src/contrib/ehdata.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 extern real get_omega(real ekin,int *seed,FILE *fp,char *fn);
  40
  41 extern real get_q_inel(real ekin,real omega,int *seed,FILE *fp,char *fn);
  42
  43 extern real get_theta_el(real ekin,int *seed,FILE *fp,char *fn);
  44
  45 extern real cross_inel(real ekin,real rho,char *fn);
  46
  47 extern real cross_el(real ekin,real rho,char *fn);
  48
  49 extern real band_ener(int *seed,FILE *fp,char *fn);
  50
  51 extern void init_tables(int nfile,t_filenm fnm[], real rho);
  52 /* Must be called before any of the table lookup thingies */
  53
  54 extern void test_tables(int *seed,char *fn,real rho);
  55
  56 /*******************************************************************
  57  *
  58  * Functions to make histograms
  59  *
  60  *******************************************************************/
  61
  62 enum { enormNO, enormFAC, enormNP, enormNR };
  63
  64 typedef struct {
  65   int np;
  66   real minx,maxx,dx,dx_1;
  67   real *y;
  68   int  *nh;
  69 } t_histo;
  70
  71 extern t_histo *init_histo(int np,real minx,real maxx);
  72
  73 extern void done_histo(t_histo *h);
  74
  75 extern void add_histo(t_histo *h,real x,real y);
  76
  77 extern void dump_histo(t_histo *h,char *fn,char *title,char *xaxis,char *yaxis,
  78                        int enorm,real norm_fac);
  79
  80
  81 /*******************************************************************
  82  *
  83  * Functions to analyse and monitor scattering
  84  *
  85  *******************************************************************/
  86
  87 typedef struct {
  88   int  np,maxp;
  89   real *time;
  90   real *ekin;
  91   gmx_bool *bInel;
  92   rvec *pos;
  93 } t_ana_scat;
  94
  95 extern void add_scatter_event(t_ana_scat *scatter,rvec pos,gmx_bool bInel,
  96                               real t,real ekin);
  97
  98 extern void reset_ana_scat(t_ana_scat *scatter);
  99
 100 extern void done_scatter(t_ana_scat *scatter);
 101
 102 extern void analyse_scatter(t_ana_scat *scatter,t_histo *hmfp);
 103
 104 /*******************************************************************
 105  *
 106  * Functions to analyse structural changes
 107  *
 108  *******************************************************************/
 109
 110 typedef struct {
 111   int  nanal,index;
 112   real dt;
 113   real *t;
 114   real *maxdist;
 115   rvec *d2_com,*d2_origin;
 116   int  *nion;
 117   int  nstruct,nparticle,maxparticle;
 118   rvec *q;
 119   rvec **x;
 120 } t_ana_struct;
 121
 122 extern t_ana_struct *init_ana_struct(int nstep,int nsave,real timestep,
 123                                      int maxparticle);
 124
 125 extern void done_ana_struct(t_ana_struct *anal);
 126
 127 extern void reset_ana_struct(t_ana_struct *anal);
 128
 129 extern void add_ana_struct(t_ana_struct *total,t_ana_struct *add);
 130
 131 extern void analyse_structure(t_ana_struct *anal,real t,rvec center,
 132                               rvec x[],int nparticle,real charge[]);
 133
 134 extern void dump_ana_struct(char *rmax,char *nion,char *gyr_com,
 135                             char *gyr_origin,t_ana_struct *anal,int nsim);
 136
 137 extern void dump_as_pdb(char *pdb,t_ana_struct *anal);
 138
 139 /*******************************************************************
 140  *
 141  * Functions to analyse energies
 142  *
 143  *******************************************************************/
 144
 145 enum { eCOUL, eREPULS, ePOT, eHOLE, eELECTRON, eLATTICE, eKIN, eTOT, eNR };
 146 extern char *enms[eNR];
 147
 148 typedef real evec[eNR];
 149
 150 typedef struct {
 151   int  nx,maxx;
 152   evec *e;
 153 } t_ana_ener;
 154
 155 extern void add_ana_ener(t_ana_ener *ae,int nn,real e[]);
 156
 157 extern void dump_ana_ener(t_ana_ener *ae,int nsim,real dt,char *edump,
 158                           t_ana_struct *total);
 159