src/colorvec.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements gmx::analysismodules::Freevolume.
  38  *
  39  * \author Titov Anatoly <Wapuk-cobaka@yandex.ru>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42
  43 #include <gromacs/trajectoryanalysis.h>
  44 #include <gromacs/trajectoryanalysis/topologyinformation.h>
  45 #include <gromacs/selection/nbsearch.h>
  46
  47 #include <iostream>
  48 #include <fstream>
  49 //#include <chrono>
  50 #include <cfloat>
  51 #include <omp.h>
  52 #include <vector>
  53 #include <cstdio>
  54 #include <iomanip>
  55
  56 // структура углов для одной краски
  57 struct colorLocalAngles {
  58     gmx::RVec   a1{0., 0., 0.}, a2{0., 0., 0.};
  59     gmx::RVec   b1{0., 0., 0.}, b2{0., 0., 0.};
  60     gmx::RVec   n1{0., 0., 0.}, n2{0., 0., 0.};
  61     double      a12 {0}, b12 {0}, n12 {0};
  62     std::vector< double > betaAngles;
  63 };
  64
  65 // функция парсинга одной строки
  66 void parseBetaListDATLine(const std::string &currentLine, std::vector< std::vector< unsigned int > > &localInputBL) {
  67     size_t                      equalCount = 0;
  68     std::vector< unsigned int > a;
  69     a.resize(0);
  70     for (size_t i = 0; i < currentLine.size(); ++i) {
  71         if (currentLine[i] == '=') { // подсчитываем число "пустых" символов
  72             ++equalCount;
  73         } else {
  74             size_t temp {i};
  75             for (size_t j = i + 1; j < currentLine.size(); ++j) {
  76                 if (currentLine[j] == 'B' || currentLine[j] == 'E') {
  77                     ++temp;
  78                 } else {
  79                     break;
  80                 }
  81             }
  82             if (temp - i > 3) {
  83                 localInputBL.push_back(a);
  84                 for (size_t j = i; j <= temp; ++j) {
  85                     localInputBL.back().push_back(j - equalCount);
  86                 }
  87                 i = temp;
  88             }
  89         }
  90     }
  91 }
  92
  93 // функция нахождения бета-листов в структуре по файлу ДССП
  94 void betaListDigestion(const std::string &inputFile, std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > > &inputBL) {
  95     inputBL.resize(0);
  96     std::ifstream   file(inputFile);
  97     std::string     line;
  98     getline(file, line); // считываем число в первой строке - кол-во осмысленных элементов в строках - нам не нужно
  99     getline(file, line);
 100     if (line.size() > 3) {
 101         do {
 102             inputBL.resize(inputBL.size() + 1);
 103             parseBetaListDATLine(line, inputBL.back());
 104             line = "";
 105             getline(file, line);
 106         } while (line.size() > 3);
 107     } else {
 108         throw "DSSP DAT FILE IS EMPTY";
 109     }
 110     file.close();
 111 }
 112
 113 // функция выделения индексов для бэталистов
 114 inline void aminoacidsIndexation(const std::vector< size_t > &inputIndex, const gmx::TopologyInformation &top, std::vector< std::vector< size_t > > &aminoacidsIndex) {
 115     aminoacidsIndex.resize(0);
 116     for (size_t i = 0; i < inputIndex.size(); ++i) {
 117         aminoacidsIndex.resize(std::max(aminoacidsIndex.size(), static_cast< size_t >(top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind + 1)));
 118         aminoacidsIndex[top.atoms()->atom[inputIndex[i]].resind].push_back(inputIndex[i]);
 119     }
 120 }
 121
 122 // функция поиска RVec в кадре по имени->индексу
 123 gmx::RVec returnRVec(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &colorsIndex, const std::string &toFind) {
 124     for (auto &i : colorsIndex) {
 125         if (i.first == toFind) {
 126             return frame[i.second];
 127         }
 128     }
 129     throw "WRONG COLOR ATOM NAME TO EVALUATE VECTORS";
 130 }
 131
 132 // функция векторного произведения двух RVec'ов
 133 inline void RVecVecMultiply(gmx::RVec &n, const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 134     n[0] = a[1] * b[2] - a[2] * b[1];
 135     n[1] = a[2] * b[0] - a[0] * b[2];
 136     n[2] = a[0] * b[1] - a[2] * b[0];
 137 }
 138
 139 // поиск угла между двумя RVec'ами
 140 inline double RVecAngle(const gmx::RVec &a, const gmx::RVec &b) {
 141     return std::acos((a[0] * b[0] + a[1] * b[1] + a[2] * b[2]) / (a.norm() * b.norm())) * 180.0 / 3.14159265;
 142 }
 143
 144 // вычисление внутренних углов в краске
 145 void colorsAnglesEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > > &colorsIndex,
 146                             std::vector< colorLocalAngles > &colorStruct) {
 147     colorStruct.resize(colorsIndex.size());
 148     #pragma omp parallel for ordered schedule(dynamic)
 149     for (size_t i = 0; i < colorsIndex.size(); ++i) {
 150         colorStruct[i].betaAngles.resize(0);
 151         // "левый" блок
 152         colorStruct[i].a1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO");
 153         colorStruct[i].a1 /= colorStruct[i].a1.norm();
 154         colorStruct[i].b1 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAO") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAJ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAM") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAH") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAK") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAF");
