src/gmxlib/copyrite.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  43 #include <thread_mpi.h>
  44 #endif
  45
  46 #ifdef HAVE_LIBMKL
  47 #include <mkl.h>
  48 #endif
  49 #ifdef GMX_FFT_FFTW3
  50 #include <fftw3.h>
  51 #endif
  52
  53 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  54
  55 #include <string.h>
  56 #include <ctype.h>
  57 #include "sysstuff.h"
  58 #include "smalloc.h"
  59 #include "string2.h"
  60 #include "macros.h"
  61 #include <time.h>
  62 #include "random.h"
  63 #include "statutil.h"
  64 #include "copyrite.h"
  65 #include "strdb.h"
  66 #include "futil.h"
  67 #include "vec.h"
  68 #include "buildinfo.h"
  69 #include "gmx_cpuid.h"
  70
  71 static void pr_two(FILE *out, int c, int i)
  72 {
  73     if (i < 10)
  74     {
  75         fprintf(out, "%c0%1d", c, i);
  76     }
  77     else
  78     {
  79         fprintf(out, "%c%2d", c, i);
  80     }
  81 }
  82
  83 void pr_difftime(FILE *out, double dt)
  84 {
  85     int        ndays, nhours, nmins, nsecs;
  86     gmx_bool   bPrint, bPrinted;
  87
  88     ndays    = dt/(24*3600);
  89     dt       = dt-24*3600*ndays;
  90     nhours   = dt/3600;
  91     dt       = dt-3600*nhours;
  92     nmins    = dt/60;
  93     dt       = dt-nmins*60;
  94     nsecs    = dt;
  95     bPrint   = (ndays > 0);
  96     bPrinted = bPrint;
  97     if (bPrint)
  98     {
  99         fprintf(out, "%d", ndays);
 100     }
 101     bPrint = bPrint || (nhours > 0);
 102     if (bPrint)
 103     {
 104         if (bPrinted)
 105         {
 106             pr_two(out, 'd', nhours);
 107         }
 108         else
 109         {
 110             fprintf(out, "%d", nhours);
 111         }
 112     }
 113     bPrinted = bPrinted || bPrint;
 114     bPrint   = bPrint || (nmins > 0);
 115     if (bPrint)
 116     {
 117         if (bPrinted)
 118         {
 119             pr_two(out, 'h', nmins);
 120         }
 121         else
 122         {
 123             fprintf(out, "%d", nmins);
 124         }
 125     }
 126     bPrinted = bPrinted || bPrint;
 127     if (bPrinted)
 128     {
 129         pr_two(out, ':', nsecs);
 130     }
 131     else
 132     {
 133         fprintf(out, "%ds", nsecs);
 134     }
 135     fprintf(out, "\n");
 136 }
 137
 138
 139 gmx_bool be_cool(void)
 140 {
 141     /* Yes, it is bad to check the environment variable every call,
 142      * but we dont call this routine often, and it avoids using
 143      * a mutex for locking the variable...
 144      */
 145 #ifdef GMX_COOL_QUOTES
 146     return (getenv("GMX_NO_QUOTES") == NULL);
 147 #else
 148     /*be uncool*/
 149     return FALSE;
 150 #endif
 151 }
 152
 153 void space(FILE *out, int n)
 154 {
 155     fprintf(out, "%*s", n, "");
 156 }
 157
 158 static void sp_print(FILE *out, const char *s)
 159 {
 160     int slen;
 161
 162     slen = strlen(s);
 163     space(out, (80-slen)/2);
 164     fprintf(out, "%s\n", s);
 165 }
 166
 167 static void ster_print(FILE *out, const char *s)
 168 {
 169     int  slen;
 170     char buf[128];
 171
 172     snprintf(buf, 128, ":-)  %s  (-:", s);
 173     slen = strlen(buf);
 174     space(out, (80-slen)/2);
 175     fprintf(out, "%s\n", buf);
 176 }
 177
 178
 179 static void pukeit(const char *db, const char *defstring, char *retstring,
 180                    int retsize, int *cqnum)
 181 {
 182     FILE  *fp;
 183     char **help;
 184     int    i, nhlp;
 185     int    seed;
 186
 187     if (be_cool() && ((fp = low_libopen(db, FALSE)) != NULL))
 188     {
 189         nhlp = fget_lines(fp, &help);
 190         /* for libraries we can use the low-level close routines */
 191         ffclose(fp);
 192         seed   = time(NULL);
 193         *cqnum = nhlp*rando(&seed);
 194         if (strlen(help[*cqnum]) >= STRLEN)
 195         {
 196             help[*cqnum][STRLEN-1] = '\0';
 197         }
 198         strncpy(retstring, help[*cqnum], retsize);
 199         for (i = 0; (i < nhlp); i++)
 200         {
