src/colorvec.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::analysismodules::Freevolume.
  38  *
  39  * \author Titov Anatoly <Wapuk-cobaka@yandex.ru>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42
  43 #include <gromacs/trajectoryanalysis.h>
  44 #include <gromacs/trajectoryanalysis/topologyinformation.h>
  45 #include <gromacs/selection/nbsearch.h>
  46
  47 #include <iostream>
  48 #include <fstream>
  49 //#include <chrono>
  50 #include <cfloat>
  51 #include <omp.h>
  52 #include <vector>
  53 #include <cstdio>
  54 #include <iomanip>
  55
  56 // структура углов для одной краски
  57 struct colorLocalAngles {
  58     gmx::RVec   a1, a2;
  59     gmx::RVec   b1, b2;
  60     gmx::RVec   n1, n2;
  61     double      a12, b12, n12;
  62     std::vector< double > betaAngles;
  63 };
  64
  65 // хрен пойми почему, но захотелось рекурсивно сделать | можно сделать и через вайл
  66 long long returnBetaEnd(const std::string &currentLine, long long pos) {
  67     switch (currentLine[pos]) {
  68         case 'B' :
  69             returnBetaEnd(currentLine, pos + 1);
  70             break;
  71         case 'E' :
  72             returnBetaEnd(currentLine, pos + 1);
  73             break;
  74         default :
  75             return (pos - 1);
  76             break;
  77     }
  78     return (pos - 1); // формально логически лишняя строчка, но Qt ругается
  79 }
  80
  81 // функция парсинга одной строки
  82 void parseBetaListDATLine(const std::string &currentLine, std::vector< std::vector< unsigned int > > &localInputBL) {
  83     size_t                      equalCount = 0;
  84     std::vector< unsigned int > a;
  85     a.resize(0);
  86     for (size_t i = 0; i < currentLine.size(); ++i) {
  87         if (currentLine[i] == '=') { // подсчитываем число "пустых" символов
  88             ++equalCount;
  89         } else {
  90             long long temp = returnBetaEnd(currentLine, i);
  91             if (temp - static_cast< long long >(i) > 3) {
  92                 localInputBL.push_back(a);
  93                 for (size_t j = i; j <= temp; ++j) {
  94                     localInputBL.back().push_back(j - equalCount);
  95                 }
  96                 i = temp;
  97             }
  98         }
  99     }
 100 }
 101
 102 // функция нахождения бета-листов в структуре по файлу ДССП
 103 void betaListDigestion(const std::string &inputFile, std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > > &inputBL) {
 104     inputBL.resize(0);
 105     std::ifstream   file(inputFile);
 106     std::string     line;
 107     getline(file, line); // считываем число в первой строке - кол-во осмысленных элементов в строках - нам не нужно
 108     getline(file, line);
 109     if (line.size() > 3) {
 110         do {
 111             inputBL.resize(inputBL.size() + 1);
 112             parseBetaListDATLine(line, inputBL.back());
 113             line = "";
 114             getline(file, line);
 115         } while (line.size() > 3);
 116     } else {
 117         throw "DSSP DAT FILE IS EMPTY";
 118     }
 119     file.close();
 120 }
 121
 122 // функция выделения индексов для бэталистов
 123 inline void aminoacidsIndexation(const std::vector< size_t > &inputIndex, const gmx::TopologyInformation &top, std::vector< std::vector< size_t > > &aminoacidsIndex) {
 124     aminoacidsIndex.resize(0);
 125     for (size_t i = 0; i < inputIndex.size(); ++i) {
 126         aminoacidsIndex.resize(std::max(aminoacidsIndex.size(), static_cast< size_t >(top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind + 1)));
 127         aminoacidsIndex[top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind].push_back(inputIndex[i]);
 128     }
 129 }
 130
 131 // функция поиска RVec в кадре по имени->индексу
 132 gmx::RVec returnRVec(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &colorsIndex, const std::string &toFind) {
 133     for (auto &i : colorsIndex) {
 134         if (i.first == toFind) {
 135             return frame[i.second];
 136         }
 137     }
 138     throw "WRONG COLOR ATOM NAME TO EVALUATE VECTORS";
 139 }
 140
 141 // функция векторного произведения двух RVec'ов
 142 inline void RVecVecMultiply(gmx::RVec &n, const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 143     n[0] = a[1] * b[2] - a[2] * b[1];
 144     n[1] = a[2] * b[0] - a[0] * b[2];
 145     n[2] = a[0] * b[1] - a[2] * b[0];
 146 }
 147
 148 // поиск угла между двумя RVec'ами
 149 inline double RVecAngle(const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 150     return std::acos((a[0] * b[0] + a[1] * b[1] + a[2] * b[2]) / (a.norm() * b.norm()));
 151 }
 152
 153 // вычисление внутренних углов в краске
 154 void colorsAnglesEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > > &colorsIndex,
 155                             std::vector< colorLocalAngles > &colorStruct) {
 156     colorStruct.resize(colorsIndex.size());
 157     #pragma omp parallel for ordered schedule(dynamic)
 158     for (size_t i = 0; i < colorsIndex.size(); ++i) {
 159         colorStruct[i].betaAngles.resize(0);
 160         // "левый" блок
 161         colorStruct[i].a1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO");
 162         colorStruct[i].a1 /= colorStruct[i].a1.norm();
