src/contrib/mkyaw.c

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  35  */
  36 static char *SRCID_mkyaw_c = "$Id$";
  37 #include <math.h>
  38 #include <string.h>
  39 #include <ctype.h>
  40 #include "assert.h"
  41 #include "pdbio.h"
  42 #include "confio.h"
  43 #include "symtab.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "symtab.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "copyrite.h"
  48 #include "statutil.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "strdb.h"
  51 #include "rdgroup.h"
  52 #include "vec.h"
  53 #include "typedefs.h"
  54 #include "gbutil.h"
  55 #include "strdb.h"
  56 #include "rdgroup.h"
  57 #include "physics.h"
  58 #include "atomprop.h"
  59
  60 void copy_atom(t_symtab *tab,t_atoms *a1,int i1,t_atoms *a2,int i2,
  61                rvec xin[],rvec xout[],rvec vin[],rvec vout[])
  62 {
  63   a2->atom[i2]     = a1->atom[i1];
  64   a2->atomname[i2] = put_symtab(tab,*a1->atomname[i1]);
  65   a2->resname[a2->atom[i2].resnr] =
  66     put_symtab(tab,*a1->resname[a1->atom[i1].resnr]);
  67   copy_rvec(xin[i1],xout[i2]);
  68   copy_rvec(vin[i1],vout[i2]);
  69 }
  70
  71 int main(int argc, char *argv[])
  72 {
  73   t_symtab tab;
  74   static char *desc[] = {
  75     "mkyaw adds to an existing conf file for every OW atom an DW and SW",
  76     "after the hydrogens (or the inverse with the -back option)."
  77   };
  78   static bool bBack=FALSE,bDW=TRUE;
  79   t_pargs pa[] = {
  80     { "-back",   FALSE, etBOOL, &bBack,
  81       "Remove SW and DW" },
  82     { "-dw",     FALSE, etBOOL, &bDW,
  83       "Use both dummy and shell" }
  84   };
  85 #define NPA asize(pa)
  86   t_filenm fnm[] = {
  87     { efSTX, "-f", NULL, ffREAD },
  88     { efSTO, "-o", NULL, ffWRITE }
  89   };
  90 #define NFILE asize(fnm)
  91   int  i,iout,now,natom;
  92   rvec *xin,*vin,*xout,*vout;
  93   matrix box;
  94   t_atoms atoms,aout;
  95   char *infile,*outfile,title[256];
  96
  97   CopyRight(stderr,argv[0]);
  98   parse_common_args(&argc,argv,0,FALSE,NFILE,fnm,NPA,pa,
  99                     asize(desc),desc,0,NULL);
 100
 101   infile  = ftp2fn(efSTX,NFILE,fnm);
 102   outfile = ftp2fn(efSTO,NFILE,fnm);
 103
 104   get_stx_coordnum(infile,&natom);
 105   init_t_atoms(&atoms,natom,TRUE);
 106   snew(xin,natom);
 107   snew(vin,natom);
 108   read_stx_conf(infile,title,&atoms,xin,vin,box);
 109   printf("Read %d atoms\n",atoms.nr);
 110   open_symtab(&tab);
 111   if (!bBack) {
 112     now = 0;
 113     for(i=0; (i<natom-2); ) {
 114       if ((strstr(*atoms.atomname[i],"OW")   != NULL) &&
 115           (strstr(*atoms.atomname[i+1],"HW") != NULL) &&
 116           (strstr(*atoms.atomname[i+2],"HW") != NULL)) {
 117         now++;
 118         i+=3;
 119       }
 120       else
 121         i++;
 122     }
 123     fprintf(stderr,"There are %d water molecules\n",now);
 124     init_t_atoms(&aout,natom+2*now,TRUE);
 125     snew(xout,natom+2*now);
 126     snew(vout,natom+2*now);
 127     for(i=iout=0; (i<natom); i++) {
 128       copy_atom(&tab,&atoms,i,&aout,iout,xin,xout,vin,vout);
 129       iout++;
 130       if (i >= 2) {
 131         if (strstr(*atoms.atomname[i-2],"OW") != NULL) {
 132           if (bDW) {
 133             copy_atom(&tab,&atoms,i-2,&aout,iout,xin,xout,vin,vout);
 134             aout.atomname[iout] = put_symtab(&tab,"DW");
 135             iout++;
 136           }
 137           copy_atom(&tab,&atoms,i-2,&aout,iout,xin,xout,vin,vout);
 138           aout.atomname[iout] = put_symtab(&tab,"SW");
 139           iout++;
 140         }
 141       }
 142     }
 143     aout.nr = iout;
 144     close_symtab(&tab);
 145     fprintf(stderr,"iout = %d\n",iout);
 146     write_sto_conf(outfile,"Gravity Sucks",&aout,xout,vout,box);
 147   }
 148
 149   thanx(stderr);
 150
 151   return 0;
 152 }