src/colorvec.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::analysismodules::Freevolume.
  38  *
  39  * \author Titov Anatoly <Wapuk-cobaka@yandex.ru>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42
  43 #include <gromacs/trajectoryanalysis.h>
  44 #include <gromacs/trajectoryanalysis/topologyinformation.h>
  45 #include <gromacs/selection/nbsearch.h>
  46
  47 #include <iostream>
  48 #include <fstream>
  49 //#include <chrono>
  50 #include <cfloat>
  51 #include <omp.h>
  52 #include <vector>
  53 #include <cstdio>
  54 #include <iomanip>
  55
  56 // структура углов для одной краски
  57 struct colorLocalAngles {
  58     gmx::RVec   a1, a2;
  59     gmx::RVec   b1, b2;
  60     gmx::RVec   n1, n2;
  61     double      a12, b12, n12;
  62     std::vector< double > betaAngles;
  63 };
  64
  65 // хрен пойми почему, но захотелось рекурсивно сделать | можно сделать и через вайл
  66 long long returnBetaEnd(const std::string &currentLine, long long pos) {
  67     switch (currentLine[pos]) {
  68         case 'B' :
  69             returnBetaEnd(currentLine, pos + 1);
  70             break;
  71         case 'E' :
  72             returnBetaEnd(currentLine, pos + 1);
  73             break;
  74         default :
  75             return (pos - 1);
  76             break;
  77     }
  78     return (pos - 1); // формально логически лишняя строчка, но Qt ругается
  79 }
  80
  81 // функция парсинга одной строки
  82 void parseBetaListDATLine(const std::string &currentLine, std::vector< std::vector< unsigned int > > &localInputBL) {
  83     size_t                      equalCount = 0;
  84     std::vector< unsigned int > a;
  85     a.resize(0);
  86     for (size_t i = 0; i < currentLine.size(); ++i) {
  87         if (currentLine[i] == '=') { // подсчитываем число "пустых" символов
  88             ++equalCount;
  89         } else {
  90             long long temp = returnBetaEnd(currentLine, i);
  91             if (temp - static_cast< long long >(i) > 3) {
  92                 localInputBL.push_back(a);
  93                 for (size_t j = i; j <= temp; ++j) {
  94                     localInputBL.back().push_back(j - equalCount);
  95                 }
  96                 i = temp;
  97             }
  98         }
  99     }
 100 }
 101
 102 // функция нахождения бета-листов в структуре по файлу ДССП
 103 void betaListDigestion(const std::string &inputFile, std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > > &inputBL) {
 104     inputBL.resize(0);
 105     std::ifstream   file(inputFile);
 106     std::string     line;
 107     getline(file, line); // считываем число в первой строке - кол-во осмысленных элементов в строках - нам не нужно
 108     getline(file, line);
 109     if (line.size() > 3) {
 110         do {
 111             inputBL.resize(inputBL.size() + 1);
 112             parseBetaListDATLine(line, inputBL.back());
 113             line = "";
 114             getline(file, line);
 115         } while (line.size() > 3);
 116     } else {
 117         throw "DSSP DAT FILE IS EMPTY";
 118     }
 119     file.close();
 120 }
 121
 122 // функция выделения индексов для бэталистов
 123 inline void aminoacidsIndexation(const std::vector< size_t > &inputIndex, const gmx::TopologyInformation &top, std::vector< std::vector< size_t > > &aminoacidsIndex) {
 124     aminoacidsIndex.resize(0);
 125     for (size_t i = 0; i < inputIndex.size(); ++i) {
 126         aminoacidsIndex.resize(std::max(aminoacidsIndex.size(), static_cast< size_t >(top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind + 1)));
 127         aminoacidsIndex[top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind].push_back(inputIndex[i]);
 128     }
 129 }
 130
 131 // функция поиска RVec в кадре по имени->индексу
 132 gmx::RVec returnRVec(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &colorsIndex, std::string toFind) {
 133     for (auto &i : colorsIndex) {
 134         if (i.first == toFind) {
 135             return frame[i.second];
 136         }
 137     }
 138     throw "WRONG COLOR ATOM NAME TO EVALUATE VECTORS";
 139 }
 140
 141 // функция векторного произведения двух RVec'ов
 142 inline void RVecVecMultiply(gmx::RVec &n, const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 143     n[0] = a[1] * b[2] - a[2] * b[1];
 144     n[1] = a[2] * b[0] - a[0] * b[2];
 145     n[2] = a[0] * b[1] - a[2] * b[0];
 146 }
 147
 148 // поиск угла между двумя RVec'ами
 149 inline double RVecAngle(const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 150     return std::acos((a[0] * b[0] + a[1] * b[1] + a[2] * b[2]) / (a.norm() * b.norm()));
 151 }
 152
 153 // вычисление внутренних углов в краске
 154 void colorsAnglesEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > > &colorsIndex, std::vector< colorLocalAngles > &colorStruct) {
 155     colorStruct.resize(colorsIndex.size());
