src/gmxlib/copyrite.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  43 #include <thread_mpi.h>
  44 #endif
  45
  46 #ifdef HAVE_LIBMKL
  47 #include <mkl.h>
  48 #endif
  49 #ifdef GMX_FFT_FFTW3
  50 #include <fftw3.h>
  51 #endif
  52
  53 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  54
  55 #include <string.h>
  56 #include <ctype.h>
  57 #include "sysstuff.h"
  58 #include "smalloc.h"
  59 #include "string2.h"
  60 #include "macros.h"
  61 #include <time.h>
  62 #include "random.h"
  63 #include "statutil.h"
  64 #include "copyrite.h"
  65 #include "strdb.h"
  66 #include "futil.h"
  67 #include "vec.h"
  68 #include "buildinfo.h"
  69 #include "gmx_cpuid.h"
  70
  71 static void pr_two(FILE *out,int c,int i)
  72 {
  73   if (i < 10)
  74     fprintf(out,"%c0%1d",c,i);
  75   else
  76     fprintf(out,"%c%2d",c,i);
  77 }
  78
  79 void pr_difftime(FILE *out,double dt)
  80 {
  81   int    ndays,nhours,nmins,nsecs;
  82   gmx_bool   bPrint,bPrinted;
  83
  84   ndays = dt/(24*3600);
  85   dt    = dt-24*3600*ndays;
  86   nhours= dt/3600;
  87   dt    = dt-3600*nhours;
  88   nmins = dt/60;
  89   dt    = dt-nmins*60;
  90   nsecs = dt;
  91   bPrint= (ndays > 0);
  92   bPrinted=bPrint;
  93   if (bPrint)
  94     fprintf(out,"%d",ndays);
  95   bPrint=bPrint || (nhours > 0);
  96   if (bPrint) {
  97     if (bPrinted)
  98       pr_two(out,'d',nhours);
  99     else
 100       fprintf(out,"%d",nhours);
 101   }
 102   bPrinted=bPrinted || bPrint;
 103   bPrint=bPrint || (nmins > 0);
 104   if (bPrint) {
 105     if (bPrinted)
 106       pr_two(out,'h',nmins);
 107     else
 108       fprintf(out,"%d",nmins);
 109   }
 110   bPrinted=bPrinted || bPrint;
 111   if (bPrinted)
 112     pr_two(out,':',nsecs);
 113   else
 114     fprintf(out,"%ds",nsecs);
 115   fprintf(out,"\n");
 116 }
 117
 118
 119 gmx_bool be_cool(void)
 120 {
 121   /* Yes, it is bad to check the environment variable every call,
 122    * but we dont call this routine often, and it avoids using
 123    * a mutex for locking the variable...
 124    */
 125 #ifdef GMX_COOL_QUOTES
 126   return (getenv("GMX_NO_QUOTES") == NULL);
 127 #else
 128   /*be uncool*/
 129   return FALSE;
 130 #endif
 131 }
 132
 133 void space(FILE *out, int n)
 134 {
 135   fprintf(out,"%*s",n,"");
 136 }
 137
 138 void f(char *a)
 139 {
 140     int i;
 141     int len=strlen(a);
 142
 143     for(i=0;i<len;i++)
 144         a[i]=~a[i];
 145 }
 146
 147 static void sp_print(FILE *out,const char *s)
 148 {
 149   int slen;
 150
 151   slen=strlen(s);
 152   space(out,(80-slen)/2);
 153   fprintf(out,"%s\n",s);
 154 }
 155
 156 static void ster_print(FILE *out,const char *s)
 157 {
 158   int  slen;
 159   char buf[128];
 160
 161   snprintf(buf,128,":-)  %s  (-:",s);
 162   slen=strlen(buf);
 163   space(out,(80-slen)/2);
 164   fprintf(out,"%s\n",buf);
 165 }
 166
 167
 168 static void pukeit(const char *db,const char *defstring, char *retstring,
 169                    int retsize, int *cqnum)
 170 {
 171   FILE *fp;
 172   char **help;
 173   int  i,nhlp;
 174   int  seed;
 175
 176   if (be_cool() && ((fp = low_libopen(db,FALSE)) != NULL)) {
 177     nhlp=fget_lines(fp,&help);
 178     /* for libraries we can use the low-level close routines */
 179     ffclose(fp);
 180     seed=time(NULL);
 181     *cqnum=nhlp*rando(&seed);
 182     if (strlen(help[*cqnum]) >= STRLEN)
 183       help[*cqnum][STRLEN-1] = '\0';
 184     strncpy(retstring,help[*cqnum],retsize);
 185     f(retstring);
 186     for(i=0; (i<nhlp); i++)
 187       sfree(help[i]);
 188     sfree(help);
 189   }
 190   else
