src/external/tng_io/src/tests/tng_io_read_pos_util.c

   1 /* This code is part of the tng binary trajectory format.
   2  *
   3  *  The high-level API of the TNG API is used where appropriate.
   4  *
   5  * Written by Magnus Lundborg
   6  * Copyright (c) 2012-2013, The GROMACS development team.
   7  * Check out http://www.gromacs.org for more information.
   8  *
   9  *
  10  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the Revised BSD License.
  12  */
  13
  14 #include "tng/tng_io.h"
  15
  16 #ifdef USE_STD_INTTYPES_H
  17 #include <inttypes.h>
  18 #endif
  19
  20 #include <stdlib.h>
  21 #include <stdio.h>
  22
  23 int main(int argc, char **argv)
  24 {
  25     tng_trajectory_t traj;
  26     /* Assume that the data is stored as floats. The data is placed in 1-D
  27      * arrays */
  28     float *positions = 0, *box_shape = 0;
  29     int64_t n_particles, n_frames, tot_n_frames, stride_length, i, j;
  30     /* Set a default frame range */
  31     int first_frame = 0, last_frame = 5000, n_strides;
  32
  33     if(argc <= 1)
  34     {
  35         printf("No file specified\n");
  36         printf("Usage:\n");
  37         printf("tng_io_read_pos_util <tng_file> "
  38                "[first_frame = %d] [last_frame = %d]\n",
  39                first_frame, last_frame);
  40         exit(1);
  41     }
  42
  43     /* A reference must be passed to allocate memory */
  44     tng_util_trajectory_open(argv[1], 'r', &traj);
  45
  46     if(argc >= 3)
  47     {
  48         first_frame = strtol(argv[2], 0, 10);
  49         if(argc >= 4)
  50         {
  51             last_frame = strtol(argv[3], 0, 10);
  52         }
  53     }
  54
  55     if(tng_num_frames_get(traj, &tot_n_frames) != TNG_SUCCESS)
  56     {
  57         printf("Cannot determine the number of frames in the file\n");
  58         tng_util_trajectory_close(&traj);
  59         exit(1);
  60     }
  61
  62     if(tng_num_particles_get(traj, &n_particles) != TNG_SUCCESS)
  63     {
  64         printf("Cannot determine the number of particles in the file\n");
  65         tng_util_trajectory_close(&traj);
  66         exit(1);
  67     }
  68
  69     printf("%"PRId64" frames in file\n", tot_n_frames);
  70
  71     if(last_frame > tot_n_frames - 1)
  72     {
  73         last_frame = tot_n_frames - 1;
  74     }
  75
  76
  77     n_frames = last_frame - first_frame + 1;
  78
  79     if(tng_util_box_shape_read(traj, &box_shape, &stride_length) ==
  80        TNG_SUCCESS)
  81     {
  82         printf("Simulation box shape: ");
  83         for(i=0; i < 9; i++)
  84         {
  85             printf("%f ", box_shape[i]);
  86         }
  87         printf("\n");
  88     }
  89     else
  90     {
  91         printf("Simulation box shape not set in the file (or could not be read)\n");
  92     }
  93
  94     n_strides = (n_frames % stride_length) ? n_frames / stride_length + 1:
  95                 n_frames / stride_length;
  96
  97     /* Get the positions of all particles in the requested frame range.
  98      * The positions are stored in the positions array.
  99      * N.B. No proper error checks. */
 100     if(tng_util_pos_read_range(traj, 0, last_frame, &positions, &stride_length)
 101        == TNG_SUCCESS)
 102     {
 103         /* Print the positions of the wanted particle (zero based) */
 104         for(i=0; i < n_strides; i++)
 105         {
 106             printf("\nFrame %"PRId64":\n", first_frame + i*stride_length);
 107             for(j=0; j < n_particles; j++)
 108             {
 109                 printf("Atom nr: %"PRId64"", j);
 110                 printf("\t%f", positions[i*n_particles*3+j*3]);
 111                 printf("\t%f", positions[i*n_particles*3+j*3+1]);
 112                 printf("\t%f", positions[i*n_particles*3+j*3+2]);
 113                 printf("\n");
 114             }
 115         }
 116     }
 117     else
 118     {
 119         printf("Cannot read positions\n");
 120     }
 121
 122     /* Free memory */
 123     if(positions)
 124     {
 125         free(positions);
 126     }
 127     if(box_shape)
 128     {
 129         free(box_shape);
 130     }
 131     tng_util_trajectory_close(&traj);
 132
 133     return(0);
 134 }