 156     #pragma omp parallel for ordered schedule(dynamic)
 157     for (size_t i = 0; i < colorsIndex.size(); ++i) {
 158         colorStruct[i].betaAngles.resize(0);
 159         // "левый" блок
 160         colorStruct[i].a1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO");
 161         colorStruct[i].a1 /= colorStruct[i].a1.norm();
 162         colorStruct[i].b1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAM") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAH") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF");
 163         colorStruct[i].b1 /= colorStruct[i].b1.norm();
 164         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].a1, colorStruct[i].b1);
 165         colorStruct[i].n1 /= colorStruct[i].n1.norm();
 166         // "правый" блок
 167         colorStruct[i].a2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL");
 168         colorStruct[i].a2 /= colorStruct[i].a2.norm();
 169         colorStruct[i].b2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBN") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBS") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB");
 170         colorStruct[i].b2 /= colorStruct[i].b2.norm();
 171         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n2, colorStruct[i].a2, colorStruct[i].b2);
 172         colorStruct[i].n2 *= -1; // для "сонаправленности" векторов нормали
 173         colorStruct[i].n2 /= colorStruct[i].n2.norm();
 174         colorStruct[i].a12 = RVecAngle(colorStruct[i].a1, colorStruct[i].a2);
 175         colorStruct[i].b12 = RVecAngle(colorStruct[i].b1, colorStruct[i].b2);
 176         colorStruct[i].n12 = RVecAngle(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].n2);
 177     }
 178     #pragma omp barrier
 179 }
 180
 181 // вычисление направляющего вектора в бэта-листе
 182 inline void betaListsRVecsEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBetaLists, std::vector< gmx::RVec > &temp, const std::vector< size_t > &inputCA) {
 183     temp.resize(0);
 184     gmx::RVec tempA;
 185     for (const auto &i : inputBetaLists) {
 186         tempA = frame[inputCA[i[i.size() - 1]]] + frame[inputCA[i[i.size() - 2]]] - frame[inputCA[i[1]]] - frame[inputCA[i[0]]];
 187         tempA /= tempA.norm();
 188         temp.push_back(tempA);
 189     }
 190 }
 191
 192 // определение близко ли к белку находится краска
 193 bool isNearPeptide(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 194                           gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood, const std::vector< size_t > &inputIndex,
 195                           const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor) {
 196     gmx::AnalysisNeighborhoodSearch     nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 197     gmx::AnalysisNeighborhoodPair       pair;
 198     for (const auto &i : inputColor) {
 199         std::cout << i.first << std::endl;
 200         gmx::AnalysisNeighborhoodPairSearch pairSearch = nbsearch.startPairSearch(inputFrame[i.second].as_vec());
 201         while (pairSearch.findNextPair(&pair)) {
 202             for (const auto &j : inputIndex) {
 203                 if (pair.refIndex() == j) {
 204                     return true;
 205                 }
 206             }
 207         }
 208     }
 209     return false;
 210 }
 211
 212 // поиск ближайших к краске бэта-листов
 213 inline void searchNearBetaLists(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > inputFrame,
 214                                 gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood,
 215                                 const std::vector< std::vector< unsigned int > > inputBLists,
 216                                 const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor,
 217                                 std::vector< bool > &outputList, const std::vector< std::vector< size_t > > &inputAminoacids) {
 218     outputList.resize(0);
 219     outputList.resize(inputBLists.size(), false);
 220     gmx::AnalysisNeighborhoodSearch      nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 221     gmx::AnalysisNeighborhoodPair        pair;
 222     for (const auto &i : inputColor) {
 223         while (nbsearch.startPairSearch(inputFrame[i.second].as_vec()).findNextPair(&pair)) {
 224             for (size_t j = 0; j < inputBLists.size(); ++j) {
 225                 for (size_t k = 0; k < inputBLists[j].size(); ++k) {
 226                     for (size_t m = 0; m < inputAminoacids[inputBLists[j][k]].size(); ++m) {
 227                         if (pair.testIndex() == inputAminoacids[inputBLists[j][k]][m]) {
 228                             outputList[j] = true;
 229                         }
 230                     }
 231                 }
 232             }
 233         }
 234     }
 235
 236 }
 237
