share/top/oplsaa.ff/aminoacids.rtp

   1 ; New format introduced in Gromacs 3.1.4.
   2 ; Dont use this forcefield with earlier versions.
   3
   4 ; This residue database includes new reparameterized sidechain dihedrals
   5 ; from Kaminski et al (JPCB, 2001) that override the default atomtype-based
   6 ; dihedrals. We use set 2 for SER and THR, set 2 for ASP, and the better
   7 ; separate dihedrals for LEU and VAL instead of the combined ones, since we
   8 ; can specify them here without using introducing extra atom types.
   9 ; (That was the reason they were combined in the paper).
  10
  11 ; NB: OPLS chargegroups are not strictly neutral, since we mainly
  12 ; use them to optimize the neighborsearching. For accurate simulations
  13 ; you should use PME.
  14
  15 [ bondedtypes ]
  16 ; Column 1 : default bondtype
  17 ; Column 2 : default angletype
  18 ; Column 3 : default proper dihedraltype
  19 ; Column 4 : default improper dihedraltype
  20 ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
  21 ;            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
  22 ;            1 here means that all these are retained. A value of
  23 ;            0 here requires generated dihedrals be removed if
  24 ;              * there are any dihedrals on the same central atoms
  25 ;                specified in the residue topology, or
  26 ;              * there are other identical generated dihedrals
  27 ;                sharing the same central atoms, or
  28 ;              * there are other generated dihedrals sharing the
  29 ;                same central bond that have fewer hydrogen atoms
  30 ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions
  31 ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms
  32 ;            0 = do not generate such
  33 ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same
  34 ;                bond as an improper dihedral
  35 ;            0 = do not generate such
  36 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  37      1       1          3          1        1         3      1     0
  38
  39 [ ACE ]
  40  [ atoms ]
  41    CH3    opls_135   -0.180     1
  42   HH31    opls_140    0.060     1
  43   HH32    opls_140    0.060     1
  44   HH33    opls_140    0.060     1
  45      C    opls_235    0.500     2
  46      O    opls_236   -0.500     2
  47  [ bonds ]
  48    CH3  HH31
  49    CH3  HH32
  50    CH3  HH33
  51    CH3     C
  52      C     O
  53 [ impropers ]
  54   CH3    +N    C      O     improper_O_C_X_Y
  55
  56 [ ALA ]
  57  [ atoms ]
  58      N    opls_238   -0.500     1
  59      H    opls_241    0.300     1
  60     CA    opls_224B   0.140     1
  61     HA    opls_140    0.060     1
  62     CB    opls_135   -0.180     2
  63    HB1    opls_140    0.060     2
  64    HB2    opls_140    0.060     2
  65    HB3    opls_140    0.060     2
  66      C    opls_235    0.500     3
  67      O    opls_236   -0.500     3
  68  [ bonds ]
  69      N     H
  70      N    CA
  71     CA    HA
  72     CA    CB
  73     CA     C
  74     CB   HB1
  75     CB   HB2
  76     CB   HB3
  77      C     O
  78     -C     N
  79  [ impropers ]
  80     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
  81     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
  82
  83
  84 [ AIB ]
  85  [ atoms ]
  86      N    opls_238   -0.500     1
  87      H    opls_241    0.300     1
  88     CA    opls_225B   0.200     1
  89    CB1    opls_135   -0.180     2
  90   HB11    opls_140    0.060     2
  91   HB12    opls_140    0.060     2
  92   HB13    opls_140    0.060     2
  93    CB2    opls_135   -0.180     3
  94   HB21    opls_140    0.060     3
  95   HB22    opls_140    0.060     3
  96   HB23    opls_140    0.060     3
  97      C    opls_235    0.500     4
  98      O    opls_236   -0.500     4
  99  [ bonds ]
 100      N     H
 101      N    CA
 102     CA   CB1
 103     CA   CB2
 104     CA     C
 105    CB1  HB11
 106    CB1  HB12
 107    CB1  HB13
 108    CB2  HB21
 109    CB2  HB22
 110    CB2  HB23
 111      C     O
 112     -C     N
 113  [ impropers ]
 114     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 115     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 116
 117
 118 [ ARG ]
 119  [ atoms ]
 120      N    opls_238   -0.500     1
 121      H    opls_241    0.300     1
 122     CA    opls_224B   0.140     1
 123     HA    opls_140    0.060     1
 124     CB    opls_136   -0.120     2
 125    HB1    opls_140    0.060     2
 126    HB2    opls_140    0.060     2
 127     CG    opls_308   -0.050     3
 128    HG1    opls_140    0.060     3
 129    HG2    opls_140    0.060     3
 130     CD    opls_307    0.190     4
 131    HD1    opls_140    0.060     4
 132    HD2    opls_140    0.060     4
 133     NE    opls_303   -0.700     5
 134     HE    opls_304    0.440     5
 135     CZ    opls_302    0.640     5
 136    NH1    opls_300   -0.800     6
 137   HH11    opls_301    0.460     6
 138   HH12    opls_301    0.460     6
 139    NH2    opls_300   -0.800     7
 140   HH21    opls_301    0.460     7
 141   HH22    opls_301    0.460     7
 142      C    opls_235    0.500     8
 143      O    opls_236   -0.500     8
 144  [ bonds ]
 145      N     H
 146      N    CA
 147     CA    HA
 148     CA    CB
 149     CA     C
 150     CB   HB1
 151     CB   HB2
 152     CB    CG
 153     CG   HG1
 154     CG   HG2
 155     CG    CD
 156     CD   HD1
 157     CD   HD2
 158     CD    NE
 159     NE    HE
 160     NE    CZ
 161     CZ   NH1
 162     CZ   NH2
 163    NH1  HH11
 164    NH1  HH12
 165    NH2  HH21
 166    NH2  HH22
 167      C     O
 168     -C     N
 169  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 170      N    CA    CB    CG    dih_ARG_chi1_N_C_C_C
 171     CG    CB    CA     C    dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
 172  [ impropers ]
 173     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 174     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 175     CD    CZ    NE    HE    improper_Z_N_X_Y
 176     NE   NH1    CZ   NH2    improper_O_C_X_Y
 177     CZ  HH11   NH1  HH12    improper_Z_N_X_Y
 178     CZ  HH21   NH2  HH22    improper_Z_N_X_Y
 179
 180 [ ARGN ]
 181  [ atoms ]
 182      N    opls_238   -0.500     1
 183      H    opls_241    0.300     1
 184     CA    opls_224B   0.140     1
 185     HA    opls_140    0.060     1
 186     CB    opls_136   -0.120     2
 187    HB1    opls_140    0.060     2
 188    HB2    opls_140    0.060     2
 189     CG    opls_308   -0.050     3
 190    HG1    opls_140    0.060     3
 191    HG2    opls_140    0.060     3
 192     CD    opls_748    0.040     4
 193    HD1    opls_140    0.060     4
 194    HD2    opls_140    0.060     4
 195     NE    opls_749   -0.620     5
 196     HE    opls_304    0.350     5; guessed charge
 197     CZ    opls_752    0.550     6
 198    NH1    opls_750   -0.785     6
 199    HH1    opls_301    0.340     6; guessed charge
 200    NH2    opls_751   -0.785     7
 201   HH21    opls_301    0.360     7; guessed charge
 202   HH22    opls_301    0.360     7; guessed charge
 203      C    opls_235    0.500     8
