src/contrib/do_shift.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.3.99_development_20071104
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Groningen Machine for Chemical Simulation
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <stdlib.h>
  40 #include "errno.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  44 #include "macros.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46 #include "mshift.h"
  47 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  48 #include "copyrite.h"
  49 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "xvgr.h"
  52 #include "gstat.h"
  53 #include "index.h"
  54 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  55
  56 void cat(FILE *out,char *fn,real t)
  57 {
  58   FILE *in;
  59   char *ptr,buf[256];
  60   int    anr,rnr;
  61   char   anm[24],rnm[24];
  62   double f1,f2,f3,f4,f5,f6;
  63
  64   in=gmx_ffopen(fn,"r");
  65   while ((ptr=fgets2(buf,255,in)) != NULL) {
  66     sscanf(buf,"%d%d%s%s%lf%lf%lf%lf%lf%lf",
  67            &anr,&rnr,rnm,anm,&f1,&f2,&f3,&f4,&f5,&f6);
  68     fprintf(out,"%8g  %10g  %10g  %10g  %10g  %10g  %10g  %s%d-%s%d\n",
  69             t,f6,f1,f2,f3,f4,f5,rnm,rnr,anm,anr);
  70   }
  71   /*if ((int)strlen(buf) > 0)
  72     fprintf(out,"%s\n",buf);*/
  73   fflush(out);
  74   gmx_ffclose(in);
  75 }
  76
  77 int main(int argc,char *argv[])
  78 {
  79   static char *desc[] = {
  80     "[TT]do_shift[tt] reads a trajectory file and computes the chemical",
  81     "shift for each time frame (or every [BB]dt[bb] ps) by",
  82     "calling the 'total' program. If you do not have the total program,",
  83     "get it. do_shift assumes that the total executable is in",
  84     "[TT]/home/mdgroup/total/total[tt]. If that is not the case, then you should",
  85     "set an environment variable [BB]GMX_TOTAL[bb] as in: [PAR]",
  86     "[TT]setenv GMX_TOTAL /usr/local/bin/total[tt][PAR]",
  87     "where the right hand side should point to the total executable.[PAR]",
  88     "Output is printed in files [TT]shift.out[tt] where t is the time of the frame.[PAR]",
  89     "The program also needs an input file called [BB]random.dat[bb] which",
  90     "contains the random coil chemical shifts of all protons."
  91   };
  92   static real dt=0.0;
  93   t_pargs pa[] = {
  94     { "-dt", FALSE, etREAL, { &dt }, "Time interval between frames." }
  95   };
  96   static char *bugs[] = {
  97     "The program is very slow"
  98   };
  99   static     char *OXYGEN="O";
 100   FILE       *out,*tot,*fp;
 101   t_topology *top;
 102   t_atoms    *atoms;
 103   int        status,nres;
 104   real       t,nt;
 105   int        i,natoms,nframe=0;
 106   matrix     box;
 107   int        gnx;
 108   char       *grpnm,*randf;
 109   atom_id    *index;
 110   rvec       *x,*x_s;
 111   char       pdbfile[32],tmpfile[32];
 112   char       total[256],*dptr;
 113   t_filenm   fnm[] = {
 114     { efTRX, "-f",   NULL,     ffREAD },
 115     { efTPX, NULL,   NULL,     ffREAD },
 116     { efNDX, NULL,   NULL,     ffREAD },
 117     { efOUT, "-o",   "shift",  ffWRITE },
 118     { efDAT, "-d",   "random", ffREAD }
 119   };
 120   char *leg[] = { "shift","ring","anisCO","anisCN","sigmaE","sum" };
 121 #define NFILE asize(fnm)
 122
 123   CopyRight(stdout,argv[0]);
 124   parse_common_args(&argc,argv,PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE ,NFILE,fnm,
 125                     asize(pa),pa,asize(desc),desc,asize(bugs),bugs);
 126
 127   top=read_top(ftp2fn(efTPX,NFILE,fnm));
 128   atoms=&(top->atoms);
 129   nres=atoms->nres;
 130   for(i=0; (i<atoms->nr); i++)
 131     if ((strcmp(*atoms->atomname[i],"O1") == 0) ||
 132         (strcmp(*atoms->atomname[i],"O2") == 0) ||
 133         (strcmp(*atoms->atomname[i],"OXT") == 0) ||
 134         (strcmp(*atoms->atomname[i],"OT") == 0))
 135       atoms->atomname[i]=&OXYGEN;
 136   rd_index(ftp2fn(efNDX,NFILE,fnm),1,&gnx,&index,&grpnm);
 137
 138   snew(x_s,atoms->nr);
 139
 140   strcpy(pdbfile,"dsXXXXXX");
 141   gmx_tmpnam(pdbfile);
 142   strcpy(tmpfile,"dsXXXXXX");
 143   gmx_tmpnam(tmpfile);
 144   fprintf(stderr,"pdbfile = %s\ntmpfile = %s\n",pdbfile,tmpfile);
 145
 146   if ((dptr=getenv("GMX_TOTAL")) == NULL)
 147     dptr="/home/mdgroup/total/total";
 148   sprintf(total,"%s > /dev/null",dptr);
 149   fprintf(stderr,"total cmd='%s'\n",total);
 150   randf=ftp2fn(efDAT,NFILE,fnm);
 151
 152   natoms=read_first_x(&status,ftp2fn(efTRX,NFILE,fnm),&t,&x,box);
 153   if (natoms != atoms->nr)
 154     gmx_fatal(FARGS,"Trajectory does not match topology!");
 155   out=ftp2FILE(efOUT,NFILE,fnm,"w");
 156   xvgr_legend(out,asize(leg),leg);
 157   nt=t;
 158   do {
 159     if (t >= nt) {
 160       rm_pbc(&(top->idef),top->atoms.nr,box,x,x_s);
 161       fp=gmx_ffopen(pdbfile,"w");
 162       write_pdbfile_indexed(fp,"Generated by do_shift",
 163                             atoms,x_s,box,0,-1,gnx,index);
 164       gmx_ffclose(fp);
 165
 166       if ((tot=popen(total,"w")) == NULL)
 167         perror("opening pipe to total");
 168       fprintf(tot,"%s\n",pdbfile);
 169       fprintf(tot,"%s\n",tmpfile);
 170       fprintf(tot,"3\n");
 171       fprintf(tot,"N\n");
 172       fprintf(tot,"%s\n",randf);
 173       fprintf(tot,"N\n");
 174       fprintf(tot,"N\n");
 175       if (pclose(tot) != 0)
 176         perror("closing pipe to total");
 177       cat(out,tmpfile,t);
 178       remove(pdbfile);
 179       remove(tmpfile);
 180       nt+=dt;
 181       nframe++;
 182     }
 183   } while(read_next_x(status,&t,natoms,x,box));
 184   close_trj(status);
 185   gmx_ffclose(out);
 186
 187   gmx_thanx(stderr);
 188
 189   return 0;
 190 }