 238 // определение углов между краской и направляющим вектором бэта-листа
 239 inline void computeAnglesColorsVsBeta(const gmx::RVec &inputBetaRVec, colorLocalAngles &colorFormation) {
 240     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a1));
 241     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b1));
 242     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n1));
 243     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a2));
 244     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b2));
 245     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n2));
 246 }
 247
 248 // функция записи в файл значений углов для кадра
 249 void anglesFileDump(const int frameNum, const std::string &output, const std::vector< bool > &toPeptide, const std::vector< colorLocalAngles > &colorFormation) {
 250     std::ofstream   file(output);
 251     int temp = 0;
 252     std::vector< double > betaTemp;
 253     betaTemp.resize(0);
 254     file << "frame =" << std::setw(8) << frameNum << std::endl;
 255     for (size_t i = 0; i < colorFormation.size(); ++i) {
 256         file << "color #" << std::setw(3) << i;
 257         if (toPeptide[i]) {
 258             file << std::setw(4) << "yes";
 259         } else {
 260             file << std::setw(4) << "no";
 261         }
 262         file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].a12 << colorFormation[i].b12 << colorFormation[i].n12;
 263         temp = colorFormation[i].betaAngles.size() / 6;
 264         if (temp == 0) {
 265             file << std::setw(4) << 0;
 266         } else {
 267             betaTemp.resize(6, 0.); // magic number, meh
 268             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 269                 betaTemp[j % 6] += colorFormation[i].betaAngles[j];
 270             }
 271             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 272                 betaTemp[j] /= temp;
 273             }
 274             file << std::setw(4) << temp;
 275             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 276                 file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << betaTemp[j];
 277             }
 278             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 279                 file << std::setw(7) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].betaAngles[j];
 280             }
 281         }
 282     }
 283     file.close();
 284 }
 285
 286 /*! \brief
 287  * \ingroup module_trajectoryanalysis
 288  */
 289 class colorVec : public gmx::TrajectoryAnalysisModule
 290 {
 291     public:
 292
 293         colorVec();
 294         virtual ~colorVec();
 295
 296         //! Set the options and setting
 297         virtual void initOptions(gmx::IOptionsContainer          *options,
 298                                  gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 299
 300         //! First routine called by the analysis framework
 301         // virtual void initAnalysis(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 302         virtual void initAnalysis(const gmx::TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 303                                   const gmx::TopologyInformation        &top);
 304
 305         //! Call for each frame of the trajectory
 306         // virtual void analyzeFrame(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 307         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 308                                   gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 309
 310         //! Last routine called by the analysis framework
 311         // virtual void finishAnalysis(t_pbc *pbc);
 312         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 313
 314         //! Routine to write output, that is additional over the built-in
 315         virtual void writeOutput();
 316
 317     private:
 318
 319         gmx::SelectionList                                              sel_;
 320         std::string                                                     fnOut           {"name"};   // selectable
 321         std::string                                                     fnBetaListsDat;             // selectable
 322         float                                                           effRad          {0.8};      // selectable
 323         std::vector< size_t >                                           index;
 324         std::vector< size_t >                                           indexCA;
 325         std::vector< std::vector< size_t > >                            aminoacidsIndex;
 326         std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > >  colorsNames;
 327         std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > >       betaLists;
 328         gmx::AnalysisNeighborhood                                       nb_;
 329
 330         // Copy and assign disallowed by base.