 204      O    opls_236   -0.500     8
 205  [ bonds ]
 206      N     H
 207      N    CA
 208     CA    HA
 209     CA    CB
 210     CA     C
 211     CB   HB1
 212     CB   HB2
 213     CB    CG
 214     CG   HG1
 215     CG   HG2
 216     CG    CD
 217     CD   HD1
 218     CD   HD2
 219     CD    NE
 220     NE    HE
 221     NE    CZ
 222     CZ   NH1
 223     CZ   NH2
 224    NH1   HH1
 225    NH2  HH21
 226    NH2  HH22
 227      C     O
 228     -C     N
 229  [ impropers ]
 230     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 231     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 232     CD    CZ    NE    HE    improper_Z_N_X_Y
 233     NE   NH1    CZ   NH2    improper_O_C_X_Y
 234     CZ  HH21   NH2  HH22    improper_Z_N_X_Y
 235
 236
 237 [ ASN ]
 238  [ atoms ]
 239      N    opls_238   -0.500     0
 240      H    opls_241    0.300     0
 241     CA    opls_224B   0.140     1
 242     HA    opls_140    0.060     1
 243     CB    opls_136   -0.120     2
 244    HB1    opls_140    0.060     2
 245    HB2    opls_140    0.060     2
 246     CG    opls_235    0.500     3
 247    OD1    opls_236   -0.500     3
 248    ND2    opls_237   -0.760     4
 249   HD21    opls_240    0.380     4
 250   HD22    opls_240    0.380     4
 251      C    opls_235    0.500     5
 252      O    opls_236   -0.500     5
 253  [ bonds ]
 254      N     H
 255      N    CA
 256     CA    HA
 257     CA    CB
 258     CA     C
 259     CB   HB1
 260     CB   HB2
 261     CB    CG
 262     CG   OD1
 263     CG   ND2
 264    ND2  HD21
 265    ND2  HD22
 266      C     O
 267     -C     N
 268  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 269      N    CA    CB    CG     dih_ASN_chi1_N_C_C_C
 270     CG    CB    CA     C     dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
 271     CA    CB    CG   ND2     dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
 272  [ impropers ]
 273     -C    CA     N     H     improper_Z_N_X_Y
 274     CA    +N     C     O     improper_O_C_X_Y
 275     CB   ND2    CG   OD1     improper_O_C_X_Y
 276     CG  HD21   ND2  HD22     improper_Z_N_X_Y
 277
 278 [ ASP ]
 279  [ atoms ]
 280      N    opls_238   -0.500     1
 281      H    opls_241    0.300     1
 282     CA    opls_224B   0.140     1
 283     HA    opls_140    0.060     1
 284     CB    opls_274   -0.220     2
 285    HB1    opls_140    0.060     2
 286    HB2    opls_140    0.060     2
 287     CG    opls_271    0.700     3
 288    OD1    opls_272   -0.800     3
 289    OD2    opls_272   -0.800     3
 290      C    opls_235    0.500     4
 291      O    opls_236   -0.500     4
 292  [ bonds ]
 293      N     H
 294      N    CA
 295     CA    HA
 296     CA    CB
 297     CA     C
 298     CB   HB1
 299     CB   HB2
 300     CB    CG
 301     CG   OD1
 302     CG   OD2
 303      C     O
 304     -C     N
 305  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 306      N    CA    CB    CG    dih_ASP_chi1_N_C_C_C
 307     CG    CB    CA     C    dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
 308  [ impropers ]
 309     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 310     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 311     CB   OD1    CG   OD2    improper_O_C_X_Y
 312
 313 [ ASPH ]
 314  [ atoms ]
 315      N    opls_238   -0.500     0
 316      H    opls_241    0.300     0
 317     CA    opls_224B   0.140     1
 318     HA    opls_140    0.060     1
 319     CB    opls_136   -0.120     2
 320    HB1    opls_140    0.060     2
 321    HB2    opls_140    0.060     2
 322     CG    opls_267    0.520     3
 323    OD1    opls_269   -0.440     3
 324    OD2    opls_268   -0.530     4
 325    HD2    opls_270    0.450     4
 326      C    opls_235    0.500     5
 327      O    opls_236   -0.500     5
 328  [ bonds ]
 329      N     H
 330      N    CA
 331     CA    HA
 332     CA    CB
 333     CA     C
 334     CB   HB1
 335     CB   HB2
 336     CB    CG
 337     CG   OD1
 338     CG   OD2
 339    OD2   HD2
 340      C     O
 341     -C     N
 342  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 343      N    CA    CB    CG    dih_ASP_chi1_N_C_C_C
 344     CG    CB    CA     C    dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
 345     CB    CG   OD2   HD2    dih_sidechain_COOH_C_C_O_H
 346    OD1    CG   OD2   HD2    dih_sidechain_COOH_O_C_O_H
 347  [ impropers ]
 348     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 349     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 350     CB   OD1    CG   OD2    improper_O_C_X_Y
 351
 352
 353 [ CYS2 ] ; aka CYX
 354  [ atoms ]
 355      N    opls_238   -0.500     1
 356      H    opls_241    0.300     1
 357     CA    opls_224B   0.140     1
 358     HA    opls_140    0.060     1
 359     CB    opls_214    0.0975    2
 360    HB1    opls_140    0.060     2
 361    HB2    opls_140    0.060     2
 362     SG    opls_203   -0.2175    2
 363      C    opls_235    0.500     3
 364      O    opls_236   -0.500     3
 365  [ bonds ]
 366      N     H
 367      N    CA
 368     CA    HA
 369     CA    CB
 370     CA     C
 371     CB   HB1
 372     CB   HB2
 373     CB    SG
 374      C     O
 375     -C     N
 376  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 377      N    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_N_C_C_S
 378      C    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
 379  [ impropers ]
 380     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 381     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 382
 383 [ CYSH ]
 384  [ atoms ]
 385      N    opls_238   -0.500     1
 386      H    opls_241    0.300     1
 387     CA    opls_224B   0.140     1
 388     HA    opls_140    0.060     1
 389     CB    opls_206    0.060     2
 390    HB1    opls_140    0.060     2
 391    HB2    opls_140    0.060     2
 392     SG    opls_200   -0.335     3
 393     HG    opls_204    0.155     3
 394      C    opls_235    0.500     4
 395      O    opls_236   -0.500     4
 396  [ bonds ]
 397      N     H
 398      N    CA
 399     CA    HA
 400     CA    CB
 401     CA     C
 402     CB   HB1
 403     CB   HB2
 404     CB    SG
 405     SG    HG
 406      C     O
 407     -C     N
 408  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 409      N    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_N_C_C_S
 410      C    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
 411  [ impropers ]
 412     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 413     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 414
 415 [ GLN ]
 416  [ atoms ]
 417      N    opls_238   -0.500     0
 418      H    opls_241    0.300     0
 419     CA    opls_224B   0.140     1
 420     HA    opls_140    0.060     1
 421     CB    opls_136   -0.120     2
 422    HB1    opls_140    0.060     2
 423    HB2    opls_140    0.060     2
 424     CG    opls_136   -0.120     3
 425    HG1    opls_140    0.060     3
 426    HG2    opls_140    0.060     3
 427     CD    opls_235    0.500     4
 428    OE1    opls_236   -0.500     4
 429    NE2    opls_237   -0.760     5
 430   HE21    opls_240    0.380     5