 163         colorStruct[i].b1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAM") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAH") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF");
 164         colorStruct[i].b1 /= colorStruct[i].b1.norm();
 165         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].a1, colorStruct[i].b1);
 166         colorStruct[i].n1 /= colorStruct[i].n1.norm();
 167         // "правый" блок
 168         colorStruct[i].a2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL");
 169         colorStruct[i].a2 /= colorStruct[i].a2.norm();
 170         colorStruct[i].b2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBN") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBS") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB");
 171         colorStruct[i].b2 /= colorStruct[i].b2.norm();
 172         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n2, colorStruct[i].a2, colorStruct[i].b2);
 173         colorStruct[i].n2 *= -1; // для "сонаправленности" векторов нормали
 174         colorStruct[i].n2 /= colorStruct[i].n2.norm();
 175         colorStruct[i].a12 = RVecAngle(colorStruct[i].a1, colorStruct[i].a2);
 176         colorStruct[i].b12 = RVecAngle(colorStruct[i].b1, colorStruct[i].b2);
 177         colorStruct[i].n12 = RVecAngle(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].n2);
 178     }
 179     #pragma omp barrier
 180 }
 181
 182 // вычисление направляющего вектора в бэта-листе
 183 inline void betaListsRVecsEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBetaLists,
 184                                      std::vector< gmx::RVec > &temp, const std::vector< size_t > &inputCA) {
 185     temp.resize(0);
 186     gmx::RVec tempA;
 187     for (const auto &i : inputBetaLists) {
 188         tempA = frame[inputCA[i[i.size() - 1]]] + frame[inputCA[i[i.size() - 2]]] - frame[inputCA[i[1]]] - frame[inputCA[i[0]]];
 189         tempA /= tempA.norm();
 190         temp.push_back(tempA);
 191     }
 192 }
 193
 194 //// определение близко ли к белку находится краска
 195 //bool isNearPeptide(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 196 //                          /*gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood, */const std::vector< size_t > &inputIndex,
 197 //                          const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor) {
 198 //    /*gmx::AnalysisNeighborhoodSearch     nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 199 //    gmx::AnalysisNeighborhoodPair       pair;*/
 200
 201 //    for (size_t i = 0; i < inputColor.size(); ++i) {
 202 //        std::cout << inputColor[i].first << " " << i << " / "  << inputColor.size() << std::endl;
 203 //        gmx::AnalysisNeighborhood           nbhood;
 204 //        nbhood.setCutoff(0.8);
 205 //        gmx::AnalysisNeighborhoodSearch     nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 206 //        gmx::AnalysisNeighborhoodPair       pair;
 207 //        gmx::AnalysisNeighborhoodPairSearch pairSearch = nbsearch.startPairSearch(inputFrame[inputColor[i].second].as_vec());
 208 //        int count1 {0};
 209 //        while (pairSearch.findNextPair(&pair)) {
 210 //            std::cout << ++count1 << " ";
 211 //            for (size_t j = 0; j < inputIndex.size(); ++j) {
 212 //                if (pair.refIndex() == inputIndex[j]) {
 213 //                    return true;
 214 //                }
 215 //            }
 216 //        }
 217 //        std::cout << inputColor[i].first << " atom done" << std::endl;
 218 //    }
 219 //    return false;
 220 //}
 221
 222 // определение близко ли к белку находится краска
 223 bool isNearPeptide(const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame, const std::vector< size_t > &inputIndex,
 224                           const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor, const double cutOff) {
 225     for (size_t i {0}; i < inputColor.size(); ++i) {
 226         for (size_t j {0}; j < inputIndex.size(); ++j) {
 227             if ((inputFrame[inputIndex[j]] - inputFrame[inputColor[i].second]).norm() <= cutOff) {
 228                 return true;
 229             }
 230         }
 231     }
 232     return false;
 233 }
 234
 235 // поиск ближайших к краске бэта-листов
 236 inline void searchNearBetaLists(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 237                                 gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood,
 238                                 const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBLists,
 239                                 const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor,
 240                                 std::vector< bool > &outputList, const std::vector< std::vector< size_t > > &inputAminoacids) {
 241     outputList.resize(0);
 242     outputList.resize(inputBLists.size(), false);
 243     gmx::AnalysisNeighborhoodSearch      nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 244     gmx::AnalysisNeighborhoodPair        pair;
 245     for (const auto &i : inputColor) {
 246         while (nbsearch.startPairSearch(inputFrame[i.second].as_vec()).findNextPair(&pair)) {
 247             for (size_t j = 0; j < inputBLists.size(); ++j) {
 248                 for (size_t k = 0; k < inputBLists[j].size(); ++k) {
