src/gmxlib/orires.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "vec.h"
  45 #include "nrjac.h"
  46 #include "network.h"
  47 #include "orires.h"
  48 #include "do_fit.h"
  49 #include "main.h"
  50 #include "copyrite.h"
  51 #include "pbc.h"
  52 #include "mtop_util.h"
  53
  54 void init_orires(FILE *fplog,const gmx_mtop_t *mtop,
  55                  rvec xref[],
  56                  const t_inputrec *ir,
  57                  const gmx_multisim_t *ms,t_oriresdata *od,
  58                  t_state *state)
  59 {
  60     int    i,j,d,ex,nmol,nr,*nr_ex;
  61     double mtot;
  62     rvec   com;
  63     gmx_mtop_ilistloop_t iloop;
  64     t_ilist *il;
  65     gmx_mtop_atomloop_all_t aloop;
  66     t_atom *atom;
  67
  68     od->fc  = ir->orires_fc;
  69     od->nex = 0;
  70     od->S   = NULL;
  71
  72     od->M=NULL;
  73     od->eig=NULL;
  74     od->v=NULL;
  75
  76     od->nr = gmx_mtop_ftype_count(mtop,F_ORIRES);
  77     if (od->nr == 0)
  78     {
  79         return;
  80     }
  81
  82     nr_ex = NULL;
  83
  84     iloop = gmx_mtop_ilistloop_init(mtop);
  85     while (gmx_mtop_ilistloop_next(iloop,&il,&nmol))
  86     {
  87         for(i=0; i<il[F_ORIRES].nr; i+=3)
  88         {
  89             ex = mtop->ffparams.iparams[il[F_ORIRES].iatoms[i]].orires.ex;
  90             if (ex >= od->nex)
  91             {
  92                 srenew(nr_ex,ex+1);
  93                 for(j=od->nex; j<ex+1; j++)
  94                 {
  95                     nr_ex[j] = 0;
  96             }
  97                 od->nex = ex+1;
  98             }
  99             nr_ex[ex]++;
 100         }
 101     }
 102     snew(od->S,od->nex);
 103     /* When not doing time averaging, the instaneous and time averaged data
 104      * are indentical and the pointers can point to the same memory.
 105      */
 106     snew(od->Dinsl,od->nr);
 107     if (ms)
 108     {
 109         snew(od->Dins,od->nr);
 110     }
 111     else
 112     {
 113         od->Dins = od->Dinsl;
 114     }
 115
 116     if (ir->orires_tau == 0)
 117     {
 118         od->Dtav = od->Dins;
 119         od->edt  = 0.0;
 120         od->edt_1= 1.0;
 121     }
 122     else
 123     {
 124         snew(od->Dtav,od->nr);
 125         od->edt  = exp(-ir->delta_t/ir->orires_tau);
 126         od->edt_1= 1.0 - od->edt;
 127
 128         /* Extend the state with the orires history */
 129         state->flags |= (1<<estORIRE_INITF);
 130         state->hist.orire_initf = 1;
 131         state->flags |= (1<<estORIRE_DTAV);
 132         state->hist.norire_Dtav = od->nr*5;
 133         snew(state->hist.orire_Dtav,state->hist.norire_Dtav);
 134     }
 135
 136     snew(od->oinsl,od->nr);
 137     if (ms)
 138     {
 139         snew(od->oins,od->nr);
 140     }
 141     else
 142     {
 143         od->oins = od->oinsl;
 144     }
 145     if (ir->orires_tau == 0) {
 146         od->otav = od->oins;
 147     }
 148     else
 149     {
 150         snew(od->otav,od->nr);
 151     }
 152     snew(od->tmp,od->nex);
 153     snew(od->TMP,od->nex);
 154     for(ex=0; ex<od->nex; ex++)
 155     {
 156         snew(od->TMP[ex],5);
 157         for(i=0; i<5; i++)
 158         {
 159             snew(od->TMP[ex][i],5);
 160         }
 161     }
 162
 163     od->nref = 0;
 164     for(i=0; i<mtop->natoms; i++)
 165     {
 166         if (ggrpnr(&mtop->groups,egcORFIT,i) == 0)
 167         {
 168             od->nref++;
 169         }
 170     }
 171     snew(od->mref,od->nref);
 172     snew(od->xref,od->nref);
 173     snew(od->xtmp,od->nref);
 174
 175     snew(od->eig,od->nex*12);
 176
 177     /* Determine the reference structure on the master node.