 431   HE22    opls_240    0.380     5
 432      C    opls_235    0.500     6
 433      O    opls_236   -0.500     6
 434  [ bonds ]
 435      N     H
 436      N    CA
 437     CA    HA
 438     CA    CB
 439     CA     C
 440     CB   HB1
 441     CB   HB2
 442     CB    CG
 443     CG   HG1
 444     CG   HG2
 445     CG    CD
 446     CD   OE1
 447     CD   NE2
 448    NE2  HE21
 449    NE2  HE22
 450      C     O
 451     -C     N
 452  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 453      N    CA    CB    CG    dih_GLN_chi1_N_C_C_C
 454     CG    CB    CA     C    dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
 455     CB    CG    CD   NE2    dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
 456  [ impropers ]
 457     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 458     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 459     CG   NE2    CD   OE1    improper_O_C_X_Y
 460     CD  HE21   NE2  HE22    improper_Z_N_X_Y
 461
 462 ; Charged Glutamine
 463 ; See. Patriksson et al. Int. J. Mass. Spectrom. 248 pp 124-135 (2006)
 464 [ QLN ]
 465  [ atoms ]
 466      N    opls_238   -0.500     0
 467      H    opls_241    0.300     0
 468     CA    opls_224B   0.140     1
 469     HA    opls_140    0.060     1
 470     CB    opls_136   -0.120     2
 471    HB1    opls_140    0.060     2
 472    HB2    opls_140    0.060     2
 473     CG    opls_136    0.054     3
 474    HG1    opls_140    0.131     3
 475    HG2    opls_140    0.131     3
 476     CD    opls_235    0.544     4
 477    OE1    opls_154   -0.496     4
 478    HE1    opls_155    0.498     4
 479    NE2    opls_237   -0.720     5
 480   HE21    opls_240    0.429     5
 481   HE22    opls_240    0.429     5
 482      C    opls_235    0.500     6
 483      O    opls_236   -0.500     6
 484  [ bonds ]
 485      N     H
 486      N    CA
 487     CA    HA
 488     CA    CB
 489     CA     C
 490     CB   HB1
 491     CB   HB2
 492     CB    CG
 493     CG   HG1
 494     CG   HG2
 495     CG    CD
 496     CD   OE1
 497    OE1   HE1
 498     CD   NE2
 499    NE2  HE21
 500    NE2  HE22
 501      C     O
 502     -C     N
 503  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 504      N    CA    CB    CG    dih_GLN_chi1_N_C_C_C
 505     CG    CB    CA     C    dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
 506     CB    CG    CD   NE2    dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
 507     CG    CD    OE1  HE1    dih_GLN_chi4_C_C_O_H
 508  [ impropers ]
 509     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 510     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 511     CG   NE2    CD   OE1    improper_O_C_X_Y
 512     CD  HE21   NE2  HE22    improper_Z_N_X_Y
 513     HE1  OE1    CD   NE2    improper_O_C_X_Y
 514
 515
 516 [ GLU ]
 517  [ atoms ]
 518      N    opls_238   -0.500     1
 519      H    opls_241    0.300     1
 520     CA    opls_224B   0.140     1
 521     HA    opls_140    0.060     1
 522     CB    opls_136   -0.120     2
 523    HB1    opls_140    0.060     2
 524    HB2    opls_140    0.060     2
 525     CG    opls_274   -0.220     3
 526    HG1    opls_140    0.060     3
 527    HG2    opls_140    0.060     3
 528     CD    opls_271    0.700     4
 529    OE1    opls_272   -0.800     4
 530    OE2    opls_272   -0.800     4
 531      C    opls_235    0.500     5
 532      O    opls_236   -0.500     5
 533  [ bonds ]
 534      N     H
 535      N    CA
 536     CA    HA
 537     CA    CB
 538     CA     C
 539     CB   HB1
 540     CB   HB2
 541     CB    CG
 542     CG   HG1
 543     CG   HG2
 544     CG    CD
 545     CD   OE1
 546     CD   OE2
 547      C     O
 548     -C     N
 549  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 550      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
 551     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
 552  [ impropers ]
 553     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 554     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 555     CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y
 556
 557
 558 [ PGLU ]
 559  [ atoms ]
 560      N    opls_238   -0.500     1
 561      H    opls_241    0.300     1
 562     CA    opls_224B   0.140     1
 563     HA    opls_140    0.060     1
 564     CB    opls_136   -0.120     2
 565    HB1    opls_140    0.060     2
 566    HB2    opls_140    0.060     2
 567     CG    opls_274   -0.120     3
 568    HG1    opls_140    0.060     3
 569    HG2    opls_140    0.060     3
 570     CD    opls_235    0.500     4
 571     OE    opls_236   -0.500     4
 572      C    opls_235    0.500     5
 573      O    opls_236   -0.500     5
 574  [ bonds ]
 575      N     H
 576      N    CA
 577     CA    HA
 578     CA    CB
 579     CA     C
 580     CB   HB1
 581     CB   HB2
 582     CB    CG
 583     CG   HG1
 584     CG   HG2
 585     CG    CD
 586     CD    OE
 587     CD     N
 588      C     O
 589     -C     N
 590  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 591      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
 592     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
 593  [ impropers ]
 594     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 595     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 596 ;    CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y
 597
 598
 599 [ GLUH ]
 600  [ atoms ]
 601      N    opls_238   -0.500     1
 602      H    opls_241    0.300     1
 603     CA    opls_224B   0.140     1
 604     HA    opls_140    0.060     1
 605     CB    opls_136   -0.120     2
 606    HB1    opls_140    0.060     2
 607    HB2    opls_140    0.060     2
 608     CG    opls_136   -0.120     3
 609    HG1    opls_140    0.060     3
 610    HG2    opls_140    0.060     3
 611     CD    opls_267    0.520     4
 612    OE1    opls_269   -0.440     4
 613    OE2    opls_268   -0.530     5
 614    HE2    opls_270    0.450     5
 615      C    opls_235    0.500     6
 616      O    opls_236   -0.500     6
 617  [ bonds ]
 618      N     H
 619      N    CA
 620     CA    HA
 621     CA    CB
 622     CA     C
 623     CB   HB1
 624     CB   HB2
 625     CB    CG
 626     CG   HG1
 627     CG   HG2
 628     CG    CD
 629     CD   OE1
 630     CD   OE2
 631    OE2   HE2
 632      C     O
 633     -C     N
 634  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 635      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
 636     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
 637     CG    CD   OE2   HE2    dih_sidechain_COOH_C_C_O_H
 638    OE1    CD   OE2   HE2    dih_sidechain_COOH_O_C_O_H
 639  [ impropers ]
 640     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 641     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 642     CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y
 643
 644
 645 [ GLY ]
 646  [ atoms ]
 647      N    opls_238   -0.500     1
 648      H    opls_241    0.300     1
 649     CA    opls_223B   0.080     1
 650    HA1    opls_140    0.060     1
 651    HA2    opls_140    0.060     1
 652      C    opls_235    0.500     2
 653      O    opls_236   -0.500     2
 654  [ bonds ]