 249                     for (size_t m = 0; m < inputAminoacids[inputBLists[j][k]].size(); ++m) {
 250                         if (pair.testIndex() == inputAminoacids[inputBLists[j][k]][m]) {
 251                             outputList[j] = true;
 252                         }
 253                     }
 254                 }
 255             }
 256         }
 257     }
 258 }
 259
 260 // определение углов между краской и направляющим вектором бэта-листа
 261 inline void computeAnglesColorsVsBeta(const gmx::RVec &inputBetaRVec, colorLocalAngles &colorFormation) {
 262     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a1));
 263     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b1));
 264     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n1));
 265     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a2));
 266     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b2));
 267     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n2));
 268 }
 269
 270 // функция записи в файл значений углов для кадра
 271 void anglesFileDump(const int frameNum, const std::string &output, const std::vector< bool > &toPeptide, const std::vector< colorLocalAngles > &colorFormation) {
 272     std::ofstream   file(output);
 273     int temp = 0;
 274     std::vector< double > betaTemp;
 275     betaTemp.resize(0);
 276     file << "frame =" << std::setw(8) << frameNum << std::endl;
 277     for (size_t i = 0; i < colorFormation.size(); ++i) {
 278         file << "color #" << std::setw(3) << i;
 279         if (toPeptide[i]) {
 280             file << std::setw(4) << "yes";
 281         } else {
 282             file << std::setw(4) << "no";
 283         }
 284         file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].a12 << colorFormation[i].b12 << colorFormation[i].n12;
 285         temp = colorFormation[i].betaAngles.size() / 6;
 286         if (temp == 0) {
 287             file << std::setw(4) << 0;
 288         } else {
 289             betaTemp.resize(6, 0.); // magic number, meh
 290             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 291                 betaTemp[j % 6] += colorFormation[i].betaAngles[j];
 292             }
 293             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 294                 betaTemp[j] /= temp;
 295             }
 296             file << std::setw(4) << temp;
 297             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 298                 file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << betaTemp[j];
 299             }
 300             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 301                 file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].betaAngles[j];
 302             }
 303         }
 304     }
 305     file.close();
 306 }
 307
 308 /*! \brief
 309  * \ingroup module_trajectoryanalysis
 310  */
 311 class colorVec : public gmx::TrajectoryAnalysisModule
 312 {
 313     public:
 314
 315         colorVec();
 316         virtual ~colorVec();
 317
 318         //! Set the options and setting
 319         virtual void initOptions(gmx::IOptionsContainer          *options,
 320                                  gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 321
 322         //! First routine called by the analysis framework
 323         // virtual void initAnalysis(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 324         virtual void initAnalysis(const gmx::TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 325                                   const gmx::TopologyInformation        &top);
 326
 327         //! Call for each frame of the trajectory
 328         // virtual void analyzeFrame(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 329         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 330                                   gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 331
 332         //! Last routine called by the analysis framework
 333         // virtual void finishAnalysis(t_pbc *pbc);
 334         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 335
 336         //! Routine to write output, that is additional over the built-in
 337         virtual void writeOutput();
 338
 339     private:
 340
 341         gmx::SelectionList                                              sel_;
 342         std::string                                                     fnOut           {"name"};   // selectable
 343         std::string                                                     fnBetaListsDat;             // selectable
 344         float                                                           effRad          {0.8};      // selectable
 345         std::vector< size_t >                                           index;
 346         std::vector< size_t >                                           indexCA;
 347         std::vector< std::vector< size_t > >                            aminoacidsIndex;
 348         std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > >  colorsNames;
 349         std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > >       betaLists;
 350         gmx::AnalysisNeighborhood                                       nb_;
 351
 352         // Copy and assign disallowed by base.