 201             sfree(help[i]);
 202         }
 203         sfree(help);
 204     }
 205     else
 206     {
 207         strncpy(retstring, defstring, retsize);
 208     }
 209 }
 210
 211 void bromacs(char *retstring, int retsize)
 212 {
 213     int dum;
 214
 215     pukeit("bromacs.dat",
 216            "Groningen Machine for Chemical Simulation",
 217            retstring, retsize, &dum);
 218 }
 219
 220 void cool_quote(char *retstring, int retsize, int *cqnum)
 221 {
 222     char *tmpstr;
 223     char *s, *ptr;
 224     int   tmpcq, *p;
 225
 226     if (cqnum != NULL)
 227     {
 228         p = cqnum;
 229     }
 230     else
 231     {
 232         p = &tmpcq;
 233     }
 234
 235     /* protect audience from explicit lyrics */
 236     snew(tmpstr, retsize+1);
 237     pukeit("gurgle.dat", "Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day",
 238            tmpstr, retsize-2, p);
 239
 240     if ((ptr = strchr(tmpstr, '_')) != NULL)
 241     {
 242         *ptr = '\0';
 243         ptr++;
 244         sprintf(retstring, "\"%s\" %s", tmpstr, ptr);
 245     }
 246     else
 247     {
 248         strcpy(retstring, tmpstr);
 249     }
 250     sfree(tmpstr);
 251 }
 252
 253 void CopyRight(FILE *out, const char *szProgram)
 254 {
 255     /* Dont change szProgram arbitrarily - it must be argv[0], i.e. the
 256      * name of a file. Otherwise, we won't be able to find the library dir.
 257      */
 258 #define NCR (int)asize(CopyrightText)
 259 /* TODO: Is this exception still needed? */
 260 #ifdef GMX_FAHCORE
 261 #define NLICENSE 0 /*FAH has an exception permission from GPL to allow digital signatures in Gromacs*/
 262 #else
 263 #define NLICENSE (int)asize(LicenseText)
 264 #endif
 265
 266     char buf[256], tmpstr[1024];
 267     int  i;
 268
 269 #ifdef GMX_FAHCORE
 270     set_program_name("Gromacs");
 271 #else
 272     set_program_name(szProgram);
 273 #endif
 274
 275     ster_print(out, "G  R  O  M  A  C  S");
 276     fprintf(out, "\n");
 277
 278     bromacs(tmpstr, 1023);
 279     sp_print(out, tmpstr);
 280     fprintf(out, "\n");
 281
 282     ster_print(out, GromacsVersion());
 283     fprintf(out, "\n");
 284
 285     /* fprintf(out,"\n");*/
 286
 287     /* sp_print(out,"PLEASE NOTE: THIS IS A BETA VERSION\n");
 288
 289        fprintf(out,"\n"); */
 290
 291     for (i = 0; (i < NCR); i++)
 292     {
 293         sp_print(out, CopyrightText[i]);
 294     }
 295     for (i = 0; (i < NLICENSE); i++)
 296     {
 297         sp_print(out, LicenseText[i]);
 298     }
 299
 300     fprintf(out, "\n");
 301
 302     snprintf(buf, 256, "%s", Program());
 303 #ifdef GMX_DOUBLE
 304     strcat(buf, " (double precision)");
 305 #endif
 306     ster_print(out, buf);
 307     fprintf(out, "\n");
 308 }
 309
 310
 311 void thanx(FILE *fp)
 312 {
 313     char cq[1024];
 314     int  cqnum;
 315
 316     /* protect the audience from suggestive discussions */
 317     cool_quote(cq, 1023, &cqnum);
 318
 319     if (be_cool())
 320     {
 321         fprintf(fp, "\ngcq#%d: %s\n\n", cqnum, cq);
 322     }
 323     else
 324     {
 325         fprintf(fp, "\n%s\n\n", cq);
 326     }
 327 }
 328
 329 typedef struct {
 330     const char *key;
 331     const char *author;
 332     const char *title;
 333     const char *journal;
 334     int         volume, year;
 335     const char *pages;
 336 } t_citerec;
 337
 338 void please_cite(FILE *fp, const char *key)
 339 {
 340     static const t_citerec citedb[] = {
 341         { "Allen1987a",
 342           "M. P. Allen and D. J. Tildesley",
 343           "Computer simulation of liquids",
 344           "Oxford Science Publications",
 345           1, 1987, "1" },
 346         { "Berendsen95a",
 347           "H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen",
 348           "GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation",
 349           "Comp. Phys. Comm.",
 350           91, 1995, "43-56" },
 351         { "Berendsen84a",