 655      N     H
 656      N    CA
 657     CA   HA1
 658     CA   HA2
 659     CA     C
 660      C     O
 661     -C     N
 662  [ impropers ]
 663     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 664     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 665
 666
 667 [ HISD ]
 668  [ atoms ]
 669      N    opls_238   -0.500     1
 670      H    opls_241    0.300     1
 671     CA    opls_224B   0.140     1
 672     HA    opls_140    0.060     1
 673     CB    opls_505   -0.297     2
 674    HB1    opls_140    0.060     2
 675    HB2    opls_140    0.060     2
 676     CG    opls_508   -0.261     3
 677    ND1    opls_503   -0.291     4
 678    HD1    opls_504    0.326     4
 679    CD2    opls_507    0.504     5
 680    HD2    opls_146    0.183     5
 681    CE1    opls_506    0.182     6
 682    HE1    opls_146    0.098     6
 683    NE2    opls_511   -0.564     7
 684      C    opls_235    0.500     8
 685      O    opls_236   -0.500     8
 686  [ bonds ]
 687      N     H
 688      N    CA
 689     CA    HA
 690     CA    CB
 691     CA     C
 692     CB   HB1
 693     CB   HB2
 694     CB    CG
 695     CG   ND1
 696     CG   CD2
 697    ND1   HD1
 698    ND1   CE1
 699    CD2   HD2
 700    CD2   NE2
 701    CE1   HE1
 702    CE1   NE2
 703      C     O
 704     -C     N
 705  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 706      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
 707     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
 708     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
 709  [ impropers ]
 710     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 711     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 712    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
 713     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y
 714     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 715    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 716
 717
 718 [ HIS1 ]   ; Identical to HISD
 719  [ atoms ]
 720      N    opls_238   -0.500     1
 721      H    opls_241    0.300     1
 722     CA    opls_224B   0.140     1
 723     HA    opls_140    0.060     1
 724     CB    opls_505   -0.297     2
 725    HB1    opls_140    0.060     2
 726    HB2    opls_140    0.060     2
 727     CG    opls_508   -0.261     3
 728    ND1    opls_503   -0.291     4
 729    HD1    opls_504    0.326     4
 730    CD2    opls_507    0.504     5
 731    HD2    opls_146    0.183     5
 732    CE1    opls_506    0.182     6
 733    HE1    opls_146    0.098     6
 734    NE2    opls_511   -0.564     7
 735      C    opls_235    0.500     8
 736      O    opls_236   -0.500     8
 737  [ bonds ]
 738      N     H
 739      N    CA
 740     CA    HA
 741     CA    CB
 742     CA     C
 743     CB   HB1
 744     CB   HB2
 745     CB    CG
 746     CG   ND1
 747     CG   CD2
 748    ND1   HD1
 749    ND1   CE1
 750    CD2   HD2
 751    CD2   NE2
 752    CE1   HE1
 753    CE1   NE2
 754      C     O
 755     -C     N
 756  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 757      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
 758     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
 759     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
 760  [ impropers ]
 761     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 762     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 763    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
 764     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y
 765     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 766    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 767
 768
 769 [ HISE ]
 770  [ atoms ]
 771      N    opls_238   -0.500     1
 772      H    opls_241    0.300     1
 773     CA    opls_224B   0.140     1
 774     HA    opls_140    0.060     1
 775     CB    opls_505   -0.297     2
 776    HB1    opls_140    0.060     2
 777    HB2    opls_140    0.060     2
 778     CG    opls_507    0.504     3
 779    ND1    opls_511   -0.564     3
 780    CD2    opls_508   -0.261     4
 781    HD2    opls_146    0.183     4
 782    CE1    opls_506    0.182     5
 783    HE1    opls_146    0.098     5
 784    NE2    opls_503   -0.291     6
 785    HE2    opls_504    0.326     6
 786      C    opls_235    0.500     7
 787      O    opls_236   -0.500     7
 788  [ bonds ]
 789      N     H
 790      N    CA
 791     CA    HA
 792     CA    CB
 793     CA     C
 794     CB   HB1
 795     CB   HB2
 796     CB    CG
 797     CG   ND1
 798     CG   CD2
 799    ND1   CE1
 800    CD2   HD2
 801    CD2   NE2
 802    CE1   HE1
 803    CE1   NE2
 804    NE2   HE2
 805      C     O
 806     -C     N
 807  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 808      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
 809     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
 810     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
 811  [ impropers ]
 812     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 813     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 814    CE1   CD2   NE2   HE2    improper_Z_N_X_Y
 815     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 816    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 817    ND1   CD2   CG     CB    improper_Z_CA_X_Y
 818
 819
 820 [ HISH ]  ; also known as HISP (or HIS+)
 821  [ atoms ]
 822      N    opls_238   -0.500     1
 823      H    opls_241    0.300     1
 824     CA    opls_224B   0.140     1
 825     HA    opls_140    0.060     1
 826     CB    opls_505   -0.005     2
 827    HB1    opls_140    0.060     2
 828    HB2    opls_140    0.060     2
 829     CG    opls_510    0.215     3
 830    ND1    opls_512   -0.540     4
 831    HD1    opls_513    0.460     4
 832    CD2    opls_510    0.215     5
 833    HD2    opls_146    0.115     5
 834    CE1    opls_509    0.385     6
 835    HE1    opls_146    0.115     6
 836    NE2    opls_512   -0.540     7
 837    HE2    opls_513    0.460     7
 838      C    opls_235    0.500     8
 839      O    opls_236   -0.500     8
 840  [ bonds ]
 841      N     H
 842      N    CA
 843     CA    HA
 844     CA    CB
 845     CA     C
 846     CB   HB1
 847     CB   HB2
 848     CB    CG
 849     CG   ND1
 850     CG   CD2
 851    ND1   HD1
 852    ND1   CE1
 853    CD2   HD2
 854    CD2   NE2
 855    CE1   HE1
 856    CE1   NE2
 857    NE2   HE2
 858      C     O
 859     -C     N
 860  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 861      N    CA    CB    CG    dih_HIP_chi1_N_C_C_C
 862     CG    CB    CA     C    dih_HIP_chi1_C_C_C_CO
 863  [ impropers ]
 864     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 865     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 866     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y
 867    CE1   CD2   NE2   HE2    improper_Z_N_X_Y
 868     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 869    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 870    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
 871
 872
 873 [ HOH ]
 874 ; We believe SPC has slightly better properties than TIP3P...
