share/tutor/water/grompp.mdp

   1 ;
   2 ;       File 'mdout.mdp' was generated
   3 ;       By user: spoel (291)
   4 ;       On host: chagall
   5 ;       At date: Mon Dec 15 13:13:06 2003
   6 ;
   7
   8 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   9 title                    = Yo
  10 cpp                      = /usr/bin/cpp
  11 include                  =
  12 define                   =
  13
  14 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  15 integrator               = md
  16 ; Start time and timestep in ps
  17 tinit                    = 0
  18 dt                       = 0.002
  19 nsteps                   = 10000
  20 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  21 init_step                = 0
  22 ; mode for center of mass motion removal
  23 comm-mode                = Linear
  24 ; number of steps for center of mass motion removal
  25 nstcomm                  = 1
  26 ; group(s) for center of mass motion removal
  27 comm-grps                =
  28
  29 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  30 ; Temperature, friction coefficient (amu/ps) and random seed
  31 bd-temp                  = 300
  32 bd-fric                  = 0
  33 ld-seed                  = 1993
  34
  35 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  36 ; Force tolerance and initial step-size
  37 emtol                    = 100
  38 emstep                   = 0.01
  39 ; Max number of iterations in relax_shells
  40 niter                    = 20
  41 ; Step size (1/ps^2) for minimization of flexible constraints
  42 fcstep                   = 0
  43 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  44 nstcgsteep               = 1000
  45 nbfgscorr                = 10
  46
  47 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  48 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  49 nstxout                  = 0
  50 nstvout                  = 0
  51 nstfout                  = 0
  52 ; Checkpointing helps you continue after crashes
  53 nstcheckpoint            = 1000
  54 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  55 nstlog                   = 50
  56 nstenergy                = 50
  57 ; Output frequency and precision for xtc file
  58 nstxtcout                = 50
  59 xtc-precision            = 1000
  60 ; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can
  61 ; select multiple groups. By default all atoms will be written.
  62 xtc-grps                 =
  63 ; Selection of energy groups
  64 energygrps               =
  65
  66 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  67 ; nblist update frequency
  68 nstlist                  = 5
  69 ; ns algorithm (simple or grid)
  70 ns_type                  = grid
  71 ; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)
  72 ; or full (infinite systems only)
  73 pbc                      = xyz
  74 ; nblist cut-off
  75 rlist                    = 0.9
  76 domain-decomposition     = no
  77
  78 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  79 ; Method for doing electrostatics
  80 coulombtype              = Cut-off
  81 rcoulomb-switch          = 0
  82 rcoulomb                 = 0.9
  83 ; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field
  84 epsilon-r                = 1
  85 ; Method for doing Van der Waals
  86 vdw-type                 = Cut-off
  87 ; cut-off lengths
  88 rvdw-switch              = 0
  89 rvdw                     = 0.9
  90 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
  91 DispCorr                 = EnerPres
  92 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
  93 table-extension          = 1
  94 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
  95 fourierspacing           = 0.12
  96 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
  97 fourier_nx               = 0
  98 fourier_ny               = 0
  99 fourier_nz               = 0
 100 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 101 pme_order                = 4
 102 ewald_rtol               = 1e-05
 103 ewald_geometry           = 3d
 104 epsilon_surface          = 0
 105 optimize_fft             = no
 106
 107 ; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
 108 ; Algorithm for calculating Born radii
 109 gb_algorithm             = Still
 110 ; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
 111 nstgbradii               = 1
 112 ; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
 113 ; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
 114 rgbradii                 = 2
 115 ; Salt concentration in M for Generalized Born models
 116 gb_saltconc              = 0
 117
 118 ; IMPLICIT SOLVENT (for use with Generalized Born electrostatics)
 119 implicit_solvent         = No
 120
 121 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 122 ; Temperature coupling
 123 Tcoupl                   = berendsen
 124 ; Groups to couple separately
 125 tc-grps                  = System
 126 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 127 tau_t                    = 0.1
 128 ref_t                    = 300
 129 ; Pressure coupling
 130 Pcoupl                   = berendsen
 131 Pcoupltype               = isotropic
 132 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 133 tau_p                    = 0.5
 134 compressibility          = 4.5e-5
 135 ref_p                    = 1.0
 136 ; Random seed for Andersen thermostat
 137 andersen_seed            = 815131
 138
 139 ; SIMULATED ANNEALING
 140 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 141 annealing                = no
 142 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 143 annealing_npoints        =
 144 ; List of times at the annealing points for each group
 145 annealing_time           =
 146 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 147 annealing_temp           =
 148
 149 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 150 gen_vel                  = yes
 151 gen_temp                 = 300
 152 gen_seed                 = 1993
 153
 154 ; OPTIONS FOR BONDS
 155 constraints              = none
 156 ; Type of constraint algorithm
 157 constraint-algorithm     = Lincs
 158 ; Do not constrain the start configuration
 159 unconstrained-start      = no
 160 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 161 Shake-SOR                = no
 162 ; Relative tolerance of shake
 163 shake-tol                = 1e-04
 164 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 165 lincs-order              = 4
 166 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 167 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 168 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 169 lincs-iter               = 1
 170 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 171 ; rotates over more degrees than
 172 lincs-warnangle          = 30
 173 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 174 morse                    = no
 175
 176 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 177 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 178 energygrp_excl           =
 179
 180 ; NMR refinement stuff
 181 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 182 disre                    = No
 183 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 184 disre-weighting          = Conservative
 185 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 186 disre-mixed              = no
 187 disre-fc                 = 1000
 188 disre-tau                = 0
 189 ; Output frequency for pair distances to energy file
 190 nstdisreout              = 100
 191 ; Orientation restraints: No or Yes
 192 orire                    = no
 193 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 194 orire-fc                 = 0
 195 orire-tau                = 0
 196 orire-fitgrp             =
 197 ; Output frequency for trace(SD) to energy file
 198 nstorireout              = 100
 199 ; Dihedral angle restraints: No, Simple or Ensemble
 200 dihre                    = No
 201 dihre-fc                 = 1000
 202 dihre-tau                = 0
 203 ; Output frequency for dihedral values to energy file
 204 nstdihreout              = 100
 205
 206 ; Free energy control stuff
 207 free-energy              = no
 208 init-lambda              = 0
 209 delta-lambda             = 0
 210 sc-alpha                 = 0
 211 sc-sigma                 = 0.3
 212
 213 ; Non-equilibrium MD stuff
 214 acc-grps                 =
 215 accelerate               =
 216 freezegrps               =
 217 freezedim                =
 218 cos-acceleration         = 0
 219
 220 ; Electric fields
 221 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)
 222 ; and a phase angle (real)
 223 E-x                      =
 224 E-xt                     =
 225 E-y                      =
 226 E-yt                     =
 227 E-z                      =
 228 E-zt                     =
 229
 230 ; User defined thingies
 231 user1-grps               =
 232 user2-grps               =
 233 userint1                 = 0
 234 userint2                 = 0
 235 userint3                 = 0
 236 userint4                 = 0
 237 userreal1                = 0
 238 userreal2                = 0
 239 userreal3                = 0
 240 userreal4                = 0