 191     strncpy(retstring,defstring,retsize);
 192 }
 193
 194 void bromacs(char *retstring, int retsize)
 195 {
 196   int dum;
 197
 198   pukeit("bromacs.dat",
 199          "Groningen Machine for Chemical Simulation",
 200          retstring,retsize,&dum);
 201 }
 202
 203 void cool_quote(char *retstring, int retsize, int *cqnum)
 204 {
 205   char *tmpstr;
 206   char *s,*ptr;
 207   int tmpcq,*p;
 208
 209   if (cqnum!=NULL)
 210     p = cqnum;
 211   else
 212     p = &tmpcq;
 213
 214   /* protect audience from explicit lyrics */
 215   snew(tmpstr,retsize+1);
 216   pukeit("gurgle.dat","Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day",
 217          tmpstr,retsize-2,p);
 218
 219   if ((ptr = strchr(tmpstr,'_')) != NULL) {
 220     *ptr='\0';
 221     ptr++;
 222     sprintf(retstring,"\"%s\" %s",tmpstr,ptr);
 223   }
 224   else {
 225     strcpy(retstring,tmpstr);
 226   }
 227   sfree(tmpstr);
 228 }
 229
 230 void CopyRight(FILE *out,const char *szProgram)
 231 {
 232   /* Dont change szProgram arbitrarily - it must be argv[0], i.e. the
 233    * name of a file. Otherwise, we won't be able to find the library dir.
 234    */
 235 #define NCR (int)asize(CopyrightText)
 236 /* TODO: Is this exception still needed? */
 237 #ifdef GMX_FAHCORE
 238 #define NLICENSE 0 /*FAH has an exception permission from GPL to allow digital signatures in Gromacs*/
 239 #else
 240 #define NLICENSE (int)asize(LicenseText)
 241 #endif
 242
 243   char buf[256],tmpstr[1024];
 244   int i;
 245
 246 #ifdef GMX_FAHCORE
 247   set_program_name("Gromacs");
 248 #else
 249   set_program_name(szProgram);
 250 #endif
 251
 252   ster_print(out,"G  R  O  M  A  C  S");
 253   fprintf(out,"\n");
 254
 255   bromacs(tmpstr,1023);
 256   sp_print(out,tmpstr);
 257   fprintf(out,"\n");
 258
 259   ster_print(out,GromacsVersion());
 260   fprintf(out,"\n");
 261
 262   /* fprintf(out,"\n");*/
 263
 264   /* sp_print(out,"PLEASE NOTE: THIS IS A BETA VERSION\n");
 265
 266   fprintf(out,"\n"); */
 267
 268   for(i=0; (i<NCR); i++)
 269     sp_print(out,CopyrightText[i]);
 270   for(i=0; (i<NLICENSE); i++)
 271     sp_print(out,LicenseText[i]);
 272
 273   fprintf(out,"\n");
 274
 275   snprintf(buf,256,"%s",Program());
 276 #ifdef GMX_DOUBLE
 277   strcat(buf," (double precision)");
 278 #endif
 279   ster_print(out,buf);
 280   fprintf(out,"\n");
 281 }
 282
 283
 284 void thanx(FILE *fp)
 285 {
 286   char cq[1024];
 287   int  cqnum;
 288
 289   /* protect the audience from suggestive discussions */
 290   cool_quote(cq,1023,&cqnum);
 291
 292   if (be_cool())
 293     fprintf(fp,"\ngcq#%d: %s\n\n",cqnum,cq);
 294   else
 295     fprintf(fp,"\n%s\n\n",cq);
 296 }
 297
 298 typedef struct {
 299   const char *key;
 300   const char *author;
 301   const char *title;
 302   const char *journal;
 303   int volume,year;
 304   const char *pages;
 305 } t_citerec;
 306
 307 void please_cite(FILE *fp,const char *key)
 308 {
 309   static const t_citerec citedb[] = {
 310     { "Allen1987a",
 311       "M. P. Allen and D. J. Tildesley",
 312       "Computer simulation of liquids",
 313       "Oxford Science Publications",
 314       1, 1987, "1" },
 315     { "Berendsen95a",
 316       "H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen",
 317       "GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation",
 318       "Comp. Phys. Comm.",
 319       91, 1995, "43-56" },
 320     { "Berendsen84a",
 321       "H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak",
 322       "Molecular dynamics with coupling to an external bath",
 323       "J. Chem. Phys.",
 324       81, 1984, "3684-3690" },
 325     { "Ryckaert77a",
