src/contrib/xmdrun.c

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Glycine aRginine prOline Methionine Alanine Cystine Serine
  35  */
  36 static char *SRCID_xmdrun_c = "$Id$";
  37 #include <stdio.h>
  38 #include <string.h>
  39 #include <time.h>
  40 #include <math.h>
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "string2.h"
  43 #include "nrnb.h"
  44 #include "network.h"
  45 #include "confio.h"
  46 #include "binio.h"
  47 #include "copyrite.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "main.h"
  50 #include "pbc.h"
  51 #include "force.h"
  52 #include "macros.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "mdrun.h"
  55 #include "fatal.h"
  56 #include "txtdump.h"
  57 #include "typedefs.h"
  58 #include "update.h"
  59 #include "random.h"
  60 #include "vec.h"
  61 #include "filenm.h"
  62 #include "statutil.h"
  63 #include "tgroup.h"
  64 #include "vcm.h"
  65 #include "trnio.h"
  66 #include "ebin.h"
  67 #include "mdebin.h"
  68 #include "disre.h"
  69 #include "dummies.h"
  70 #include "init_sh.h"
  71 #include "do_gct.h"
  72 #include "physics.h"
  73 #include "sim_util.h"
  74 #include "block_tx.h"
  75 #include "rdgroup.h"
  76 #include "glaasje.h"
  77 #include "edsam.h"
  78 #include "calcmu.h"
  79 #include "ionize.h"
  80
  81 static t_commrec *cr_msim;
  82
  83 t_commrec *init_msim(t_commrec *cr,int nfile,t_filenm fnm[])
  84 {
  85   t_commrec *cr_new;
  86   int  i,ftp;
  87   char *buf;
  88
  89   cr_msim = cr;
  90   snew(cr_new,1);
  91   cr_new->nodeid = 0;
  92   cr_new->nnodes = 1;
  93   cr_new->left   = cr->left;
  94   cr_new->right  = cr->right;
  95
  96   /* Patch file names (except log which has been done already) */
  97   for(i=0; (i<nfile); i++) {
  98     /* Because of possible multiple extensions per type we must look
  99      * at the actual file name
 100      */
 101     ftp = fn2ftp(fnm[i].fn);
 102     if (ftp != efLOG) {
 103 #ifdef DEBUGPAR
 104       fprintf(stderr,"Old file name: %s",fnm[i].fn);
 105 #endif
 106       buf = par_fn(fnm[i].fn,ftp,cr);
 107       sfree(fnm[i].fn);
 108       fnm[i].fn = strdup(buf);
 109 #ifdef DEBUGPAR
 110       fprintf(stderr,", new: %s\n",fnm[i].fn);
 111 #endif
 112     }
 113   }
 114
 115   return cr_new;
 116 }
 117
 118 real mol_dipole(int k0,int k1,atom_id ma[],rvec x[],real q[])
 119 {
 120   int  k,kk,m;
 121   rvec mu;
 122
 123   clear_rvec(mu);
 124   for(k=k0; (k<k1); k++) {
 125     kk = ma[k];
 126     for(m=0; (m<DIM); m++)
 127       mu[m] += q[kk]*x[kk][m];
 128   }
 129   return norm(mu);  /* Dipole moment of this molecule in e nm */
 130 }
 131
 132 real calc_mu_aver(t_commrec *cr,t_nsborder *nsb,rvec x[],real q[],rvec mu,
 133                   t_topology *top,t_mdatoms *md,int gnx,atom_id grpindex[])
 134 {
 135   int     i,start,end;
 136   real    mu_ave;
 137   t_atom  *atom;
 138   t_block *mols;
 139
 140   start = START(nsb);
 141   end   = start + HOMENR(nsb);
 142
 143   atom = top->atoms.atom;
 144   mols = &(top->blocks[ebMOLS]);
 145   /*
 146   clear_rvec(mu);
 147   for(i=start; (i<end); i++)
 148     for(m=0; (m<DIM); m++)
 149       mu[m] += q[i]*x[i][m];
 150   if (PAR(cr)) {
 151     gmx_sum(DIM,mu,cr);
 152   }
 153   */
 154   /* I guess we have to parallelise this one! */
 155
 156   if (gnx > 0) {
 157     mu_ave = 0.0;
 158     for(i=0; (i<gnx); i++) {
 159       int gi = grpindex[i];
 160       mu_ave += mol_dipole(mols->index[gi],mols->index[gi+1],mols->a,x,q);
 161     }
 162
 163     return(mu_ave/gnx);
 164   }
 165   else
 166     return 0;
 167 }
 168
 169 #define XMDRUN
 170 #include "../mdlib/md.c"
 171 #include "../kernel/mdrun.c"