src/contrib/anaf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include <math.h>
  45 #include "main.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "futil.h"
  48 #include "statutil.h"
  49 #include "copyrite.h"
  50 #include "sysstuff.h"
  51 #include "txtdump.h"
  52 #include "gmx_fatal.h"
  53 #include "xtcio.h"
  54 #include "enxio.h"
  55 #include "smalloc.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "tpxio.h"
  58 #include "trnio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "vec.h"
  61
  62 static char *nm[5]  = { "OW", "HW1", "HW2", "DW", "SW" };
  63
  64 static void list_trn(char *fn)
  65 {
  66   static real mass[5] = { 15.9994, 1.008, 1.008, 0.0, 0.0 };
  67   int         i,j=0,m,fpread,fpwrite,nframe;
  68   rvec        *x,*v,*f,fmol[2],xcm[2],torque[j],dx;
  69   real        mmm,len;
  70   matrix      box;
  71   t_trnheader trn;
  72   gmx_bool        bOK;
  73
  74   printf("Going to open %s\n",fn);
  75   fpread  = open_trn(fn,"r");
  76   fpwrite = open_tpx(NULL,"w");
  77   gmx_fio_setdebug(fpwrite,TRUE);
  78
  79   mmm=mass[0]+2*mass[1];
  80   for(i=0; (i<5); i++)
  81     mass[i] /= mmm;
  82
  83   nframe = 0;
  84   while (fread_trnheader(fpread,&trn,&bOK)) {
  85     snew(x,trn.natoms);
  86     snew(v,trn.natoms);
  87     snew(f,trn.natoms);
  88     if (fread_htrn(fpread,&trn,
  89                    trn.box_size ? box : NULL,
  90                    trn.x_size   ? x : NULL,
  91                    trn.v_size   ? v : NULL,
  92                    trn.f_size   ? f : NULL)) {
  93
  94       if (trn.x_size && trn.f_size) {
  95         printf("There are %d atoms\n",trn.natoms);
  96         for(j=0; (j<2); j++) {
  97           clear_rvec(xcm[j]);
  98           clear_rvec(fmol[j]);
  99           clear_rvec(torque[j]);
 100           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
 101             rvec_inc(fmol[j],f[i]);
 102             for(m=0; (m<DIM); m++)
 103               xcm[j][m] += mass[i%5]*x[i][m];
 104           }
 105           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
 106             rvec_dec(x[i],xcm[j]);
 107             cprod(x[i],f[i],dx);
 108             rvec_inc(torque[j],dx);
 109             rvec_inc(x[i],xcm[j]);
 110           }
 111         }
 112         pr_rvecs(stdout,0,"FMOL  ",fmol,2);
 113         pr_rvecs(stdout,0,"TORQUE",torque,2);
 114         printf("Distance matrix Water1-Water2\n%5s","");
 115         for(j=0; (j<5); j++)
 116           printf("  %10s",nm[j]);
 117         printf("\n");
 118         for(j=0; (j<5); j++) {
 119           printf("%5s",nm[j]);
 120           for(i=5; (i<10); i++) {
 121             rvec_sub(x[i],x[j],dx);
 122             len = sqrt(iprod(dx,dx));
 123             printf("  %10.7f",len);
 124           }
 125           printf("\n");
 126         }
 127       }
 128     }
 129     sfree(x);
 130     sfree(v);
 131     sfree(f);
 132     nframe++;
 133   }
 134   if (!bOK)
 135     fprintf(stderr,"\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 136             nframe,trn.t);
 137   close_tpx(fpwrite);
 138   close_trn(fpread);
 139 }
 140
 141 int main(int argc,char *argv[])
 142 {
 143   static char *desc[] = {
 144     "[TT]gmxdump[tt] reads a run input file ([TT].tpa[tt]/[TT].tpr[tt]/[TT].tpb[tt]),",
 145     "a trajectory ([TT].trj[tt]/[TT].trr[tt]/[TT].xtc[tt]) or an energy",
 146     "file ([TT].ene[tt]/[TT].edr[tt]) and prints that to standard",
 147     "output in a readable format. This program is essential for",
 148     "checking your run input file in case of problems.[PAR]"
 149   };
 150   t_filenm fnm[] = {
 151     { efTRN, "-f", NULL, ffOPTRD }
 152   };
 153 #define NFILE asize(fnm)
 154   char *fn;
 155
 156   /* Command line options */
 157
 158   CopyRight(stdout,argv[0]);
 159   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,0,NULL,
 160                     asize(desc),desc,0,NULL);
 161
 162   if (ftp2bSet(efTRN,NFILE,fnm)) {
 163     fn = ftp2fn(efTRN,NFILE,fnm);
 164     printf("Going to open %s\n",fn);
 165     list_trn(fn);
 166   }
 167
 168   thanx(stderr);
 169
 170   return 0;
 171 }