo != NULL);
 713     if (!bOk)
 714     {
 715         fprintf(stderr, "PDB info not available in topology!\n");
 716         return -1;
 717     }
 718     return 0;
 719 }
 720
 721 /*!
 722  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 723  * \p data is not used.
 724  *
 725  * Returns the alternate location identifier for each atom in \p out->u.s.
 726  */
 727 static int
 728 evaluate_altloc(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 729                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 730 {
 731     int  i;
 732
 733     out->nr = g->isize;
 734     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 735     {
 736         out->u.s[i][0] = top->atoms.pdbinfo[g->index[i]].altloc;
 737     }
 738     return 0;
 739 }
 740
 741 /*!
 742  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 743  * \p data is not used.
 744  *
 745  * Returns the occupancy numbers for each atom in \p out->u.r.
 746  * Segfaults if PDB info is not found in the topology.
 747  */
 748 static int
 749 evaluate_occupancy(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 750                    gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 751 {
 752     int  i;
 753
 754     out->nr = g->isize;
 755     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 756     {
 757         out->u.r[i] = top->atoms.pdbinfo[g->index[i]].occup;
 758     }
 759     return 0;
 760 }
 761
 762 /*!
 763  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 764  * \p data is not used.
 765  *
 766  * Returns the B-factors for each atom in \p out->u.r.
 767  * Segfaults if PDB info is not found in the topology.
 768  */
 769 static int
 770 evaluate_betafactor(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 771                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 772 {
 773     int  i;
 774
 775     out->nr = g->isize;
 776     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 777     {
 778         out->u.r[i] = top->atoms.pdbinfo[g->index[i]].bfac;
 779     }
 780     return 0;
 781 }
 782
 783 /*! \brief
 784  * Internal utility function for position keyword evaluation.
 785  *
 786  * \param[in]  fr   Current frame.
 787  * \param[in]  g    Index group for which the coordinates should be evaluated.
 788  * \param[out] out  Output array.
 789  * \param[in]  pos  Position data to use instead of atomic coordinates
 790  *   (can be NULL).
 791  * \param[in]  d    Coordinate index to evaluate (\p XX, \p YY or \p ZZ).
 792  *
 793  * This function is used internally by evaluate_x(), evaluate_y() and
 794  * evaluate_z() to do the actual evaluation.
 795  */
 796 static void
 797 evaluate_coord(t_trxframe *fr, gmx_ana_index_t *g, real out[],
 798                gmx_ana_pos_t *pos, int d)
 799 {
 800     int  b, i;
 801     real v;
 802
 803     if (pos)
 804     {
 805         for (b = 0; b < pos->nr; ++b)
 806         {
 807             v = pos->x[b][d];
 808             for (i = pos->m.mapb.index[b]; i < pos->m.mapb.index[b+1]; ++i)
 809             {
 810                 out[i] = v;
 811             }
 812         }
 813     }
 814     else
 815     {
 816         for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 817         {
 818             out[i] = fr->x[g->index[i]][d];
 819         }
 820     }
 821 }
 822
 823 /*!
 824  * See sel_updatefunc_pos() for description of the parameters.
 825  * \p data is not used.
 826  *
 827  * Returns the \p x coordinate for each atom in \p out->u.r.
 828  */
 829 static int
 830 evaluate_x(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 831            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 832 {
 833     out->nr = pos->g->isize;
 834     evaluate_coord(fr, pos->g, out->u.r, pos, XX);
 835     return 0;
 836 }
 837
 838 /*!
 839  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 840  * \p data is not used.
 841  *
 842  * Returns the \p y coordinate for each atom in \p out->u.r.
 843  */
 844 static int
 845 evaluate_y(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 846            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 847 {
 848     out->nr = pos->g->isize;
 849     evaluate_coord(fr, pos->g, out->u.r, pos, YY);
 850     return 0;
 851 }
 852
 853 /*!
 854  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 855  * \p data is not used.
 856  *
 857  * Returns the \p z coordinate for each atom in \p out->u.r.
 858  */
 859 static int
 860 evaluate_z(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 861            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 862 {
 863     out->nr = pos->g->isize;
 864     evaluate_coord(fr, pos->g, out->u.r, pos, ZZ);
 865     return 0;
 866 }