 875  [ atoms ]
 876     OW   opls_116   -0.82      0
 877    HW1   opls_117    0.41      0
 878    HW2   opls_117    0.41      0
 879  [ bonds ]
 880     OW   HW1
 881     OW   HW2
 882
 883 [ HO4 ]
 884 ; TIP4P
 885  [ atoms ]
 886     OW   opls_113    0.00      0
 887    HW1   opls_114    0.52      0
 888    HW2   opls_114    0.52      0
 889     MW   opls_115   -1.04      0
 890  [ bonds ]
 891     OW   HW1
 892     OW   HW2
 893
 894 [ HO5 ]
 895 ; TIP5P
 896  [ atoms ]
 897     OW   opls_118    0.00      0
 898    HW1   opls_119    0.248     0
 899    HW2   opls_119    0.248     0
 900    LP1   opls_120   -0.248     0
 901    LP2   opls_120   -0.248     0
 902  [ bonds ]
 903     OW   HW1
 904     OW   HW2
 905
 906 [ ILE ]
 907  [ atoms ]
 908      N    opls_238   -0.500     1
 909      H    opls_241    0.300     1
 910     CA    opls_224B   0.140     1
 911     HA    opls_140    0.060     1
 912     CB    opls_137   -0.060     2
 913     HB    opls_140    0.060     2
 914    CG1    opls_136   -0.120     3
 915   HG11    opls_140    0.060     3
 916   HG12    opls_140    0.060     3
 917    CG2    opls_135   -0.180     4
 918   HG21    opls_140    0.060     4
 919   HG22    opls_140    0.060     4
 920   HG23    opls_140    0.060     4
 921     CD    opls_135   -0.180     5
 922    HD1    opls_140    0.060     5
 923    HD2    opls_140    0.060     5
 924    HD3    opls_140    0.060     5
 925      C    opls_235    0.500     6
 926      O    opls_236   -0.500     6
 927  [ bonds ]
 928      N     H
 929      N    CA
 930     CA    HA
 931     CA    CB
 932     CA     C
 933     CB    HB
 934     CB   CG1
 935     CB   CG2
 936    CG1  HG11
 937    CG1  HG12
 938    CG1    CD
 939    CG2  HG21
 940    CG2  HG22
 941    CG2  HG23
 942     CD   HD1
 943     CD   HD2
 944     CD   HD3
 945      C     O
 946     -C     N
 947  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 948      N    CA    CB   CG1    dih_ILE_chi1_N_C_C_C
 949      N    CA    CB   CG2    dih_ILE_chi1_N_C_C_C
 950    CG1    CB    CA     C    dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
 951    CG2    CB    CA     C    dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
 952  [ impropers ]
 953     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 954     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 955
 956 [ LEU ]
 957  [ atoms ]
 958      N    opls_238   -0.500     1
 959      H    opls_241    0.300     1
 960     CA    opls_224B   0.140     1
 961     HA    opls_140    0.060     1
 962     CB    opls_136   -0.120     2
 963    HB1    opls_140    0.060     2
 964    HB2    opls_140    0.060     2
 965     CG    opls_137   -0.060     3
 966     HG    opls_140    0.060     3
 967    CD1    opls_135   -0.180     4
 968   HD11    opls_140    0.060     4
 969   HD12    opls_140    0.060     4
 970   HD13    opls_140    0.060     4
 971    CD2    opls_135   -0.180     5
 972   HD21    opls_140    0.060     5
 973   HD22    opls_140    0.060     5
 974   HD23    opls_140    0.060     5
 975      C    opls_235    0.500     6
 976      O    opls_236   -0.500     6
 977  [ bonds ]
 978      N     H
 979      N    CA
 980     CA    HA
 981     CA    CB
 982     CA     C
 983     CB   HB1
 984     CB   HB2
 985     CB    CG
 986     CG    HG
 987     CG   CD1
 988     CG   CD2
 989    CD1  HD11
 990    CD1  HD12
 991    CD1  HD13
 992    CD2  HD21
 993    CD2  HD22
 994    CD2  HD23
 995      C     O
 996     -C     N
 997  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 998      N    CA    CB    CG    dih_LEU_chi1_N_C_C_C
 999     CG    CB    CA     C    dih_LEU_chi1_C_C_C_CO
1000  [ impropers ]
1001     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1002     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1003
1004 [ LYS ]
1005  [ atoms ]
1006      N    opls_238   -0.500     1
1007      H    opls_241    0.300     1
1008     CA    opls_224B   0.140     1
1009     HA    opls_140    0.060     1
1010     CB    opls_136   -0.120     2
1011    HB1    opls_140    0.060     2
1012    HB2    opls_140    0.060     2
1013     CG    opls_136   -0.120     3
1014    HG1    opls_140    0.060     3
1015    HG2    opls_140    0.060     3
1016     CD    opls_136   -0.120     4
1017    HD1    opls_140    0.060     4
1018    HD2    opls_140    0.060     4
1019     CE    opls_906    0.060     5
1020    HE1    opls_911    0.060     5
1021    HE2    opls_911    0.060     5
1022     NZ    opls_900   -0.900     6
1023    HZ1    opls_909    0.360     6
1024    HZ2    opls_909    0.360     6
1025      C    opls_235    0.500     7
1026      O    opls_236   -0.500     7
1027  [ bonds ]
1028      N     H
1029      N    CA
1030     CA    HA
1031     CA    CB
1032     CA     C
1033     CB   HB1
1034     CB   HB2
1035     CB    CG
1036     CG   HG1
1037     CG   HG2
1038     CG    CD
1039     CD   HD1
1040     CD   HD2
1041     CD    CE
1042     CE   HE1
1043     CE   HE2
1044     CE    NZ
1045     NZ   HZ1
1046     NZ   HZ2
1047      C     O
1048     -C     N
1049  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1050      N    CA    CB    CG    dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1051     CG    CB    CA     C    dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1052     CD    CE    NZ   HZ1    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1053     CD    CE    NZ   HZ2    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1054  [ impropers ]
1055     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1056     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1057
1058
1059 [ LYSH ]
1060  [ atoms ]
1061      N    opls_238   -0.500     1
1062      H    opls_241    0.300     1
1063     CA    opls_224B   0.140     1
