share/top/gromos54a7.ff/popc.itp

   1 ; Parameters for POPC (2-oleoyl-1-palmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine)
   2 ; To be used in conjunction with the GROMOS 54a7 forcefield files.
   3 ; Please cite the following references when using this topology:
   4 ; Poger D, van Gunsteren WF & Mark AE (2010) J. Comput. Chem. 31(6), 1117-1125
   5 ; Poger D & Mark AE (2010) J. Chem. Theory Comput. 6(1), 325-336
   6
   7 [ moleculetype ]
   8 ; Name   nrexcl
   9 POPC     3
  10
  11 [ atoms ]
  12 ;  nr  type  resnr  resid  atom  cgnr  charge    mass    total_charge
  13     1  CH3p    1    POPC    CN1    1    0.400  15.0350
  14     2  CH3p    1    POPC    CN2    1    0.400  15.0350
  15     3  CH3p    1    POPC    CN3    1    0.400  15.0350
  16     4    NL    1    POPC    NTM    1   -0.500  14.0067
  17     5   CH2    1    POPC     CA    1    0.300  14.0270      ;  1.000
  18     6   CH2    1    POPC     CB    2    0.400  14.0270
  19     7    OA    1    POPC     OA    2   -0.800  15.9994
  20     8     P    1    POPC      P    2    1.700  30.9738
  21     9    OM    1    POPC     OB    2   -0.800  15.9994
  22    10    OM    1    POPC     OC    2   -0.800  15.9994
  23    11    OA    1    POPC     OD    2   -0.700  15.9994      ; -1.000
  24    12   CH2    1    POPC     CC    3    0.400  14.0270
  25    13   CH1    1    POPC     CD    3    0.300  13.0190
  26    14    OE    1    POPC     OE    3   -0.700  15.9994
  27    15     C    1    POPC    C1A    3    0.700  12.0110
  28    16     O    1    POPC     OF    3   -0.700  15.9994      ;  0.000
  29    17   CH2    1    POPC    C1B    4    0.000  14.0270      ;  0.000
  30    18   CH2    1    POPC    C1C    5    0.000  14.0270      ;  0.000
  31    19   CH2    1    POPC    C1D    6    0.000  14.0270      ;  0.000
  32    20   CH2    1    POPC    C1E    7    0.000  14.0270      ;  0.000
  33    21   CH2    1    POPC    C1F    8    0.000  14.0270      ;  0.000
  34    22   CH2    1    POPC    C1G    9    0.000  14.0270      ;  0.000
  35    23   CH2    1    POPC    C1H   10    0.000  14.0270      ;  0.000
  36    24   CR1    1    POPC    C1I   11    0.000  13.0190      ;  0.000  ; double bond
  37    25   CR1    1    POPC    C1J   12    0.000  13.0190      ;  0.000  ; double bond
  38    26   CH2    1    POPC    C1K   13    0.000  14.0270      ;  0.000
  39    27   CH2    1    POPC    C1L   14    0.000  14.0270      ;  0.000
  40    28   CH2    1    POPC    C1M   15    0.000  14.0270      ;  0.000
  41    29   CH2    1    POPC    C1N   16    0.000  14.0270      ;  0.000
  42    30   CH2    1    POPC    C1O   17    0.000  14.0270      ;  0.000
  43    31   CH2    1    POPC    C1P   18    0.000  14.0270      ;  0.000
  44    32   CH2    1    POPC    C1Q   19    0.000  14.0270      ;  0.000
  45    33   CH3    1    POPC    C1R   20    0.000  15.0350      ;  0.000
  46    34   CH2    1    POPC     CE   21    0.500  14.0270
  47    35    OE    1    POPC     OG   21   -0.700  15.9994
  48    36     C    1    POPC    C2A   21    0.800  12.0110
  49    37     O    1    POPC     OH   21   -0.600  15.9994      ;  0.000
  50    38   CH2    1    POPC    C2B   22    0.000  14.0270      ;  0.000
  51    39   CH2    1    POPC    C2C   23    0.000  14.0270      ;  0.000
  52    40   CH2    1    POPC    C2D   24    0.000  14.0270      ;  0.000
  53    41   CH2    1    POPC    C2E   25    0.000  14.0270      ;  0.000
  54    42   CH2    1    POPC    C2F   26    0.000  14.0270      ;  0.000
  55    43   CH2    1    POPC    C2G   27    0.000  14.0270      ;  0.000
  56    44   CH2    1    POPC    C2H   28    0.000  14.0270      ;  0.000
  57    45   CH2    1    POPC    C2I   29    0.000  14.0270      ;  0.000
  58    46   CH2    1    POPC    C2J   30    0.000  14.0270      ;  0.000
  59    47   CH2    1    POPC    C2K   31    0.000  14.0270      ;  0.000