 178      * Copy it to the other nodes after checking multi compatibility,
 179      * so we are sure the subsystems match before copying.
 180      */
 181     clear_rvec(com);
 182     mtot = 0.0;
 183     j = 0;
 184     aloop = gmx_mtop_atomloop_all_init(mtop);
 185     while(gmx_mtop_atomloop_all_next(aloop,&i,&atom))
 186     {
 187         if (mtop->groups.grpnr[egcORFIT] == NULL ||
 188             mtop->groups.grpnr[egcORFIT][i] == 0)
 189         {
 190             /* Not correct for free-energy with changing masses */
 191             od->mref[j] = atom->m;
 192             if (ms==NULL || MASTERSIM(ms))
 193             {
 194                 copy_rvec(xref[i],od->xref[j]);
 195                 for(d=0; d<DIM; d++)
 196                 {
 197                     com[d] += od->mref[j]*xref[i][d];
 198                 }
 199             }
 200             mtot += od->mref[j];
 201             j++;
 202         }
 203     }
 204     svmul(1.0/mtot,com,com);
 205     if (ms==NULL || MASTERSIM(ms))
 206     {
 207         for(j=0; j<od->nref; j++)
 208         {
 209             rvec_dec(od->xref[j],com);
 210         }
 211     }
 212
 213     fprintf(fplog,"Found %d orientation experiments\n",od->nex);
 214     for(i=0; i<od->nex; i++)
 215     {
 216         fprintf(fplog,"  experiment %d has %d restraints\n",i+1,nr_ex[i]);
 217     }
 218
 219     sfree(nr_ex);
 220
 221     fprintf(fplog,"  the fit group consists of %d atoms and has total mass %g\n",
 222             od->nref,mtot);
 223
 224     if (ms)
 225     {
 226         fprintf(fplog,"  the orientation restraints are ensemble averaged over %d systems\n",ms->nsim);
 227
 228         check_multi_int(fplog,ms,od->nr,
 229                         "the number of orientation restraints",
 230                         FALSE);
 231         check_multi_int(fplog,ms,od->nref,
 232                         "the number of fit atoms for orientation restraining",
 233                         FALSE);
 234         check_multi_int(fplog,ms,ir->nsteps,"nsteps",FALSE);
 235         /* Copy the reference coordinates from the master to the other nodes */
 236         gmx_sum_sim(DIM*od->nref,od->xref[0],ms);
 237     }
 238
 239     please_cite(fplog,"Hess2003");
 240 }
 241
 242 void diagonalize_orires_tensors(t_oriresdata *od)
 243 {
 244     int           ex,i,j,nrot,ord[DIM],t;
 245     matrix        S,TMP;
 246
 247     if (od->M == NULL)
 248     {
 249         snew(od->M,DIM);
 250         for(i=0; i<DIM; i++)
 251         {
 252             snew(od->M[i],DIM);
 253         }
 254         snew(od->eig_diag,DIM);
 255         snew(od->v,DIM);
 256         for(i=0; i<DIM; i++)
 257         {
 258             snew(od->v[i],DIM);
 259         }
 260     }
 261
 262     for(ex=0; ex<od->nex; ex++)
 263     {
 264         /* Rotate the S tensor back to the reference frame */
 265         mmul(od->R,od->S[ex],TMP);
 266         mtmul(TMP,od->R,S);
 267         for(i=0; i<DIM; i++)
 268         {
 269             for(j=0; j<DIM; j++)
 270             {
 271                 od->M[i][j] = S[i][j];
 272             }
 273         }
 274
