share/tutor/water/grompp.mdp

   1 ;
   2 ;       File 'mdout.mdp' was generated
   3 ;       By user: alexxy (1000)
   4 ;       On host: x201
   5 ;       At date: Wed Oct 12 02:06:35 2011
   6 ;
   7
   8 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   9 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
  10 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe
  11 include                  =
  12 ; e.g.: -DPOSRES -DFLEXIBLE (note these variable names are case sensitive)
  13 define                   =
  14
  15 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  16 integrator               = md
  17 ; Start time and timestep in ps
  18 tinit                    = 0
  19 dt                       = 0.002
  20 nsteps                   = 10000
  21 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  22 init_step                = 0
  23 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  24 simulation_part          = 1
  25 ; mode for center of mass motion removal
  26 comm-mode                = Linear
  27 ; number of steps for center of mass motion removal
  28 nstcomm                  = 10
  29 ; group(s) for center of mass motion removal
  30 comm-grps                =
  31
  32 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  33 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  34 bd-fric                  = 0
  35 ld-seed                  = 1993
  36
  37 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  38 ; Force tolerance and initial step-size
  39 emtol                    = 100
  40 emstep                   = 0.01
  41 ; Max number of iterations in relax_shells
  42 niter                    = 20
  43 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  44 fcstep                   = 0
  45 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  46 nstcgsteep               = 1000
  47 nbfgscorr                = 10
  48
  49 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  50 rtpi                     = 0.05
  51
  52 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  53 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  54 nstxout                  = 0
  55 nstvout                  = 0
  56 nstfout                  = 0
  57 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  58 nstlog                   = 50
  59 nstcalcenergy            = -1
  60 nstenergy                = 50
  61 ; Output frequency and precision for .xtc file
  62 nstxtcout                = 50
  63 xtc-precision            = 1000
  64 ; This selects the subset of atoms for the .xtc file. You can
  65 ; select multiple groups. By default all atoms will be written.
  66 xtc-grps                 =
  67 ; Selection of energy groups
  68 energygrps               =
  69
  70 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  71 ; nblist update frequency
  72 nstlist                  = 5
  73 ; ns algorithm (simple or grid)
  74 ns_type                  = grid
  75 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  76 pbc                      = xyz
  77 periodic_molecules       = no
  78 ; nblist cut-off
  79 rlist                    = 0.9
  80 ; long-range cut-off for switched potentials
  81 rlistlong                = -1
  82
  83 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  84 ; Method for doing electrostatics
  85 coulombtype              = Cut-off
  86 rcoulomb-switch          = 0
  87 rcoulomb                 = 0.9
  88 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  89 epsilon-r                = 1
  90 epsilon_rf               = 1
  91 ; Method for doing Van der Waals
  92 vdw-type                 = Cut-off
  93 ; cut-off lengths
  94 rvdw-switch              = 0
  95 rvdw                     = 0.9
  96 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
  97 DispCorr                 = EnerPres
  98 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
  99 table-extension          = 1
 100 ; Seperate tables between energy group pairs
 101 energygrp_table          =
 102 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 103 fourierspacing           = 0.12
 104 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 105 fourier_nx               = 0
 106 fourier_ny               = 0
 107 fourier_nz               = 0
 108 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 109 pme_order                = 4
 110 ewald_rtol               = 1e-05
 111 ewald_geometry           = 3d
 112 epsilon_surface          = 0
 113 optimize_fft             = no
 114
 115 ; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM
 116 implicit_solvent         = No
 117
 118 ; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
 119 ; Algorithm for calculating Born radii
 120 gb_algorithm             = Still
 121 ; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
 122 nstgbradii               = 1
 123 ; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
 124 ; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
 125 rgbradii                 = 2
 126 ; Dielectric coefficient of the implicit solvent
 127 gb_epsilon_solvent       = 80
 128 ; Salt concentration in M for Generalized Born models
 129 gb_saltconc              = 0
 130 ; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)
 131 gb_obc_alpha             = 1
 132 gb_obc_beta              = 0.8
 133 gb_obc_gamma             = 4.85
 134 gb_dielectric_offset     = 0.009
 135 sa_algorithm             = Ace-approximation
 136 ; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA
 137 ; The value -1 will set default value for Still/HCT/OBC GB-models.