 326       "J. P. Ryckaert and G. Ciccotti and H. J. C. Berendsen",
 327       "Numerical Integration of the Cartesian Equations of Motion of a System with Constraints; Molecular Dynamics of n-Alkanes",
 328       "J. Comp. Phys.",
 329       23, 1977, "327-341" },
 330     { "Miyamoto92a",
 331       "S. Miyamoto and P. A. Kollman",
 332       "SETTLE: An Analytical Version of the SHAKE and RATTLE Algorithms for Rigid Water Models",
 333       "J. Comp. Chem.",
 334       13, 1992, "952-962" },
 335     { "Cromer1968a",
 336       "D. T. Cromer & J. B. Mann",
 337       "X-ray scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wave functions",
 338       "Acta Cryst. A",
 339       24, 1968, "321" },
 340     { "Barth95a",
 341       "E. Barth and K. Kuczera and B. Leimkuhler and R. D. Skeel",
 342       "Algorithms for Constrained Molecular Dynamics",
 343       "J. Comp. Chem.",
 344       16, 1995, "1192-1209" },
 345     { "Essmann95a",
 346       "U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen ",
 347       "A smooth particle mesh Ewald method",
 348       "J. Chem. Phys.",
 349       103, 1995, "8577-8592" },
 350     { "Torda89a",
 351       "A. E. Torda and R. M. Scheek and W. F. van Gunsteren",
 352       "Time-dependent distance restraints in molecular dynamics simulations",
 353       "Chem. Phys. Lett.",
 354       157, 1989, "289-294" },
 355     { "Tironi95a",
 356       "I. G. Tironi and R. Sperb and P. E. Smith and W. F. van Gunsteren",
 357       "Generalized reaction field method for molecular dynamics simulations",
 358       "J. Chem. Phys",
 359       102, 1995, "5451-5459" },
 360     { "Hess97a",
 361       "B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije",
 362       "LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations",
 363       "J. Comp. Chem.",
 364       18, 1997, "1463-1472" },
 365     { "Hess2008a",
 366       "B. Hess",
 367       "P-LINCS: A Parallel Linear Constraint Solver for molecular simulation",
 368       "J. Chem. Theory Comput.",
 369       4, 2008, "116-122" },
 370     { "Hess2008b",
 371       "B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl",
 372       "GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecular simulation",
 373       "J. Chem. Theory Comput.",
 374       4, 2008, "435-447" },
 375     { "Hub2010",
 376       "J. S. Hub, B. L. de Groot and D. van der Spoel",
 377       "g_wham - A free weighted histogram analysis implementation including robust error and autocorrelation estimates",
 378       "J. Chem. Theory Comput.",
 379       6, 2010, "3713-3720"},
 380     { "In-Chul99a",
 381       "Y. In-Chul and M. L. Berkowitz",
 382       "Ewald summation for systems with slab geometry",
 383       "J. Chem. Phys.",
 384       111, 1999, "3155-3162" },
 385     { "DeGroot97a",
 386       "B. L. de Groot and D. M. F. van Aalten and R. M. Scheek and A. Amadei and G. Vriend and H. J. C. Berendsen",
 387       "Prediction of Protein Conformational Freedom From Distance Constrains",
 388       "Proteins",
 389       29, 1997, "240-251" },
 390     { "Spoel98a",
 391       "D. van der Spoel and P. J. van Maaren and H. J. C. Berendsen",
 392       "A systematic study of water models for molecular simulation. Derivation of models optimized for use with a reaction-field.",
 393       "J. Chem. Phys.",
 394       108, 1998, "10220-10230" },
 395     { "Wishart98a",
 396       "D. S. Wishart and A. M. Nip",
 397       "Protein Chemical Shift Analysis: A Practical Guide",
 398       "Biochem. Cell Biol.",
 399       76, 1998, "153-163" },
 400     { "Maiorov95",
