src/api/cpp/md.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxapi/md.h"
  36
  37 #include <memory>
  38
  39 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  40 #include "gromacs/utility/keyvaluetree.h"
  41
  42 #include "gmxapi/gmxapi.h"
  43 #include "gmxapi/md/mdmodule.h"
  44
  45 #include "md-impl.h"
  46
  47 namespace gmxapi
  48 {
  49
  50 const char* MDHolder::api_name  = MDHolder_Name;
  51
  52 //! \cond internal
  53 class MDWorkSpec::Impl
  54 {
  55     public:
  56         /*!
  57          * \brief container of objects glued together by the client.
  58          *
  59          * Note that the client can't be trusted to keep alive or destroy these,
  60          * and we do not yet have sufficient abstraction layers to allow the
  61          * client to interact asynchronously with code supporting MD simulation
  62          * through truly separate handles to the underlying objects, so ownership
  63          * is amongst the collaborators of the gmxapi::MDModule.
  64          * \todo Pass factory function objects instead of shared handles.
  65          * \todo Consolidate MDWorkSpec and gmxapi::Workflow under new Context umbrella.
  66          */
  67         std::vector< std::shared_ptr<gmxapi::MDModule> > modules;
  68 };
  69 //! \endcond
  70
  71 MDWorkSpec::MDWorkSpec() :
  72     impl_ {std::make_unique<Impl>()}
  73 {
  74     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
  75 }
  76
  77 void MDWorkSpec::addModule(std::shared_ptr<gmxapi::MDModule> module)
  78 {
  79     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
  80     impl_->modules.emplace_back(std::move(module));
  81 }
  82
  83 std::vector < std::shared_ptr < gmxapi::MDModule>> &MDWorkSpec::getModules()
  84 {
  85     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
  86     return impl_->modules;
  87 }
  88
  89 MDWorkSpec::~MDWorkSpec() = default;
  90
  91 std::shared_ptr<::gmxapi::MDWorkSpec> MDHolder::getSpec()
  92 {
  93     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
  94     GMX_ASSERT(impl_->spec_, "Expected non-null work specification.");
  95     return impl_->spec_;
  96 }
  97
  98 std::shared_ptr<const ::gmxapi::MDWorkSpec> MDHolder::getSpec() const
  99 {
 100     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
 101     GMX_ASSERT(impl_->spec_, "Expected non-null work specification.");
 102     return impl_->spec_;
 103 }
 104
 105 MDHolder::MDHolder() :
 106     MDHolder {std::make_shared<MDWorkSpec>()}
 107 {
 108     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
 109     GMX_ASSERT(impl_->spec_, "Expected non-null work specification.");
 110 }
 111
 112 MDHolder::MDHolder(std::shared_ptr<MDWorkSpec> spec) :
 113     name_(),
 114     impl_(std::make_shared<MDHolder::Impl>(std::move(spec)))
 115 {
 116     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
 117     GMX_ASSERT(impl_->spec_, "Expected non-null work specification.");
 118 }
 119
 120 MDHolder::Impl::Impl(std::shared_ptr<MDWorkSpec> &&spec) :
 121     spec_ {spec}
 122 {
 123     GMX_ASSERT(spec_, "Expected non-null work specification.");
 124 }
 125
 126 MDHolder::MDHolder(std::string name) :
 127     MDHolder {}
 128 {
 129     name_ = std::move(name);
 130     GMX_ASSERT(impl_, "Expected non-null implementation object.");
 131     GMX_ASSERT(impl_->spec_, "Expected non-null work specification.");
 132 }
 133
 134 std::string MDHolder::name() const
 135 {
 136     return name_;
 137 }
 138
 139
 140 } //end namespace gmxapi