1064     HA    opls_140    0.060     1
1065     CB    opls_136   -0.120     2
1066    HB1    opls_140    0.060     2
1067    HB2    opls_140    0.060     2
1068     CG    opls_136   -0.120     3
1069    HG1    opls_140    0.060     3
1070    HG2    opls_140    0.060     3
1071     CD    opls_136   -0.120     4
1072    HD1    opls_140    0.060     4
1073    HD2    opls_140    0.060     4
1074     CE    opls_292    0.190     5
1075    HE1    opls_140    0.060     5
1076    HE2    opls_140    0.060     5
1077     NZ    opls_287   -0.300     6
1078    HZ1    opls_290    0.330     6
1079    HZ2    opls_290    0.330     6
1080    HZ3    opls_290    0.330     6
1081      C    opls_235    0.500     7
1082      O    opls_236   -0.500     7
1083  [ bonds ]
1084      N     H
1085      N    CA
1086     CA    HA
1087     CA    CB
1088     CA     C
1089     CB   HB1
1090     CB   HB2
1091     CB    CG
1092     CG   HG1
1093     CG   HG2
1094     CG    CD
1095     CD   HD1
1096     CD   HD2
1097     CD    CE
1098     CE   HE1
1099     CE   HE2
1100     CE    NZ
1101     NZ   HZ1
1102     NZ   HZ2
1103     NZ   HZ3
1104      C     O
1105     -C     N
1106  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1107      N    CA    CB    CG    dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1108     CG    CB    CA     C    dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1109     CD    CE    NZ   HZ1    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1110     CD    CE    NZ   HZ2    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1111     CD    CE    NZ   HZ3    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1112  [ impropers ]
1113     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1114     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1115
1116
1117 [ MET ]
1118  [ atoms ]
1119      N    opls_238   -0.500     1
1120      H    opls_241    0.300     1
1121     CA    opls_224B   0.140     1
1122     HA    opls_140    0.060     1
1123     CB    opls_136   -0.120     2
1124    HB1    opls_140    0.060     2
1125    HB2    opls_140    0.060     2
1126     CG    opls_210    0.048     3
1127    HG1    opls_140    0.060     3
1128    HG2    opls_140    0.060     3
1129     SD    opls_202   -0.335     4
1130     CE    opls_209   -0.013     5
1131    HE1    opls_140    0.060     5
1132    HE2    opls_140    0.060     5
1133    HE3    opls_140    0.060     5
1134      C    opls_235    0.500     6
1135      O    opls_236   -0.500     6
1136  [ bonds ]
1137      N     H
1138      N    CA
1139     CA    HA
1140     CA    CB
1141     CA     C
1142     CB   HB1
1143     CB   HB2
1144     CB    CG
1145     CG   HG1
1146     CG   HG2
1147     CG    SD
1148     SD    CE
1149     CE   HE1
1150     CE   HE2
1151     CE   HE3
1152      C     O
1153     -C     N
1154  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1155      N    CA    CB    CG    dih_MET_chi1_N_C_C_C
1156     CG    CB    CA     C    dih_MET_chi1_C_C_C_CO
1157   [ impropers ]
1158     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1159     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1160
1161
1162 [ NAC ] ; metylamide, a.k.a NMA.
1163  [ atoms ]
1164      N    opls_238   -0.500     1
1165      H    opls_241    0.300     1
1166    CH3    opls_242    0.020     2
1167   HH31    opls_140    0.060     2
1168   HH32    opls_140    0.060     2
1169   HH33    opls_140    0.060     2
1170  [ bonds ]
1171      N     H
1172      N   CH3
1173    CH3  HH31
1174    CH3  HH32
1175    CH3  HH33
1176     -C     N
1177  [ impropers ]
1178     -C    CH3     N    H      improper_Z_N_X_Y
1179
1180
1181 [ NH2 ]
1182  [ atoms ]
1183      N     opls_237  -0.760     1
1184     H1     opls_240   0.380     1
1185     H2     opls_240   0.380     1
1186  [ bonds ]
1187     -C     N
1188      N     H1
1189      N     H2
1190  [ impropers ]
1191     -C     H1    N      H2       improper_Z_N_X_Y
1192
1193 [ NHE ]
1194 ; same as NH2
1195  [ atoms ]
1196      N     opls_237  -0.760     1
1197     H1     opls_240   0.380     1
1198     H2     opls_240   0.380     1
1199  [ bonds ]
1200     -C     N
1201      N     H1
1202      N     H2
1203  [ impropers ]
1204     -C     H1     N     H2       improper_Z_N_X_Y
1205
1206 [ PHE ]
1207  [ atoms ]
1208      N    opls_238   -0.500     1
1209      H    opls_241    0.300     1
1210     CA    opls_224B   0.140     1
1211     HA    opls_140    0.060     1
1212     CB    opls_149   -0.005     2
1213    HB1    opls_140    0.060     2
1214    HB2    opls_140    0.060     2
1215     CG    opls_145   -0.115     2
1216    CD1    opls_145   -0.115     3
1217    HD1    opls_146    0.115     3
1218    CD2    opls_145   -0.115     4
1219    HD2    opls_146    0.115     4
1220    CE1    opls_145   -0.115     5
1221    HE1    opls_146    0.115     5
1222    CE2    opls_145   -0.115     6
1223    HE2    opls_146    0.115     6
1224     CZ    opls_145   -0.115     7
1225     HZ    opls_146    0.115     7
1226      C    opls_235    0.500     8
1227      O    opls_236   -0.500     8
1228  [ bonds ]
1229      N     H
1230      N    CA
1231     CA    HA
1232     CA    CB
1233     CA     C
1234     CB   HB1
1235     CB   HB2
1236     CB    CG
1237     CG   CD1
1238     CG   CD2
1239    CD1   HD1
1240    CD1   CE1
1241    CD2   HD2
1242    CD2   CE2
1243    CE1   HE1
1244    CE1    CZ
1245    CE2   HE2
1246    CE2    CZ
1247     CZ    HZ
1248      C     O
1249     -C     N
1250  [ impropers ]
1251     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1252     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1253     CG   CE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
1254    CD2    CZ   CE2   HE2    improper_Z_CA_X_Y
1255    CE1   CE2    CZ    HZ    improper_Z_CA_X_Y
