src/contrib/do_gct.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  35  */
  36
  37 #ifndef _do_gct_h
  38 #define _do_gct_h
  39
  40 static char *SRCID_do_gct_h = "$Id$";
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "filenm.h"
  44 #include "network.h"
  45
  46 enum { eoPres, eoEpot, eoVir, eoDist, eoMu, eoForce, eoFx, eoFy, eoFz,
  47        eoPx, eoPy, eoPz,
  48        eoPolarizability, eoDipole, eoObsNR,
  49        eoMemory=eoObsNR, eoInter, eoUseVirial,  eoNR };
  50 extern char *eoNames[eoNR];
  51
  52 typedef struct {
  53   int  at_i,at_j;       /* Atom type # for i and j                      */
  54   int  eObs;            /* Observable to couple to                      */
  55   bool bPrint;          /* Does this struct have to be printed          */
  56   real c6,c12;          /* Actual value of params                       */
  57   real xi_6,xi_12;      /* Constants for coupling C6 and C12            */
  58 } t_coupl_LJ;
  59
  60 typedef struct {
  61   int  at_i,at_j;       /* Atom type # for i and j                      */
  62   int  eObs;            /* Observable to couple to                      */
  63   bool bPrint;          /* Does this struct have to be printed          */
  64   real a,b,c;           /* Actual value of params                       */
  65   real xi_a,xi_b,xi_c;  /* Constants for coupling A, B and C            */
  66 } t_coupl_BU;
  67
  68 typedef struct {
  69   int  at_i;            /* Atom type                                    */
  70   int  eObs;            /* Observable to couple to                      */
  71   bool bPrint;          /* Does this struct have to be printed          */
  72   real Q;               /* Actual value of charge                       */
  73   real xi_Q;            /* Constant for coupling Q                      */
  74 } t_coupl_Q;
  75
  76 typedef struct {
  77   int       type;       /* Type number in the iparams struct    */
  78   int       eObs;       /* Observable to couple to              */
  79   t_iparams xi;         /* Parameters that need to be changed   */
  80   t_iparams iprint;
  81 } t_coupl_iparams;
  82
  83 typedef struct {
  84   real       act_value[eoObsNR];
  85   real       av_value [eoObsNR];
  86   real       ref_value[eoObsNR];
  87   bool       bObsUsed[eoObsNR];
  88   int        nLJ,nBU,nQ,nIP;
  89   t_coupl_LJ *tcLJ;
  90   t_coupl_BU *tcBU;
  91   t_coupl_Q  *tcQ;
  92   t_coupl_iparams *tIP;
  93   int        nmemory;
  94   bool       bInter;
  95   bool       bVirial;
  96 } t_coupl_rec;
  97
  98 extern void write_gct(char *fn,t_coupl_rec *tcr,t_idef *idef);
  99
 100 extern void read_gct(char *fn,t_coupl_rec *tcr);
 101
 102 extern void comm_tcr(FILE *log,t_commrec *cr,t_coupl_rec **tcr);
 103
 104 extern void copy_ff(t_coupl_rec *tcr,t_forcerec *fr,t_mdatoms *md,
 105                     t_idef *idef);
 106
 107 extern t_coupl_rec *init_coupling(FILE *log,int nfile,t_filenm fnm[],
 108                                   t_commrec *cr,t_forcerec *fr,t_mdatoms *md,
 109                                   t_idef *idef);
 110
 111 extern void calc_force(int natom,rvec f[],rvec fff[]);
 112
 113 extern void calc_f_dev(int natoms,real charge[],rvec x[],rvec f[],
 114                        t_idef *idef,real *xiH,real *xiS);
 115
 116 extern void do_coupling(FILE *log,int nfile,t_filenm fnm[],
 117                         t_coupl_rec *tcr,real t,int step,real ener[],
 118                         t_forcerec *fr,t_inputrec *ir,bool bMaster,
 119                         t_mdatoms *md,t_idef *idef,real mu_aver,int nmols,
 120                         t_commrec *cr,matrix box,tensor virial,
 121                         tensor pres,rvec mu_tot,
 122                         rvec x[],rvec f[],bool bDoIt);
 123
 124 #endif