 275         jacobi(od->M,DIM,od->eig_diag,od->v,&nrot);
 276
 277         for(i=0; i<DIM; i++)
 278         {
 279             ord[i] = i;
 280         }
 281         for(i=0; i<DIM; i++)
 282         {
 283             for(j=i+1; j<DIM; j++)
 284             {
 285                 if (sqr(od->eig_diag[ord[j]]) > sqr(od->eig_diag[ord[i]]))
 286                 {
 287                     t = ord[i];
 288                     ord[i] = ord[j];
 289                     ord[j] = t;
 290                 }
 291             }
 292         }
 293
 294         for(i=0; i<DIM; i++)
 295         {
 296             od->eig[ex*12 + i] = od->eig_diag[ord[i]];
 297         }
 298         for(i=0; i<DIM; i++)
 299         {
 300             for(j=0; j<DIM; j++)
 301             {
 302                 od->eig[ex*12 + 3 + 3*i + j] = od->v[j][ord[i]];
 303             }
 304         }
 305     }
 306 }
 307
 308 void print_orires_log(FILE *log,t_oriresdata *od)
 309 {
 310     int  ex,i;
 311     real *eig;
 312
 313     diagonalize_orires_tensors(od);
 314
 315     for(ex=0; ex<od->nex; ex++)
 316     {
 317         eig = od->eig + ex*12;
 318         fprintf(log,"  Orientation experiment %d:\n",ex+1);
 319         fprintf(log,"    order parameter: %g\n",eig[0]);
 320         for(i=0; i<DIM; i++)
 321         {
 322             fprintf(log,"    eig: %6.3f   %6.3f %6.3f %6.3f\n",
 323                     (eig[0] != 0) ? eig[i]/eig[0] : eig[i],
 324                     eig[DIM+i*DIM+XX],
 325                     eig[DIM+i*DIM+YY],
 326                     eig[DIM+i*DIM+ZZ]);
 327         }
 328         fprintf(log,"\n");
 329     }
 330 }
 331
 332 real calc_orires_dev(const gmx_multisim_t *ms,
 333                      int nfa,const t_iatom forceatoms[],const t_iparams ip[],
 334                      const t_mdatoms *md,const rvec x[],const t_pbc *pbc,
 335                      t_fcdata *fcd,history_t *hist)
 336 {
 337     int          fa,d,i,j,type,ex,nref;
 338     real         edt,edt_1,invn,pfac,r2,invr,corrfac,weight,wsv2,sw,dev;
 339     tensor       *S,R,TMP;
 340     rvec5        *Dinsl,*Dins,*Dtav,*rhs;
 341     real         *mref,***T;
 342     double       mtot;
 343     rvec         *xref,*xtmp,com,r_unrot,r;
 344     t_oriresdata *od;
 345     gmx_bool         bTAV;
 346     const real   two_thr=2.0/3.0;
 347
 348     od = &(fcd->orires);
 349
 350     if (od->nr == 0)
 351     {
 352         /* This means that this is not the master node */
 353         gmx_fatal(FARGS,"Orientation restraints are only supported on the master node, use less processors");
 354     }
 355
 356     bTAV = (od->edt != 0);
 357     edt  = od->edt;
 358     edt_1= od->edt_1;
 359     S    = od->S;
 360     Dinsl= od->Dinsl;
 361     Dins = od->Dins;
 362     Dtav = od->Dtav;
 363     T    = od->TMP;
 364     rhs  = od->tmp;
 365     nref = od->nref;
 366     mref = od->mref;
 367     xref = od->xref;
 368     xtmp = od->xtmp;
 369
 370     if (bTAV)
 371     {
 372         od->exp_min_t_tau = hist->orire_initf*edt;
 373
 374         /* Correction factor to correct for the lack of history
 375          * at short times.