 352           "H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak",
 353           "Molecular dynamics with coupling to an external bath",
 354           "J. Chem. Phys.",
 355           81, 1984, "3684-3690" },
 356         { "Ryckaert77a",
 357           "J. P. Ryckaert and G. Ciccotti and H. J. C. Berendsen",
 358           "Numerical Integration of the Cartesian Equations of Motion of a System with Constraints; Molecular Dynamics of n-Alkanes",
 359           "J. Comp. Phys.",
 360           23, 1977, "327-341" },
 361         { "Miyamoto92a",
 362           "S. Miyamoto and P. A. Kollman",
 363           "SETTLE: An Analytical Version of the SHAKE and RATTLE Algorithms for Rigid Water Models",
 364           "J. Comp. Chem.",
 365           13, 1992, "952-962" },
 366         { "Cromer1968a",
 367           "D. T. Cromer & J. B. Mann",
 368           "X-ray scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wave functions",
 369           "Acta Cryst. A",
 370           24, 1968, "321" },
 371         { "Barth95a",
 372           "E. Barth and K. Kuczera and B. Leimkuhler and R. D. Skeel",
 373           "Algorithms for Constrained Molecular Dynamics",
 374           "J. Comp. Chem.",
 375           16, 1995, "1192-1209" },
 376         { "Essmann95a",
 377           "U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen ",
 378           "A smooth particle mesh Ewald method",
 379           "J. Chem. Phys.",
 380           103, 1995, "8577-8592" },
 381         { "Torda89a",
 382           "A. E. Torda and R. M. Scheek and W. F. van Gunsteren",
 383           "Time-dependent distance restraints in molecular dynamics simulations",
 384           "Chem. Phys. Lett.",
 385           157, 1989, "289-294" },
 386         { "Tironi95a",
 387           "I. G. Tironi and R. Sperb and P. E. Smith and W. F. van Gunsteren",
 388           "Generalized reaction field method for molecular dynamics simulations",
 389           "J. Chem. Phys",
 390           102, 1995, "5451-5459" },
 391         { "Hess97a",
 392           "B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije",
 393           "LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations",
 394           "J. Comp. Chem.",
 395           18, 1997, "1463-1472" },
 396         { "Hess2008a",
 397           "B. Hess",
 398           "P-LINCS: A Parallel Linear Constraint Solver for molecular simulation",
 399           "J. Chem. Theory Comput.",
 400           4, 2008, "116-122" },
 401         { "Hess2008b",
 402           "B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl",
 403           "GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecular simulation",
 404           "J. Chem. Theory Comput.",
 405           4, 2008, "435-447" },
 406         { "Hub2010",
 407           "J. S. Hub, B. L. de Groot and D. van der Spoel",
 408           "g_wham - A free weighted histogram analysis implementation including robust error and autocorrelation estimates",
 409           "J. Chem. Theory Comput.",
 410           6, 2010, "3713-3720"},
 411         { "In-Chul99a",
 412           "Y. In-Chul and M. L. Berkowitz",
 413           "Ewald summation for systems with slab geometry",
 414           "J. Chem. Phys.",
 415           111, 1999, "3155-3162" },
 416         { "DeGroot97a",
 417           "B. L. de Groot and D. M. F. van Aalten and R. M. Scheek and A. Amadei and G. Vriend and H. J. C. Berendsen",
 418           "Prediction of Protein Conformational Freedom From Distance Constrains",
 419           "Proteins",
 420           29, 1997, "240-251" },
 421         { "Spoel98a",
 422           "D. van der Spoel and P. J. van Maaren and H. J. C. Berendsen",
 423           "A systematic study of water models for molecular simulation. Derivation of models optimized for use with a reaction-field.",
 424           "J. Chem. Phys.",
 425           108, 1998, "10220-10230" },
 426         { "Wishart98a",
 427           "D. S. Wishart and A. M. Nip",