  60    48   CH2    1    POPC    C2L   32    0.000  14.0270      ;  0.000
  61    49   CH2    1    POPC    C2M   33    0.000  14.0270      ;  0.000
  62    50   CH2    1    POPC    C2N   34    0.000  14.0270      ;  0.000
  63    51   CH2    1    POPC    C2O   35    0.000  14.0270      ;  0.000
  64    52   CH3    1    POPC    C2P   36    0.000  15.0350      ;  0.000
  65 ; total charge of the molecule:   0.000
  66
  67 [ bonds ]
  68 ;  ai   aj  funct   c0         c1
  69     1    4    2   gb_21
  70     2    4    2   gb_21
  71     3    4    2   gb_21
  72     4    5    2   gb_21
  73     5    6    2   gb_27
  74     6    7    2   gb_18
  75     7    8    2   gb_28
  76     8    9    2   gb_24
  77     8   10    2   gb_24
  78     8   11    2   gb_28
  79    11   12    2   gb_18
  80    12   13    2   gb_27
  81    13   14    2   gb_18
  82    13   34    2   gb_27
  83    14   15    2   gb_10
  84    15   16    2   gb_5
  85    15   17    2   gb_23
  86    17   18    2   gb_27
  87    18   19    2   gb_27
  88    19   20    2   gb_27
  89    20   21    2   gb_27
  90    21   22    2   gb_27
  91    22   23    2   gb_27
  92    23   24    2   gb_27
  93    24   25    2   gb_10 ; double bond
  94    25   26    2   gb_27
  95    26   27    2   gb_27
  96    27   28    2   gb_27
  97    28   29    2   gb_27
  98    29   30    2   gb_27
  99    30   31    2   gb_27
 100    31   32    2   gb_27
 101    32   33    2   gb_27
 102    34   35    2   gb_18
 103    35   36    2   gb_10
 104    36   37    2   gb_5
 105    36   38    2   gb_23
 106    38   39    2   gb_27
 107    39   40    2   gb_27
 108    40   41    2   gb_27
 109    41   42    2   gb_27
 110    42   43    2   gb_27
 111    43   44    2   gb_27
 112    44   45    2   gb_27
 113    45   46    2   gb_27
 114    46   47    2   gb_27
 115    47   48    2   gb_27
 116    48   49    2   gb_27
 117    49   50    2   gb_27
 118    50   51    2   gb_27
 119    51   52    2   gb_27
 120
 121 [ pairs ]
 122 ;  ai   aj  funct  ;  all 1-4 pairs but the ones excluded in GROMOS itp
 123     1    6    1
 124     2    6    1
 125     3    6    1
 126     4    7    1
 127     5    8    1
 128     6    9    1
 129     6   10    1
 130     6   11    1
 131     7   12    1
 132     8   13    1
 133     9   12    1
 134    10   12    1
 135    11   14    1
 136    11   34    1
 137    12   15    1
 138    12   35    1
 139    13   16    1
 140    13   17    1
 141    13   36    1
 142    14   18    1
 143    14   35    1
 144    15   19    1
 145    15   34    1
 146    16   18    1
 147    17   20    1
 148    18   21    1
 149    19   22    1
 150    20   23    1
 151    21   24    1
 152    22   25    1
 153    24   27    1
 154    25   28    1
 155    26   29    1
 156    27   30    1
 157    28   31    1
 158    29   32    1
 159    30   33    1
 160    34   37    1
 161    34   38    1
 162    35   39    1
 163    36   40    1
 164    37   39    1
 165    38   41    1
 166    39   42    1
 167    40   43    1
 168    41   44    1
 169    42   45    1
 170    43   46    1
 171    44   47    1
 172    45   48    1
 173    46   49    1
 174    47   50    1
 175    48   51    1
 176    49   52    1
 177
 178 [ angles ]
 179 ;  ai   aj   ak  funct   angle     fc
 180     1    4    2    2    ga_13
 181     1    4    3    2    ga_13
 182     1    4    5    2    ga_13
 183     2    4    3    2    ga_13
 184     2    4    5    2    ga_13
 185     3    4    5    2    ga_13
 186     4    5    6    2    ga_15
 187     5    6    7    2    ga_15
 188     6    7    8    2    ga_26
 189     7    8    9    2    ga_14
 190     7    8   10    2    ga_14
 191     7    8   11    2    ga_5
 192     8   11   12    2    ga_26
 193     9    8   10    2    ga_29
 194     9    8   11    2    ga_14
 195    10    8   11    2    ga_14