 401       "V. N. Maiorov and G. M. Crippen",
 402       "Size-Independent Comparison of Protein Three-Dimensional Structures",
 403       "PROTEINS: Struct. Funct. Gen.",
 404       22, 1995, "273-283" },
 405     { "Feenstra99",
 406       "K. A. Feenstra and B. Hess and H. J. C. Berendsen",
 407       "Improving Efficiency of Large Time-scale Molecular Dynamics Simulations of Hydrogen-rich Systems",
 408       "J. Comput. Chem.",
 409       20, 1999, "786-798" },
 410     { "Timneanu2004a",
 411       "N. Timneanu and C. Caleman and J. Hajdu and D. van der Spoel",
 412       "Auger Electron Cascades in Water and Ice",
 413       "Chem. Phys.",
 414       299, 2004, "277-283" },
 415     { "Pascal2011a",
 416       "T. A. Pascal and S. T. Lin and W. A. Goddard III",
 417       "Thermodynamics of liquids: standard molar entropies and heat capacities of common solvents from 2PT molecular dynamics",
 418       "Phys. Chem. Chem. Phys.",
 419       13, 2011, "169-181" },
 420     { "Caleman2011b",
 421       "C. Caleman and P. J. van Maaren and M. Hong and J. S. Hub and L. T. da Costa and D. van der Spoel",
 422       "Force Field Benchmark of Organic Liquids: Density, Enthalpy of Vaporization, Heat Capacities, Surface Tension, Isothermal Compressibility, Volumetric Expansion Coefficient, and Dielectric Constant",
 423       "J. Chem. Theo. Comp.",
 424       8, 2012, "61" },
 425     { "Lindahl2001a",
 426       "E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel",
 427       "GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis",
 428       "J. Mol. Mod.",
 429       7, 2001, "306-317" },
 430     { "Wang2001a",
 431       "J. Wang and W. Wang and S. Huo and M. Lee and P. A. Kollman",
 432       "Solvation model based on weighted solvent accessible surface area",
 433       "J. Phys. Chem. B",
 434       105, 2001, "5055-5067" },
 435     { "Eisenberg86a",
 436       "D. Eisenberg and A. D. McLachlan",
 437       "Solvation energy in protein folding and binding",
 438       "Nature",
 439       319, 1986, "199-203" },
 440     { "Eisenhaber95",
 441       "Frank Eisenhaber and Philip Lijnzaad and Patrick Argos and Chris Sander and Michael Scharf",
 442       "The Double Cube Lattice Method: Efficient Approaches to Numerical Integration of Surface Area and Volume and to Dot Surface Contouring of Molecular Assemblies",
 443       "J. Comp. Chem.",
 444       16, 1995, "273-284" },
 445     { "Hess2002",
 446       "B. Hess, H. Saint-Martin and H.J.C. Berendsen",
 447       "Flexible constraints: an adiabatic treatment of quantum degrees of freedom, with application to the flexible and polarizable MCDHO model for water",
 448       "J. Chem. Phys.",
 449       116, 2002, "9602-9610" },
 450     { "Hetenyi2002b",
 451       "Csaba Hetenyi and David van der Spoel",
 452       "Efficient docking of peptides to proteins without prior knowledge of the binding site.",
 453       "Prot. Sci.",
 454       11, 2002, "1729-1737" },
 455     { "Hess2003",
 456       "B. Hess and R.M. Scheek",
 457       "Orientation restraints in molecular dynamics simulations using time and ensemble averaging",
 458       "J. Magn. Res.",
 459       164, 2003, "19-27" },
 460     { "Rappe1991a",
 461       "A. K. Rappe and W. A. Goddard III",
 462       "Charge Equillibration for Molecular Dynamics Simulations",
 463       "J. Phys. Chem.",
 464       95, 1991, "3358-3363" },
 465     { "Mu2005a",
 466       "Y. Mu, P. H. Nguyen and G. Stock",
 467       "Energy landscape of a small peptide revelaed by dihedral angle principal component analysis",
 468       "Prot. Struct. Funct. Bioinf.",
 469       58, 2005, "45-52" },