 353 };
 354
 355 colorVec::colorVec(): TrajectoryAnalysisModule()
 356 {
 357 }
 358
 359 colorVec::~colorVec()
 360 {
 361 }
 362
 363 /*
 364  * ndx:
 365  * [peptide]
 366  * [CA]
 367  * [color_{i}]
 368  *
 369  */
 370
 371 void
 372 colorVec::initOptions(  gmx::IOptionsContainer          *options,
 373                         gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 374 {
 375     static const char *const desc[] = {
 376         "[THISMODULE] to be done"
 377     };
 378     // Add the descriptive text (program help text) to the options
 379     settings->setHelpText(desc);
 380     // Add option for selection list
 381     options->addOption(gmx::SelectionOption("sel")
 382                             .storeVector(&sel_)
 383                             .required().dynamicMask().multiValue()
 384                             .description("select pepride and colors / -sf"));
 385     // Add option for input file names
 386     options->addOption(gmx::StringOption("dat")
 387                             .store(&fnBetaListsDat)
 388                             .description("a file to make dynamic beta lists"));
 389     // Add option for output file name
 390     options->addOption(gmx::StringOption("out")
 391                             .store(&fnOut)
 392                             .description("Index file for the algorithm output."));
 393     // Add option for effRad constant
 394     options->addOption(gmx::FloatOption("efRad")
 395                             .store(&effRad)
 396                             .description("max distance from colors to peptide in nm to consider to be \"near\""));
 397     // Control input settings
 398     settings->setFlags(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efNoUserPBC);
 399     settings->setFlag(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efUseTopX);
 400     //settings->setFlag(TrajectoryAnalysisSettings::efRequireTop);
 401     settings->setPBC(true);
 402 }
 403
 404 void
 405 colorVec::initAnalysis( const gmx::TrajectoryAnalysisSettings   &settings,
 406                         const gmx::TopologyInformation          &top)
 407 {
 408     // считывание индекса
 409     index.resize(0);
 410     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_.front().atomIndices().begin()}; (ai < sel_.front().atomIndices().end()); ai++) {
 411         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 412     }
 413     // считывание индекса
 414     indexCA.resize(0);
 415     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[1].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[2].atomIndices().end()); ai++) {
 416         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 417     }
 418     // считывание красок
 419     colorsNames.resize(sel_.size() - 2);
 420     for (size_t i = 2; i < sel_.size(); ++i) {
 421         for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[i].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[i].atomIndices().end()); ai++) {
 422             colorsNames[i - 2].push_back(std::make_pair(*(top.atoms()->atomname[*ai]), static_cast< size_t >(*ai)));
 423         }
 424     }
 425     // разбор dat файла для создания бэта листов
 426     betaListDigestion(fnBetaListsDat, betaLists);
 427     // разбор топологии для индексации бета листов
 428     aminoacidsIndexation(index, top, aminoacidsIndex);
 429     // задание радиуса рассматриваемых соседей
 430     nb_.setCutoff(effRad);
 431     /*
 432      * формально можно сделать:
 433      * найти соотношение между именами для углов и индексными номерами
 434      * заполнить std::vector< std::vector< size_t > > nameToIndex;
 435      * и в последствии считать:
 436      * a1 = frame[nameToIndex[0][1] + ... - ... - ...
