src/gmxlib/gmxfio_bin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <ctype.h>
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <errno.h>
  45 #ifdef HAVE_IO_H
  46 #include <io.h>
  47 #endif
  48
  49 #include "gmx_fatal.h"
  50 #include "macros.h"
  51 #include "smalloc.h"
  52 #include "futil.h"
  53 #include "filenm.h"
  54 #include "string2.h"
  55 #include "gmxfio.h"
  56 #include "md5.h"
  57
  58 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  59 #include "thread_mpi.h"
  60 #endif
  61
  62 #include "gmxfio_int.h"
  63
  64 /* This is the part that reads dummy and ascii files.  */
  65
  66
  67 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  68                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
  69 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  70                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
  71
  72
  73 const t_iotype bin_iotype={do_binread, do_binwrite};
  74
  75
  76 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  77                         const char *desc, const char *srcfile, int line)
  78 {
  79     size_t size = 0, wsize;
  80     int ssize;
  81
  82     gmx_fio_check_nitem(fio, eio, nitem, srcfile, line);
  83     switch (eio)
  84     {
  85     case eioREAL:
  86         size = sizeof(real);
  87         break;
  88     case eioFLOAT:
  89         size = sizeof(float);
  90         break;
  91     case eioDOUBLE:
  92         size = sizeof(double);
  93         break;
  94     case eioINT:
  95         size = sizeof(int);
  96         break;
  97     case eioGMX_LARGE_INT:
  98         size = sizeof(gmx_large_int_t);
  99         break;
 100     case eioUCHAR:
 101         size = sizeof(unsigned char);
 102         break;
 103     case eioNUCHAR:
 104         size = sizeof(unsigned char);
 105         break;
 106     case eioUSHORT:
 107         size = sizeof(unsigned short);
 108         break;
 109     case eioRVEC:
 110         size = sizeof(rvec);
 111         break;
 112     case eioNRVEC:
 113         size = sizeof(rvec);
 114         break;
 115     case eioIVEC:
 116         size = sizeof(ivec);
 117         break;
 118     case eioSTRING:
 119         size = ssize = strlen((char *) item) + 1;
 120         do_binwrite(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 121         break;
 122     default:
 123         gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 124     }
 125
 126     wsize = fwrite(item, size, nitem, fio->fp);
 127
 128     if ((wsize != nitem) && fio->bDebug)
 129     {
 130         fprintf(stderr,
 131                 "Error writing %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 132                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 133         fprintf(stderr, "written size %u bytes, source size %u bytes\n",
 134                 (unsigned int) wsize, (unsigned int) size);
 135     }
 136     return (wsize == nitem);
 137 }
 138
 139 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 140                        const char *desc, const char *srcfile, int line)
 141 {
 142     size_t size = 0, rsize;
 143     int ssize;
 144
 145     gmx_fio_check_nitem(fio, eio, nitem, srcfile, line);
 146     switch (eio)
 147     {
 148     case eioREAL:
 149         if (fio->bDouble)
 150             size = sizeof(double);
 151         else
 152             size = sizeof(float);
 153         break;
 154     case eioFLOAT:
 155         size = sizeof(float);
 156         break;
 157     case eioDOUBLE:
 158         size = sizeof(double);
 159         break;
 160     case eioINT:
 161         size = sizeof(int);
 162         break;
 163     case eioGMX_LARGE_INT:
 164         size = sizeof(gmx_large_int_t);
 165         break;
 166     case eioUCHAR:
 167         size = sizeof(unsigned char);
 168         break;
 169     case eioNUCHAR:
 170         size = sizeof(unsigned char);
 171         break;
 172     case eioUSHORT:
 173         size = sizeof(unsigned short);
 174         break;
 175     case eioRVEC:
 176     case eioNRVEC:
 177         if (fio->bDouble)
 178             size = sizeof(double) * DIM;
 179         else
 180             size = sizeof(float) * DIM;
 181         break;
 182     case eioIVEC:
 183         size = sizeof(ivec);
 184         break;
 185     case eioSTRING:
 186         do_binread(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 187         size = ssize;
 188         break;
 189     default:
 190         gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 191     }
 192     if (item)
 193         rsize = fread(item, size, nitem, fio->fp);
 194     else
 195     {
 196         /* Skip over it if we have a NULL pointer here */
 197         gmx_fseek(fio->fp, (gmx_off_t)(size*nitem), SEEK_CUR);
 198         rsize = nitem;
 199     }
 200     if ((rsize != nitem) && (fio->bDebug))
 201         fprintf(stderr,
 202                 "Error reading %s %s from file %s (source %s, line %d)\n",
 203                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 204
 205     return (rsize == nitem);
 206 }
 207
 208