src/contrib/anaf.c

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.1
  11  * Copyright (c) 1991-2001, University of Groningen, The Netherlands
  12  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  18  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  19  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  20  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  21  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  22  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  23  *
  24  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  25  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  26  *
  27  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  28  *
  29  * And Hey:
  30  * Great Red Owns Many ACres of Sand
  31  */
  32
  33 #include <stdio.h>
  34 #include <string.h>
  35 #include <math.h>
  36 #include "main.h"
  37 #include "macros.h"
  38 #include "futil.h"
  39 #include "statutil.h"
  40 #include "copyrite.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "txtdump.h"
  43 #include "fatal.h"
  44 #include "xtcio.h"
  45 #include "enxio.h"
  46 #include "assert.h"
  47 #include "smalloc.h"
  48 #include "gmxfio.h"
  49 #include "tpxio.h"
  50 #include "trnio.h"
  51 #include "txtdump.h"
  52 #include "vec.h"
  53
  54 static char *nm[5]  = { "OW", "HW1", "HW2", "DW", "SW" };
  55
  56 static void list_trn(char *fn)
  57 {
  58   static real mass[5] = { 15.9994, 1.008, 1.008, 0.0, 0.0 };
  59   int         i,j=0,m,fpread,fpwrite,nframe;
  60   rvec        *x,*v,*f,fmol[2],xcm[2],torque[j],dx;
  61   real        mmm,len;
  62   matrix      box;
  63   t_trnheader trn;
  64   bool        bOK;
  65
  66   printf("Going to open %s\n",fn);
  67   fpread  = open_trn(fn,"r");
  68   fpwrite = open_tpx(NULL,"w");
  69   fio_setdebug(fpwrite,TRUE);
  70
  71   mmm=mass[0]+2*mass[1];
  72   for(i=0; (i<5); i++)
  73     mass[i] /= mmm;
  74
  75   nframe = 0;
  76   while (fread_trnheader(fpread,&trn,&bOK)) {
  77     snew(x,trn.natoms);
  78     snew(v,trn.natoms);
  79     snew(f,trn.natoms);
  80     if (fread_htrn(fpread,&trn,
  81                    trn.box_size ? box : NULL,
  82                    trn.x_size   ? x : NULL,
  83                    trn.v_size   ? v : NULL,
  84                    trn.f_size   ? f : NULL)) {
  85
  86       if (trn.x_size && trn.f_size) {
  87         printf("There are %d atoms\n",trn.natoms);
  88         for(j=0; (j<2); j++) {
  89           clear_rvec(xcm[j]);
  90           clear_rvec(fmol[j]);
  91           clear_rvec(torque[j]);
  92           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
  93             rvec_inc(fmol[j],f[i]);
  94             for(m=0; (m<DIM); m++)
  95               xcm[j][m] += mass[i%5]*x[i][m];
  96           }
  97           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
  98             rvec_dec(x[i],xcm[j]);
  99             oprod(x[i],f[i],dx);
 100             rvec_inc(torque[j],dx);
 101             rvec_inc(x[i],xcm[j]);
 102           }
 103         }
 104         pr_rvecs(stdout,0,"FMOL  ",fmol,2);
 105         pr_rvecs(stdout,0,"TORQUE",torque,2);
 106         printf("Distance matrix Water1-Water2\n%5s","");
 107         for(j=0; (j<5); j++)
 108           printf("  %10s",nm[j]);
 109         printf("\n");
 110         for(j=0; (j<5); j++) {
 111           printf("%5s",nm[j]);
 112           for(i=5; (i<10); i++) {
 113             rvec_sub(x[i],x[j],dx);
 114             len = sqrt(iprod(dx,dx));
 115             printf("  %10.7f",len);
 116           }
 117           printf("\n");
 118         }
 119       }
 120     }
 121     sfree(x);
 122     sfree(v);
 123     sfree(f);
 124     nframe++;
 125   }
 126   if (!bOK)
 127     fprintf(stderr,"\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 128             nframe,trn.t);
 129   close_tpx(fpwrite);
 130   close_trn(fpread);
 131 }
 132
 133 int main(int argc,char *argv[])
 134 {
 135   static char *desc[] = {
 136     "gmxdump reads a run input file ([TT].tpa[tt]/[TT].tpr[tt]/[TT].tpb[tt]),",
 137     "a trajectory ([TT].trj[tt]/[TT].trr[tt]/[TT].xtc[tt]) or an energy",
 138     "file ([TT].ene[tt]/[TT].edr[tt]) and prints that to standard",
 139     "output in a readable format. This program is essential for",
 140     "checking your run input file in case of problems.[PAR]"
 141   };
 142   t_filenm fnm[] = {
 143     { efTRN, "-f", NULL, ffOPTRD }
 144   };
 145 #define NFILE asize(fnm)
 146   char *fn;
 147
 148   /* Command line options */
 149
 150   CopyRight(stdout,argv[0]);
 151   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,0,NULL,
 152                     asize(desc),desc,0,NULL);
 153
 154   if (ftp2bSet(efTRN,NFILE,fnm)) {
 155     fn = ftp2fn(efTRN,NFILE,fnm);
 156     printf("Going to open %s\n",fn);
 157     list_trn(fn);
 158   }
 159
 160   thanx(stderr);
 161
 162   return 0;
 163 }