 155         colorStruct[i].b1 /= colorStruct[i].b1.norm();
 156         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].a1, colorStruct[i].b1);
 157         colorStruct[i].n1 /= colorStruct[i].n1.norm();
 158         // "правый" блок
 159         colorStruct[i].a2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL");
 160         colorStruct[i].a2 /= colorStruct[i].a2.norm();
 161         colorStruct[i].b2 = returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBL") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBQ") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBN") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBS") + returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CBP") - returnRVec(frame, colorsIndex[i], "CAB");
 162         colorStruct[i].b2 /= colorStruct[i].b2.norm();
 163         RVecVecMultiply(colorStruct[i].n2, colorStruct[i].a2, colorStruct[i].b2);
 164         colorStruct[i].n2 *= -1; // для "сонаправленности" векторов нормали
 165         colorStruct[i].n2 /= colorStruct[i].n2.norm();
 166         colorStruct[i].a12 = RVecAngle(colorStruct[i].a1, colorStruct[i].a2);
 167         colorStruct[i].b12 = RVecAngle(colorStruct[i].b1, colorStruct[i].b2);
 168         colorStruct[i].n12 = RVecAngle(colorStruct[i].n1, colorStruct[i].n2);
 169     }
 170     #pragma omp barrier
 171 }
 172
 173 // вычисление направляющего вектора в бэта-листе
 174 inline void betaListsRVecsEvaluation(const std::vector< gmx::RVec > &frame, const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBetaLists,
 175                                      std::vector< gmx::RVec > &temp, const std::vector< size_t > &inputCA) {
 176     temp.resize(0);
 177     gmx::RVec tempA;
 178     for (const auto &i : inputBetaLists) {
 179         tempA = frame[inputCA[i[i.size() - 1]]] + frame[inputCA[i[i.size() - 2]]] - frame[inputCA[i[1]]] - frame[inputCA[i[0]]];
 180         tempA /= tempA.norm();
 181         temp.push_back(tempA);
 182     }
 183 }
 184
 185 //// определение близко ли к белку находится краска
 186 //bool isNearPeptide(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 187 //                          /*gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood, */const std::vector< size_t > &inputIndex,
 188 //                          const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor) {
 189 //    /*gmx::AnalysisNeighborhoodSearch     nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 190 //    gmx::AnalysisNeighborhoodPair       pair;*/
 191
 192 //    for (size_t i = 0; i < inputColor.size(); ++i) {
 193 //        std::cout << inputColor[i].first << " " << i << " / "  << inputColor.size() << std::endl;
 194 //        gmx::AnalysisNeighborhood           nbhood;
 195 //        nbhood.setCutoff(0.8);
 196 //        gmx::AnalysisNeighborhoodSearch     nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 197 //        gmx::AnalysisNeighborhoodPair       pair;
 198 //        gmx::AnalysisNeighborhoodPairSearch pairSearch = nbsearch.startPairSearch(inputFrame[inputColor[i].second].as_vec());
 199 //        int count1 {0};
 200 //        while (pairSearch.findNextPair(&pair)) {
 201 //            std::cout << ++count1 << " ";
 202 //            for (size_t j = 0; j < inputIndex.size(); ++j) {
 203 //                if (pair.refIndex() == inputIndex[j]) {
 204 //                    return true;
 205 //                }
 206 //            }
 207 //        }
 208 //        std::cout << inputColor[i].first << " atom done" << std::endl;
 209 //    }
 210 //    return false;
 211 //}
 212
 213 // определение близко ли к белку находится краска
 214 bool isNearPeptide( const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame, const std::vector< size_t > &inputIndex,
 215                     const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor, const double cutOff) {
 216     for (size_t i {0}; i < inputColor.size(); ++i) {
 217         for (size_t j {0}; j < inputIndex.size(); ++j) {
 218             if ((inputFrame[inputIndex[j]] - inputFrame[inputColor[i].second]).norm() <= cutOff) {
 219                 return true;
 220             }
 221         }
 222     }
 223     return false;
 224 }
 225
 226 // поиск ближайших к краске бэта-листов
 227 //inline void searchNearBetaLists(const t_trxframe &fr, const t_pbc *pbc, const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame,
 228 //                                gmx::AnalysisNeighborhood &nbhood,
 229 //                                const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBLists,
 230 //                                const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor,
 231 //                                std::vector< bool > &outputList, const std::vector< std::vector< size_t > > &inputAminoacids) {
 232 //    outputList.resize(0);
 233 //    outputList.resize(inputBLists.size(), false);
 234 //    gmx::AnalysisNeighborhoodSearch      nbsearch = nbhood.initSearch(pbc, gmx::AnalysisNeighborhoodPositions(fr.x, fr.natoms));
 235 //    gmx::AnalysisNeighborhoodPair        pair;
 236 //    for (const auto &i : inputColor) {