1256    CD1    CZ   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
1257     CG   CE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y
1258    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
1259
1260
1261 [ PRO ]
1262  [ atoms ]
1263      N    opls_239   -0.140     1
1264     CA    opls_246    0.010     1
1265     HA    opls_140    0.060     1
1266     CB    opls_136   -0.120     2
1267    HB1    opls_140    0.060     2
1268    HB2    opls_140    0.060     2
1269     CG    opls_136   -0.120     3
1270    HG1    opls_140    0.060     3
1271    HG2    opls_140    0.060     3
1272     CD    opls_245   -0.050     4
1273    HD1    opls_140    0.060     4
1274    HD2    opls_140    0.060     4
1275      C    opls_235    0.500     5
1276      O    opls_236   -0.500     5
1277  [ bonds ]
1278      N    CA
1279     CA    HA
1280     CA    CB
1281     CA     C
1282     CB   HB1
1283     CB   HB2
1284     CB    CG
1285     CG   HG1
1286     CG   HG2
1287     CG    CD
1288     CD   HD1
1289     CD   HD2
1290     CD     N
1291      C     O
1292     -C     N
1293  [ impropers ]
1294     -C    CA     N    CD    improper_Z_N_X_Y
1295     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1296
1297
1298 [ SER ]
1299  [ atoms ]
1300      N    opls_238   -0.500     1
1301      H    opls_241    0.300     1
1302     CA    opls_224B   0.140     1
1303     HA    opls_140    0.060     1
1304     CB    opls_157    0.145     2
1305    HB1    opls_140    0.060     2
1306    HB2    opls_140    0.060     2
1307     OG    opls_154   -0.683     3
1308     HG    opls_155    0.418     3
1309      C    opls_235    0.500     4
1310      O    opls_236   -0.500     4
1311  [ bonds ]
1312      N     H
1313      N    CA
1314     CA    HA
1315     CA    CB
1316     CA     C
1317     CB   HB1
1318     CB   HB2
1319     CB    OG
1320     OG    HG
1321      C     O
1322     -C     N
1323  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
1324      N    CA    CB    OG    dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1325      C    CA    CB    OG    dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1326     CA    CB    OG    HG    dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1327  [ impropers ]
1328     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1329     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1330
1331
1332 [ THR ]
1333  [ atoms ]
1334      N    opls_238   -0.500     1
1335      H    opls_241    0.300     1
1336     CA    opls_224B   0.140     1
1337     HA    opls_140    0.060     1
1338     CB    opls_158    0.205     2
1339     HB    opls_140    0.060     2
1340    OG1    opls_154   -0.683     2
1341    HG1    opls_155    0.418     2
1342    CG2    opls_135   -0.180     3
1343   HG21    opls_140    0.060     3
1344   HG22    opls_140    0.060     3
1345   HG23    opls_140    0.060     3
1346      C    opls_235    0.500     4
1347      O    opls_236   -0.500     4
1348  [ bonds ]
1349      N     H
1350      N    CA
1351     CA    HA
1352     CA    CB
1353     CA     C
1354     CB    HB
1355     CB   OG1
1356     CB   CG2
1357    OG1   HG1
1358    CG2  HG21
1359    CG2  HG22
1360    CG2  HG23
1361      C     O
1362     -C     N
1363  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
1364      N    CA    CB   OG1    dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1365      C    CA    CB   OG1    dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1366     CA    CB   OG1   HG1    dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1367  [ impropers ]
1368     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1369     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1370
1371
1372 [ TRP ]
1373  [ atoms ]
1374      N    opls_238   -0.500     1
1375      H    opls_241    0.300     1
1376     CA    opls_224B   0.140     1
1377     HA    opls_140    0.060     1
1378     CB    opls_136   -0.120     2
1379    HB1    opls_140    0.060     2
1380    HB2    opls_140    0.060     2
1381     CG    opls_500    0.075     3
1382    CD1    opls_514   -0.115     4
1383    HD1    opls_146    0.115     4
1384    CD2    opls_501   -0.055     5
1385    NE1    opls_503   -0.570     6
1386    HE1    opls_504    0.420     6
1387    CE2    opls_502    0.130     6
1388    CE3    opls_145   -0.115     7
1389    HE3    opls_146    0.115     7
1390    CZ2    opls_145   -0.115     8
1391    HZ2    opls_146    0.115     8
1392    CZ3    opls_145   -0.115     9
1393    HZ3    opls_146    0.115     9
1394    CH2    opls_145   -0.115     10
1395    HH2    opls_146    0.115     10
1396      C    opls_235    0.500     11
1397      O    opls_236   -0.500     11
1398  [ bonds ]
1399      N     H
1400      N    CA
1401     CA    HA
1402     CA    CB
1403     CA     C
1404     CB   HB1
1405     CB   HB2
1406     CB    CG
1407     CG   CD1
1408     CG   CD2
1409    CD1   HD1
1410    CD1   NE1
1411    CD2   CE2
1412    CD2   CE3
1413    NE1   HE1
1414    NE1   CE2
1415    CE2   CZ2
1416    CE3   HE3
1417    CE3   CZ3
1418    CZ2   HZ2
1419    CZ2   CH2
1420    CZ3   HZ3
1421    CZ3   CH2
1422    CH2   HH2
1423      C     O
1424     -C     N
1425  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1426      N    CA    CB    CG    dih_TRP_chi1_N_C_C_C
1427     CG    CB    CA     C    dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
1428  [ impropers ]
1429     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1430     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1431    CD1   CE2   NE1   HE1    improper_Z_N_X_Y
1432    CE2   CH2   CZ2   HZ2    improper_Z_CA_X_Y
1433    CZ2   CZ3   CH2   HH2    improper_Z_CA_X_Y
1434    CH2   CE3   CZ3   HZ3    improper_Z_CA_X_Y
1435    CZ3   CD2   CE3   HE3    improper_Z_CA_X_Y