 428           "Protein Chemical Shift Analysis: A Practical Guide",
 429           "Biochem. Cell Biol.",
 430           76, 1998, "153-163" },
 431         { "Maiorov95",
 432           "V. N. Maiorov and G. M. Crippen",
 433           "Size-Independent Comparison of Protein Three-Dimensional Structures",
 434           "PROTEINS: Struct. Funct. Gen.",
 435           22, 1995, "273-283" },
 436         { "Feenstra99",
 437           "K. A. Feenstra and B. Hess and H. J. C. Berendsen",
 438           "Improving Efficiency of Large Time-scale Molecular Dynamics Simulations of Hydrogen-rich Systems",
 439           "J. Comput. Chem.",
 440           20, 1999, "786-798" },
 441         { "Timneanu2004a",
 442           "N. Timneanu and C. Caleman and J. Hajdu and D. van der Spoel",
 443           "Auger Electron Cascades in Water and Ice",
 444           "Chem. Phys.",
 445           299, 2004, "277-283" },
 446         { "Pascal2011a",
 447           "T. A. Pascal and S. T. Lin and W. A. Goddard III",
 448           "Thermodynamics of liquids: standard molar entropies and heat capacities of common solvents from 2PT molecular dynamics",
 449           "Phys. Chem. Chem. Phys.",
 450           13, 2011, "169-181" },
 451         { "Caleman2011b",
 452           "C. Caleman and P. J. van Maaren and M. Hong and J. S. Hub and L. T. da Costa and D. van der Spoel",
 453           "Force Field Benchmark of Organic Liquids: Density, Enthalpy of Vaporization, Heat Capacities, Surface Tension, Isothermal Compressibility, Volumetric Expansion Coefficient, and Dielectric Constant",
 454           "J. Chem. Theo. Comp.",
 455           8, 2012, "61" },
 456         { "Lindahl2001a",
 457           "E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel",
 458           "GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis",
 459           "J. Mol. Mod.",
 460           7, 2001, "306-317" },
 461         { "Wang2001a",
 462           "J. Wang and W. Wang and S. Huo and M. Lee and P. A. Kollman",
 463           "Solvation model based on weighted solvent accessible surface area",
 464           "J. Phys. Chem. B",
 465           105, 2001, "5055-5067" },
 466         { "Eisenberg86a",
 467           "D. Eisenberg and A. D. McLachlan",
 468           "Solvation energy in protein folding and binding",
 469           "Nature",
 470           319, 1986, "199-203" },
 471         { "Eisenhaber95",
 472           "Frank Eisenhaber and Philip Lijnzaad and Patrick Argos and Chris Sander and Michael Scharf",
 473           "The Double Cube Lattice Method: Efficient Approaches to Numerical Integration of Surface Area and Volume and to Dot Surface Contouring of Molecular Assemblies",
 474           "J. Comp. Chem.",
 475           16, 1995, "273-284" },
 476         { "Hess2002",
 477           "B. Hess, H. Saint-Martin and H.J.C. Berendsen",
 478           "Flexible constraints: an adiabatic treatment of quantum degrees of freedom, with application to the flexible and polarizable MCDHO model for water",
 479           "J. Chem. Phys.",
 480           116, 2002, "9602-9610" },
 481         { "Hetenyi2002b",
 482           "Csaba Hetenyi and David van der Spoel",
 483           "Efficient docking of peptides to proteins without prior knowledge of the binding site.",
 484           "Prot. Sci.",
 485           11, 2002, "1729-1737" },
 486         { "Hess2003",
 487           "B. Hess and R.M. Scheek",
 488           "Orientation restraints in molecular dynamics simulations using time and ensemble averaging",
 489           "J. Magn. Res.",
 490           164, 2003, "19-27" },
 491         { "Rappe1991a",
 492           "A. K. Rappe and W. A. Goddard III",
 493           "Charge Equillibration for Molecular Dynamics Simulations",
 494           "J. Phys. Chem.",
 495           95, 1991, "3358-3363" },
 496         { "Mu2005a",
 497           "Y. Mu, P. H. Nguyen and G. Stock",
 498           "Energy landscape of a small peptide revelaed by dihedral angle principal component analysis",