 470     { "Okabe2001a",
 471       "T. Okabe and M. Kawata and Y. Okamoto and M. Mikami",
 472       "Replica-exchange {M}onte {C}arlo method for the isobaric-isothermal ensemble",
 473       "Chem. Phys. Lett.",
 474       335, 2001, "435-439" },
 475     { "Hukushima96a",
 476       "K. Hukushima and K. Nemoto",
 477       "Exchange Monte Carlo Method and Application to Spin Glass Simulations",
 478       "J. Phys. Soc. Jpn.",
 479       65, 1996, "1604-1608" },
 480     { "Tropp80a",
 481       "J. Tropp",
 482       "Dipolar Relaxation and Nuclear Overhauser effects in nonrigid molecules: The effect of fluctuating internuclear distances",
 483       "J. Chem. Phys.",
 484       72, 1980, "6035-6043" },
 485     { "Bultinck2002a",
 486        "P. Bultinck and W. Langenaeker and P. Lahorte and F. De Proft and P. Geerlings and M. Waroquier and J. P. Tollenaere",
 487       "The electronegativity equalization method I: Parametrization and validation for atomic charge calculations",
 488       "J. Phys. Chem. A",
 489       106, 2002, "7887-7894" },
 490     { "Yang2006b",
 491       "Q. Y. Yang and K. A. Sharp",
 492       "Atomic charge parameters for the finite difference Poisson-Boltzmann method using electronegativity neutralization",
 493       "J. Chem. Theory Comput.",
 494       2, 2006, "1152-1167" },
 495     { "Spoel2005a",
 496       "D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark and H. J. C. Berendsen",
 497       "GROMACS: Fast, Flexible and Free",
 498       "J. Comp. Chem.",
 499       26, 2005, "1701-1719" },
 500     { "Spoel2006b",
 501       "D. van der Spoel, P. J. van Maaren, P. Larsson and N. Timneanu",
 502       "Thermodynamics of hydrogen bonding in hydrophilic and hydrophobic media",
 503       "J. Phys. Chem. B",
 504       110, 2006, "4393-4398" },
 505     { "Spoel2006d",
 506       "D. van der Spoel and M. M. Seibert",
 507       "Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulations",
 508       "Phys. Rev. Letters",
 509       96, 2006, "238102" },
 510     { "Palmer94a",
 511       "B. J. Palmer",
 512       "Transverse-current autocorrelation-function calculations of the shear viscosity for molecular liquids",
 513       "Phys. Rev. E",
 514       49, 1994, "359-366" },
 515     { "Bussi2007a",
 516       "G. Bussi, D. Donadio and M. Parrinello",
 517       "Canonical sampling through velocity rescaling",
 518       "J. Chem. Phys.",
 519       126, 2007, "014101" },
 520     { "Hub2006",
 521       "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 522       "Does CO2 permeate through Aquaporin-1?",
 523       "Biophys. J.",
 524       91, 2006, "842-848" },
 525     { "Hub2008",
 526       "J. S. Hub and B. L. de Groot",
 527       "Mechanism of selectivity in aquaporins and aquaglyceroporins",
 528       "PNAS",
 529       105, 2008, "1198-1203" },
 530     { "Friedrich2009",
 531       "M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, and V. S. Pande",
 532       "Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units",
 533       "J. Comp. Chem.",
 534       30, 2009, "864-872" },
 535     { "Engin2010",
 536       "O. Engin, A. Villa, M. Sayar and B. Hess",
 537       "Driving Forces for Adsorption of Amphiphilic Peptides to Air-Water Interface",
 538       "J. Phys. Chem. B",
 539       114, 2010, "11093" },
 540     { "Fritsch12",
 541       "S. Fritsch, C. Junghans and K. Kremer",
 542       "Adaptive molecular simulation study on structure formation of toluene around C60 using Gromacs",
 543       "J. Chem. Theo. Comp.",
 544       8, 2012, "398" },
 545     { "Junghans10",