 331 };
 332
 333 colorVec::colorVec(): TrajectoryAnalysisModule()
 334 {
 335 }
 336
 337 colorVec::~colorVec()
 338 {
 339 }
 340
 341 /*
 342  * ndx:
 343  * [peptide]
 344  * [CA]
 345  * [color_{i}]
 346  *
 347  */
 348
 349 void
 350 colorVec::initOptions(  gmx::IOptionsContainer          *options,
 351                         gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 352 {
 353     static const char *const desc[] = {
 354         "[THISMODULE] to be done"
 355     };
 356     // Add the descriptive text (program help text) to the options
 357     settings->setHelpText(desc);
 358     // Add option for selection list
 359     options->addOption(gmx::SelectionOption("sel")
 360                             .storeVector(&sel_)
 361                             .required().dynamicMask().multiValue()
 362                             .description("select pepride and colors / -sf"));
 363     // Add option for input file names
 364     options->addOption(gmx::StringOption("dat")
 365                             .store(&fnBetaListsDat)
 366                             .description("a file to make dynamic beta lists"));
 367     // Add option for output file name
 368     options->addOption(gmx::StringOption("out")
 369                             .store(&fnOut)
 370                             .description("Index file for the algorithm output."));
 371     // Add option for effRad constant
 372     options->addOption(gmx::FloatOption("efRad")
 373                             .store(&effRad)
 374                             .description("max distance from colors to peptide in nm to consider to be \"near\""));
 375     // Control input settings
 376     settings->setFlags(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efNoUserPBC);
 377     settings->setFlag(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efUseTopX);
 378     //settings->setFlag(TrajectoryAnalysisSettings::efRequireTop);
 379     settings->setPBC(true);
 380 }
 381
 382 void
 383 colorVec::initAnalysis( const gmx::TrajectoryAnalysisSettings   &settings,
 384                         const gmx::TopologyInformation          &top)
 385 {
 386     // считывание индекса
 387     index.resize(0);
 388     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_.front().atomIndices().begin()}; (ai < sel_.front().atomIndices().end()); ai++) {
 389         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 390     }
 391     // считывание индекса
 392     indexCA.resize(0);
 393     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[1].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[2].atomIndices().end()); ai++) {
 394         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 395     }
 396     // считывание красок
 397     colorsNames.resize(sel_.size() - 2);
 398     for (size_t i = 2; i < sel_.size(); ++i) {
 399         for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[i].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[i].atomIndices().end()); ai++) {
 400             colorsNames[i - 2].push_back(std::make_pair(*(top.atoms()->atomname[*ai]), static_cast< size_t >(*ai)));
 401         }
 402     }
 403     // разбор dat файла для создания бэта листов
 404     betaListDigestion(fnBetaListsDat, betaLists);
 405     // разбор топологии для индексации бета листов
 406     aminoacidsIndexation(index, top, aminoacidsIndex);
 407     // задание радиуса рассматриваемых соседей
 408     nb_.setCutoff(effRad);
 409     /*
 410      * формально можно сделать:
 411      * найти соотношение между именами для углов и индексными номерами
 412      * заполнить std::vector< std::vector< size_t > > nameToIndex;
 413      * и в последствии считать:
 414      * a1 = frame[nameToIndex[0][1] + ... - ... - ...
