src/contrib/anaf.c

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.3.99_development_20071104
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Groningen Machine for Chemical Simulation
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <string.h>
  42 #include <math.h>
  43 #include "main.h"
  44 #include "macros.h"
  45 #include "futil.h"
  46 #include "statutil.h"
  47 #include "copyrite.h"
  48 #include "sysstuff.h"
  49 #include "txtdump.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "xtcio.h"
  52 #include "enxio.h"
  53 #include "smalloc.h"
  54 #include "gmxfio.h"
  55 #include "tpxio.h"
  56 #include "trnio.h"
  57 #include "txtdump.h"
  58 #include "vec.h"
  59
  60 static char *nm[5]  = { "OW", "HW1", "HW2", "DW", "SW" };
  61
  62 static void list_trn(char *fn)
  63 {
  64   static real mass[5] = { 15.9994, 1.008, 1.008, 0.0, 0.0 };
  65   int         i,j=0,m,fpread,fpwrite,nframe;
  66   rvec        *x,*v,*f,fmol[2],xcm[2],torque[j],dx;
  67   real        mmm,len;
  68   matrix      box;
  69   t_trnheader trn;
  70   bool        bOK;
  71
  72   printf("Going to open %s\n",fn);
  73   fpread  = open_trn(fn,"r");
  74   fpwrite = open_tpx(NULL,"w");
  75   gmx_fio_setdebug(fpwrite,TRUE);
  76
  77   mmm=mass[0]+2*mass[1];
  78   for(i=0; (i<5); i++)
  79     mass[i] /= mmm;
  80
  81   nframe = 0;
  82   while (fread_trnheader(fpread,&trn,&bOK)) {
  83     snew(x,trn.natoms);
  84     snew(v,trn.natoms);
  85     snew(f,trn.natoms);
  86     if (fread_htrn(fpread,&trn,
  87                    trn.box_size ? box : NULL,
  88                    trn.x_size   ? x : NULL,
  89                    trn.v_size   ? v : NULL,
  90                    trn.f_size   ? f : NULL)) {
  91
  92       if (trn.x_size && trn.f_size) {
  93         printf("There are %d atoms\n",trn.natoms);
  94         for(j=0; (j<2); j++) {
  95           clear_rvec(xcm[j]);
  96           clear_rvec(fmol[j]);
  97           clear_rvec(torque[j]);
  98           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
  99             rvec_inc(fmol[j],f[i]);
 100             for(m=0; (m<DIM); m++)
 101               xcm[j][m] += mass[i%5]*x[i][m];
 102           }
 103           for(i=5*j; (i<5*j+5); i++) {
 104             rvec_dec(x[i],xcm[j]);
 105             cprod(x[i],f[i],dx);
 106             rvec_inc(torque[j],dx);
 107             rvec_inc(x[i],xcm[j]);
 108           }
 109         }
 110         pr_rvecs(stdout,0,"FMOL  ",fmol,2);
 111         pr_rvecs(stdout,0,"TORQUE",torque,2);
 112         printf("Distance matrix Water1-Water2\n%5s","");
 113         for(j=0; (j<5); j++)
 114           printf("  %10s",nm[j]);
 115         printf("\n");
 116         for(j=0; (j<5); j++) {
 117           printf("%5s",nm[j]);
 118           for(i=5; (i<10); i++) {
 119             rvec_sub(x[i],x[j],dx);
 120             len = sqrt(iprod(dx,dx));
 121             printf("  %10.7f",len);
 122           }
 123           printf("\n");
 124         }
 125       }
 126     }
 127     sfree(x);
 128     sfree(v);
 129     sfree(f);
 130     nframe++;
 131   }
 132   if (!bOK)
 133     fprintf(stderr,"\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 134             nframe,trn.t);
 135   close_tpx(fpwrite);
 136   close_trn(fpread);
 137 }
 138
 139 int main(int argc,char *argv[])
 140 {
 141   static char *desc[] = {
 142     "gmxdump reads a run input file ([TT].tpa[tt]/[TT].tpr[tt]/[TT].tpb[tt]),",
 143     "a trajectory ([TT].trj[tt]/[TT].trr[tt]/[TT].xtc[tt]) or an energy",
 144     "file ([TT].ene[tt]/[TT].edr[tt]) and prints that to standard",
 145     "output in a readable format. This program is essential for",
 146     "checking your run input file in case of problems.[PAR]"
 147   };
 148   t_filenm fnm[] = {
 149     { efTRN, "-f", NULL, ffOPTRD }
 150   };
 151 #define NFILE asize(fnm)
 152   char *fn;
 153
 154   /* Command line options */
 155
 156   CopyRight(stdout,argv[0]);
 157   parse_common_args(&argc,argv,0,NFILE,fnm,0,NULL,
 158                     asize(desc),desc,0,NULL);
 159
 160   if (ftp2bSet(efTRN,NFILE,fnm)) {
 161     fn = ftp2fn(efTRN,NFILE,fnm);
 162     printf("Going to open %s\n",fn);
 163     list_trn(fn);
 164   }
 165
 166   thanx(stderr);
 167
 168   return 0;
 169 }