 237 //        while (nbsearch.startPairSearch(inputFrame[i.second].as_vec()).findNextPair(&pair)) {
 238 //            for (size_t j = 0; j < inputBLists.size(); ++j) {
 239 //                for (size_t k = 0; k < inputBLists[j].size(); ++k) {
 240 //                    for (size_t m = 0; m < inputAminoacids[inputBLists[j][k]].size(); ++m) {
 241 //                        if (pair.testIndex() == inputAminoacids[inputBLists[j][k]][m]) {
 242 //                            outputList[j] = true;
 243 //                        }
 244 //                    }
 245 //                }
 246 //            }
 247 //        }
 248 //    }
 249 //}
 250
 251 inline void searchNearBetaLists(const std::vector< gmx::RVec > &inputFrame, const std::vector< std::vector< unsigned int > > &inputBLists,
 252                                 const std::vector< std::pair< std::string, size_t > > &inputColor, std::vector< bool > &outputList,
 253                                 const std::vector< std::vector< size_t > > &inputAminoacids, const double cutOff) {
 254     outputList.resize(0);
 255     outputList.resize(inputBLists.size(), false);
 256     for (size_t i {0}; i < inputColor.size(); ++i) {
 257         for (size_t j = 0; j < inputBLists.size(); ++j) {
 258             for (size_t k = 0; k < inputBLists[j].size(); ++k) {
 259                 for (size_t m = 0; m < inputAminoacids[inputBLists[j][k]].size(); ++m) {
 260                     if ((inputFrame[inputAminoacids[inputBLists[j][k]][m]] - inputFrame[inputColor[i].second]).norm() <= cutOff) {
 261                         outputList[j] = true;
 262                         break;
 263                     }
 264                 }
 265             }
 266         }
 267     }
 268 }
 269
 270 // определение углов между краской и направляющим вектором бэта-листа
 271 inline void computeAnglesColorsVsBeta(const gmx::RVec &inputBetaRVec, colorLocalAngles &colorFormation) {
 272     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a1));
 273     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b1));
 274     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n1));
 275     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.a2));
 276     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.b2));
 277     colorFormation.betaAngles.push_back(RVecAngle(inputBetaRVec, colorFormation.n2));
 278 }
 279
 280 // функция записи в файл значений углов для кадра
 281 void anglesFileDump(const int frameNum, const std::string &output, const std::vector< bool > &toPeptide, const std::vector< colorLocalAngles > &colorFormation) {
 282     std::ofstream   file(output, std::ofstream::app);
 283     int temp = 0;
 284     std::vector< double > betaTemp;
 285     betaTemp.resize(0);
 286     file << "frame =" << std::setw(8) << frameNum << std::endl;
 287     for (size_t i = 0; i < colorFormation.size(); ++i) {
 288         file << "color #" << std::setw(3) << i;
 289         if (toPeptide[i]) {
 290             file << std::setw(4) << "yes";
 291         } else {
 292             file << std::setw(4) << "no";
 293         }
 294         file << std::setw(8) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].a12 << std::setw(8) << colorFormation[i].b12 << std::setw(8) << colorFormation[i].n12;
 295         temp = colorFormation[i].betaAngles.size() / 6;
 296         if (temp == 0) {
 297             file << std::setw(4) << 0;
 298         } else {
 299             betaTemp.resize(6, 0.); // magic number, meh
 300             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 301                 betaTemp[j % 6] += colorFormation[i].betaAngles[j];
 302             }
 303             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 304                 betaTemp[j] /= temp;
 305             }
 306             file << std::setw(4) << temp;
 307             for (size_t j = 0; j < betaTemp.size(); ++j) {
 308                 file << std::setw(8) << std::setprecision(2) << betaTemp[j];
 309             }
 310             for (size_t j = 0; j < colorFormation[i].betaAngles.size(); ++j) {
 311                 file << std::setw(8) << std::setprecision(2) << colorFormation[i].betaAngles[j];
 312             }
 313         }
 314         file << std::endl;
 315     }
 316     file.close();
 317 }
 318
 319 /*! \brief
 320  * \ingroup module_trajectoryanalysis
 321  */
 322 class colorVec : public gmx::TrajectoryAnalysisModule
 323 {
 324     public:
 325
 326         colorVec();
 327         virtual ~colorVec();
 328
 329         //! Set the options and setting
 330         virtual void initOptions(gmx::IOptionsContainer          *options,
 331                                  gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 332
 333         //! First routine called by the analysis framework
 334         // virtual void initAnalysis(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 335         virtual void initAnalysis(const gmx::TrajectoryAnalysisSettings &settings,
 336                                   const gmx::TopologyInformation        &top);
 337
 338         //! Call for each frame of the trajectory
 339         // virtual void analyzeFrame(const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc);
