src/contrib/hrefify.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include <ctype.h>
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "typedefs.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "string2.h"
  49 #include "confio.h"
  50 #include "vec.h"
  51 #include "statutil.h"
  52 #include "copyrite.h"
  53 #include "pdbio.h"
  54 #include "strdb.h"
  55
  56 gmx_bool isword(char c)
  57 {
  58   return (isalnum(c) || (c=='-') || (c=='_'));
  59 }
  60
  61 char *strncasestr(char *line,char *str)
  62 {
  63   char *dum;
  64
  65   dum=line;
  66   if (dum) {
  67     while (strlen(dum) && strncasecmp(dum,str,strlen(str)))
  68       dum++;
  69     if (strlen(dum)==0)
  70       dum=NULL;
  71   }
  72
  73   return dum;
  74 }
  75
  76 char *strstr_href(char *line,gmx_bool *bInHREF,int *i_dat,int n_dat,char **dat)
  77 {
  78   char *start,*found,*href=NULL;
  79   gmx_bool bIn;
  80   int i;
  81
  82   found=NULL;
  83   *i_dat=-1;
  84   bIn=*bInHREF;
  85   start=line;
  86   do {
  87     if (bIn) {
  88       while (strlen(start) && (strncasecmp(start,"</a",3) != 0))
  89         start++;
  90       if (strlen(start)>0) {
  91         start+=3;
  92         bIn=FALSE;
  93       }
  94     }
  95     else {
  96       href=strncasestr(start,"<a href");
  97       if (href)
  98         bIn=TRUE;
  99       i=0;
 100       while((i<n_dat) && !found) {
 101         found=strncasestr(start,dat[i]);
 102         if (found) {
 103           if (href && (found>href))
 104             found=NULL;
 105           else {
 106             if (((found!=start) && isword(found[-1])) ||
 107                 isword(found[strlen(dat[i])]))
 108               found=NULL;
 109             else
 110               *i_dat=i;
 111           }
 112           i++;
 113         }
 114       }
 115     }
 116   } while (strlen(start) && !found && href);
 117   *bInHREF=bIn;
 118
 119   return found;
 120 }
 121
 122 int main(int argc, char *argv[])
 123 {
 124   static char *desc[] = {
 125     "[TT]hrefify[tt] adds href's for all the words in the input file which are not",
 126     "already hyperlinked and which appear in the file specified with the",
 127     "option [TT]-l[tt].[PAR]",
 128     "If the href's should call a script, text can be added",
 129     "with the [TT]-t[tt] option."
 130   };
 131
 132   int n;
 133
 134   char **text,**str,line[1024],*ptr,*ref,
 135     start[STRLEN],word[STRLEN],end[STRLEN];
 136   int n_text,n_str,i_str;
 137   gmx_bool bInHREF,bIn;
 138
 139   FILE    *fp;
 140   char    title[STRLEN];
 141   int     i,l,n_repl;
 142   t_filenm fnm[] = {
 143     { efDAT, "-l", "links", ffLIBRD },
 144   };
 145 #define NFILE asize(fnm)
 146   static char *in=NULL,*out=NULL,*excl=NULL,*link_text=NULL;
 147   static gmx_bool peratom=FALSE;
 148   t_pargs pa[] = {
 149     { "-f", FALSE, etSTR, { &in } , "HTML input" },
 150     { "-o", FALSE, etSTR, { &out } , "HTML output" },
 151     { "-e", FALSE, etSTR, { &excl } , "Exclude a string from HREF's, "
 152       "when this option is not set, the filename without path and extension "
 153       "will be excluded from HREF's"},
 154     { "-t", FALSE, etSTR, { &link_text } , "Insert a string in front of the "
 155       "href file name, useful for scripts" }
 156   };
 157
 158   CopyRight(stderr,argv[0]);
 159   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,asize(pa),pa,
 160                     asize(desc),desc,0,NULL);
 161
 162   if (!in || !out)
 163     gmx_fatal(FARGS,"Input or output filename is not set");
 164
 165   n_text = get_file(in, &text);
 166   fprintf(stderr,"Read %d lines from %s\n",n_text,in);
 167
 168   n_str=get_file(ftp2fn(efDAT,NFILE,fnm),&str);
 169   fprintf(stderr,"Read %d strings %s\n",n_str,ftp2fn(efDAT,NFILE,fnm));
 170   if (!excl) {
 171     for (i=strlen(in)-1; i>0 && in[i-1]!='/'; i--);
 172     excl=strdup(in+i);
 173     for(i=strlen(excl)-1; i>0 && (excl[i]!='.'); i--);
 174     if (excl[i]=='.')
 175       excl[i]='\0';
 176   }
 177   fprintf(stderr,"Excluding '%s' from references\n",excl);
 178   for(l=0; l<n_str && strcasecmp(str[l],excl); l++);
 179   if (l<n_str) {
 180     for(i=l+1; i<n_str; i++)
 181       str[i-1]=str[i];
 182     n_str--;
 183   }
 184
 185   if (!link_text)
 186     link_text=strdup("\0");
 187   else
 188     fprintf(stderr,"Adding '%s' to href's\n",link_text);
 189
 190   fp=ffopen(out,"w");
 191
 192   n_repl=0;
 193   i_str=-1;
 194   bInHREF=FALSE;
 195   for(l=0; l<n_text; l++) {
 196     strcpy(line,text[l]);
 197     do {
 198       bIn=bInHREF;
 199       ptr=strstr_href(line,&bIn,&i_str,n_str,str);
 200       if (ptr) {
 201         ref=ptr;
 202         if ((ref!=line) && (ref[-1]=='.')) {
 203           ref--;
 204           while((ref>line) && isword(ref[-1]))
 205             ref--;
 206         }
 207         strcpy(start,line);
 208         start[ref-line]='\0';
 209         strcpy(word,ref);
 210         word[ptr-ref+strlen(str[i_str])]='\0';
 211         strcpy(end,ptr+strlen(str[i_str]));
 212         sprintf(line,"%s<a href=\"%s%s.html\">%s</a>%s",
 213                 start,link_text,str[i_str],word,end);
 214         fprintf(stderr,"line %d: %s\n",l+1,str[i_str]);
 215         n_repl++;
 216       }
 217     } while (ptr);
 218     bInHREF=bIn;
 219     fprintf(fp,"%s\n",line);
 220   }
 221
 222   ffclose(fp);
 223
 224   fprintf(stderr,"Added %d HTML references\n",n_repl);
 225
 226   return 0;
 227 }
 228