 376          */
 377         corrfac = 1.0/(1.0 - od->exp_min_t_tau);
 378     }
 379     else
 380     {
 381         corrfac = 1.0;
 382     }
 383
 384     if (ms)
 385     {
 386         invn = 1.0/ms->nsim;
 387     }
 388     else
 389     {
 390         invn = 1.0;
 391     }
 392
 393     clear_rvec(com);
 394     mtot = 0;
 395     j=0;
 396     for(i=0; i<md->nr; i++)
 397     {
 398         if (md->cORF[i] == 0)
 399         {
 400             copy_rvec(x[i],xtmp[j]);
 401             mref[j] = md->massT[i];
 402             for(d=0; d<DIM; d++)
 403             {
 404                 com[d] += mref[j]*xref[j][d];
 405             }
 406             mtot += mref[j];
 407             j++;
 408         }
 409     }
 410     svmul(1.0/mtot,com,com);
 411     for(j=0; j<nref; j++)
 412     {
 413         rvec_dec(xtmp[j],com);
 414     }
 415     /* Calculate the rotation matrix to rotate x to the reference orientation */
 416     calc_fit_R(DIM,nref,mref,xref,xtmp,R);
 417     copy_mat(R,od->R);
 418
 419     d = 0;
 420     for(fa=0; fa<nfa; fa+=3)
 421     {
 422         type = forceatoms[fa];
 423         if (pbc)
 424         {
 425             pbc_dx_aiuc(pbc,x[forceatoms[fa+1]],x[forceatoms[fa+2]],r_unrot);
 426         }
 427         else
 428         {
 429             rvec_sub(x[forceatoms[fa+1]],x[forceatoms[fa+2]],r_unrot);
 430         }
 431         mvmul(R,r_unrot,r);
 432         r2   = norm2(r);
 433         invr = gmx_invsqrt(r2);
 434         /* Calculate the prefactor for the D tensor, this includes the factor 3! */
 435         pfac = ip[type].orires.c*invr*invr*3;
 436         for(i=0; i<ip[type].orires.power; i++)
 437         {
 438             pfac *= invr;
 439         }
 440         Dinsl[d][0] = pfac*(2*r[0]*r[0] + r[1]*r[1] - r2);
 441         Dinsl[d][1] = pfac*(2*r[0]*r[1]);
 442         Dinsl[d][2] = pfac*(2*r[0]*r[2]);
 443         Dinsl[d][3] = pfac*(2*r[1]*r[1] + r[0]*r[0] - r2);
 444         Dinsl[d][4] = pfac*(2*r[1]*r[2]);
 445
 446         if (ms)
 447         {
 448             for(i=0; i<5; i++)
 449             {
 450                 Dins[d][i] = Dinsl[d][i]*invn;
 451             }
 452         }
 453
 454         d++;
 455     }
 456
 457     if (ms)
 458     {
 459         gmx_sum_sim(5*od->nr,Dins[0],ms);
 460     }
 461
 462     /* Calculate the order tensor S for each experiment via optimization */
 463     for(ex=0; ex<od->nex; ex++)
 464     {
 465         for(i=0; i<5; i++)
 466         {
 467             rhs[ex][i] = 0;
 468             for(j=0; j<=i; j++)
 469             {
 470                 T[ex][i][j] = 0;
 471             }
 472         }
 473     }
 474     d = 0;
 475     for(fa=0; fa<nfa; fa+=3)
 476     {
 477         if (bTAV)
 478         {
 479             /* Here we update Dtav in t_fcdata using the data in history_t.
 480              * Thus the results stay correct when this routine
 481              * is called multiple times.
