src/colorvec.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::analysismodules::Freevolume.
  38  *
  39  * \author Titov Anatoly <Wapuk-cobaka@yandex.ru>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42
  43 #include <gromacs/trajectoryanalysis.h>
  44 #include <gromacs/trajectoryanalysis/topologyinformation.h>
  45 #include <gromacs/selection/nbsearch.h>
  46
  47 #include <iostream>
  48 #include <fstream>
  49 //#include <chrono>
  50 #include <cfloat>
  51 #include <omp.h>
  52 #include <vector>
  53 #include <cstdio>
  54 #include <iomanip>
  55
  56 // структура углов для одной краски
  57 struct colorLocalAngles {
  58     gmx::RVec   a1, a2;
  59     gmx::RVec   b1, b2;
  60     gmx::RVec   n1, n2;
  61     double      a12, b12, n12;
  62     std::vector< double > betaAngles;
  63 };
  64
  65 // хрен пойми почему, но захотелось рекурсивно сделать | можно сделать и через вайл
  66 long long returnBetaEnd(const std::string &currentLine, long long pos) {
  67     switch (currentLine[pos]) {
  68         case 'B' :
  69             returnBetaEnd(currentLine, pos + 1);
  70             break;
  71         case 'E' :
  72             returnBetaEnd(currentLine, pos + 1);
  73             break;
  74         default :
  75             return (pos - 1);
  76             break;
  77     }
  78     return (pos - 1); // формально логически лишняя строчка, но Qt ругается
  79 }
  80
  81 // функция парсинга одной строки
  82 void parseBetaListDATLine(const std::string &currentLine, std::vector< std::vector< unsigned int > > &localInputBL) {
  83     size_t                      equalCount = 0;
  84     std::vector< unsigned int > a;
  85     a.resize(0);
  86     for (size_t i = 0; i < currentLine.size(); ++i) {
  87         if (currentLine[i] == '=') { // подсчитываем число "пустых" символов
  88             ++equalCount;
  89         } else {
  90             long long temp = returnBetaEnd(currentLine, i);
  91             if (temp - static_cast< long long >(i) > 3) {
  92                 localInputBL.push_back(a);
  93                 for (size_t j = i; j <= temp; ++j) {
  94                     localInputBL.back().push_back(j - equalCount);
  95                 }
  96                 i = temp;
  97             }
  98         }
  99     }
 100 }
 101
 102 // функция нахождения бета-листов в структуре по файлу ДССП
 103 void betaListDigestion(const std::string &inputFile, std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > > &inputBL) {
 104     inputBL.resize(0);
 105     std::ifstream   file(inputFile);
 106     std::string     line;
 107     getline(file, line); // считываем число в первой строке - кол-во осмысленных элементов в строках - нам не нужно
 108     getline(file, line);
 109     if (line.size() > 3) {
 110         do {
 111             inputBL.resize(inputBL.size() + 1);
 112             parseBetaListDATLine(line, inputBL.back());
 113             line = "";
 114             getline(file, line);
 115         } while (line.size() > 3);
 116     } else {
 117         throw "DSSP DAT FILE IS EMPTY";
 118     }
 119     file.close();
 120 }
 121
 122 // функция выделения индексов для бэталистов
 123 inline void aminoacidsIndexation(const std::vector< size_t > &inputIndex, const gmx::TopologyInformation &top, std::vector< std::vector< size_t > > &aminoacidsIndex) {
 124     aminoacidsIndex.resize(0);
 125     for (size_t i = 0; i < inputIndex.size(); ++i) {
 126         aminoacidsIndex.resize(std::max(aminoacidsIndex.size(), static_cast< size_t >(top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind + 1)));
 127         aminoacidsIndex[top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind].push_back(inputIndex[i]);
 128     }
 129 }
 130
 131 // функция поиска RVec в кадре по имени->индексу
 132 gmx::RVec returnRVec(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &colorsIndex, const std::string &toFind) {
 133     for (auto &i : colorsIndex) {
 134         if (i.first == toFind) {
 135             return frame[i.second];
 136         }
 137     }
 138     throw "WRONG COLOR ATOM NAME TO EVALUATE VECTORS";
 139 }
 140
 141 // функция векторного произведения двух RVec'ов
 142 inline void RVecVecMultiply(gmx::RVec &n, const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 143     n[0] = a[1] * b[2] - a[2] * b[1];
 144     n[1] = a[2] * b[0] - a[0] * b[2];
 145     n[2] = a[0] * b[1] - a[2] * b[0];
 146 }
 147
 148 // поиск угла между двумя RVec'ами
 149 inline double RVecAngle(const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 150     return std::acos((a[0] * b[0] + a[1] * b[1] + a[2] * b[2]) / (a.norm() * b.norm()));
 151 }
 152
 153 // вычисление внутренних углов в краске
 154 void colorsAnglesEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > > &colorsIndex,
 155                             std::vector< colorLocalAngles > &colorStruct) {
 156     colorStruct.resize(colorsIndex.size());