 499           "Prot. Struct. Funct. Bioinf.",
 500           58, 2005, "45-52" },
 501         { "Okabe2001a",
 502           "T. Okabe and M. Kawata and Y. Okamoto and M. Mikami",
 503           "Replica-exchange {M}onte {C}arlo method for the isobaric-isothermal ensemble",
 504           "Chem. Phys. Lett.",
 505           335, 2001, "435-439" },
 506         { "Hukushima96a",
 507           "K. Hukushima and K. Nemoto",
 508           "Exchange Monte Carlo Method and Application to Spin Glass Simulations",
 509           "J. Phys. Soc. Jpn.",
 510           65, 1996, "1604-1608" },
 511         { "Tropp80a",
 512           "J. Tropp",
 513           "Dipolar Relaxation and Nuclear Overhauser effects in nonrigid molecules: The effect of fluctuating internuclear distances",
 514           "J. Chem. Phys.",
 515           72, 1980, "6035-6043" },
 516         { "Bultinck2002a",
 517           "P. Bultinck and W. Langenaeker and P. Lahorte and F. De Proft and P. Geerlings and M. Waroquier and J. P. Tollenaere",
 518           "The electronegativity equalization method I: Parametrization and validation for atomic charge calculations",
 519           "J. Phys. Chem. A",
 520           106, 2002, "7887-7894" },
 521         { "Yang2006b",
 522           "Q. Y. Yang and K. A. Sharp",
 523           "Atomic charge parameters for the finite difference Poisson-Boltzmann method using electronegativity neutralization",
 524           "J. Chem. Theory Comput.",
 525           2, 2006, "1152-1167" },
 526         { "Spoel2005a",
 527           "D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark and H. J. C. Berendsen",
 528           "GROMACS: Fast, Flexible and Free",
 529           "J. Comp. Chem.",
 530           26, 2005, "1701-1719" },
 531         { "Spoel2006b",
 532           "D. van der Spoel, P. J. van Maaren, P. Larsson and N. Timneanu",
 533           "Thermodynamics of hydrogen bonding in hydrophilic and hydrophobic media",
 534           "J. Phys. Chem. B",
 535           110, 2006, "4393-4398" },
 536         { "Spoel2006d",
 537           "D. van der Spoel and M. M. Seibert",
 538           "Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulations",
 539           "Phys. Rev. Letters",
 540           96, 2006, "238102" },
 541         { "Palmer94a",
 542           "B. J. Palmer",
 543           "Transverse-current autocorrelation-function calculations of the shear viscosity for molecular liquids",
 544           "Phys. Rev. E",
 545           49, 1994, "359-366" },
 546         { "Bussi2007a",
 547           "G. Bussi, D. Donadio and M. Parrinello",
 548           "Canonical sampling through velocity rescaling",
 549           "J. Chem. Phys.",
 550           126, 2007, "014101" },
 551         { "Hub2006",
 552           "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 553           "Does CO2 permeate through Aquaporin-1?",
 554           "Biophys. J.",
 555           91, 2006, "842-848" },
 556         { "Hub2008",
 557           "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 558           "Mechanism of selectivity in aquaporins and aquaglyceroporins",
 559           "PNAS",
 560           105, 2008, "1198-1203" },
 561         { "Friedrich2009",
 562           "M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, and V. S. Pande",
 563           "Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units",
 564           "J. Comp. Chem.",
 565           30, 2009, "864-872" },
 566         { "Engin2010",
 567           "O. Engin, A. Villa, M. Sayar and B. Hess",
 568           "Driving Forces for Adsorption of Amphiphilic Peptides to Air-Water Interface",
 569           "J. Phys. Chem. B",
 570           114, 2010, "11093" },
 571         { "Fritsch12",
 572           "S. Fritsch, C. Junghans and K. Kremer",
 573           "Adaptive molecular simulation study on structure formation of toluene around C60 using Gromacs",
 574           "J. Chem. Theo. Comp.",
 575           8, 2012, "398" },