1436     CG   NE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y
1437    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
1438
1439
1440 [ TYR ]
1441  [ atoms ]
1442      N    opls_238   -0.500     1
1443      H    opls_241    0.300     1
1444     CA    opls_224B   0.140     1
1445     HA    opls_140    0.060     1
1446     CB    opls_149   -0.005     2
1447    HB1    opls_140    0.060     2
1448    HB2    opls_140    0.060     2
1449     CG    opls_145   -0.115     2
1450    CD1    opls_145   -0.115     4
1451    HD1    opls_146    0.115     4
1452    CD2    opls_145   -0.115     5
1453    HD2    opls_146    0.115     5
1454    CE1    opls_145   -0.115     6
1455    HE1    opls_146    0.115     6
1456    CE2    opls_145   -0.115     7
1457    HE2    opls_146    0.115     7
1458     CZ    opls_166    0.150     8
1459     OH    opls_167   -0.585     8
1460     HH    opls_168    0.435     8
1461      C    opls_235    0.500     9
1462      O    opls_236   -0.500     9
1463  [ bonds ]
1464      N     H
1465      N    CA
1466     CA    HA
1467     CA    CB
1468     CA     C
1469     CB   HB1
1470     CB   HB2
1471     CB    CG
1472     CG   CD1
1473     CG   CD2
1474    CD1   HD1
1475    CD1   CE1
1476    CD2   HD2
1477    CD2   CE2
1478    CE1   HE1
1479    CE1    CZ
1480    CE2   HE2
1481    CE2    CZ
1482     CZ    OH
1483     OH    HH
1484      C     O
1485     -C     N
1486  [ impropers ]
1487     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1488     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1489     CG   CE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
1490    CD2    CZ   CE2   HE2    improper_Z_CA_X_Y
1491    CD1    CZ   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
1492     CG   CE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y
1493    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
1494    CE1   CE2    CZ    OH    improper_Z_CA_X_Y
1495
1496
1497 [ VAL ]
1498  [ atoms ]
1499      N    opls_238   -0.500     1
1500      H    opls_241    0.300     1
1501     CA    opls_224B   0.140     1
1502     HA    opls_140    0.060     1
1503     CB    opls_137   -0.060     2
1504     HB    opls_140    0.060     2
1505    CG1    opls_135   -0.180     3
1506   HG11    opls_140    0.060     3
1507   HG12    opls_140    0.060     3
1508   HG13    opls_140    0.060     3
1509    CG2    opls_135   -0.180     4
1510   HG21    opls_140    0.060     4
1511   HG22    opls_140    0.060     4
1512   HG23    opls_140    0.060     4
1513      C    opls_235    0.500     5
1514      O    opls_236   -0.500     5
1515  [ bonds ]
1516      N     H
1517      N    CA
1518     CA    HA
1519     CA    CB
1520     CA     C
1521     CB    HB
1522     CB   CG1
1523     CB   CG2
1524    CG1  HG11
1525    CG1  HG12
1526    CG1  HG13
1527    CG2  HG21
1528    CG2  HG22
1529    CG2  HG23
1530      C     O
1531     -C     N
1532  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1533     N    CA    CB    CG1    dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1534     N    CA    CB    CG2    dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1535    CG1    CB    CA     C    dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1536    CG2    CB    CA     C    dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1537  [ impropers ]
1538     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1539     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1540
1541
1542 [ F ]
1543  [ atoms ]
1544     F    opls_400  -1.000     0
1545
1546 [ CL ]
1547  [ atoms ]
1548     CL   opls_401  -1.000     0
1549
1550 [ BR ]
1551  [ atoms ]
1552     BR   opls_402  -1.000     0
1553
1554
1555 ; Aqvists cation parameters
1556
1557 [ LI ]
1558  [ atoms ]
1559     LI   opls_406   1.000     0 ; Jorgensen ion type would be opls_404
1560
1561 [ NA ]
1562  [ atoms ]
1563     NA   opls_407   1.000     0 ; Jorgensen ion type would be opls_405
1564
1565 [ K ]
1566  [ atoms ]
1567     K    opls_408   1.000     0
1568
1569 [ RB ]
1570  [ atoms ]
1571     RB   opls_409   1.000     0
1572
1573 [ CS ]
1574  [ atoms ]
1575     CS   opls_410   1.000     0
1576
1577 [ MG ]
1578  [ atoms ]
1579     MG   opls_411   2.000     0
1580
1581 [ CA ]
1582  [ atoms ]
1583     CA   opls_412   2.000     0
1584
1585 [ SR ]
1586  [ atoms ]
1587     SR   opls_413   2.000     0
1588
1589 [ BA ]
1590  [ atoms ]
1591     BA   opls_414   2.000     0
1592
1593
1594 ; Ethanol - CA is the carbon bound to the OH group
1595 [ EtOH ]
1596  [ atoms ]
1597     CB   opls_135    -0.180    1
1598    HB1   opls_140     0.060    1
1599    HB2   opls_140     0.060    1
1600    HB3   opls_140     0.060    1
1601     CA   opls_157     0.145    2
1602    HA1   opls_140     0.060    2
1603    HA2   opls_140     0.060    2
1604     OH   opls_154    -0.683    2
1605     HO   opls_155     0.418    2
1606  [ bonds ]
1607    CB    HB1
1608    CB    HB2
1609    CB    HB3
1610    CB    CA
1611    CA    HA1
1612    CA    HA2
1613    CA    OH
1614    OH    HO
1615
1616
1617 ; New All atom DMSO model, DvdS, 17/06/2006
1618 ; Use at your own risk!
1619 [ DMSO  ]
1620  [ atoms ]
1621 OD          opls_125    -0.459      1
1622 SD          opls_124     0.139      1
1623 CD1         opls_139    -0.020      1
1624 HD11        opls_140     0.060      1
1625 HD12        opls_140     0.060      1
1626 HD13        opls_140     0.060      1
1627 CD2         opls_139    -0.020      1
1628 HD21        opls_140     0.060      1
1629 HD22        opls_140     0.060      1
1630 HD23        opls_140     0.060      1
1631
1632  [ bonds ]
1633     OD     SD
1634     SD     CD1
1635     SD     CD2
1636     CD1    HD11
1637     CD1    HD12
1638     CD1    HD13
1639     CD2    HD21
1640     CD2    HD22
1641     CD2    HD23
1642