 340         virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc,
 341                                   gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 342
 343         //! Last routine called by the analysis framework
 344         // virtual void finishAnalysis(t_pbc *pbc);
 345         virtual void finishAnalysis(int nframes);
 346
 347         //! Routine to write output, that is additional over the built-in
 348         virtual void writeOutput();
 349
 350     private:
 351
 352         gmx::SelectionList                                              sel_;
 353         std::string                                                     fnOut           {"name"};   // selectable
 354         std::string                                                     fnBetaListsDat;             // selectable
 355         float                                                           effRad          {0.8};      // selectable
 356         std::vector< size_t >                                           index;
 357         std::vector< size_t >                                           indexCA;
 358         std::vector< std::vector< size_t > >                            aminoacidsIndex;
 359         std::vector< std::vector< std::pair< std::string, size_t > > >  colorsNames;
 360         std::vector< std::vector< std::vector< unsigned int > > >       betaLists;
 361         gmx::AnalysisNeighborhood                                       nb_;
 362
 363         // Copy and assign disallowed by base.
 364 };
 365
 366 colorVec::colorVec(): TrajectoryAnalysisModule()
 367 {
 368 }
 369
 370 colorVec::~colorVec()
 371 {
 372 }
 373
 374 /*
 375  * ndx:
 376  * [peptide]
 377  * [CA]
 378  * [color_{i}]
 379  *
 380  */
 381
 382 void
 383 colorVec::initOptions(  gmx::IOptionsContainer          *options,
 384                         gmx::TrajectoryAnalysisSettings *settings)
 385 {
 386     static const char *const desc[] = {
 387         "[THISMODULE] to be done"
 388     };
 389     // Add the descriptive text (program help text) to the options
 390     settings->setHelpText(desc);
 391     // Add option for selection list
 392     options->addOption(gmx::SelectionOption("sel")
 393                             .storeVector(&sel_)
 394                             .required().dynamicMask().multiValue()
 395                             .description("select pepride and colors / -sf"));
 396     // Add option for input file names
 397     options->addOption(gmx::StringOption("dat")
 398                             .store(&fnBetaListsDat)
 399                             .description("a file to make dynamic beta lists"));
 400     // Add option for output file name
 401     options->addOption(gmx::StringOption("out")
 402                             .store(&fnOut)
 403                             .description("Index file for the algorithm output."));
 404     // Add option for effRad constant
 405     options->addOption(gmx::FloatOption("efRad")
 406                             .store(&effRad)
 407                             .description("max distance from colors to peptide in nm to consider to be \"near\""));
 408     // Control input settings
 409     settings->setFlags(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efNoUserPBC);
 410     settings->setFlag(gmx::TrajectoryAnalysisSettings::efUseTopX);
 411     //settings->setFlag(TrajectoryAnalysisSettings::efRequireTop);
 412     settings->setPBC(true);
 413 }
 414
 415 void
 416 colorVec::initAnalysis( const gmx::TrajectoryAnalysisSettings   &settings,
 417                         const gmx::TopologyInformation          &top)
 418 {
 419     // считывание индекса
 420     index.resize(0);
 421     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_.front().atomIndices().begin()}; (ai < sel_.front().atomIndices().end()); ai++) {
 422         index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 423     }
 424     // считывание индекса
 425     indexCA.resize(0);
 426     for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[1].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[1].atomIndices().end()); ai++) {
 427         indexCA.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
 428     }
 429     // считывание красок
 430     colorsNames.resize(sel_.size() - 2);
 431     for (size_t i = 2; i < sel_.size(); ++i) {
 432         for (gmx::ArrayRef< const int >::iterator ai {sel_[i].atomIndices().begin()}; (ai < sel_[i].atomIndices().end()); ai++) {
 433             colorsNames[i - 2].push_back(std::make_pair(*(top.atoms()->atomname[*ai]), static_cast< size_t >(*ai)));
 434         }
 435     }
 436     // разбор dat файла для создания бэта листов
 437     betaListDigestion(fnBetaListsDat, betaLists);
 438     // разбор топологии для индексации бета листов
 439     aminoacidsIndexation(index, top, aminoacidsIndex);
 440     // задание радиуса рассматриваемых соседей
 441     nb_.setCutoff(effRad);
 442     /*
 443      * формально можно сделать:
 444      * найти соотношение между именами для углов и индексными номерами
 445      * заполнить std::vector< std::vector< size_t > > nameToIndex;
 446      * и в последствии считать:
 447      * a1 = frame[nameToIndex[0][1] + ... - ... - ...