 576         { "Junghans10",
 577           "C. Junghans and S. Poblete",
 578           "A reference implementation of the adaptive resolution scheme in ESPResSo",
 579           "Comp. Phys. Comm.",
 580           181, 2010, "1449" },
 581         { "Wang2010",
 582           "H. Wang, F. Dommert, C.Holm",
 583           "Optimizing working parameters of the smooth particle mesh Ewald algorithm in terms of accuracy and efficiency",
 584           "J. Chem. Phys. B",
 585           133, 2010, "034117" },
 586         { "Sugita1999a",
 587           "Y. Sugita, Y. Okamoto",
 588           "Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding",
 589           "Chem. Phys. Lett.",
 590           314, 1999, "141-151" },
 591         { "Kutzner2011",
 592           "C. Kutzner and J. Czub and H. Grubmuller",
 593           "Keep it Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS",
 594           "J. Chem. Theory Comput.",
 595           7, 2011, "1381-1393" },
 596         { "Hoefling2011",
 597           "M. Hoefling, N. Lima, D. Haenni, C.A.M. Seidel, B. Schuler, H. Grubmuller",
 598           "Structural Heterogeneity and Quantitative FRET Efficiency Distributions of Polyprolines through a Hybrid Atomistic Simulation and Monte Carlo Approach",
 599           "PLoS ONE",
 600           6, 2011, "e19791" },
 601         { "Hockney1988",
 602           "R. W. Hockney and J. W. Eastwood",
 603           "Computer simulation using particles",
 604           "IOP, Bristol",
 605           1, 1988, "1" },
 606         { "Ballenegger2012",
 607           "V. Ballenegger, J.J. Cerda, and C. Holm",
 608           "How to Convert SPME to P3M: Influence Functions and Error Estimates",
 609           "J. Chem. Theory Comput.",
 610           8, 2012, "936-947" },
 611         { "Garmay2012",
 612           "Garmay Yu, Shvetsov A, Karelov D, Lebedev D, Radulescu A, Petukhov M, Isaev-Ivanov V",
 613           "Correlated motion of protein subdomains and large-scale conformational flexibility of RecA protein filament",
 614           "Journal of Physics: Conference Series",
 615           340, 2012, "012094" }
 616     };
 617 #define NSTR (int)asize(citedb)
 618
 619     int   j, index;
 620     char *author;
 621     char *title;
 622 #define LINE_WIDTH 79
 623
 624     if (fp == NULL)
 625     {
 626         return;
 627     }
 628
 629     for (index = 0; (index < NSTR) && (strcmp(citedb[index].key, key) != 0); index++)
 630     {
 631         ;
 632     }
 633
 634     fprintf(fp, "\n++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++\n");
 635     if (index < NSTR)
 636     {
 637         /* Insert newlines */
 638         author = wrap_lines(citedb[index].author, LINE_WIDTH, 0, FALSE);
 639         title  = wrap_lines(citedb[index].title, LINE_WIDTH, 0, FALSE);
 640         fprintf(fp, "%s\n%s\n%s %d (%d) pp. %s\n",
 641                 author, title, citedb[index].journal,
 642                 citedb[index].volume, citedb[index].year,
 643                 citedb[index].pages);
 644         sfree(author);
 645         sfree(title);
 646     }
 647     else
 648     {
 649         fprintf(fp, "Entry %s not found in citation database\n", key);
 650     }
 651     fprintf(fp, "-------- -------- --- Thank You --- -------- --------\n\n");
 652     fflush(fp);
 653 }
 654
 655 #ifdef USE_VERSION_H
 656 /* Version information generated at compile time. */
 657 #include "version.h"
 658 #else
 659 /* Fall back to statically defined version. */
 660 static const char _gmx_ver_string[] = "VERSION " VERSION;
 661 #endif
 662
 663 const char *GromacsVersion()
 664 {
 665     return _gmx_ver_string;
 666 }
 667
 668 void gmx_print_version_info_gpu(FILE *fp);
 669
 670 void gmx_print_version_info(FILE *fp)
 671 {
 672     fprintf(fp, "Gromacs version:    %s\n", _gmx_ver_string);
 673 #ifdef USE_VERSION_H
 674     fprintf(fp, "GIT SHA1 hash:      %s\n", _gmx_full_git_hash);
 675     /* Only print out the branch information if present.
