src/gmxlib/invblock.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "invblock.h"
  46 #include "gmx_fatal.h"
  47
  48 atom_id *make_invblock(const t_block *block,int nr)
  49 {
  50   int i,j;
  51   atom_id *invblock;
  52
  53   snew(invblock,nr+1);
  54   /* Mark unused numbers */
  55   for (i=0; i<=nr; i++)
  56     invblock[i]=NO_ATID;
  57   for (i=0; (i<block->nr); i++)
  58     for (j=block->index[i]; (j<block->index[i+1]); j++)
  59       if (invblock[j] == NO_ATID)
  60         invblock[j]=i;
  61       else
  62         gmx_fatal(FARGS,"Double entries in block structure. Item %d is in blocks %d and %d\n"
  63                   " Cannot make an unambiguous inverse block.",
  64                   j,i,invblock[j]);
  65   return invblock;
  66 }
  67
  68 atom_id *make_invblocka(const t_blocka *block,int nr)
  69 {
  70   int i,j;
  71   atom_id *invblock;
  72
  73   snew(invblock,nr+1);
  74   /* Mark unused numbers */
  75   for (i=0; i<=nr; i++)
  76     invblock[i]=NO_ATID;
  77   for (i=0; (i<block->nr); i++)
  78     for (j=block->index[i]; (j<block->index[i+1]); j++)
  79       if (invblock[block->a[j]] == NO_ATID)
  80         invblock[block->a[j]]=i;
  81       else
  82         gmx_fatal(FARGS,"Double entries in block structure. Item %d is in blocks %d and %d\n"
  83                   " Cannot make an unambiguous inverse block.",
  84                   j,i,invblock[block->a[j]]);
  85   return invblock;
  86 }
  87