 437      * b1 a2 b2 по аналогии только для [@<-[1, 2, 3]]
 438      *
 439      */
 440 }
 441
 442 void
 443 colorVec::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 444 {
 445     std::cout << "\tFrame analisis start ..." << std::endl;
 446     std::vector< gmx::RVec > trajectoryFrame;
 447     trajectoryFrame.resize(0);
 448     // считывания текущего фрейма траектории
 449     for (size_t i {0}; i < index.size(); ++i) {
 450         trajectoryFrame.push_back(fr.x[index[i]]);
 451     }
 452     // подсчёт углов в красках
 453     std::vector< colorLocalAngles > colorFormation;
 454     std::cout << "\t\tColors' angles evaluation." << std::endl;
 455     colorsAnglesEvaluation(trajectoryFrame, colorsNames, colorFormation);
 456     // рассчёт положения относительно белка
 457     /*
 458      * формально можно совместить определение близости с белком и определение ближайших бэта-листов
 459      * для этого думаю нужно как-то соотнести или сделать соотношение между индексом и бэта-листами (т.е. хранить что бы за О(1) делать)
 460      *
 461      */
 462
 463     std::vector< bool >     colorsToPeptide;
 464     colorsToPeptide.resize(0);
 465     colorsToPeptide.resize(colorsNames.size(), false);
 466     std::cout << "\t\tWhich colors are \"near\" the pepride mass." << std::endl;
 467     for (size_t i = 0; i < colorsNames.size(); ++i) {
 468         colorsToPeptide[i] = isNearPeptide(trajectoryFrame, index, colorsNames[i], effRad);
 469     }
 470     // расчёт угла и среднего угла с ближайшими бета листами
 471     std::vector< std::vector< bool > > colorsToBeta;
 472     colorsToBeta.resize(0);
 473     colorsToBeta.resize(colorsNames.size());
 474     std::vector< std::vector< double > > colorsToBetaAngles;
 475     colorsToBetaAngles.resize(0);
 476     std::vector< gmx::RVec > betaListsRVecs;
 477     std::cout << "\t\tBeta-lists' RVecs search." << std::endl;
 478     betaListsRVecsEvaluation(trajectoryFrame, betaLists[frnr], betaListsRVecs, indexCA);
 479     std::cout << "\t\tSearching nearby beta-lists." << std::endl;
 480     for (size_t i = 0; i < colorsToPeptide.size(); ++i) {
 481         if (colorsToPeptide[i]) {
 482             searchNearBetaLists(fr, pbc, trajectoryFrame, nb_, betaLists[frnr], colorsNames[i], colorsToBeta[i], aminoacidsIndex);
 483         }
 484     }
 485     std::cout << "\t\tComputing angles colors vs betas." << std::endl;
 486     for (size_t i = 0; i < colorsToBeta.size(); ++i) {
 487         for (size_t j = 0; j < colorsToBeta[i].size(); ++j) {
 488             if (colorsToBeta[i][j]) {
 489                 computeAnglesColorsVsBeta(betaListsRVecs[j], colorFormation[i]);
 490             }
 491         }
 492     }
 493     // вывод в файл(ы) информацию для фрейма
 494     std::cout << "\t\tDumping data." << std::endl;
 495     anglesFileDump(frnr, fnOut, colorsToPeptide, colorFormation);
 496     std::cout << "\tFrame analysed." << std::endl;
 497 }
 498
 499 void
 500 colorVec::finishAnalysis(int nframes)
 501 {
 502
 503 }
 504
 505 void
 506 colorVec::writeOutput()
 507 {
 508     /*
 509      *
 510      * frame #<current frame number>
 511      * color #<color number> <yes/no for "close" to peptide> a12 b12 n12 <number of beta lists> <6 avg beta angles> [<6 angles for each beta list>]
 512      *
 513      */
 514     std::cout << "\n\t colorAngles finished successfully" << std::endl;
 515 }
 516
 517 /*! \brief
 518  * The main function for the analysis template.
 519  */
 520 int
 521 main(int argc, char *argv[])
 522 {
 523     return gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain<colorVec>(argc, argv);
 524 }