 157     #pragma omp parallel for ordered schedule(dynamic)
 158     for (size_t i = 0; i < colorsIndex.size(); ++i) {
 159         colorStruct[i].betaAngles.resize(0);
 160         // "левый" блок
 161         colorStruct[i].a1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO");
 162         colorStruct[i].a1 /= colorStruct[i].a1.norm();
 163         colorStruct[i].b1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAM") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAH") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF");
 164         colorStruct[i].b1 /= colorStruct[i].b1.norm();
 165         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].a1, colorStruct[i].b1);
 166         colorStruct[i].n1 /= colorStruct[i].n1.norm();
 167         // "правый" блок
 168         colorStruct[i].a2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL");
 169         colorStruct[i].a2 /= colorStruct[i].a2.norm();
 170         colorStruct[i].b2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBN") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBS") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB");
 171         colorStruct[i].b2 /= colorStruct[i].b2.norm();
 172         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n2, colorStruct[i].a2, colorStruct[i].b2);
 173         colorStruct[i].n2 *= -1; // для "сонаправленности" векторов нормали
 174         colorStruct[i].n2 /= colorStruct[i].n2.norm();
 175         colorStruct[i].a12 = RVecAngle(colorStruct[i].a1, colorStruct[i].a2);
 176         colorStruct[i].b12 = RVecAngle(colorStruct[i].b1, colorStruct[i].b2);
 177         colorStruct[i].n12 = RVecAngle(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].n2);
 178     }
 179     #pragma omp barrier
 180 }
 181
 182 // вычисление направляющего вектора в бэта-листе
 183 inline void betaListsRVecsEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBetaLists,
 184                                      std::vector< gmx::RVec > &temp, const std::vector< size_t > &inputCA) {
 185     temp.resize(0);
 186     gmx::RVec tempA;
 187     for (const auto &i : inputBetaLists) {
 188         tempA = frame[inputCA[i[i.size() - 1]]] + frame[inputCA[i[i.size() - 2]]] - frame[inputCA[i[1]]] - frame[inputCA[i[0]]];
 189         tempA /= tempA.norm();
 190         temp.push_back(tempA);
 191     }
 192 }
 193
 194 // определение близко ли к белку находится краска
 195 bool isNearPeptide(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 196                           gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood, const std::vector< size_t > &inputIndex,
 197                           const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor) {
 198     gmx::AnalysisNeighborhoodSearch     nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 199     gmx::AnalysisNeighborhoodPair       pair;
 200     for (const auto &i : inputColor) {
 201         gmx::AnalysisNeighborhoodPairSearch pairSearch = nbsearch.startPairSearch(inputFrame[i.second].as_vec());
 202         std::cout << std::endl << i.first << std::endl;
 203         int count1 {0};
 204         while (pairSearch.findNextPair(&pair)) {
 205             std::cout << " " << ++count1 << std::endl;
 206             for (const auto &j : inputIndex) {
 207                 std::cout << " " << j;
 208                 if (pair.refIndex() == j) {
 209                     return true;
 210                 }
 211             }
 212         }
 213         std::cout << " " << i.first;
 214     }
 215     return false;
 216 }
 217
 218 // поиск ближайших к краске бэта-листов
 219 inline void searchNearBetaLists(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 220                                 gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood,
 221                                 const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBLists,
 222                                 const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor,
 223                                 std::vector< bool > &outputList, const std::vector< std::vector< size_t > > &inputAminoacids) {
 224     outputList.resize(0);
 225     outputList.resize(inputBLists.size(), false);
 226     gmx::AnalysisNeighborhoodSearch      nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 227     gmx::AnalysisNeighborhoodPair        pair;
 228     for (const auto &i : inputColor) {
 229         while (nbsearch.startPairSearch(inputFrame[i.second].as_vec()).findNextPair(&pair)) {
 230             for (size_t j = 0; j < inputBLists.size(); ++j) {
 231                 for (size_t k = 0; k < inputBLists[j].size(); ++k) {
 232                     for (size_t m = 0; m < inputAminoacids[inputBLists[j][k]].size(); ++m) {
 233                         if (pair.testIndex() == inputAminoacids[inputBLists[j][k]][m]) {
 234                             outputList[j] = true;
 235                         }
 236                     }
 237                 }
