src/gmxlib/rbin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "main.h"
  45 #include "network.h"
  46 #include "rbin.h"
  47 #include "smalloc.h"
  48
  49 t_bin *mk_bin(void)
  50 {
  51   t_bin *b;
  52
  53   snew(b,1);
  54
  55   return b;
  56 }
  57
  58 void destroy_bin(t_bin *b)
  59 {
  60   if (b->maxreal > 0) {
  61     sfree(b->rbuf);
  62   }
  63
  64   sfree(b);
  65 }
  66
  67 void reset_bin(t_bin *b)
  68 {
  69   b->nreal = 0;
  70 }
  71
  72 int add_binr(t_bin *b,int nr,real r[])
  73 {
  74 #define MULT 4
  75   int    i,rest,index;
  76   double *rbuf;
  77
  78   if (b->nreal+nr > b->maxreal) {
  79     b->maxreal=b->nreal+nr;
  80     rest=b->maxreal % MULT;
  81     if (rest != 0)
  82       b->maxreal+=MULT-rest;
  83     srenew(b->rbuf,b->maxreal);
  84   }
  85   /* Copy pointer */
  86   rbuf=b->rbuf+b->nreal;
  87   for(i=0; (i<nr); i++)
  88     rbuf[i]=r[i];
  89
  90   index=b->nreal;
  91   b->nreal+=nr;
  92
  93   return index;
  94 }
  95
  96 int add_bind(t_bin *b,int nr,double r[])
  97 {
  98 #define MULT 4
  99   int    i,rest,index;
 100   double *rbuf;
 101
 102   if (b->nreal+nr > b->maxreal) {
 103     b->maxreal=b->nreal+nr;
 104     rest=b->maxreal % MULT;
 105     if (rest != 0)
 106       b->maxreal+=MULT-rest;
 107     srenew(b->rbuf,b->maxreal);
 108   }
 109   /* Copy pointer */
 110   rbuf=b->rbuf+b->nreal;
 111   for(i=0; (i<nr); i++)
 112     rbuf[i]=r[i];
 113
 114   index=b->nreal;
 115   b->nreal+=nr;
 116
 117   return index;
 118 }
 119
 120 void sum_bin(t_bin *b,t_commrec *cr)
 121 {
 122   int i;
 123
 124   for(i=b->nreal; (i<b->maxreal); i++)
 125     b->rbuf[i]=0;
 126   gmx_sumd(b->maxreal,b->rbuf,cr);
 127 }
 128
 129 void extract_binr(t_bin *b,int index,int nr,real r[])
 130 {
 131   int    i;
 132   double *rbuf;
 133
 134   rbuf = b->rbuf+index;
 135   for(i=0; (i<nr); i++)
 136     r[i]=rbuf[i];
 137 }
 138
 139 void extract_bind(t_bin *b,int index,int nr,double r[])
 140 {
 141   int    i;
 142   double *rbuf;
 143
 144   rbuf = b->rbuf+index;
 145   for(i=0; (i<nr); i++)
 146     r[i]=rbuf[i];
 147 }
 148
 149 #ifdef DEBUGRBIN
 150 int main(int argc,char *argv[])
 151 {
 152   t_commrec *cr;
 153   t_bin     *rb;
 154   double    *r;
 155   rvec      *v;
 156   int       k,i,ni,mi,n,m;
 157
 158   cr=init_par(&argc,argv);
 159   n=strtol(argv[1],NULL,10);
 160   m=strtol(argv[2],NULL,10);
 161   fprintf(stdlog,"n=%d\n",n);
 162   rb=mk_bin();
 163   snew(r,n);
 164   snew(v,m);
 165
 166   for(k=0; (k < 3); k++) {
 167     fprintf(stdlog,"\nk=%d\n",k);
 168     reset_bin(rb);
 169
 170     for(i=0; (i<n); i++)
 171       r[i]=i+k;
 172     for(i=0; (i<m); i++) {
 173       v[i][XX]=4*i+k;
 174       v[i][YY]=4*i+k+1;
 175       v[i][ZZ]=4*i+k+2;
 176     }
 177
 178     ni=add_bind(stdlog,rb,n,r);
 179     mi=add_binr(stdlog,rb,DIM*m,v[0]);
 180
 181     sum_bin(rb,cr);
 182
 183     extract_bind(rb,ni,n,r);
 184     extract_binr(rb,mi,DIM*m,v[0]);
 185
 186     for(i=0; (i<n); i++)
 187       fprintf(stdlog,"r[%d] = %e\n",i,r[i]);
 188     for(i=0; (i<m); i++)
 189       fprintf(stdlog,"v[%d] = (%e,%e,%e)\n",i,v[i][XX],v[i][YY],v[i][ZZ]);
 190   }
 191   fflush(stdlog);
 192
 193   return 0;
 194 }
 195 #endif