 482              */
 483             for(i=0; i<5; i++)
 484             {
 485                 Dtav[d][i] = edt*hist->orire_Dtav[d*5+i] + edt_1*Dins[d][i];
 486             }
 487         }
 488
 489         type   = forceatoms[fa];
 490         ex     = ip[type].orires.ex;
 491         weight = ip[type].orires.kfac;
 492         /* Calculate the vector rhs and half the matrix T for the 5 equations */
 493         for(i=0; i<5; i++) {
 494             rhs[ex][i] += Dtav[d][i]*ip[type].orires.obs*weight;
 495             for(j=0; j<=i; j++)
 496             {
 497                 T[ex][i][j] += Dtav[d][i]*Dtav[d][j]*weight;
 498             }
 499         }
 500         d++;
 501     }
 502     /* Now we have all the data we can calculate S */
 503     for(ex=0; ex<od->nex; ex++)
 504     {
 505         /* Correct corrfac and copy one half of T to the other half */
 506         for(i=0; i<5; i++)
 507         {
 508             rhs[ex][i]  *= corrfac;
 509             T[ex][i][i] *= sqr(corrfac);
 510             for(j=0; j<i; j++)
 511             {
 512                 T[ex][i][j] *= sqr(corrfac);
 513                 T[ex][j][i]  = T[ex][i][j];
 514             }
 515         }
 516         m_inv_gen(T[ex],5,T[ex]);
 517         /* Calculate the orientation tensor S for this experiment */
 518         S[ex][0][0] = 0;
 519         S[ex][0][1] = 0;
 520         S[ex][0][2] = 0;
 521         S[ex][1][1] = 0;
 522         S[ex][1][2] = 0;
 523         for(i=0; i<5; i++)
 524         {
 525             S[ex][0][0] += 1.5*T[ex][0][i]*rhs[ex][i];
 526             S[ex][0][1] += 1.5*T[ex][1][i]*rhs[ex][i];
 527             S[ex][0][2] += 1.5*T[ex][2][i]*rhs[ex][i];
 528             S[ex][1][1] += 1.5*T[ex][3][i]*rhs[ex][i];
 529             S[ex][1][2] += 1.5*T[ex][4][i]*rhs[ex][i];
 530         }
 531         S[ex][1][0] = S[ex][0][1];
 532         S[ex][2][0] = S[ex][0][2];
 533         S[ex][2][1] = S[ex][1][2];
 534         S[ex][2][2] = -S[ex][0][0] - S[ex][1][1];
 535     }
 536
 537     wsv2 = 0;
 538     sw   = 0;
 539
 540     d = 0;
 541     for(fa=0; fa<nfa; fa+=3)
 542     {
 543         type = forceatoms[fa];
 544         ex = ip[type].orires.ex;
 545
 546         od->otav[d] = two_thr*
 547             corrfac*(S[ex][0][0]*Dtav[d][0] + S[ex][0][1]*Dtav[d][1] +
 548                      S[ex][0][2]*Dtav[d][2] + S[ex][1][1]*Dtav[d][3] +
 549                      S[ex][1][2]*Dtav[d][4]);
 550         if (bTAV)
 551         {
 552             od->oins[d] = two_thr*(S[ex][0][0]*Dins[d][0] + S[ex][0][1]*Dins[d][1] +
 553                                    S[ex][0][2]*Dins[d][2] + S[ex][1][1]*Dins[d][3] +
 554                                    S[ex][1][2]*Dins[d][4]);
 555         }
 556         if (ms)
 557         {
 558             /* When ensemble averaging is used recalculate the local orientation
 559              * for output to the energy file.
 560              */
 561             od->oinsl[d] = two_thr*
 562                 (S[ex][0][0]*Dinsl[d][0] + S[ex][0][1]*Dinsl[d][1] +
 563                  S[ex][0][2]*Dinsl[d][2] + S[ex][1][1]*Dinsl[d][3] +
 564                  S[ex][1][2]*Dinsl[d][4]);
 565         }
 566
 567         dev = od->otav[d] - ip[type].orires.obs;
 568
 569         wsv2 += ip[type].orires.kfac*sqr(dev);
 570         sw   += ip[type].orires.kfac;
 571
 572         d++;
 573     }
 574     od->rmsdev = sqrt(wsv2/sw);
 575
 576     /* Rotate the S matrices back, so we get the correct grad(tr(S D)) */
 577     for(ex=0; ex<od->nex; ex++)
 578     {
 579         tmmul(R,S[ex],TMP);
 580         mmul(TMP,R,S[ex]);
 581     }
 582
 583     return od->rmsdev;
 584
 585     /* Approx. 120*nfa/3 flops */
 586 }
 587
 588 real orires(int nfa,const t_iatom forceatoms[],const t_iparams ip[],
 589             const rvec x[],rvec f[],rvec fshift[],
 590             const t_pbc *pbc,const t_graph *g,
