src/external/tng_io/src/tests/tng_io_read_pos_util.c

   1 /* This code is part of the tng binary trajectory format.
   2  *
   3  *  The high-level API of the TNG API is used where appropriate.
   4  *
   5  *                      VERSION 1.0
   6  *
   7  * Written by Magnus Lundborg
   8  * Copyright (c) 2012-2013, The GROMACS development team.
   9  * Check out http://www.gromacs.org for more information.
  10  *
  11  *
  12  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the Revised BSD License.
  14  */
  15
  16 #ifdef USE_STD_INTTYPES_H
  17 #include <inttypes.h>
  18 #endif
  19
  20 #include <stdlib.h>
  21 #include <stdio.h>
  22 #include "../../include/tng_io.h"
  23
  24 int main(int argc, char **argv)
  25 {
  26     tng_trajectory_t traj;
  27     /* Assume that the data is stored as floats. The data is placed in 1-D
  28      * arrays */
  29     float *positions = 0, *box_shape = 0;
  30     int64_t n_particles, n_frames, tot_n_frames, stride_length, i, j;
  31     /* Set a default frame range */
  32     int first_frame = 0, last_frame = 5000, n_strides;
  33
  34     if(argc <= 1)
  35     {
  36         printf("No file specified\n");
  37         printf("Usage:\n");
  38         printf("tng_io_read_pos_util <tng_file> "
  39                "[first_frame = %d] [last_frame = %d]\n",
  40                first_frame, last_frame);
  41         exit(1);
  42     }
  43
  44     /* A reference must be passed to allocate memory */
  45     tng_util_trajectory_open(argv[1], 'r', &traj);
  46
  47     if(argc >= 3)
  48     {
  49         first_frame = strtol(argv[2], 0, 10);
  50         if(argc >= 4)
  51         {
  52             last_frame = strtol(argv[3], 0, 10);
  53         }
  54     }
  55
  56     if(tng_num_frames_get(traj, &tot_n_frames) != TNG_SUCCESS)
  57     {
  58         printf("Cannot determine the number of frames in the file\n");
  59         tng_util_trajectory_close(&traj);
  60         exit(1);
  61     }
  62
  63     if(tng_num_particles_get(traj, &n_particles) != TNG_SUCCESS)
  64     {
  65         printf("Cannot determine the number of particles in the file\n");
  66         tng_util_trajectory_close(&traj);
  67         exit(1);
  68     }
  69
  70     printf("%"PRId64" frames in file\n", tot_n_frames);
  71
  72     if(last_frame > tot_n_frames - 1)
  73     {
  74         last_frame = tot_n_frames - 1;
  75     }
  76
  77
  78     n_frames = last_frame - first_frame + 1;
  79
  80     if(tng_util_box_shape_read(traj, &box_shape, &stride_length) ==
  81        TNG_SUCCESS)
  82     {
  83         printf("Simulation box shape: ");
  84         for(i=0; i < 9; i++)
  85         {
  86             printf("%f ", box_shape[i]);
  87         }
  88         printf("\n");
  89     }
  90     else
  91     {
  92         printf("Simulation box shape not set in the file (or could not be read)\n");
  93     }
  94
  95     n_strides = (n_frames % stride_length) ? n_frames / stride_length + 1:
  96                 n_frames / stride_length;
  97
  98     /* Get the positions of all particles in the requested frame range.
  99      * The positions are stored in the positions array.
 100      * N.B. No proper error checks. */
 101     if(tng_util_pos_read_range(traj, 0, last_frame, &positions, &stride_length)
 102        == TNG_SUCCESS)
 103     {
 104         /* Print the positions of the wanted particle (zero based) */
 105         for(i=0; i < n_strides; i++)
 106         {
 107             printf("\nFrame %"PRId64":\n", first_frame + i*stride_length);
 108             for(j=0; j < n_particles; j++)
 109             {
 110                 printf("Atom nr: %"PRId64"", j);
 111                 printf("\t%f", positions[i*n_particles*3+j*3]);
 112                 printf("\t%f", positions[i*n_particles*3+j*3+1]);
 113                 printf("\t%f", positions[i*n_particles*3+j*3+2]);
 114                 printf("\n");
 115             }
 116         }
 117     }
 118     else
 119     {
 120         printf("Cannot read positions\n");
 121     }
 122
 123     /* Free memory */
 124     if(positions)
 125     {
 126         free(positions);
 127     }
 128     if(box_shape)
 129     {
 130         free(box_shape);
 131     }
 132     tng_util_trajectory_close(&traj);
 133
 134     return(0);
 135 }