 676      * The generating script checks whether the branch point actually
 677      * coincides with the hash reported above, and produces an empty string
 678      * in such cases. */
 679     if (_gmx_central_base_hash[0] != 0)
 680     {
 681         fprintf(fp, "Branched from:      %s\n", _gmx_central_base_hash);
 682     }
 683 #endif
 684
 685 #ifdef GMX_DOUBLE
 686     fprintf(fp, "Precision:          double\n");
 687 #else
 688     fprintf(fp, "Precision:          single\n");
 689 #endif
 690     fprintf(fp, "Memory model:       %lu bit\n", 8*sizeof(void *));
 691
 692 #ifdef GMX_THREAD_MPI
 693     fprintf(fp, "MPI library:        thread_mpi\n");
 694 #elif defined(GMX_MPI)
 695     fprintf(fp, "MPI library:        MPI\n");
 696 #else
 697     fprintf(fp, "MPI library:        none\n");
 698 #endif
 699 #ifdef GMX_OPENMP
 700     fprintf(fp, "OpenMP support:     enabled\n");
 701 #else
 702     fprintf(fp, "OpenMP support:     disabled\n");
 703 #endif
 704 #ifdef GMX_GPU
 705     fprintf(fp, "GPU support:        enabled\n");
 706 #else
 707     fprintf(fp, "GPU support:        disabled\n");
 708 #endif
 709     /* A preprocessor trick to avoid duplicating logic from vec.h */
 710 #define gmx_stringify2(x) #x
 711 #define gmx_stringify(x) gmx_stringify2(x)
 712     fprintf(fp, "invsqrt routine:    %s\n", gmx_stringify(gmx_invsqrt(x)));
 713     fprintf(fp, "CPU acceleration:   %s\n", GMX_CPU_ACCELERATION_STRING);
 714
 715     /* TODO: Would be nicer to wrap this in a gmx_fft_version() call, but
 716      * since that is currently in mdlib, can wait for master. */
 717 #ifdef GMX_FFT_FFTPACK
 718     fprintf(fp, "FFT library:        fftpack (built-in)\n");
 719 #elif defined(GMX_FFT_FFTW3) && defined(GMX_NATIVE_WINDOWS)
 720     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", "fftw3");
 721 #elif defined(GMX_FFT_FFTW3) && defined(GMX_DOUBLE)
 722     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", fftw_version);
 723 #elif defined(GMX_FFT_FFTW3)
 724     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", fftwf_version);
 725 #elif defined(GMX_FFT_MKL)
 726     fprintf(fp, "FFT library:        MKL\n");
 727 #else
 728     fprintf(fp, "FFT library:        unknown\n");
 729 #endif
 730 #ifdef GMX_LARGEFILES
 731     fprintf(fp, "Large file support: enabled\n");
 732 #else
 733     fprintf(fp, "Large file support: disabled\n");
 734 #endif
 735 #ifdef HAVE_RDTSCP
 736     fprintf(fp, "RDTSCP usage:       enabled\n");
 737 #else
 738     fprintf(fp, "RDTSCP usage:       disabled\n");
 739 #endif
 740
 741     fprintf(fp, "Built on:           %s\n", BUILD_TIME);
 742     fprintf(fp, "Built by:           %s\n", BUILD_USER);
 743     fprintf(fp, "Build OS/arch:      %s\n", BUILD_HOST);
 744     fprintf(fp, "Build CPU vendor:   %s\n", BUILD_CPU_VENDOR);
 745     fprintf(fp, "Build CPU brand:    %s\n", BUILD_CPU_BRAND);
 746     fprintf(fp, "Build CPU family:   %d   Model: %d   Stepping: %d\n",
 747             BUILD_CPU_FAMILY, BUILD_CPU_MODEL, BUILD_CPU_STEPPING);
 748     /* TODO: The below strings can be quite long, so it would be nice to wrap
 749      * them. Can wait for later, as the master branch has ready code to do all
 750      * that. */
 751     fprintf(fp, "Build CPU features: %s\n", BUILD_CPU_FEATURES);
 752     fprintf(fp, "C compiler:         %s\n", BUILD_C_COMPILER);
 753     fprintf(fp, "C compiler flags:   %s\n", BUILD_CFLAGS);
 754     if (BUILD_CXX_COMPILER[0] != '\0')
 755     {
 756         fprintf(fp, "C++ compiler:       %s\n", BUILD_CXX_COMPILER);
 757         fprintf(fp, "C++ compiler flags: %s\n", BUILD_CXXFLAGS);
 758     }
 759 #ifdef HAVE_LIBMKL
 760     /* MKL might be used for LAPACK/BLAS even if FFTs use FFTW, so keep it separate */
 761     fprintf(fp, "Linked with Intel MKL version %d.%d.%d.\n",
 762             __INTEL_MKL__, __INTEL_MKL_MINOR__, __INTEL_MKL_UPDATE__);
 763 #endif
 764 #ifdef GMX_GPU
 765     gmx_print_version_info_gpu(fp);
 766 #endif
 767 }