src/external/tng_io/src/compression/rle.c

   1 /* This code is part of the tng compression routines.
   2  *
   3  * Written by Daniel Spangberg
   4  * Copyright (c) 2010, 2013, The GROMACS development team.
   5  *
   6  *
   7  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the Revised BSD License.
   9  */
  10
  11
  12 #include "../../include/compression/rle.h"
  13
  14 static void add_rle(unsigned int *rle,
  15                     const int v, int nsim,
  16                     int *j, const int min_rle)
  17 {
  18   if (nsim>min_rle)
  19     {
  20       /* Insert run-length */
  21       unsigned int run=((unsigned int)nsim);
  22       while (run>1)
  23         {
  24           if (run&0x1U)
  25             rle[(*j)++]=1;
  26           else
  27             rle[(*j)++]=0;
  28           run>>=1;
  29         }
  30       nsim=1;
  31     }
  32   while (nsim--)
  33     rle[(*j)++]=v+2;
  34 }
  35
  36 /* Run length encoding.
  37    Acceptable inputs are about 16 bits (0-0xFFFF)
  38    If input is 0-N output will be be values of 0-(N+2) */
  39 void Ptngc_comp_conv_to_rle(unsigned int *vals, const int nvals,
  40                             unsigned int *rle, int *nrle,
  41                             const int min_rle)
  42 {
  43   int i;
  44   int j=0;
  45   int nsim=0;
  46   int v=-1;
  47   for (i=0; i<nvals; i++)
  48     {
  49       if (!nsim)
  50         {
  51           v=vals[i];
  52           nsim=1;
  53         }
  54       else
  55         {
  56           if (v==vals[i])
  57             nsim++;
  58           else
  59             {
  60               add_rle(rle,v,nsim,&j,min_rle);
  61               nsim=1;
  62               v=vals[i];
  63             }
  64         }
  65     }
  66   if (nsim!=0)
  67     add_rle(rle,v,nsim,&j,min_rle);
  68   *nrle=j;
  69 }
  70
  71 void Ptngc_comp_conv_from_rle(unsigned int *rle,
  72                               unsigned int *vals, const int nvals)
  73 {
  74   int i=0;
  75   int j=0;
  76   while (i<nvals)
  77     {
  78       int k;
  79       unsigned int len=0;
  80       unsigned int mask=0x1;
  81       unsigned int v=rle[j++];
  82       unsigned int hasrle=0;
  83       while (v<2)
  84         {
  85           if (v)
  86             len|=mask;
  87           mask<<=1;
  88           hasrle=1;
  89           v=rle[j++];
  90         }
  91       if (!hasrle)
  92         len=1;
  93       else
  94         len|=mask;
  95       for (k=0; k<(int)len; k++)
  96         vals[i++]=v-2;
  97     }
  98 }
  99