 238             }
 239         }
 240     }
 241
 242 }
 243
 244 // определение углов между краской и направляющим вектором бэта-листа
 245 inline void computeAnglesColorsVsBeta(const gmx::RVec &inputBetaRVec, colorLocalAngles &colorFormation) {
 246     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a1));
 247     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b1));
 248     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n1));
 249     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a2));
 250     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b2));
 251     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n2));
 252 }
 253
 254 // функция записи в файл значений углов для кадра
 255 void anglesFileDump(const int frameNum, const std::string &output, const std::vector< bool > &toPeptide, const std::vector< colorLocalAngles > &colorFormation) {
 256     std::ofstream   file(output);
 257     int temp = 0;
 258     std::vector< double > betaTemp;
 259     betaTemp.resize(0);
 260     file << "frame =" << std::setw(8) << frameNum << std::endl;
 261     for (size_t i = 0; i < colorFormation.size(); ++i) {
 262         file << "color #" << std::setw(3) << i;
 263         if (toPeptide[i]) {
 264             file << std::setw(4) << "yes";
 265         } else {
 266             file << std::setw(4) << "no";
 267         }
 268         file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].a12 << colorFormation[i].b12 << colorFormation[i].n12;
 269         temp = colorFormation[i].betaAngles.size() / 6;
 270         if (temp == 0) {
 271             file << std::setw(4) << 0;
 272         } else {
 273             betaTemp.resize(6, 0.); // magic number, meh
 274             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 275                 betaTemp[j % 6] += colorFormation[i].betaAngles[j];
 276             }
 277             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 278                 betaTemp[j] /= temp;
 279             }
 280             file << std::setw(4) << temp;
 281             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 282                 file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << betaTemp[j];
 283             }
 284             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 285                 file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].betaAngles[j];
 286             }
 287         }
 288     }
 289     file.close();
 290 }
 291
 292 /*! \brief
 293  * \ingroup module_trajectoryanalysis
 294  */
 295 class colorVec : public gmx::TrajectoryAnalysisModule
 296 {
 297     public:
 298
 299         colorVec();
 300         virtual ~colorVec();
 301
 302         //! Set the options and setting
 303         virtual void initOptions(gmx::IOptionsContainer          *options,
 304                                  gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 305
 306         //! First routine called by the analysis framework
 307         // virtual void initAnalysis(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 308         virtual void initAnalysis(const gmx::TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 309                                   const gmx::TopologyInformation        &top);
 310
 311         //! Call for each frame of the trajectory
 312         // virtual void analyzeFrame(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 313         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 314                                   gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 315
 316         //! Last routine called by the analysis framework
 317         // virtual void finishAnalysis(t_pbc *pbc);
 318         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 319
 320         //! Routine to write output, that is additional over the built-in
 321         virtual void writeOutput();
 322
 323     private:
 324
 325         gmx::SelectionList                                              sel_;
 326         std::string                                                     fnOut           {"name"};   // selectable
 327         std::string                                                     fnBetaListsDat;             // selectable
 328         float                                                           effRad          {0.8};      // selectable
 329         std::vector< size_t >                                           index;
 330         std::vector< size_t >                                           indexCA;
 331         std::vector< std::vector< size_t > >                            aminoacidsIndex;
 332         std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > >  colorsNames;
 333         std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > >       betaLists;
 334         gmx::AnalysisNeighborhood                                       nb_;
 335
 336         // Copy and assign disallowed by base.