 591             real lambda,real *dvdlambda,
 592             const t_mdatoms *md,t_fcdata *fcd,
 593             int *global_atom_index)
 594 {
 595     atom_id      ai,aj;
 596     int          fa,d,i,type,ex,power,ki=CENTRAL;
 597     ivec         dt;
 598     real         r2,invr,invr2,fc,smooth_fc,dev,devins,pfac;
 599     rvec         r,Sr,fij;
 600     real         vtot;
 601     const t_oriresdata *od;
 602     gmx_bool         bTAV;
 603
 604     vtot = 0;
 605     od = &(fcd->orires);
 606
 607     if (od->fc != 0)
 608     {
 609         bTAV = (od->edt != 0);
 610
 611         smooth_fc = od->fc;
 612         if (bTAV)
 613         {
 614             /* Smoothly switch on the restraining when time averaging is used */
 615             smooth_fc *= (1.0 - od->exp_min_t_tau);
 616         }
 617
 618         d = 0;
 619         for(fa=0; fa<nfa; fa+=3)
 620         {
 621             type  = forceatoms[fa];
 622             ai    = forceatoms[fa+1];
 623             aj    = forceatoms[fa+2];
 624             if (pbc)
 625             {
 626                 ki = pbc_dx_aiuc(pbc,x[ai],x[aj],r);
 627             }
 628             else
 629             {
 630                 rvec_sub(x[ai],x[aj],r);
 631             }
 632             r2    = norm2(r);
 633             invr  = gmx_invsqrt(r2);
 634             invr2 = invr*invr;
 635             ex    = ip[type].orires.ex;
 636             power = ip[type].orires.power;
 637             fc    = smooth_fc*ip[type].orires.kfac;
 638             dev   = od->otav[d] - ip[type].orires.obs;
 639
 640             /* NOTE:
 641              * there is no real potential when time averaging is applied
 642              */
 643             vtot += 0.5*fc*sqr(dev);
 644
 645             if (bTAV)
 646             {
 647                 /* Calculate the force as the sqrt of tav times instantaneous */
 648                 devins = od->oins[d] - ip[type].orires.obs;
 649                 if (dev*devins <= 0)
 650                 {
 651                     dev = 0;
 652                 }
 653                 else
 654                 {
 655                     dev = sqrt(dev*devins);
 656                     if (devins < 0)
 657                     {
 658                         dev = -dev;
 659                     }
 660                 }
 661             }
 662
 663             pfac  = fc*ip[type].orires.c*invr2;
 664             for(i=0; i<power; i++)
 665             {
 666                 pfac *= invr;
 667             }
 668             mvmul(od->S[ex],r,Sr);
 669             for(i=0; i<DIM; i++)
 670             {
 671                 fij[i] =
 672                     -pfac*dev*(4*Sr[i] - 2*(2+power)*invr2*iprod(Sr,r)*r[i]);
 673             }
 674
 675             if (g)
 676             {
 677                 ivec_sub(SHIFT_IVEC(g,ai),SHIFT_IVEC(g,aj),dt);
 678                 ki=IVEC2IS(dt);
 679             }
 680
 681             for(i=0; i<DIM; i++)
 682             {
 683                 f[ai][i]           += fij[i];
 684                 f[aj][i]           -= fij[i];
 685                 fshift[ki][i]      += fij[i];
 686                 fshift[CENTRAL][i] -= fij[i];
 687             }
 688             d++;
 689         }
 690     }
 691
 692     return vtot;
 693
 694     /* Approx. 80*nfa/3 flops */
 695 }
 696
 697 void update_orires_history(t_fcdata *fcd,history_t *hist)
 698 {
 699     t_oriresdata *od;
 700     int pair,i;
 701
 702     od = &(fcd->orires);
 703     if (od->edt != 0)
 704     {
 705         /* Copy the new time averages that have been calculated
 706          *  in calc_orires_dev.
 707          */
 708         hist->orire_initf = od->exp_min_t_tau;
 709         for(pair=0; pair<od->nr; pair++)
 710         {
 711             for(i=0; i<5; i++)
 712             {
 713                 hist->orire_Dtav[pair*5+i] = od->Dtav[pair][i];
 714             }
 715         }
 716     }
 717 }