 546       "C. Junghans and S. Poblete",
 547       "A reference implementation of the adaptive resolution scheme in ESPResSo",
 548       "Comp. Phys. Comm.",
 549       181, 2010, "1449" },
 550     { "Wang2010",
 551       "H. Wang, F. Dommert, C.Holm",
 552       "Optimizing working parameters of the smooth particle mesh Ewald algorithm in terms of accuracy and efficiency",
 553       "J. Chem. Phys. B",
 554       133, 2010, "034117" },
 555     { "Sugita1999a",
 556       "Y. Sugita, Y. Okamoto",
 557       "Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding",
 558       "Chem. Phys. Lett.",
 559       314, 1999, "141-151" },
 560     { "Kutzner2011",
 561       "C. Kutzner and J. Czub and H. Grubmuller",
 562       "Keep it Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS",
 563       "J. Chem. Theory Comput.",
 564       7, 2011, "1381-1393" },
 565     { "Hoefling2011",
 566       "M. Hoefling, N. Lima, D. Haenni, C.A.M. Seidel, B. Schuler, H. Grubmuller",
 567       "Structural Heterogeneity and Quantitative FRET Efficiency Distributions of Polyprolines through a Hybrid Atomistic Simulation and Monte Carlo Approach",
 568       "PLoS ONE",
 569       6, 2011, "e19791" },
 570     { "Hockney1988",
 571       "R. W. Hockney and J. W. Eastwood",
 572       "Computer simulation using particles",
 573       "IOP, Bristol",
 574       1, 1988, "1" },
 575     { "Ballenegger2012",
 576       "V. Ballenegger, J.J. Cerda, and C. Holm",
 577       "How to Convert SPME to P3M: Influence Functions and Error Estimates",
 578       "J. Chem. Theory Comput.",
 579       8, 2012, "936-947" },
 580     { "Garmay2012",
 581       "Garmay Yu, Shvetsov A, Karelov D, Lebedev D, Radulescu A, Petukhov M, Isaev-Ivanov V",
 582       "Correlated motion of protein subdomains and large-scale conformational flexibility of RecA protein filament",
 583       "Journal of Physics: Conference Series",
 584       340, 2012, "012094" }
 585   };
 586 #define NSTR (int)asize(citedb)
 587
 588   int  j,index;
 589   char *author;
 590   char *title;
 591 #define LINE_WIDTH 79
 592
 593   if (fp == NULL)
 594     return;
 595
 596   for(index=0; (index<NSTR) && (strcmp(citedb[index].key,key) != 0); index++)
 597     ;
 598
 599   fprintf(fp,"\n++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++\n");
 600   if (index < NSTR) {
 601     /* Insert newlines */
 602     author = wrap_lines(citedb[index].author,LINE_WIDTH,0,FALSE);
 603     title  = wrap_lines(citedb[index].title,LINE_WIDTH,0,FALSE);
 604     fprintf(fp,"%s\n%s\n%s %d (%d) pp. %s\n",
 605             author,title,citedb[index].journal,
 606             citedb[index].volume,citedb[index].year,
 607             citedb[index].pages);
 608     sfree(author);
 609     sfree(title);
 610   }
 611   else {
 612     fprintf(fp,"Entry %s not found in citation database\n",key);
 613   }
 614   fprintf(fp,"-------- -------- --- Thank You --- -------- --------\n\n");
 615   fflush(fp);
 616 }
 617
 618 #ifdef USE_VERSION_H
 619 /* Version information generated at compile time. */
 620 #include "version.h"
 621 #else
 622 /* Fall back to statically defined version. */
 623 static const char _gmx_ver_string[]="VERSION " VERSION;
 624 #endif
 625
 626 const char *GromacsVersion()
 627 {
 628   return _gmx_ver_string;
 629 }
 630
 631 void gmx_print_version_info_gpu(FILE *fp);
 632
 633 void gmx_print_version_info(FILE *fp)
 634 {
 635     fprintf(fp, "Gromacs version:    %s\n", _gmx_ver_string);
 636 #ifdef USE_VERSION_H
 637     fprintf(fp, "GIT SHA1 hash:      %s\n", _gmx_full_git_hash);
 638     /* Only print out the branch information if present.