 196    11   12   13    2    ga_15
 197    12   13   14    2    ga_13
 198    12   13   34    2    ga_13
 199    13   14   15    2    ga_22
 200    13   34   35    2    ga_15
 201    14   13   34    2    ga_13
 202    14   15   16    2    ga_31
 203    14   15   17    2    ga_16
 204    15   17   18    2    ga_15
 205    16   15   17    2    ga_35
 206    17   18   19    2    ga_15
 207    18   19   20    2    ga_15
 208    19   20   21    2    ga_15
 209    20   21   22    2    ga_15
 210    21   22   23    2    ga_15
 211    22   23   24    2    ga_15
 212    23   24   25    2    ga_27 ; C1H-C1I=C1J
 213    24   25   26    2    ga_27 ; C1I=C1J-C1K
 214    25   26   27    2    ga_15
 215    26   27   28    2    ga_15
 216    27   28   29    2    ga_15
 217    28   29   30    2    ga_15
 218    29   30   31    2    ga_15
 219    30   31   32    2    ga_15
 220    31   32   33    2    ga_15
 221    34   35   36    2    ga_22
 222    35   36   37    2    ga_31
 223    35   36   38    2    ga_16
 224    36   38   39    2    ga_15
 225    37   36   38    2    ga_35
 226    38   39   40    2    ga_15
 227    39   40   41    2    ga_15
 228    40   41   42    2    ga_15
 229    41   42   43    2    ga_15
 230    42   43   44    2    ga_15
 231    43   44   45    2    ga_15
 232    44   45   46    2    ga_15
 233    45   46   47    2    ga_15
 234    46   47   48    2    ga_15
 235    47   48   49    2    ga_15
 236    48   49   50    2    ga_15
 237    49   50   51    2    ga_15
 238    50   51   52    2    ga_15
 239
 240 [ dihedrals ]
 241 ; GROMOS improper dihedrals
 242 ;  ai   aj   ak   al  funct   angle     fc
 243    13   14   34   12    2     gi_2 ; asymmetric atom CD
 244    15   14   16   17    2     gi_1 ; planarity of sn-2 carbonyl
 245    23   24   25   26    2     gi_1 ; planarity of the double bond
 246    36   35   37   38    2     gi_1 ; planarity of sn-1 carbonyl
 247
 248 [ dihedrals ]
 249 ;  ai   aj   ak   al  funct    ph0      cp     mult
 250     1    4    5    6    1      gd_29
 251     4    5    6    7    1      gd_4
 252     4    5    6    7    1      gd_36
 253     5    6    7    8    1      gd_29
 254     6    7    8   11    1      gd_20
 255     6    7    8   11    1      gd_27
 256     7    8   11   12    1      gd_20
 257     7    8   11   12    1      gd_27
 258     8   11   12   13    1      gd_29
 259    11   12   13   34    1      gd_34
 260    12   13   14   15    1      gd_29
 261    12   13   34   35    1      gd_34
 262    13   14   15   17    1      gd_13
 263    13   34   35   36    1      gd_29
 264    14   15   17   18    1      gd_40
 265    15   17   18   19    1      gd_34
 266    17   18   19   20    1      gd_34
 267    18   19   20   21    1      gd_34
 268    19   20   21   22    1      gd_34
 269    20   21   22   23    1      gd_34
 270    21   22   23   24    1      gd_34
 271    22   23   24   25    1      gd_40 ; C1G-C1H-C1I=C1J
 272    24   25   26   27    1      gd_40 ; C1I=C1J-C1K-C1L
 273    25   26   27   28    1      gd_34
 274    26   27   28   29    1      gd_34
 275    27   28   29   30    1      gd_34
 276    28   29   30   31    1      gd_34
 277    29   30   31   32    1      gd_34
 278    30   31   32   33    1      gd_34
 279    34   35   36   38    1      gd_13
 280    35   36   38   39    1      gd_40
 281    36   38   39   40    1      gd_34
 282    38   39   40   41    1      gd_34
 283    39   40   41   42    1      gd_34
 284    40   41   42   43    1      gd_34
 285    41   42   43   44    1      gd_34
 286    42   43   44   45    1      gd_34
 287    43   44   45   46    1      gd_34
 288    44   45   46   47    1      gd_34
 289    45   46   47   48    1      gd_34
 290    46   47   48   49    1      gd_34
 291    47   48   49   50    1      gd_34
 292    48   49   50   51    1      gd_34
 293    49   50   51   52    1      gd_34