src/contrib/anaf.c

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Giving Russians Opium May Alter Current Situation
  35  */
  36 #include <stdio.h>
  37 #include <string.h>
  38 #include <math.h>
  39 #include "main.h"
  40 #include "macros.h"
  41 #include "futil.h"
  42 #include "statutil.h"
  43 #include "copyrite.h"
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "txtdump.h"
  46 #include "fatal.h"
  47 #include "xtcio.h"
  48 #include "enxio.h"
  49 #include "assert.h"
  50 #include "smalloc.h"
  51 #include "gmxfio.h"
  52 #include "tpxio.h"
  53 #include "trnio.h"
  54 #include "txtdump.h"
  55 #include "vec.h"
  56
  57 static char *nm[5]  = { "OW", "HW1", "HW2", "DW", "SW" };
  58
  59 static void list_trn(char *fn)
  60 {
  61   static real mass[5] = { 15.9994, 1.008, 1.008, 0.0, 0.0 };
  62   int         i,j=0,m,fpread,fpwrite,nframe;
  63   rvec        *x,*v,*f,fmol[2],xcm[2],torque[j],dx;
  64   real        mmm,len;
  65   matrix      box;
  66   t_trnheader trn;
  67   bool        bOK;
  68
  69   printf("Going to open %s\n",fn);
  70   fpread  = open_trn(fn,"r");
  71   fpwrite = open_tpx(NULL,"w");
  72   fio_setdebug(fpwrite,TRUE);
  73
  74   mmm=mass[0]+2*mass[1];
  75   for(i=0; (i<5); i++)
  76     mass[i] /= mmm;
  77
  78   nframe = 0;
  79   while (fread_trnheader(fpread,&trn,&bOK)) {
  80     snew(x,trn.natoms);
  81     snew(v,trn.natoms);
  82     snew(f,trn.natoms);
  83     if (fread_htrn(fpread,&trn,
  84                    trn.box_size ? box : NULL,
  85                    trn.x_size   ? x : NULL,
  86                    trn.v_size   ? v : NULL,
  87                    trn.f_size   ? f : NULL)) {
  88
  89       if (trn.x_size && trn.f_size) {
  90         printf("There are %d atoms\n",trn.natoms);
  91         for(j=0; (j<2); j++) {
  92           clear_rvec(xcm[j]);
  93           clear_rvec(fmol[j]);
  94           clear_rvec(torque[j]);
  95           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
  96             rvec_inc(fmol[j],f[i]);
  97             for(m=0; (m<DIM); m++)
  98               xcm[j][m] += mass[i%5]*x[i][m];
  99           }
 100           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
 101             rvec_dec(x[i],xcm[j]);
 102             oprod(x[i],f[i],dx);
 103             rvec_inc(torque[j],dx);
 104             rvec_inc(x[i],xcm[j]);
 105           }
 106         }
 107         pr_rvecs(stdout,0,"FMOL  ",fmol,2);
 108         pr_rvecs(stdout,0,"TORQUE",torque,2);
 109         printf("Distance matrix Water1-Water2\n%5s","");
 110         for(j=0; (j<5); j++)
 111           printf("  %10s",nm[j]);
 112         printf("\n");
 113         for(j=0; (j<5); j++) {
 114           printf("%5s",nm[j]);
 115           for(i=5; (i<10); i++) {
 116             rvec_sub(x[i],x[j],dx);
 117             len = sqrt(iprod(dx,dx));
 118             printf("  %10.7f",len);
 119           }
 120           printf("\n");
 121         }
 122       }
 123     }
 124     sfree(x);
 125     sfree(v);
 126     sfree(f);
 127     nframe++;
 128   }
 129   if (!bOK)
 130     fprintf(stderr,"\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 131             nframe,trn.t);
 132   close_tpx(fpwrite);
 133   close_trn(fpread);
 134 }
 135
 136 int main(int argc,char *argv[])
 137 {
 138   static char *desc[] = {
 139     "gmxdump reads a run input file ([TT].tpa[tt]/[TT].tpr[tt]/[TT].tpb[tt]),",
 140     "a trajectory ([TT].trj[tt]/[TT].trr[tt]/[TT].xtc[tt]) or an energy",
 141     "file ([TT].ene[tt]/[TT].edr[tt]) and prints that to standard",
 142     "output in a readable format. This program is essential for",
 143     "checking your run input file in case of problems.[PAR]"
 144   };
 145   t_filenm fnm[] = {
 146     { efTRN, "-f", NULL, ffOPTRD }
 147   };
 148 #define NFILE asize(fnm)
 149   char *fn;
 150
 151   /* Command line options */
 152
 153   CopyRight(stdout,argv[0]);
 154   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,0,NULL,
 155                     asize(desc),desc,0,NULL);
 156
 157   if (ftp2bSet(efTRN,NFILE,fnm)) {
 158     fn = ftp2fn(efTRN,NFILE,fnm);
 159     printf("Going to open %s\n",fn);
 160     list_trn(fn);
 161   }
 162
 163   thanx(stderr);
 164
 165   return 0;
 166 }