src/gmxlib/selection/selcollection.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief Definition of \c gmx_ana_selcollection_t.
  33  *
  34  * This is an implementation header: there should be no need to use it outside
  35  * this directory.
  36  */
  37 #ifndef SELECTION_COLLECTION_H
  38 #define SELECTION_COLLECTION_H
  39
  40 #include <typedefs.h>
  41
  42 #include <indexutil.h>
  43
  44 /*! \internal
  45  * \brief
  46  * Information for a collection of selections.
  47  *
  48  * The functions to deal with the structure are defined in selection.h.
  49  * The structure is allocated with gmx_ana_selcollection_create() and
  50  * freed with gmx_ana_selcollection_free().
  51  * Some default values must then be set with
  52  * gmx_ana_selcollection_set_refpostype() and
  53  * gmx_ana_selcollection_set_outpostype().
  54  *
  55  * After setting the default values, one or more selections can be parsed
  56  * with gmx_ana_selcollection_parse_*().
  57  * At latest at this point, the topology must be set with
  58  * gmx_ana_selcollection_set_topology() unless
  59  * gmx_ana_selcollection_requires_top() returns FALSE.
  60  * Once all selections are parsed, they must be compiled all at once using
  61  * gmx_ana_selcollection_compile().
  62  * After these calls, gmx_ana_selcollection_get_count() and
  63  * gmx_ana_selcollection_get_selections() can be used
  64  * to get the compiled selections.
  65  * gmx_ana_selcollection_evaluate() can be used to update the selections for a
  66  * new frame.
  67  * gmx_ana_selcollection_evaluate_fin() can be called after all the frames have
  68  * been processed to restore the selection values back to the ones they were
  69  * after gmx_ana_selcollection_compile(), i.e., dynamic selections have the
  70  * maximal index group as their value.
  71  *
  72  * At any point, gmx_ana_selcollection_requires_top() can be called to see
  73  * whether the information provided so far requires loading the topology.
  74  * gmx_ana_selcollection_print_tree() can be used to print the internal
  75  * representation of the selections (mostly useful for debugging).
  76  */
  77 struct gmx_ana_selcollection_t
  78 {
  79     /** Default reference position type for selections. */
  80     const char                 *rpost;
  81     /** Default output position type for selections. */
  82     const char                 *spost;
  83     /** TRUE if \ref POS_MASKONLY should be used for output position evaluation. */
  84     gmx_bool                        bMaskOnly;
  85     /** TRUE if velocities should be evaluated for output positions. */
  86     gmx_bool                        bVelocities;
  87     /** TRUE if forces should be evaluated for output positions. */
  88     gmx_bool                        bForces;
  89     /** TRUE if debugging output should be printed during compilation. */
  90     gmx_bool                        bDebugCompile;
  91
  92     /** Root of the selection element tree. */
  93     struct t_selelem           *root;
  94     /** Number of selections in \p sel. */
  95     int                         nr;
  96     /** Array of compiled selections. */
  97     struct gmx_ana_selection_t **sel;
  98     /** Number of variables defined. */
  99     int                            nvars;
 100     /** Selection strings for variables. */
 101     char                         **varstrs;
 102
 103     /** Topology for the collection. */
 104     t_topology                    *top;
 105     /** Index group that contains all the atoms. */
 106     struct gmx_ana_index_t         gall;
 107     /** Position calculation collection used for selection position evaluation. */
 108     struct gmx_ana_poscalc_coll_t *pcc;
 109     /** Memory pool used for selection evaluation. */
 110     struct gmx_sel_mempool_t      *mempool;
 111     /** Parser symbol table. */
 112     struct gmx_sel_symtab_t     *symtab;
 113 };
 114
 115 /** Clears the symbol table in the collection */
 116 void
 117 _gmx_selcollection_clear_symtab(struct gmx_ana_selcollection_t *sc);
 118
 119 #endif