src/contrib/compnl.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include "ns.h"
  40 #include "smalloc.h"
  41 #include "wnblist.h"
  42 #include "futil.h"
  43 #include "macros.h"
  44 #include "statutil.h"
  45 #include "copyrite.h"
  46 #include "confio.h"
  47 #include "pbc.h"
  48 #include "vec.h"
  49
  50 int main(int argc,char *argv[])
  51 {
  52   static char *desc[] = {
  53     "compnl compares two neighborlists as generated by [TT]mdrun[tt]",
  54     "in the log file, when the environment variable DUMPNL is set to",
  55     "a number larger than 0. compnl is mainly used for debugging the",
  56     "mdrun internals and not for end-users."
  57   };
  58   FILE    *in,*out;
  59   int     i,j,nmiss,mod;
  60   char    **fn,title[256];
  61   int     ***mat,nnb;
  62   real    mb;
  63   gmx_bool    bConf;
  64   rvec    *x = NULL;
  65   rvec    dx;
  66   matrix  box;
  67   t_atoms atoms;
  68   t_pbc   pbc;
  69
  70   t_filenm fnm[] = {
  71     { efLOG, "-f1", NULL, ffREAD },
  72     { efLOG, "-f2", NULL, ffREAD },
  73     { efOUT, "-o",  "compnl", ffWRITE },
  74     { efSTX, "-c",  NULL, ffOPTRD }
  75   };
  76 #define NFILE asize(fnm)
  77   static int natoms=648;
  78   static gmx_bool bSymm=TRUE;
  79   static t_pargs pa[] = {
  80     { "-nat",  FALSE, etINT, { &natoms }, "Number of atoms" },
  81     { "-symm", FALSE, etBOOL,{ &bSymm  }, "Symmetrize the matrices" },
  82   };
  83
  84   CopyRight(stderr,argv[0]);
  85   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,asize(pa),pa,
  86                     asize(desc),desc,0,NULL);
  87
  88   bConf = (opt2bSet("-c",NFILE,fnm));
  89   if (bConf) {
  90     get_stx_coordnum (opt2fn("-c",NFILE,fnm),&natoms);
  91     init_t_atoms(&atoms,natoms,FALSE);
  92     snew(x,natoms);
  93     read_stx_conf(opt2fn("-c",NFILE,fnm),title,&atoms,x,NULL,box);
  94     set_pbc(&pbc,box);
  95   }
  96   snew(fn,2);
  97   fn[0] = opt2fn("-f1",NFILE,fnm);
  98   fn[1] = opt2fn("-f2",NFILE,fnm);
  99
 100   snew(mat,2);
 101   out = gmx_fio_fopen(ftp2fn(efOUT,NFILE,fnm),"w");
 102   mb  = sizeof(int)*sqr(natoms/1024.0);
 103   for(i=0; (i<2); i++) {
 104     in = gmx_fio_fopen(fn[i],"r");
 105     fprintf(stderr,"Reading %s\n",fn[i]);
 106     fprintf(out,   "Reading %s\n",fn[i]);
 107     fprintf(stderr,"Going to allocate %.0f Mb of memory\n",mb);
 108     fprintf(out,   "Going to allocate %.0f Mb of memory\n",mb);
 109     snew(mat[i],natoms);
 110     for(j=0; (j<natoms); j++)
 111       snew(mat[i][j],natoms);
 112     nnb = read_nblist(in,out,mat[i],natoms,bSymm);
 113     gmx_fio_fclose(in);
 114     fprintf(stderr,"Interaction matrix %d has %d entries\n",i,nnb);
 115     fprintf(out,   "Interaction matrix %d has %d entries\n",i,nnb);
 116   }
 117   fprintf(stderr,"Comparing Interaction Matrices\n");
 118   mod=1;
 119   nmiss = 0;
 120   for(i=0; (i<natoms); i+=mod) {
 121     for(j=0; (j<natoms); j+=mod) {
 122       if (mat[0][i][j] != mat[1][i][j]) {
 123         fprintf(out,"i: %5d, j: %5d, shift[%s]: %3d, shift[%s]: %3d",
 124                 i,j,fn[0],mat[0][i][j]-1,fn[1],mat[1][i][j]-1);
 125         if (bConf) {
 126           pbc_dx(&pbc,x[i],x[j],dx);
 127           fprintf(out," dist: %8.3f\n",norm(dx));
 128         }
 129         else
 130           fprintf(out,"\n");
 131         nmiss++;
 132       }
 133     }
 134   }
 135   fprintf(out,"There were %d mismatches\n",nmiss);
 136   fprintf(out,"Done.\n");
 137   gmx_fio_fclose(out);
 138   fprintf(stderr,"There were %d mismatches\n",nmiss);
 139   fprintf(stderr,"Finished\n");
 140
 141   thanx(stdout);
 142
 143   return 0;
 144 }
 145
 146
 147