 448      * b1 a2 b2 по аналогии только для [@<-[1, 2, 3]]
 449      *
 450      */
 451 }
 452
 453 void
 454 colorVec::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, gmx::TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
 455 {
 456     std::vector< gmx::RVec > trajectoryFrame;
 457     trajectoryFrame.resize(0);
 458     // считывания текущего фрейма траектории
 459     for (size_t i {0}; i < fr.natoms; ++i) {
 460         trajectoryFrame.push_back(fr.x[i]);
 461     }
 462     // подсчёт углов в красках
 463     std::vector< colorLocalAngles > colorFormation;
 464     colorsAnglesEvaluation(trajectoryFrame, colorsNames, colorFormation);
 465     // рассчёт положения относительно белка
 466     /*
 467      * формально можно совместить определение близости с белком и определение ближайших бэта-листов
 468      * для этого думаю нужно как-то соотнести или сделать соотношение между индексом и бэта-листами (т.е. хранить что бы за О(1) делать)
 469      *
 470      */
 471
 472     std::vector< bool >     colorsToPeptide;
 473     colorsToPeptide.resize(0);
 474     colorsToPeptide.resize(colorsNames.size(), false);
 475     for (size_t i = 0; i < colorsNames.size(); ++i) {
 476         colorsToPeptide[i] = isNearPeptide(trajectoryFrame, index, colorsNames[i], effRad * 9000);
 477     }
 478     // расчёт угла и среднего угла с ближайшими бета листами
 479     std::vector< std::vector< bool > > colorsToBeta;
 480     colorsToBeta.resize(0);
 481     colorsToBeta.resize(colorsNames.size());
 482     std::vector< std::vector< double > > colorsToBetaAngles;
 483     colorsToBetaAngles.resize(0);
 484     std::vector< gmx::RVec > betaListsRVecs;
 485     betaListsRVecsEvaluation(trajectoryFrame, betaLists[frnr], betaListsRVecs, indexCA);
 486     for (size_t i = 0; i < colorsToPeptide.size(); ++i) {
 487         if (colorsToPeptide[i]) {
 488             searchNearBetaLists(trajectoryFrame, betaLists[frnr], colorsNames[i], colorsToBeta[i], aminoacidsIndex, effRad * 9000);
 489         }
 490     }
 491     for (size_t i = 0; i < colorsToBeta.size(); ++i) {
 492         for (size_t j = 0; j < colorsToBeta[i].size(); ++j) {
 493             if (colorsToBeta[i][j]) {
 494                 computeAnglesColorsVsBeta(betaListsRVecs[j], colorFormation[i]);
 495             }
 496         }
 497     }
 498     // вывод в файл(ы) информацию для фрейма
 499     anglesFileDump(frnr, fnOut, colorsToPeptide, colorFormation);
 500     std::cout << std::endl << "frame number " << frnr;
 501 }
 502
 503 void
 504 colorVec::finishAnalysis(int nframes)
 505 {
 506
 507 }
 508
 509 void
 510 colorVec::writeOutput()
 511 {
 512     /*
 513      *
 514      * frame #<current frame number>
 515      * color #<color number> <yes/no for "close" to peptide> a12 b12 n12 <number of beta lists> <6 avg beta angles> [<6 angles for each beta list>]
 516      *
 517      */
 518 }
 519
 520 /*! \brief
 521  * The main function for the analysis template.
 522  */
 523 int
 524 main(int argc, char *argv[])
 525 {
 526     return gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain<colorVec>(argc, argv);
 527 }