 415      * b1 a2 b2 по аналогии только для [@<-[1, 2, 3]]
 416      *
 417      */
 418 }
 419
 420 void
 421 colorVec::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 422 {
 423     std::cout << "\tFrame analisis start ..." << std::endl;
 424     std::vector< gmx::RVec > trajectoryFrame;
 425     trajectoryFrame.resize(0);
 426     // считывания текущего фрейма траектории
 427     for (size_t i {0}; i < index.size(); ++i) {
 428         trajectoryFrame.push_back(fr.x[index[i]]);
 429     }
 430     // подсчёт углов в красках
 431     std::vector< colorLocalAngles > colorFormation;
 432     std::cout << "\t\tColors' angles evaluation." << std::endl;
 433     colorsAnglesEvaluation(trajectoryFrame, colorsNames, colorFormation);
 434     // рассчёт положения относительно белка
 435     /*
 436      * формально можно совместить определение близости с белком и определение ближайших бэта-листов
 437      * для этого думаю нужно как-то соотнести или сделать соотношение между индексом и бэта-листами (т.е. хранить что бы за О(1) делать)
 438      *
 439      */
 440
 441     std::vector< bool >     colorsToPeptide;
 442     colorsToPeptide.resize(0);
 443     colorsToPeptide.resize(colorsNames.size(), false);
 444     std::cout << "\t\tWhich colors are \"near\" the pepride mass." << std::endl;
 445     for (size_t i = 0; i < colorsNames.size(); ++i) {
 446         colorsToPeptide[i] = isNearPeptide(fr, pbc, trajectoryFrame, nb_, index, colorsNames[i]);
 447     }
 448     // расчёт угла и среднего угла с ближайшими бета листами
 449     std::vector< std::vector< bool > > colorsToBeta;
 450     colorsToBeta.resize(0);
 451     colorsToBeta.resize(colorsNames.size());
 452     std::vector< std::vector< double > > colorsToBetaAngles;
 453     colorsToBetaAngles.resize(0);
 454     std::vector< gmx::RVec > betaListsRVecs;
 455     std::cout << "\t\tBeta-lists' RVecs search." << std::endl;
 456     betaListsRVecsEvaluation(trajectoryFrame, betaLists[frnr], betaListsRVecs, indexCA);
 457     std::cout << "\t\tSearching nearby beta-lists." << std::endl;
 458     for (size_t i = 0; i < colorsToPeptide.size(); ++i) {
 459         if (colorsToPeptide[i]) {
 460             searchNearBetaLists(fr, pbc, trajectoryFrame, nb_, betaLists[frnr], colorsNames[i], colorsToBeta[i], aminoacidsIndex);
 461         }
 462     }
 463     std::cout << "\t\tComputing angles colors vs betas." << std::endl;
 464     for (size_t i = 0; i < colorsToBeta.size(); ++i) {
 465         for (size_t j = 0; j < colorsToBeta[i].size(); ++j) {
 466             if (colorsToBeta[i][j]) {
 467                 computeAnglesColorsVsBeta(betaListsRVecs[j], colorFormation[i]);
 468             }
 469         }
 470     }
 471     // вывод в файл(ы) информацию для фрейма
 472     std::cout << "\t\tDumping data." << std::endl;
 473     anglesFileDump(frnr, fnOut, colorsToPeptide, colorFormation);
 474     std::cout << "\tFrame analysed." << std::endl;
 475 }
 476
 477 void
 478 colorVec::finishAnalysis(int nframes)
 479 {
 480
 481 }
 482
 483 void
 484 colorVec::writeOutput()
 485 {
 486     /*
 487      *
 488      * frame #<current frame number>
 489      * color #<color number> <yes/no for "close" to peptide> a12 b12 n12 <number of beta lists> <6 avg beta angles> [<6 angles for each beta list>]
 490      *
 491      */
 492     std::cout << "\n\t colorAngles finished successfully" << std::endl;
 493 }
 494
 495 /*! \brief
 496  * The main function for the analysis template.
 497  */
 498 int
 499 main(int argc, char *argv[])
 500 {
 501     return gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain<colorVec>(argc, argv);
 502 }