 337 };
 338
 339 colorVec::colorVec(): TrajectoryAnalysisModule()
 340 {
 341 }
 342
 343 colorVec::~colorVec()
 344 {
 345 }
 346
 347 /*
 348  * ndx:
 349  * [peptide]
 350  * [CA]
 351  * [color_{i}]
 352  *
 353  */
 354
 355 void
 356 colorVec::initOptions(  gmx::IOptionsContainer          *options,
 357                         gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 358 {
 359     static const char *const desc[] = {
 360         "[THISMODULE] to be done"
 361     };
 362     // Add the descriptive text (program help text) to the options
 363     settings->setHelpText(desc);
 364     // Add option for selection list
 365     options->addOption(gmx::SelectionOption("sel")
 366                             .storeVector(&sel_)
 367                             .required().dynamicMask().multiValue()
 368                             .description("select pepride and colors / -sf"));
 369     // Add option for input file names
 370     options->addOption(gmx::StringOption("dat")
 371                             .store(&fnBetaListsDat)
 372                             .description("a file to make dynamic beta lists"));
 373     // Add option for output file name
 374     options->addOption(gmx::StringOption("out")
 375                             .store(&fnOut)
 376                             .description("Index file for the algorithm output."));
 377     // Add option for effRad constant
 378     options->addOption(gmx::FloatOption("efRad")
 379                             .store(&effRad)
 380                             .description("max distance from colors to peptide in nm to consider to be \"near\""));
 381     // Control input settings
 382     settings->setFlags(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efNoUserPBC);
 383     settings->setFlag(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efUseTopX);
 384     //settings->setFlag(TrajectoryAnalysisSettings::efRequireTop);
 385     settings->setPBC(true);
 386 }
 387
 388 void
 389 colorVec::initAnalysis( const gmx::TrajectoryAnalysisSettings   &settings,
 390                         const gmx::TopologyInformation          &top)
 391 {
 392     // считывание индекса
 393     index.resize(0);
 394     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_.front().atomIndices().begin()}; (ai < sel_.front().atomIndices().end()); ai++) {
 395         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 396     }
 397     // считывание индекса
 398     indexCA.resize(0);
 399     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[1].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[2].atomIndices().end()); ai++) {
 400         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 401     }
 402     // считывание красок
 403     colorsNames.resize(sel_.size() - 2);
 404     for (size_t i = 2; i < sel_.size(); ++i) {
 405         for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[i].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[i].atomIndices().end()); ai++) {
 406             colorsNames[i - 2].push_back(std::make_pair(*(top.atoms()->atomname[*ai]), static_cast< size_t >(*ai)));
 407         }
 408     }
 409     // разбор dat файла для создания бэта листов
 410     betaListDigestion(fnBetaListsDat, betaLists);
 411     // разбор топологии для индексации бета листов
 412     aminoacidsIndexation(index, top, aminoacidsIndex);
 413     // задание радиуса рассматриваемых соседей
 414     nb_.setCutoff(effRad);
 415     /*
 416      * формально можно сделать:
 417      * найти соотношение между именами для углов и индексными номерами
 418      * заполнить std::vector< std::vector< size_t > > nameToIndex;
 419      * и в последствии считать:
 420      * a1 = frame[nameToIndex[0][1] + ... - ... - ...
