src/contrib/do_shift.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include "errno.h"
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "string2.h"
  47 #include "strdb.h"
  48 #include "macros.h"
  49 #include "smalloc.h"
  50 #include "mshift.h"
  51 #include "statutil.h"
  52 #include "copyrite.h"
  53 #include "confio.h"
  54 #include "gmx_fatal.h"
  55 #include "xvgr.h"
  56 #include "gstat.h"
  57 #include "index.h"
  58 #include "pdbio.h"
  59
  60 void cat(FILE *out,char *fn,real t)
  61 {
  62   FILE *in;
  63   char *ptr,buf[256];
  64   int    anr,rnr;
  65   char   anm[24],rnm[24];
  66   double f1,f2,f3,f4,f5,f6;
  67
  68   in=ffopen(fn,"r");
  69   while ((ptr=fgets2(buf,255,in)) != NULL) {
  70     sscanf(buf,"%d%d%s%s%lf%lf%lf%lf%lf%lf",
  71            &anr,&rnr,rnm,anm,&f1,&f2,&f3,&f4,&f5,&f6);
  72     fprintf(out,"%8g  %10g  %10g  %10g  %10g  %10g  %10g  %s%d-%s%d\n",
  73             t,f6,f1,f2,f3,f4,f5,rnm,rnr,anm,anr);
  74   }
  75   /*if ((int)strlen(buf) > 0)
  76     fprintf(out,"%s\n",buf);*/
  77   fflush(out);
  78   ffclose(in);
  79 }
  80
  81 int main(int argc,char *argv[])
  82 {
  83   static char *desc[] = {
  84     "[TT]do_shift[tt] reads a trajectory file and computes the chemical",
  85     "shift for each time frame (or every [BB]dt[bb] ps) by",
  86     "calling the 'total' program. If you do not have the total program,",
  87     "get it. do_shift assumes that the total executable is in",
  88     "[TT]/home/mdgroup/total/total[tt]. If that is not the case, then you should",
  89     "set an environment variable [BB]TOTAL[bb] as in: [PAR]",
  90     "[TT]setenv TOTAL /usr/local/bin/total[tt][PAR]",
  91     "where the right hand side should point to the total executable.[PAR]",
  92     "Output is printed in files [TT]shift.out[tt] where t is the time of the frame.[PAR]",
  93     "The program also needs an input file called [BB]random.dat[bb] which",
  94     "contains the random coil chemical shifts of all protons."
  95   };
  96   static real dt=0.0;
  97   t_pargs pa[] = {
  98     { "-dt", FALSE, etREAL, { &dt }, "Time interval between frames." }
  99   };
 100   static char *bugs[] = {
 101     "The program is very slow"
 102   };
 103   static     char *OXYGEN="O";
 104   FILE       *out,*tot,*fp;
 105   t_topology *top;
 106   t_atoms    *atoms;
 107   int        status,nres;
 108   real       t,nt;
 109   int        i,natoms,nframe=0;
 110   matrix     box;
 111   int        gnx;
 112   char       *grpnm,*randf;
 113   atom_id    *index;
 114   rvec       *x,*x_s;
 115   char       pdbfile[32],tmpfile[32];
 116   char       total[256],*dptr;
 117   t_filenm   fnm[] = {
 118     { efTRX, "-f",   NULL,     ffREAD },
 119     { efTPX, NULL,   NULL,     ffREAD },
 120     { efNDX, NULL,   NULL,     ffREAD },
 121     { efOUT, "-o",   "shift",  ffWRITE },
 122     { efDAT, "-d",   "random", ffREAD }
 123   };
 124   char *leg[] = { "shift","ring","anisCO","anisCN","sigmaE","sum" };
 125 #define NFILE asize(fnm)
 126
 127   CopyRight(stdout,argv[0]);
 128   parse_common_args(&argc,argv,PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE ,NFILE,fnm,
 129                     asize(pa),pa,asize(desc),desc,asize(bugs),bugs);
 130
 131   top=read_top(ftp2fn(efTPX,NFILE,fnm));
 132   atoms=&(top->atoms);
 133   nres=atoms->nres;
 134   for(i=0; (i<atoms->nr); i++)
 135     if ((strcmp(*atoms->atomname[i],"O1") == 0) ||
 136         (strcmp(*atoms->atomname[i],"O2") == 0) ||
 137         (strcmp(*atoms->atomname[i],"OXT") == 0) ||
 138         (strcmp(*atoms->atomname[i],"OT") == 0))
 139       atoms->atomname[i]=&OXYGEN;
 140   rd_index(ftp2fn(efNDX,NFILE,fnm),1,&gnx,&index,&grpnm);
 141
 142   snew(x_s,atoms->nr);
 143
 144   strcpy(pdbfile,"dsXXXXXX");
 145   gmx_tmpnam(pdbfile);
 146   strcpy(tmpfile,"dsXXXXXX");
 147   gmx_tmpnam(tmpfile);
 148   fprintf(stderr,"pdbfile = %s\ntmpfile = %s\n",pdbfile,tmpfile);
 149
 150   if ((dptr=getenv("TOTAL")) == NULL)
 151     dptr="/home/mdgroup/total/total";
 152   sprintf(total,"%s > /dev/null",dptr);
 153   fprintf(stderr,"total cmd='%s'\n",total);
 154   randf=ftp2fn(efDAT,NFILE,fnm);
 155
 156   natoms=read_first_x(&status,ftp2fn(efTRX,NFILE,fnm),&t,&x,box);
 157   if (natoms != atoms->nr)
 158     gmx_fatal(FARGS,"Trajectory does not match topology!");
 159   out=ftp2FILE(efOUT,NFILE,fnm,"w");
 160   xvgr_legend(out,asize(leg),leg);
 161   nt=t;
 162   do {
 163     if (t >= nt) {
 164       rm_pbc(&(top->idef),top->atoms.nr,box,x,x_s);
 165       fp=ffopen(pdbfile,"w");
 166       write_pdbfile_indexed(fp,"Generated by do_shift",
 167                             atoms,x_s,box,0,-1,gnx,index);
 168       ffclose(fp);
 169
 170       if ((tot=popen(total,"w")) == NULL)
 171         perror("opening pipe to total");
 172       fprintf(tot,"%s\n",pdbfile);
 173       fprintf(tot,"%s\n",tmpfile);
 174       fprintf(tot,"3\n");
 175       fprintf(tot,"N\n");
 176       fprintf(tot,"%s\n",randf);
 177       fprintf(tot,"N\n");
 178       fprintf(tot,"N\n");
 179       if (pclose(tot) != 0)
 180         perror("closing pipe to total");
 181       cat(out,tmpfile,t);
 182       remove(pdbfile);
 183       remove(tmpfile);
 184       nt+=dt;
 185       nframe++;
 186     }
 187   } while(read_next_x(status,&t,natoms,x,box));
 188   close_trj(status);
 189   ffclose(out);
 190
 191   thanx(stderr);
 192
 193   return 0;
 194 }