 639      * The generating script checks whether the branch point actually
 640      * coincides with the hash reported above, and produces an empty string
 641      * in such cases. */
 642     if (_gmx_central_base_hash[0] != 0)
 643     {
 644         fprintf(fp, "Branched from:      %s\n", _gmx_central_base_hash);
 645     }
 646 #endif
 647
 648 #ifdef GMX_DOUBLE
 649     fprintf(fp, "Precision:          double\n");
 650 #else
 651     fprintf(fp, "Precision:          single\n");
 652 #endif
 653     fprintf(fp, "Memory model:       %lu bit\n",8*sizeof(void *));
 654
 655 #ifdef GMX_THREAD_MPI
 656     fprintf(fp, "MPI library:        thread_mpi\n");
 657 #elif defined(GMX_MPI)
 658     fprintf(fp, "MPI library:        MPI\n");
 659 #else
 660     fprintf(fp, "MPI library:        none\n");
 661 #endif
 662 #ifdef GMX_OPENMP
 663     fprintf(fp, "OpenMP support:     enabled\n");
 664 #else
 665     fprintf(fp, "OpenMP support:     disabled\n");
 666 #endif
 667 #ifdef GMX_GPU
 668     fprintf(fp, "GPU support:        enabled\n");
 669 #else
 670     fprintf(fp, "GPU support:        disabled\n");
 671 #endif
 672     /* A preprocessor trick to avoid duplicating logic from vec.h */
 673 #define gmx_stringify2(x) #x
 674 #define gmx_stringify(x) gmx_stringify2(x)
 675     fprintf(fp, "invsqrt routine:    %s\n", gmx_stringify(gmx_invsqrt(x)));
 676     fprintf(fp, "CPU acceleration:   %s\n", GMX_CPU_ACCELERATION_STRING);
 677
 678     /* TODO: Would be nicer to wrap this in a gmx_fft_version() call, but
 679      * since that is currently in mdlib, can wait for master. */
 680 #ifdef GMX_FFT_FFTPACK
 681     fprintf(fp, "FFT library:        fftpack (built-in)\n");
 682 #elif defined(GMX_FFT_FFTW3) && defined(GMX_NATIVE_WINDOWS)
 683     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", "fftw3");
 684 #elif defined(GMX_FFT_FFTW3) && defined(GMX_DOUBLE)
 685     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", fftw_version);
 686 #elif defined(GMX_FFT_FFTW3)
 687     fprintf(fp, "FFT library:        %s\n", fftwf_version);
 688 #elif defined(GMX_FFT_MKL)
 689     fprintf(fp, "FFT library:        MKL\n");
 690 #else
 691     fprintf(fp, "FFT library:        unknown\n");
 692 #endif
 693 #ifdef GMX_LARGEFILES
 694     fprintf(fp, "Large file support: enabled\n");
 695 #else
 696     fprintf(fp, "Large file support: disabled\n");
 697 #endif
 698 #ifdef HAVE_RDTSCP
 699     fprintf(fp, "RDTSCP usage:       enabled\n");
 700 #else
 701     fprintf(fp, "RDTSCP usage:       disabled\n");
 702 #endif
 703
 704     fprintf(fp, "Built on:           %s\n", BUILD_TIME);
 705     fprintf(fp, "Built by:           %s\n", BUILD_USER);
 706     fprintf(fp, "Build OS/arch:      %s\n", BUILD_HOST);
 707     fprintf(fp, "Build CPU vendor:   %s\n", BUILD_CPU_VENDOR);
 708     fprintf(fp, "Build CPU brand:    %s\n", BUILD_CPU_BRAND);
 709     fprintf(fp, "Build CPU family:   %d   Model: %d   Stepping: %d\n",
 710             BUILD_CPU_FAMILY, BUILD_CPU_MODEL, BUILD_CPU_STEPPING);
 711     /* TODO: The below strings can be quite long, so it would be nice to wrap
 712      * them. Can wait for later, as the master branch has ready code to do all
 713      * that. */
 714     fprintf(fp, "Build CPU features: %s\n", BUILD_CPU_FEATURES);
 715     fprintf(fp, "C compiler:         %s\n", BUILD_C_COMPILER);
 716     fprintf(fp, "C compiler flags:   %s\n", BUILD_CFLAGS);
 717     if (BUILD_CXX_COMPILER[0] != '\0')
 718     {
 719         fprintf(fp, "C++ compiler:       %s\n", BUILD_CXX_COMPILER);
 720         fprintf(fp, "C++ compiler flags: %s\n", BUILD_CXXFLAGS);
 721     }
 722 #ifdef HAVE_LIBMKL
 723     /* MKL might be used for LAPACK/BLAS even if FFTs use FFTW, so keep it separate */
 724     fprintf(fp, "Linked with Intel MKL version %s.%s.%s.\n",
 725             __INTEL_MKL__,__INTEL_MKL_MINOR__,__INTEL_MKL_UPDATE__);
 726 #endif
 727 #ifdef GMX_GPU
 728     gmx_print_version_info_gpu(fp);
 729 #endif
 730 }