src/contrib/compnl.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include "ns.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "wnblist.h"
  45 #include "futil.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "statutil.h"
  48 #include "copyrite.h"
  49 #include "confio.h"
  50 #include "pbc.h"
  51 #include "vec.h"
  52
  53 int main(int argc,char *argv[])
  54 {
  55   static char *desc[] = {
  56     "[TT]compnl[tt] compares two neighborlists as generated by [TT]mdrun[tt]",
  57     "in the log file, when the environment variable DUMPNL is set to",
  58     "a number larger than 0. [TT]compnl[tt] is mainly used for debugging the",
  59     "[TT]mdrun[tt] internals and not for end-users."
  60   };
  61   FILE    *in,*out;
  62   int     i,j,nmiss,mod;
  63   char    **fn,title[256];
  64   int     ***mat,nnb;
  65   real    mb;
  66   gmx_bool    bConf;
  67   rvec    *x = NULL;
  68   rvec    dx;
  69   matrix  box;
  70   t_atoms atoms;
  71   t_pbc   pbc;
  72
  73   t_filenm fnm[] = {
  74     { efLOG, "-f1", NULL, ffREAD },
  75     { efLOG, "-f2", NULL, ffREAD },
  76     { efOUT, "-o",  "compnl", ffWRITE },
  77     { efSTX, "-c",  NULL, ffOPTRD }
  78   };
  79 #define NFILE asize(fnm)
  80   static int natoms=648;
  81   static gmx_bool bSymm=TRUE;
  82   static t_pargs pa[] = {
  83     { "-nat",  FALSE, etINT, { &natoms }, "Number of atoms" },
  84     { "-symm", FALSE, etBOOL,{ &bSymm  }, "Symmetrize the matrices" },
  85   };
  86
  87   CopyRight(stderr,argv[0]);
  88   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,asize(pa),pa,
  89                     asize(desc),desc,0,NULL);
  90
  91   bConf = (opt2bSet("-c",NFILE,fnm));
  92   if (bConf) {
  93     get_stx_coordnum (opt2fn("-c",NFILE,fnm),&natoms);
  94     init_t_atoms(&atoms,natoms,FALSE);
  95     snew(x,natoms);
  96     read_stx_conf(opt2fn("-c",NFILE,fnm),title,&atoms,x,NULL,box);
  97     set_pbc(&pbc,box);
  98   }
  99   snew(fn,2);
 100   fn[0] = opt2fn("-f1",NFILE,fnm);
 101   fn[1] = opt2fn("-f2",NFILE,fnm);
 102
 103   snew(mat,2);
 104   out = gmx_fio_fopen(ftp2fn(efOUT,NFILE,fnm),"w");
 105   mb  = sizeof(int)*sqr(natoms/1024.0);
 106   for(i=0; (i<2); i++) {
 107     in = gmx_fio_fopen(fn[i],"r");
 108     fprintf(stderr,"Reading %s\n",fn[i]);
 109     fprintf(out,   "Reading %s\n",fn[i]);
 110     fprintf(stderr,"Going to allocate %.0f Mb of memory\n",mb);
 111     fprintf(out,   "Going to allocate %.0f Mb of memory\n",mb);
 112     snew(mat[i],natoms);
 113     for(j=0; (j<natoms); j++)
 114       snew(mat[i][j],natoms);
 115     nnb = read_nblist(in,out,mat[i],natoms,bSymm);
 116     gmx_fio_fclose(in);
 117     fprintf(stderr,"Interaction matrix %d has %d entries\n",i,nnb);
 118     fprintf(out,   "Interaction matrix %d has %d entries\n",i,nnb);
 119   }
 120   fprintf(stderr,"Comparing Interaction Matrices\n");
 121   mod=1;
 122   nmiss = 0;
 123   for(i=0; (i<natoms); i+=mod) {
 124     for(j=0; (j<natoms); j+=mod) {
 125       if (mat[0][i][j] != mat[1][i][j]) {
 126         fprintf(out,"i: %5d, j: %5d, shift[%s]: %3d, shift[%s]: %3d",
 127                 i,j,fn[0],mat[0][i][j]-1,fn[1],mat[1][i][j]-1);
 128         if (bConf) {
 129           pbc_dx(&pbc,x[i],x[j],dx);
 130           fprintf(out," dist: %8.3f\n",norm(dx));
 131         }
 132         else
 133           fprintf(out,"\n");
 134         nmiss++;
 135       }
 136     }
 137   }
 138   fprintf(out,"There were %d mismatches\n",nmiss);
 139   fprintf(out,"Done.\n");
 140   gmx_fio_fclose(out);
 141   fprintf(stderr,"There were %d mismatches\n",nmiss);
 142   fprintf(stderr,"Finished\n");
 143
 144   thanx(stdout);
 145
 146   return 0;
 147 }
 148
 149
 150