 421      * b1 a2 b2 по аналогии только для [@<-[1, 2, 3]]
 422      *
 423      */
 424 }
 425
 426 void
 427 colorVec::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 428 {
 429     std::cout << "\tFrame analisis start ..." << std::endl;
 430     std::vector< gmx::RVec > trajectoryFrame;
 431     trajectoryFrame.resize(0);
 432     // считывания текущего фрейма траектории
 433     for (size_t i {0}; i < index.size(); ++i) {
 434         trajectoryFrame.push_back(fr.x[index[i]]);
 435     }
 436     // подсчёт углов в красках
 437     std::vector< colorLocalAngles > colorFormation;
 438     std::cout << "\t\tColors' angles evaluation." << std::endl;
 439     colorsAnglesEvaluation(trajectoryFrame, colorsNames, colorFormation);
 440     // рассчёт положения относительно белка
 441     /*
 442      * формально можно совместить определение близости с белком и определение ближайших бэта-листов
 443      * для этого думаю нужно как-то соотнести или сделать соотношение между индексом и бэта-листами (т.е. хранить что бы за О(1) делать)
 444      *
 445      */
 446
 447     std::vector< bool >     colorsToPeptide;
 448     colorsToPeptide.resize(0);
 449     colorsToPeptide.resize(colorsNames.size(), false);
 450     std::cout << "\t\tWhich colors are \"near\" the pepride mass." << std::endl;
 451     for (size_t i = 0; i < colorsNames.size(); ++i) {
 452         colorsToPeptide[i] = isNearPeptide(fr, pbc, trajectoryFrame, nb_, index, colorsNames[i]);
 453     }
 454     // расчёт угла и среднего угла с ближайшими бета листами
 455     std::vector< std::vector< bool > > colorsToBeta;
 456     colorsToBeta.resize(0);
 457     colorsToBeta.resize(colorsNames.size());
 458     std::vector< std::vector< double > > colorsToBetaAngles;
 459     colorsToBetaAngles.resize(0);
 460     std::vector< gmx::RVec > betaListsRVecs;
 461     std::cout << "\t\tBeta-lists' RVecs search." << std::endl;
 462     betaListsRVecsEvaluation(trajectoryFrame, betaLists[frnr], betaListsRVecs, indexCA);
 463     std::cout << "\t\tSearching nearby beta-lists." << std::endl;
 464     for (size_t i = 0; i < colorsToPeptide.size(); ++i) {
 465         if (colorsToPeptide[i]) {
 466             searchNearBetaLists(fr, pbc, trajectoryFrame, nb_, betaLists[frnr], colorsNames[i], colorsToBeta[i], aminoacidsIndex);
 467         }
 468     }
 469     std::cout << "\t\tComputing angles colors vs betas." << std::endl;
 470     for (size_t i = 0; i < colorsToBeta.size(); ++i) {
 471         for (size_t j = 0; j < colorsToBeta[i].size(); ++j) {
 472             if (colorsToBeta[i][j]) {
 473                 computeAnglesColorsVsBeta(betaListsRVecs[j], colorFormation[i]);
 474             }
 475         }
 476     }
 477     // вывод в файл(ы) информацию для фрейма
 478     std::cout << "\t\tDumping data." << std::endl;
 479     anglesFileDump(frnr, fnOut, colorsToPeptide, colorFormation);
 480     std::cout << "\tFrame analysed." << std::endl;
 481 }
 482
 483 void
 484 colorVec::finishAnalysis(int nframes)
 485 {
 486
 487 }
 488
 489 void
 490 colorVec::writeOutput()
 491 {
 492     /*
 493      *
 494      * frame #<current frame number>
 495      * color #<color number> <yes/no for "close" to peptide> a12 b12 n12 <number of beta lists> <6 avg beta angles> [<6 angles for each beta list>]
 496      *
 497      */
 498     std::cout << "\n\t colorAngles finished successfully" << std::endl;
 499 }
 500
 501 /*! \brief
 502  * The main function for the analysis template.
 503  */
 504 int
 505 main(int argc, char *argv[])
 506 {
 507     return gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain<colorVec>(argc, argv);
 508 }