 138 sa_surface_tension       = -1
 139
 140 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 141 ; Temperature coupling
 142 Tcoupl                   = berendsen
 143 nsttcouple               = -1
 144 nh-chain-length          = 10
 145 ; Groups to couple separately
 146 tc-grps                  = System
 147 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 148 tau_t                    = 0.1
 149 ref_t                    = 300
 150 ; Pressure coupling
 151 Pcoupl                   = berendsen
 152 Pcoupltype               = isotropic
 153 nstpcouple               = -1
 154 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 155 tau_p                    = 0.5
 156 compressibility          = 4.5e-5
 157 ref_p                    = 1.0
 158 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 159 refcoord_scaling         = No
 160 ; Random seed for Andersen thermostat
 161 andersen_seed            = 815131
 162
 163 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 164 QMMM                     = no
 165 ; Groups treated Quantum Mechanically
 166 QMMM-grps                =
 167 ; QM method
 168 QMmethod                 =
 169 ; QMMM scheme
 170 QMMMscheme               = normal
 171 ; QM basisset
 172 QMbasis                  =
 173 ; QM charge
 174 QMcharge                 =
 175 ; QM multiplicity
 176 QMmult                   =
 177 ; Surface Hopping
 178 SH                       =
 179 ; CAS space options
 180 CASorbitals              =
 181 CASelectrons             =
 182 SAon                     =
 183 SAoff                    =
 184 SAsteps                  =
 185 ; Scale factor for MM charges
 186 MMChargeScaleFactor      = 1
 187 ; Optimization of QM subsystem
 188 bOPT                     =
 189 bTS                      =
 190
 191 ; SIMULATED ANNEALING
 192 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 193 annealing                = no
 194 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 195 annealing_npoints        =
 196 ; List of times at the annealing points for each group
 197 annealing_time           =
 198 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 199 annealing_temp           =
 200
 201 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 202 gen_vel                  = yes
 203 gen_temp                 = 300
 204 gen_seed                 = 1993
 205
 206 ; OPTIONS FOR BONDS
 207 constraints              = none
 208 ; Type of constraint algorithm
 209 constraint-algorithm     = Lincs
 210 ; Do not constrain the start configuration
 211 continuation             = no
 212 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 213 Shake-SOR                = no
 214 ; Relative tolerance of shake
 215 shake-tol                = 1e-04
 216 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 217 lincs-order              = 4
 218 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 219 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 220 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 221 lincs-iter               = 1
 222 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 223 ; rotates over more degrees than
 224 lincs-warnangle          = 30
 225 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 226 morse                    = no
 227
 228 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 229 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 230 energygrp_excl           =
 231
 232 ; WALLS
 233 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 234 nwall                    = 0
 235 wall_type                = 9-3
 236 wall_r_linpot            = -1
 237 wall_atomtype            =
 238 wall_density             =
 239 wall_ewald_zfac          = 3
 240
 241 ; COM PULLING
 242 ; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force
 243 pull                     = no
 244
 245 ; NMR refinement stuff
 246 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 247 disre                    = No
 248 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 249 disre-weighting          = Conservative
 250 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 251 disre-mixed              = no
 252 disre-fc                 = 1000
 253 disre-tau                = 0
 254 ; Output frequency for pair distances to energy file
 255 nstdisreout              = 100
 256 ; Orientation restraints: No or Yes
 257 orire                    = no
 258 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 259 orire-fc                 = 0
 260 orire-tau                = 0
 261 orire-fitgrp             =
 262 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 263 nstorireout              = 100
 264 ; Dihedral angle restraints: No or Yes
 265 dihre                    = No
 266 dihre-fc                 = 1000
 267
 268 ; Free energy control stuff
 269 free-energy              = no
 270 init-lambda              = 0
 271 delta-lambda             = 0
 272 foreign_lambda           =
 273 sc-alpha                 = 0
 274 sc-power                 = 0
 275 sc-sigma                 = 0.3
 276 nstdhdl                  = 10
 277 separate-dhdl-file       = yes
 278 dhdl-derivatives         = yes
 279 dh_hist_size             = 0
 280 dh_hist_spacing          = 0.1
 281 couple-moltype           =
 282 couple-lambda0           = vdw-q
 283 couple-lambda1           = vdw-q
 284 couple-intramol          = no
 285
 286 ; Non-equilibrium MD stuff
 287 acc-grps                 =
 288 accelerate               =
 289 freezegrps               =
 290 freezedim                =
 291 cos-acceleration         = 0
 292 deform                   =
 293
 294 ; Electric fields
 295 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)
 296 ; and a phase angle (real)
 297 E-x                      =
 298 E-xt                     =
 299 E-y                      =
 300 E-yt                     =
 301 E-z                      =
 302 E-zt                     =
 303
 304 ; User defined thingies
 305 user1-grps               =
 306 user2-grps               =
 307 userint1                 = 0
 308 userint2                 = 0
 309 userint3                 = 0
 310 userint4                 = 0
 311 userreal1                = 0
 312 userreal2                = 0
 313 userreal3                = 0
 314 userreal4                = 0